# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.057 0.010 0.004 0.028 0.044 0.066 0.077 0.003 0.001 0.004 0.707 2 E 0.034 0.004 0.004 0.017 0.016 0.026 0.060 0.001 0.001 0.004 0.833 3 N 0.063 0.004 0.003 0.021 0.027 0.035 0.164 0.001 0.001 0.009 0.673 4 L 0.149 0.006 0.007 0.026 0.026 0.036 0.131 0.001 0.001 0.013 0.604 5 Y 0.065 0.011 0.003 0.040 0.054 0.077 0.164 0.001 0.001 0.006 0.579 6 F 0.056 0.009 0.003 0.046 0.088 0.146 0.083 0.001 0.001 0.005 0.562 7 Q 0.037 0.016 0.001 0.047 0.117 0.192 0.093 0.001 0.001 0.004 0.492 8 S 0.062 0.016 0.001 0.032 0.089 0.153 0.068 0.002 0.001 0.006 0.571 9 M 0.049 0.012 0.002 0.023 0.078 0.101 0.104 0.002 0.001 0.009 0.619 10 G 0.129 0.007 0.002 0.029 0.077 0.086 0.215 0.004 0.001 0.023 0.428 11 L 0.172 0.007 0.030 0.048 0.055 0.093 0.100 0.002 0.001 0.022 0.471 12 R 0.015 0.003 0.006 0.151 0.324 0.246 0.090 0.001 0.001 0.004 0.160 13 T 0.008 0.001 0.004 0.073 0.099 0.199 0.051 0.001 0.001 0.003 0.562 14 V 0.002 0.001 0.001 0.167 0.340 0.418 0.012 0.001 0.001 0.001 0.057 15 E 0.001 0.001 0.001 0.186 0.212 0.316 0.037 0.001 0.001 0.001 0.246 16 M 0.001 0.001 0.001 0.131 0.234 0.400 0.023 0.001 0.001 0.001 0.209 17 K 0.002 0.001 0.001 0.170 0.207 0.367 0.031 0.001 0.001 0.002 0.219 18 K 0.005 0.001 0.001 0.064 0.093 0.226 0.048 0.001 0.001 0.004 0.558 19 G 0.013 0.001 0.001 0.051 0.138 0.196 0.092 0.001 0.001 0.006 0.502 20 P 0.006 0.001 0.001 0.007 0.017 0.022 0.023 0.001 0.001 0.002 0.922 21 T 0.013 0.001 0.001 0.011 0.035 0.045 0.172 0.001 0.001 0.006 0.716 22 D 0.145 0.002 0.001 0.010 0.022 0.024 0.121 0.001 0.001 0.018 0.657 23 S 0.191 0.007 0.001 0.011 0.020 0.029 0.163 0.001 0.001 0.021 0.556 24 L 0.164 0.004 0.009 0.043 0.089 0.087 0.182 0.001 0.001 0.025 0.398 25 G 0.062 0.002 0.007 0.079 0.098 0.141 0.176 0.001 0.001 0.012 0.421 26 I 0.009 0.001 0.006 0.145 0.340 0.340 0.037 0.001 0.001 0.002 0.120 27 S 0.001 0.001 0.001 0.191 0.253 0.424 0.037 0.001 0.001 0.001 0.095 28 I 0.001 0.001 0.001 0.231 0.260 0.400 0.017 0.001 0.001 0.001 0.090 29 A 0.002 0.002 0.001 0.243 0.190 0.430 0.034 0.001 0.001 0.002 0.098 30 G 0.005 0.002 0.001 0.148 0.104 0.212 0.084 0.001 0.001 0.004 0.441 31 G 0.045 0.002 0.001 0.123 0.089 0.111 0.125 0.002 0.001 0.018 0.483 32 V 0.034 0.002 0.008 0.053 0.056 0.084 0.101 0.001 0.001 0.009 0.653 33 G 0.009 0.001 0.001 0.039 0.062 0.097 0.111 0.001 0.001 0.004 0.674 34 S 0.058 0.003 0.002 0.034 0.082 0.121 0.137 0.001 0.001 0.006 0.556 35 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.966 36 L 0.052 0.003 0.001 0.021 0.035 0.061 0.341 0.001 0.001 0.018 0.468 37 G 0.294 0.005 0.001 0.015 0.009 0.018 0.169 0.001 0.001 0.024 0.463 38 D 0.190 0.014 0.007 0.034 0.021 0.027 0.089 0.002 0.001 0.012 0.605 39 V 0.086 0.005 0.009 0.086 0.075 0.088 0.143 0.001 0.001 0.010 0.498 40 P 0.009 0.001 0.003 0.028 0.015 0.032 0.029 0.001 0.001 0.001 0.882 41 I 0.010 0.001 0.001 0.204 0.215 0.334 0.046 0.001 0.001 0.002 0.185 42 F 0.010 0.003 0.001 0.208 0.206 0.349 0.051 0.001 0.001 0.002 0.171 43 I 0.005 0.005 0.001 0.313 0.219 0.319 0.022 0.001 0.001 0.001 0.116 44 A 0.004 0.004 0.001 0.303 0.182 0.396 0.031 0.001 0.001 0.001 0.077 45 M 0.018 0.008 0.001 0.197 0.136 0.230 0.070 0.002 0.001 0.005 0.332 46 M 0.040 0.014 0.008 0.218 0.111 0.157 0.077 0.003 0.001 0.007 0.366 47 H 0.020 0.008 0.005 0.091 0.082 0.150 0.138 0.002 0.001 0.005 0.500 48 P 0.002 0.001 0.002 0.011 0.005 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.947 49 T 0.029 0.004 0.001 0.027 0.022 0.068 0.105 0.001 0.001 0.005 0.738 50 G 0.234 0.009 0.001 0.007 0.006 0.011 0.049 0.001 0.001 0.006 0.677 51 V 0.048 0.021 0.001 0.004 0.006 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.887 52 A 0.063 0.064 0.002 0.019 0.035 0.082 0.178 0.001 0.001 0.006 0.550 53 A 0.078 0.244 0.001 0.040 0.073 0.145 0.126 0.003 0.001 0.007 0.282 54 Q 0.152 0.449 0.001 0.006 0.025 0.027 0.063 0.006 0.001 0.004 0.266 55 T 0.243 0.458 0.006 0.008 0.024 0.045 0.062 0.014 0.001 0.011 0.128 56 Q 0.323 0.167 0.022 0.017 0.037 0.033 0.100 0.049 0.001 0.024 0.228 57 K 0.200 0.073 0.263 0.020 0.032 0.027 0.127 0.011 0.001 0.011 0.235 58 L 0.038 0.040 0.056 0.104 0.104 0.139 0.093 0.007 0.001 0.006 0.413 59 R 0.032 0.015 0.007 0.126 0.177 0.199 0.126 0.003 0.001 0.004 0.311 60 V 0.009 0.005 0.002 0.020 0.033 0.039 0.040 0.001 0.001 0.002 0.849 61 G 0.022 0.012 0.001 0.124 0.091 0.265 0.133 0.002 0.001 0.013 0.336 62 D 0.158 0.009 0.006 0.086 0.100 0.127 0.141 0.002 0.001 0.050 0.319 63 R 0.054 0.011 0.006 0.276 0.173 0.175 0.105 0.001 0.001 0.012 0.187 64 I 0.018 0.006 0.006 0.222 0.227 0.330 0.049 0.001 0.001 0.004 0.137 65 V 0.002 0.003 0.001 0.391 0.272 0.300 0.012 0.001 0.001 0.001 0.018 66 T 0.001 0.007 0.001 0.234 0.200 0.320 0.027 0.001 0.001 0.001 0.209 67 I 0.005 0.004 0.001 0.219 0.279 0.444 0.015 0.001 0.001 0.001 0.031 68 C 0.004 0.004 0.001 0.056 0.082 0.236 0.128 0.001 0.001 0.003 0.484 69 G 0.026 0.001 0.002 0.060 0.061 0.100 0.109 0.003 0.001 0.023 0.614 70 T 0.135 0.003 0.086 0.070 0.050 0.074 0.192 0.001 0.001 0.039 0.351 71 S 0.011 0.003 0.002 0.065 0.070 0.052 0.185 0.001 0.001 0.003 0.608 72 T 0.015 0.004 0.002 0.057 0.055 0.087 0.066 0.001 0.001 0.004 0.709 73 E 0.026 0.022 0.001 0.078 0.070 0.159 0.251 0.001 0.001 0.007 0.385 74 G 0.122 0.016 0.001 0.016 0.009 0.019 0.213 0.004 0.001 0.020 0.580 75 M 0.469 0.057 0.043 0.062 0.016 0.031 0.094 0.002 0.001 0.020 0.205 76 T 0.030 0.031 0.005 0.030 0.022 0.022 0.311 0.002 0.001 0.003 0.545 77 H 0.010 0.014 0.003 0.014 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.917 78 T 0.008 0.044 0.001 0.006 0.003 0.006 0.150 0.001 0.001 0.003 0.780 79 Q 0.020 0.069 0.001 0.001 0.002 0.003 0.674 0.001 0.001 0.010 0.219 80 A 0.035 0.813 0.001 0.003 0.002 0.003 0.036 0.002 0.001 0.001 0.106 81 V 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 N 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 83 L 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 84 L 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 85 K 0.061 0.884 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.022 86 N 0.124 0.729 0.014 0.001 0.002 0.005 0.003 0.061 0.001 0.001 0.061 87 A 0.197 0.286 0.011 0.004 0.005 0.002 0.005 0.119 0.001 0.001 0.369 88 S 0.145 0.063 0.022 0.011 0.007 0.007 0.055 0.035 0.001 0.007 0.650 89 G 0.133 0.007 0.073 0.015 0.008 0.007 0.111 0.008 0.001 0.011 0.628 90 S 0.241 0.003 0.052 0.071 0.013 0.019 0.152 0.002 0.001 0.014 0.434 91 I 0.039 0.001 0.035 0.371 0.144 0.114 0.091 0.001 0.001 0.006 0.200 92 E 0.001 0.001 0.001 0.479 0.168 0.242 0.036 0.001 0.001 0.001 0.071 93 M 0.001 0.001 0.001 0.439 0.229 0.305 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.448 0.216 0.305 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 95 V 0.001 0.001 0.001 0.338 0.191 0.332 0.013 0.001 0.001 0.001 0.123 96 V 0.001 0.001 0.001 0.375 0.205 0.336 0.016 0.001 0.001 0.001 0.065 97 A 0.002 0.001 0.001 0.089 0.116 0.282 0.057 0.001 0.001 0.003 0.451 98 G 0.005 0.001 0.001 0.065 0.095 0.170 0.064 0.001 0.001 0.006 0.593 99 G 0.026 0.001 0.001 0.018 0.031 0.059 0.102 0.001 0.001 0.009 0.753 100 D 0.072 0.003 0.001 0.011 0.022 0.025 0.098 0.001 0.001 0.007 0.761 101 V 0.098 0.006 0.003 0.017 0.024 0.040 0.096 0.001 0.001 0.009 0.704 102 S 0.098 0.009 0.002 0.016 0.040 0.053 0.206 0.001 0.001 0.007 0.569 103 E 0.026 0.003 0.002 0.005 0.007 0.011 0.032 0.001 0.001 0.002 0.911 104 T 0.046 0.008 0.002 0.015 0.033 0.063 0.236 0.001 0.001 0.009 0.587 105 S 0.183 0.012 0.004 0.019 0.037 0.053 0.190 0.001 0.001 0.020 0.481 106 V 0.076 0.039 0.005 0.037 0.046 0.071 0.128 0.001 0.001 0.008 0.590