# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.092 0.867 2 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.981 3 N 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.054 0.923 4 L 0.145 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.017 0.084 0.685 5 Y 0.091 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.019 0.001 0.001 0.032 0.010 0.173 0.524 6 F 0.120 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.078 0.015 0.100 0.499 7 Q 0.105 0.350 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.028 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.065 0.372 8 S 0.075 0.215 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.013 0.044 0.549 9 M 0.158 0.121 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.033 0.069 0.517 10 G 0.287 0.021 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.066 0.119 0.375 11 L 0.052 0.004 0.059 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.008 0.116 0.695 12 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.002 0.013 0.063 13 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.002 0.148 0.659 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.006 0.035 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.001 0.026 0.131 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.036 0.721 0.002 0.025 0.182 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.058 0.195 0.091 0.558 0.001 0.015 0.062 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.004 0.034 0.020 0.005 0.257 0.003 0.092 0.568 19 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.199 0.041 0.025 0.016 0.005 0.004 0.237 0.004 0.124 0.310 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 T 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.002 0.126 0.700 22 D 0.422 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.051 0.464 23 S 0.071 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.009 0.170 0.684 24 L 0.098 0.004 0.017 0.003 0.008 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.022 0.248 0.418 25 G 0.031 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.516 0.008 0.122 0.245 26 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.162 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.614 0.001 0.040 0.125 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.001 0.012 0.044 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.855 0.001 0.017 0.119 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.021 0.863 0.002 0.022 0.077 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.006 0.014 0.430 0.006 0.088 0.435 31 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.009 0.002 0.009 0.007 0.015 0.267 0.018 0.119 0.540 32 V 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.095 0.092 0.081 0.024 0.081 0.004 0.115 0.466 33 G 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.139 0.004 0.087 0.671 34 S 0.100 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.089 0.180 0.046 0.016 0.015 0.002 0.002 0.001 0.031 0.004 0.073 0.429 35 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.987 36 L 0.030 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.297 0.614 37 G 0.482 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 0.098 0.351 38 D 0.108 0.038 0.008 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.229 0.551 39 V 0.032 0.004 0.006 0.002 0.045 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.005 0.138 0.525 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.989 41 I 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.128 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.003 0.028 0.132 42 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.002 0.043 0.193 43 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.870 0.003 0.015 0.101 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.932 0.002 0.014 0.043 45 M 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.005 0.005 0.490 0.006 0.063 0.400 46 M 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.755 0.006 0.022 0.187 47 H 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.408 0.006 0.074 0.433 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.178 0.003 0.207 0.594 50 G 0.401 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.047 0.507 51 V 0.044 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.134 0.749 52 A 0.036 0.012 0.003 0.003 0.010 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.085 0.005 0.174 0.642 53 A 0.105 0.033 0.001 0.001 0.002 0.018 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.194 0.574 54 Q 0.208 0.188 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.011 0.048 0.456 55 T 0.251 0.221 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.029 0.029 0.405 56 Q 0.201 0.148 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.041 0.028 0.456 57 K 0.174 0.023 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.045 0.104 0.573 58 L 0.071 0.012 0.021 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.222 0.004 0.070 0.556 59 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.133 0.001 0.646 0.199 60 V 0.011 0.009 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.003 0.092 0.640 61 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.002 0.022 0.137 62 D 0.785 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.009 0.169 63 R 0.149 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.013 0.116 0.283 64 I 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.001 0.023 0.057 65 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.044 0.006 0.001 0.659 0.001 0.018 0.052 66 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.901 0.001 0.011 0.053 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.796 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.137 0.001 0.008 0.043 68 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.518 0.019 0.077 0.361 69 G 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.059 0.019 0.115 0.778 70 T 0.388 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.051 0.009 0.200 0.337 71 S 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 0.098 0.834 72 T 0.006 0.002 0.002 0.003 0.700 0.010 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.021 0.183 73 E 0.025 0.010 0.001 0.001 0.006 0.056 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 0.355 0.485 74 G 0.096 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.029 0.141 0.658 75 M 0.509 0.014 0.006 0.006 0.001 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.014 0.084 0.281 76 T 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.463 0.510 77 H 0.010 0.009 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.007 0.045 0.821 78 T 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.164 0.793 79 Q 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.793 0.189 80 A 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 81 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 82 N 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 L 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 84 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 85 K 0.025 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.016 86 N 0.147 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.002 0.055 87 A 0.192 0.500 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.002 0.159 88 S 0.227 0.136 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 0.025 0.554 89 G 0.017 0.008 0.213 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.185 0.496 90 S 0.097 0.001 0.012 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.003 0.201 0.518 91 I 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.756 0.001 0.052 0.181 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.763 0.001 0.062 0.121 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.001 0.011 0.046 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.005 0.016 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.866 0.001 0.016 0.110 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.001 0.009 0.032 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.422 0.004 0.092 0.466 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.484 0.018 0.081 0.400 99 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.005 0.107 0.759 100 D 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.005 0.087 0.752 101 V 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.005 0.071 0.752 102 S 0.031 0.008 0.001 0.002 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.005 0.205 0.630 103 E 0.020 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.035 0.913 104 T 0.078 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.009 0.165 0.640 105 S 0.194 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.016 0.117 0.589 106 V 0.061 0.052 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 0.007 0.114 0.659