# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 2 E 0.033 0.018 0.034 0.123 0.016 0.089 0.687 3 N 0.058 0.016 0.083 0.119 0.165 0.189 0.371 4 L 0.096 0.017 0.104 0.069 0.133 0.108 0.472 5 Y 0.203 0.029 0.065 0.086 0.082 0.081 0.454 6 F 0.267 0.023 0.052 0.071 0.128 0.057 0.402 7 Q 0.166 0.019 0.062 0.035 0.102 0.059 0.556 8 S 0.192 0.022 0.051 0.017 0.133 0.094 0.491 9 M 0.154 0.006 0.037 0.006 0.265 0.219 0.313 10 G 0.253 0.011 0.010 0.001 0.175 0.155 0.396 11 L 0.384 0.005 0.001 0.001 0.025 0.003 0.581 12 R 0.860 0.002 0.001 0.001 0.036 0.002 0.099 13 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 14 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 15 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 M 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 17 K 0.854 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.121 18 K 0.568 0.024 0.001 0.001 0.095 0.011 0.301 19 G 0.097 0.009 0.001 0.001 0.178 0.029 0.685 20 P 0.022 0.006 0.014 0.001 0.195 0.650 0.113 21 T 0.013 0.008 0.030 0.001 0.251 0.593 0.103 22 D 0.033 0.011 0.064 0.001 0.329 0.245 0.317 23 S 0.138 0.029 0.043 0.002 0.224 0.147 0.417 24 L 0.562 0.028 0.025 0.001 0.119 0.055 0.210 25 G 0.831 0.011 0.007 0.001 0.030 0.021 0.098 26 I 0.926 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.058 27 S 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 28 I 0.960 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 29 A 0.864 0.009 0.002 0.003 0.025 0.016 0.082 30 G 0.509 0.011 0.005 0.003 0.119 0.077 0.276 31 G 0.143 0.017 0.011 0.001 0.276 0.115 0.438 32 V 0.108 0.034 0.019 0.002 0.316 0.248 0.272 33 G 0.085 0.036 0.024 0.002 0.327 0.196 0.329 34 S 0.042 0.026 0.050 0.004 0.213 0.088 0.577 35 P 0.038 0.026 0.101 0.009 0.187 0.322 0.317 36 L 0.034 0.019 0.124 0.007 0.156 0.516 0.144 37 G 0.047 0.012 0.061 0.004 0.293 0.352 0.231 38 D 0.079 0.011 0.029 0.003 0.313 0.151 0.414 39 V 0.258 0.016 0.008 0.002 0.265 0.028 0.424 40 P 0.734 0.013 0.003 0.001 0.027 0.006 0.216 41 I 0.957 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 42 F 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 43 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 44 A 0.949 0.001 0.001 0.002 0.018 0.002 0.028 45 M 0.914 0.002 0.001 0.003 0.018 0.004 0.058 46 M 0.740 0.038 0.001 0.003 0.044 0.003 0.171 47 H 0.213 0.006 0.001 0.001 0.066 0.004 0.709 48 P 0.013 0.002 0.020 0.029 0.086 0.804 0.046 49 T 0.005 0.002 0.015 0.036 0.173 0.723 0.046 50 G 0.011 0.014 0.017 0.139 0.390 0.086 0.342 51 V 0.010 0.012 0.019 0.786 0.026 0.099 0.047 52 A 0.032 0.010 0.060 0.695 0.035 0.123 0.046 53 A 0.060 0.015 0.104 0.601 0.027 0.076 0.117 54 Q 0.067 0.021 0.111 0.462 0.070 0.200 0.068 55 T 0.043 0.010 0.059 0.107 0.047 0.656 0.078 56 Q 0.057 0.002 0.023 0.022 0.251 0.369 0.276 57 K 0.247 0.031 0.013 0.010 0.138 0.045 0.515 58 L 0.175 0.241 0.001 0.002 0.046 0.002 0.532 59 R 0.042 0.003 0.001 0.001 0.018 0.002 0.934 60 V 0.004 0.001 0.019 0.014 0.107 0.841 0.013 61 G 0.018 0.001 0.014 0.003 0.038 0.903 0.024 62 D 0.153 0.004 0.006 0.001 0.065 0.008 0.763 63 R 0.904 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.084 64 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 65 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 66 T 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 67 I 0.911 0.009 0.001 0.001 0.005 0.006 0.067 68 C 0.667 0.007 0.004 0.005 0.040 0.169 0.108 69 G 0.212 0.004 0.006 0.001 0.232 0.416 0.129 70 T 0.381 0.042 0.013 0.003 0.212 0.076 0.274 71 S 0.384 0.073 0.015 0.004 0.093 0.082 0.349 72 T 0.142 0.024 0.104 0.009 0.147 0.200 0.374 73 E 0.057 0.009 0.106 0.014 0.130 0.545 0.139 74 G 0.026 0.007 0.054 0.015 0.243 0.487 0.167 75 M 0.045 0.019 0.004 0.014 0.199 0.015 0.704 76 T 0.047 0.057 0.002 0.030 0.040 0.007 0.816 77 H 0.001 0.001 0.006 0.964 0.004 0.010 0.014 78 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.002 79 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 80 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 84 L 0.002 0.002 0.007 0.964 0.002 0.022 0.002 85 K 0.002 0.001 0.025 0.852 0.004 0.113 0.004 86 N 0.002 0.001 0.045 0.506 0.012 0.424 0.011 87 A 0.015 0.006 0.034 0.038 0.403 0.298 0.206 88 S 0.008 0.001 0.016 0.001 0.288 0.490 0.194 89 G 0.069 0.001 0.005 0.001 0.595 0.116 0.214 90 S 0.751 0.007 0.001 0.001 0.033 0.004 0.204 91 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 92 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 93 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 94 Q 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 95 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 96 V 0.889 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.091 97 A 0.611 0.013 0.001 0.001 0.047 0.036 0.291 98 G 0.070 0.004 0.009 0.001 0.335 0.270 0.311 99 G 0.051 0.010 0.018 0.002 0.401 0.227 0.291 100 D 0.075 0.019 0.025 0.004 0.281 0.142 0.453 101 V 0.090 0.033 0.029 0.007 0.179 0.085 0.577 102 S 0.090 0.012 0.030 0.014 0.120 0.084 0.649 103 E 0.088 0.014 0.050 0.015 0.143 0.055 0.635 104 T 0.095 0.018 0.043 0.017 0.112 0.075 0.640 105 S 0.058 0.020 0.015 0.008 0.025 0.030 0.843 106 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989