# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0366/T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.060 0.050 0.074 0.105 0.065 0.354 0.045 0.014 0.009 0.011 0.051 0.074 0.061 0.012 0.007 0.009 2 E 0.016 0.177 0.108 0.124 0.007 0.052 0.009 0.083 0.010 0.006 0.246 0.051 0.059 0.006 0.029 0.016 3 N 0.027 0.084 0.066 0.156 0.008 0.107 0.013 0.010 0.068 0.023 0.031 0.272 0.076 0.006 0.013 0.039 4 L 0.096 0.062 0.220 0.154 0.008 0.048 0.025 0.011 0.008 0.004 0.106 0.038 0.168 0.006 0.010 0.033 5 Y 0.026 0.100 0.258 0.263 0.007 0.060 0.016 0.013 0.011 0.004 0.025 0.092 0.088 0.005 0.011 0.022 6 F 0.030 0.052 0.190 0.349 0.026 0.083 0.029 0.009 0.009 0.006 0.031 0.023 0.117 0.007 0.007 0.033 7 Q 0.030 0.088 0.193 0.327 0.035 0.094 0.013 0.029 0.008 0.006 0.045 0.027 0.076 0.005 0.008 0.018 8 S 0.019 0.028 0.061 0.085 0.336 0.136 0.105 0.021 0.008 0.009 0.052 0.020 0.035 0.073 0.004 0.010 9 M 0.014 0.174 0.070 0.148 0.003 0.019 0.004 0.359 0.009 0.003 0.032 0.015 0.017 0.001 0.123 0.009 10 G 0.021 0.067 0.086 0.274 0.002 0.023 0.003 0.004 0.265 0.049 0.006 0.010 0.009 0.001 0.002 0.178 11 L 0.556 0.021 0.180 0.211 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 12 R 0.007 0.126 0.406 0.452 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 T 0.001 0.001 0.023 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.002 0.078 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.002 0.935 0.030 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.019 0.001 0.480 0.380 0.110 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.203 0.002 0.579 0.015 0.023 0.001 0.153 0.005 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 G 0.003 0.049 0.015 0.151 0.041 0.404 0.004 0.017 0.079 0.199 0.016 0.017 0.002 0.001 0.001 0.003 20 P 0.051 0.116 0.023 0.062 0.021 0.097 0.006 0.050 0.006 0.005 0.527 0.023 0.007 0.002 0.003 0.002 21 T 0.010 0.272 0.063 0.115 0.007 0.064 0.007 0.030 0.041 0.008 0.051 0.300 0.008 0.003 0.015 0.008 22 D 0.066 0.099 0.253 0.267 0.008 0.041 0.009 0.011 0.048 0.010 0.027 0.040 0.033 0.002 0.022 0.064 23 S 0.138 0.060 0.401 0.133 0.027 0.056 0.059 0.003 0.015 0.005 0.010 0.014 0.016 0.017 0.002 0.045 24 L 0.044 0.114 0.329 0.391 0.001 0.017 0.003 0.056 0.002 0.001 0.011 0.005 0.007 0.001 0.014 0.004 25 G 0.004 0.018 0.140 0.781 0.001 0.006 0.001 0.001 0.025 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 26 I 0.057 0.005 0.088 0.843 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.001 0.003 0.073 0.873 0.011 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.001 0.004 0.002 0.147 0.718 0.118 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.111 0.002 0.137 0.407 0.019 0.005 0.279 0.004 0.001 0.020 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 30 G 0.002 0.069 0.012 0.191 0.007 0.029 0.001 0.230 0.297 0.092 0.007 0.014 0.005 0.001 0.034 0.011 31 G 0.100 0.015 0.035 0.043 0.173 0.057 0.115 0.005 0.079 0.262 0.047 0.015 0.010 0.013 0.001 0.031 32 V 0.134 0.139 0.066 0.100 0.005 0.033 0.002 0.345 0.004 0.001 0.061 0.048 0.009 0.001 0.049 0.002 33 G 0.005 0.053 0.099 0.226 0.018 0.027 0.008 0.007 0.245 0.170 0.017 0.047 0.012 0.004 0.002 0.060 34 S 0.262 0.040 0.066 0.212 0.053 0.207 0.016 0.013 0.006 0.006 0.017 0.043 0.047 0.001 0.007 0.003 35 P 0.008 0.037 0.078 0.052 0.195 0.090 0.048 0.037 0.007 0.014 0.310 0.025 0.037 0.048 0.003 0.011 36 L 0.019 0.139 0.034 0.181 0.016 0.026 0.010 0.203 0.029 0.006 0.035 0.148 0.021 0.009 0.118 0.008 37 G 0.035 0.035 0.100 0.158 0.007 0.045 0.017 0.018 0.185 0.107 0.021 0.030 0.067 0.003 0.023 0.149 38 D 0.361 0.142 0.184 0.178 0.001 0.012 0.009 0.004 0.017 0.004 0.007 0.015 0.016 0.001 0.004 0.045 39 V 0.071 0.026 0.372 0.476 0.001 0.024 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 40 P 0.015 0.021 0.354 0.589 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 41 I 0.003 0.007 0.029 0.958 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.001 0.002 0.027 0.942 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.001 0.008 0.008 0.454 0.045 0.461 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.416 0.004 0.490 0.002 0.017 0.001 0.024 0.001 0.001 0.030 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 45 M 0.003 0.021 0.016 0.855 0.008 0.026 0.001 0.004 0.023 0.002 0.013 0.008 0.011 0.001 0.001 0.007 46 M 0.019 0.035 0.470 0.420 0.008 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.002 0.005 47 H 0.005 0.013 0.044 0.274 0.176 0.421 0.017 0.005 0.001 0.007 0.006 0.007 0.017 0.004 0.001 0.004 48 P 0.005 0.084 0.012 0.108 0.162 0.209 0.011 0.094 0.002 0.003 0.262 0.006 0.021 0.012 0.005 0.003 49 T 0.005 0.365 0.014 0.171 0.002 0.019 0.001 0.122 0.067 0.029 0.032 0.124 0.012 0.001 0.024 0.009 50 G 0.055 0.009 0.029 0.056 0.003 0.339 0.005 0.010 0.039 0.080 0.051 0.130 0.166 0.001 0.004 0.023 51 V 0.021 0.010 0.023 0.013 0.001 0.049 0.002 0.005 0.001 0.001 0.653 0.054 0.163 0.001 0.001 0.002 52 A 0.002 0.017 0.009 0.037 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.037 0.653 0.217 0.003 0.003 0.002 53 A 0.001 0.003 0.010 0.016 0.003 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.024 0.885 0.003 0.007 0.011 54 Q 0.001 0.001 0.009 0.002 0.010 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.052 0.824 0.003 0.017 55 T 0.001 0.004 0.016 0.003 0.001 0.003 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.002 0.912 0.002 56 Q 0.003 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 0.006 0.002 0.001 0.016 0.002 0.002 0.889 57 K 0.924 0.007 0.026 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 58 L 0.009 0.006 0.929 0.038 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 59 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.009 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 61 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.828 0.154 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 62 D 0.978 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 63 R 0.009 0.038 0.831 0.019 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.014 0.001 0.001 0.010 64 I 0.015 0.016 0.152 0.427 0.008 0.105 0.002 0.003 0.001 0.001 0.203 0.011 0.049 0.003 0.001 0.003 65 V 0.002 0.110 0.197 0.543 0.011 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.032 0.076 0.001 0.002 0.003 66 T 0.006 0.009 0.038 0.547 0.127 0.041 0.029 0.003 0.005 0.004 0.003 0.005 0.132 0.027 0.002 0.024 67 I 0.002 0.004 0.029 0.030 0.521 0.028 0.258 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.097 0.004 0.002 68 C 0.001 0.062 0.008 0.048 0.002 0.021 0.002 0.718 0.007 0.006 0.009 0.004 0.006 0.001 0.103 0.005 69 G 0.012 0.021 0.006 0.038 0.001 0.002 0.002 0.001 0.700 0.066 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.139 70 T 0.820 0.013 0.081 0.052 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 71 S 0.005 0.041 0.415 0.054 0.012 0.412 0.004 0.004 0.002 0.004 0.013 0.014 0.014 0.001 0.001 0.004 72 T 0.003 0.025 0.005 0.037 0.560 0.045 0.065 0.002 0.001 0.001 0.171 0.012 0.004 0.068 0.001 0.001 73 E 0.002 0.071 0.014 0.028 0.002 0.005 0.002 0.573 0.003 0.001 0.008 0.075 0.004 0.001 0.211 0.001 74 G 0.002 0.008 0.017 0.016 0.001 0.008 0.002 0.001 0.376 0.107 0.003 0.004 0.013 0.001 0.002 0.440 75 M 0.827 0.016 0.082 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.008 0.001 0.001 0.004 76 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.008 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.001 0.007 84 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.030 0.009 0.005 85 K 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.026 0.043 0.055 86 N 0.012 0.007 0.021 0.006 0.002 0.004 0.029 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.374 0.102 0.035 0.399 87 A 0.046 0.005 0.084 0.002 0.018 0.016 0.314 0.008 0.001 0.002 0.034 0.004 0.253 0.131 0.052 0.030 88 S 0.024 0.210 0.081 0.019 0.001 0.017 0.011 0.136 0.011 0.004 0.029 0.021 0.072 0.007 0.293 0.064 89 G 0.132 0.074 0.056 0.119 0.001 0.006 0.003 0.002 0.199 0.014 0.006 0.011 0.018 0.002 0.006 0.352 90 S 0.344 0.014 0.499 0.128 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 91 I 0.007 0.008 0.468 0.512 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.026 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 M 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.002 0.944 0.031 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.001 0.010 0.001 0.419 0.496 0.070 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.001 0.080 0.001 0.180 0.511 0.111 0.003 0.097 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.196 0.007 0.132 0.008 0.046 0.001 0.429 0.085 0.047 0.027 0.008 0.001 0.001 0.011 0.003 99 G 0.058 0.070 0.025 0.128 0.006 0.048 0.005 0.013 0.291 0.233 0.050 0.043 0.004 0.001 0.002 0.023 100 D 0.313 0.118 0.141 0.116 0.007 0.095 0.007 0.010 0.008 0.005 0.070 0.086 0.014 0.001 0.004 0.006 101 V 0.020 0.114 0.336 0.268 0.014 0.063 0.013 0.010 0.009 0.005 0.043 0.068 0.018 0.005 0.004 0.011 102 S 0.017 0.094 0.139 0.390 0.012 0.176 0.009 0.014 0.009 0.005 0.019 0.062 0.038 0.001 0.008 0.006 103 E 0.018 0.096 0.131 0.356 0.019 0.080 0.013 0.012 0.018 0.010 0.127 0.024 0.060 0.005 0.002 0.029 104 T 0.040 0.108 0.125 0.494 0.008 0.040 0.006 0.014 0.009 0.003 0.020 0.085 0.034 0.002 0.007 0.007 105 S 0.015 0.026 0.165 0.224 0.069 0.252 0.035 0.007 0.009 0.013 0.038 0.030 0.090 0.008 0.003 0.016 106 V 0.022 0.153 0.089 0.256 0.037 0.075 0.019 0.056 0.005 0.003 0.152 0.039 0.064 0.009 0.012 0.009