# TARGET T0366 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1382 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.556 0.258 0.115 0.051 0.015 0.004 0.001 2 E 0.302 0.237 0.195 0.159 0.082 0.021 0.003 3 N 0.280 0.184 0.147 0.155 0.152 0.071 0.011 4 L 0.258 0.202 0.140 0.139 0.125 0.113 0.024 5 Y 0.233 0.177 0.171 0.185 0.121 0.087 0.026 6 F 0.249 0.183 0.158 0.169 0.137 0.082 0.022 7 Q 0.369 0.193 0.147 0.135 0.105 0.045 0.006 8 S 0.381 0.225 0.149 0.129 0.071 0.038 0.007 9 M 0.383 0.289 0.160 0.108 0.044 0.013 0.002 10 G 0.409 0.291 0.161 0.091 0.036 0.010 0.001 11 L 0.246 0.244 0.199 0.173 0.094 0.038 0.005 12 R 0.209 0.206 0.202 0.194 0.125 0.057 0.007 13 T 0.190 0.205 0.208 0.198 0.139 0.055 0.005 14 V 0.110 0.131 0.162 0.233 0.227 0.124 0.013 15 E 0.085 0.136 0.180 0.239 0.225 0.120 0.015 16 M 0.086 0.140 0.200 0.260 0.207 0.098 0.009 17 K 0.201 0.253 0.217 0.192 0.105 0.030 0.002 18 K 0.316 0.275 0.204 0.146 0.048 0.010 0.001 19 G 0.615 0.221 0.090 0.050 0.019 0.004 0.001 20 P 0.662 0.222 0.076 0.031 0.007 0.001 0.001 21 T 0.574 0.289 0.094 0.034 0.008 0.001 0.001 22 D 0.195 0.379 0.252 0.136 0.033 0.004 0.001 23 S 0.030 0.157 0.237 0.316 0.195 0.060 0.004 24 L 0.002 0.008 0.029 0.123 0.315 0.442 0.082 25 G 0.002 0.013 0.052 0.152 0.284 0.385 0.112 26 I 0.001 0.001 0.004 0.018 0.075 0.447 0.455 27 S 0.001 0.009 0.049 0.156 0.256 0.372 0.156 28 I 0.001 0.001 0.005 0.030 0.154 0.542 0.266 29 A 0.002 0.020 0.078 0.217 0.377 0.265 0.040 30 G 0.005 0.046 0.141 0.300 0.351 0.149 0.009 31 G 0.033 0.190 0.265 0.272 0.180 0.056 0.003 32 V 0.222 0.291 0.215 0.173 0.076 0.021 0.001 33 G 0.413 0.319 0.152 0.081 0.026 0.008 0.001 34 S 0.445 0.285 0.149 0.083 0.030 0.007 0.001 35 P 0.618 0.236 0.091 0.039 0.013 0.003 0.001 36 L 0.436 0.248 0.165 0.103 0.039 0.008 0.001 37 G 0.349 0.306 0.193 0.111 0.035 0.006 0.001 38 D 0.167 0.326 0.243 0.168 0.073 0.020 0.002 39 V 0.025 0.107 0.194 0.323 0.242 0.099 0.011 40 P 0.006 0.038 0.106 0.226 0.345 0.249 0.030 41 I 0.002 0.004 0.015 0.075 0.227 0.518 0.159 42 F 0.001 0.008 0.031 0.122 0.325 0.428 0.085 43 I 0.001 0.002 0.008 0.031 0.132 0.535 0.290 44 A 0.004 0.037 0.107 0.258 0.302 0.231 0.061 45 M 0.010 0.073 0.204 0.297 0.245 0.147 0.024 46 M 0.003 0.018 0.051 0.184 0.415 0.300 0.028 47 H 0.046 0.177 0.259 0.299 0.171 0.046 0.003 48 P 0.310 0.365 0.199 0.088 0.028 0.009 0.001 49 T 0.426 0.332 0.133 0.067 0.029 0.011 0.001 50 G 0.191 0.249 0.230 0.199 0.100 0.029 0.003 51 V 0.266 0.268 0.207 0.155 0.075 0.025 0.003 52 A 0.253 0.227 0.182 0.186 0.115 0.034 0.003 53 A 0.327 0.327 0.196 0.106 0.036 0.007 0.001 54 Q 0.347 0.296 0.190 0.121 0.037 0.008 0.001 55 T 0.353 0.273 0.179 0.123 0.056 0.015 0.001 56 Q 0.336 0.326 0.178 0.106 0.042 0.012 0.001 57 K 0.163 0.324 0.259 0.167 0.067 0.019 0.002 58 L 0.027 0.042 0.092 0.241 0.372 0.208 0.019 59 R 0.087 0.252 0.274 0.226 0.123 0.036 0.003 60 V 0.044 0.115 0.194 0.309 0.225 0.102 0.010 61 G 0.033 0.127 0.183 0.286 0.256 0.105 0.009 62 D 0.016 0.049 0.098 0.207 0.331 0.257 0.043 63 R 0.015 0.089 0.152 0.221 0.245 0.227 0.052 64 I 0.003 0.005 0.017 0.070 0.199 0.533 0.172 65 V 0.012 0.048 0.087 0.187 0.283 0.309 0.074 66 T 0.051 0.160 0.240 0.247 0.164 0.115 0.022 67 I 0.024 0.046 0.085 0.198 0.361 0.249 0.036 68 C 0.104 0.266 0.275 0.217 0.102 0.032 0.003 69 G 0.259 0.312 0.209 0.146 0.059 0.015 0.001 70 T 0.268 0.347 0.206 0.119 0.046 0.012 0.001 71 S 0.248 0.344 0.228 0.122 0.047 0.010 0.001 72 T 0.063 0.085 0.185 0.336 0.261 0.068 0.003 73 E 0.312 0.371 0.187 0.096 0.028 0.005 0.001 74 G 0.364 0.358 0.171 0.077 0.025 0.005 0.001 75 M 0.111 0.189 0.229 0.249 0.164 0.054 0.004 76 T 0.145 0.376 0.256 0.159 0.052 0.011 0.001 77 H 0.018 0.108 0.269 0.327 0.220 0.055 0.003 78 T 0.386 0.433 0.144 0.031 0.005 0.001 0.001 79 Q 0.066 0.402 0.359 0.140 0.028 0.004 0.001 80 A 0.001 0.004 0.018 0.116 0.507 0.341 0.013 81 V 0.003 0.067 0.241 0.404 0.239 0.044 0.002 82 N 0.073 0.595 0.243 0.067 0.017 0.004 0.001 83 L 0.001 0.024 0.232 0.510 0.204 0.028 0.001 84 L 0.002 0.007 0.016 0.107 0.457 0.399 0.012 85 K 0.063 0.386 0.358 0.155 0.033 0.004 0.001 86 N 0.417 0.444 0.111 0.024 0.004 0.001 0.001 87 A 0.073 0.217 0.320 0.298 0.084 0.008 0.001 88 S 0.301 0.370 0.196 0.101 0.029 0.003 0.001 89 G 0.612 0.300 0.066 0.018 0.003 0.001 0.001 90 S 0.220 0.505 0.204 0.060 0.010 0.001 0.001 91 I 0.015 0.066 0.165 0.356 0.323 0.073 0.003 92 E 0.012 0.134 0.325 0.334 0.161 0.034 0.002 93 M 0.001 0.004 0.014 0.078 0.302 0.523 0.077 94 Q 0.003 0.050 0.228 0.392 0.250 0.074 0.003 95 V 0.002 0.008 0.023 0.098 0.336 0.487 0.046 96 V 0.011 0.097 0.272 0.358 0.209 0.051 0.002 97 A 0.062 0.186 0.256 0.301 0.162 0.031 0.001 98 G 0.259 0.370 0.237 0.104 0.027 0.004 0.001 99 G 0.492 0.294 0.134 0.062 0.016 0.003 0.001 100 D 0.618 0.253 0.094 0.028 0.006 0.001 0.001 101 V 0.380 0.254 0.187 0.131 0.043 0.005 0.001 102 S 0.628 0.219 0.098 0.041 0.013 0.002 0.001 103 E 0.651 0.212 0.084 0.039 0.012 0.002 0.001 104 T 0.784 0.145 0.045 0.019 0.005 0.001 0.001 105 S 0.749 0.155 0.059 0.027 0.008 0.002 0.001 106 V 0.735 0.143 0.062 0.039 0.016 0.005 0.001