# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2318 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.846 0.111 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 2 E 0.749 0.168 0.059 0.019 0.005 0.001 0.001 3 N 0.695 0.189 0.075 0.031 0.008 0.001 0.001 4 L 0.504 0.240 0.141 0.076 0.031 0.008 0.001 5 Y 0.481 0.236 0.146 0.083 0.038 0.014 0.002 6 F 0.514 0.209 0.138 0.088 0.039 0.011 0.001 7 Q 0.568 0.235 0.119 0.054 0.018 0.005 0.001 8 S 0.635 0.225 0.087 0.038 0.011 0.003 0.001 9 M 0.520 0.266 0.123 0.064 0.021 0.005 0.001 10 G 0.479 0.330 0.127 0.050 0.011 0.002 0.001 11 L 0.107 0.234 0.264 0.250 0.118 0.025 0.001 12 R 0.043 0.165 0.246 0.286 0.189 0.066 0.004 13 T 0.021 0.185 0.361 0.296 0.111 0.024 0.002 14 V 0.002 0.008 0.021 0.082 0.307 0.505 0.075 15 E 0.005 0.091 0.306 0.376 0.174 0.045 0.003 16 M 0.002 0.008 0.030 0.151 0.417 0.364 0.030 17 K 0.024 0.252 0.394 0.260 0.061 0.009 0.001 18 K 0.075 0.268 0.305 0.258 0.080 0.013 0.001 19 G 0.340 0.382 0.191 0.070 0.014 0.002 0.001 20 P 0.541 0.263 0.120 0.062 0.012 0.001 0.001 21 T 0.680 0.255 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 22 D 0.245 0.404 0.241 0.094 0.014 0.001 0.001 23 S 0.054 0.325 0.362 0.186 0.063 0.010 0.001 24 L 0.002 0.020 0.077 0.218 0.405 0.268 0.012 25 G 0.001 0.019 0.134 0.285 0.322 0.208 0.031 26 I 0.001 0.004 0.008 0.027 0.141 0.557 0.262 27 S 0.001 0.017 0.107 0.305 0.332 0.201 0.038 28 I 0.001 0.003 0.008 0.048 0.238 0.526 0.177 29 A 0.003 0.049 0.175 0.300 0.269 0.178 0.026 30 G 0.017 0.098 0.188 0.299 0.249 0.132 0.017 31 G 0.087 0.231 0.290 0.225 0.118 0.043 0.006 32 V 0.205 0.221 0.237 0.204 0.099 0.032 0.003 33 G 0.423 0.286 0.146 0.083 0.044 0.017 0.002 34 S 0.446 0.245 0.146 0.100 0.048 0.014 0.001 35 P 0.537 0.260 0.117 0.059 0.021 0.005 0.001 36 L 0.409 0.250 0.163 0.115 0.049 0.013 0.001 37 G 0.489 0.257 0.138 0.079 0.029 0.007 0.001 38 D 0.438 0.332 0.141 0.063 0.020 0.005 0.001 39 V 0.036 0.132 0.249 0.320 0.193 0.064 0.005 40 P 0.009 0.058 0.155 0.279 0.290 0.184 0.024 41 I 0.001 0.003 0.011 0.048 0.181 0.542 0.214 42 F 0.001 0.003 0.022 0.096 0.250 0.492 0.137 43 I 0.001 0.002 0.006 0.019 0.099 0.485 0.388 44 A 0.007 0.046 0.091 0.174 0.237 0.313 0.132 45 M 0.004 0.043 0.145 0.266 0.290 0.209 0.043 46 M 0.003 0.009 0.027 0.127 0.369 0.393 0.073 47 H 0.057 0.201 0.270 0.261 0.149 0.056 0.005 48 P 0.216 0.339 0.236 0.135 0.053 0.018 0.003 49 T 0.263 0.323 0.223 0.126 0.049 0.015 0.002 50 G 0.151 0.177 0.214 0.226 0.157 0.069 0.006 51 V 0.162 0.207 0.197 0.186 0.150 0.085 0.012 52 A 0.226 0.170 0.163 0.200 0.160 0.074 0.007 53 A 0.338 0.323 0.203 0.100 0.028 0.007 0.001 54 Q 0.306 0.299 0.200 0.131 0.051 0.013 0.001 55 T 0.247 0.236 0.202 0.175 0.100 0.037 0.004 56 Q 0.533 0.282 0.112 0.052 0.016 0.004 0.001 57 K 0.201 0.366 0.267 0.127 0.033 0.006 0.001 58 L 0.026 0.046 0.093 0.231 0.371 0.216 0.017 59 R 0.103 0.251 0.270 0.210 0.111 0.047 0.009 60 V 0.025 0.089 0.157 0.247 0.252 0.191 0.039 61 G 0.023 0.076 0.167 0.298 0.254 0.149 0.033 62 D 0.006 0.030 0.062 0.145 0.299 0.369 0.089 63 R 0.003 0.014 0.057 0.159 0.245 0.356 0.167 64 I 0.003 0.007 0.014 0.036 0.122 0.478 0.341 65 V 0.007 0.027 0.057 0.114 0.204 0.375 0.216 66 T 0.009 0.057 0.135 0.238 0.284 0.220 0.058 67 I 0.008 0.019 0.043 0.142 0.340 0.355 0.093 68 C 0.034 0.138 0.209 0.267 0.213 0.124 0.016 69 G 0.240 0.283 0.200 0.160 0.084 0.030 0.003 70 T 0.163 0.312 0.299 0.170 0.047 0.009 0.001 71 S 0.180 0.351 0.277 0.142 0.040 0.008 0.001 72 T 0.096 0.106 0.138 0.244 0.281 0.127 0.009 73 E 0.279 0.331 0.221 0.118 0.040 0.010 0.001 74 G 0.360 0.339 0.176 0.088 0.028 0.007 0.001 75 M 0.097 0.177 0.236 0.269 0.168 0.050 0.003 76 T 0.107 0.412 0.291 0.139 0.041 0.009 0.001 77 H 0.012 0.058 0.197 0.377 0.276 0.076 0.004 78 T 0.201 0.431 0.238 0.091 0.030 0.008 0.001 79 Q 0.025 0.228 0.403 0.265 0.069 0.009 0.001 80 A 0.001 0.003 0.010 0.081 0.407 0.471 0.028 81 V 0.005 0.074 0.277 0.411 0.199 0.034 0.001 82 N 0.114 0.577 0.243 0.055 0.009 0.002 0.001 83 L 0.003 0.033 0.205 0.454 0.258 0.047 0.001 84 L 0.003 0.008 0.030 0.170 0.468 0.309 0.012 85 K 0.084 0.489 0.314 0.098 0.013 0.001 0.001 86 N 0.419 0.445 0.106 0.026 0.003 0.001 0.001 87 A 0.063 0.225 0.335 0.291 0.077 0.008 0.001 88 S 0.632 0.294 0.061 0.012 0.001 0.001 0.001 89 G 0.205 0.444 0.241 0.094 0.015 0.001 0.001 90 S 0.055 0.447 0.379 0.104 0.014 0.001 0.001 91 I 0.001 0.024 0.103 0.292 0.443 0.135 0.001 92 E 0.001 0.063 0.384 0.420 0.121 0.011 0.001 93 M 0.001 0.006 0.015 0.067 0.322 0.555 0.034 94 Q 0.001 0.045 0.303 0.479 0.153 0.019 0.001 95 V 0.001 0.008 0.026 0.158 0.487 0.312 0.008 96 V 0.007 0.122 0.367 0.359 0.123 0.022 0.001 97 A 0.075 0.264 0.316 0.261 0.075 0.010 0.001 98 G 0.273 0.390 0.245 0.079 0.013 0.001 0.001 99 G 0.565 0.256 0.125 0.046 0.007 0.001 0.001 100 D 0.763 0.187 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 101 V 0.588 0.224 0.116 0.057 0.014 0.002 0.001 102 S 0.698 0.197 0.071 0.025 0.006 0.001 0.001 103 E 0.776 0.151 0.047 0.020 0.006 0.001 0.001 104 T 0.728 0.174 0.065 0.026 0.006 0.001 0.001 105 S 0.683 0.200 0.077 0.032 0.008 0.001 0.001 106 V 0.711 0.178 0.070 0.030 0.009 0.002 0.001