# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.003 0.003 0.047 0.043 0.056 0.003 0.031 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.019 0.081 0.046 0.248 0.365 0.001 2 E 0.001 0.001 0.023 0.020 0.060 0.006 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.423 0.064 0.074 0.221 0.001 3 N 0.002 0.002 0.024 0.023 0.069 0.015 0.281 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.097 0.098 0.123 0.192 0.001 4 L 0.002 0.003 0.084 0.034 0.059 0.004 0.053 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.019 0.202 0.107 0.137 0.237 0.001 5 Y 0.004 0.007 0.052 0.051 0.174 0.013 0.089 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.024 0.112 0.070 0.141 0.199 0.001 6 F 0.007 0.007 0.071 0.068 0.147 0.005 0.067 0.021 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.031 0.025 0.139 0.070 0.207 0.120 0.002 7 Q 0.006 0.006 0.082 0.080 0.091 0.011 0.076 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 0.016 0.208 0.055 0.088 0.188 0.001 8 S 0.004 0.005 0.044 0.072 0.120 0.004 0.109 0.007 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.026 0.154 0.045 0.162 0.208 0.001 9 M 0.004 0.007 0.029 0.035 0.202 0.003 0.238 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.050 0.099 0.070 0.068 0.166 0.001 10 G 0.016 0.032 0.292 0.222 0.056 0.002 0.077 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.040 0.010 0.029 0.073 0.045 0.083 0.005 11 L 0.023 0.049 0.011 0.015 0.749 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.005 0.078 0.004 0.006 0.021 0.015 0.004 12 R 0.094 0.145 0.334 0.228 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.028 0.003 0.114 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 13 T 0.123 0.187 0.005 0.018 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.016 0.025 0.005 0.005 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 14 V 0.227 0.309 0.094 0.065 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.105 0.015 0.107 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 15 E 0.241 0.402 0.013 0.048 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.019 0.042 0.007 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 16 M 0.374 0.299 0.072 0.057 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.037 0.004 0.037 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 17 K 0.272 0.251 0.059 0.094 0.181 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.033 0.007 0.033 0.009 0.005 0.002 0.006 0.006 0.015 18 K 0.207 0.155 0.089 0.133 0.262 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.020 0.005 0.045 0.010 0.008 0.007 0.011 0.023 0.005 19 G 0.043 0.049 0.137 0.209 0.134 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.009 0.005 0.038 0.015 0.015 0.020 0.109 0.193 0.005 20 P 0.014 0.009 0.044 0.037 0.380 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.303 0.027 0.039 0.093 0.001 21 T 0.008 0.011 0.092 0.086 0.089 0.011 0.218 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.052 0.011 0.123 0.052 0.075 0.150 0.001 22 D 0.006 0.009 0.051 0.065 0.089 0.008 0.116 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.029 0.021 0.220 0.061 0.086 0.222 0.001 23 S 0.011 0.027 0.043 0.062 0.153 0.007 0.168 0.005 0.002 0.004 0.004 0.004 0.008 0.005 0.031 0.041 0.121 0.101 0.074 0.126 0.004 24 L 0.043 0.079 0.087 0.067 0.215 0.002 0.069 0.004 0.001 0.001 0.018 0.011 0.021 0.013 0.064 0.061 0.047 0.029 0.049 0.110 0.010 25 G 0.098 0.154 0.108 0.091 0.135 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.026 0.020 0.067 0.035 0.089 0.025 0.015 0.024 0.026 0.018 0.047 26 I 0.159 0.167 0.036 0.027 0.158 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.044 0.087 0.057 0.041 0.065 0.003 0.004 0.018 0.006 0.064 27 S 0.186 0.146 0.112 0.073 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.130 0.093 0.089 0.010 0.002 0.002 0.008 0.004 0.035 28 I 0.129 0.141 0.020 0.057 0.153 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.041 0.097 0.154 0.043 0.077 0.006 0.004 0.007 0.005 0.026 29 A 0.103 0.111 0.079 0.108 0.052 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.086 0.159 0.152 0.022 0.010 0.005 0.013 0.012 0.013 30 G 0.047 0.070 0.046 0.107 0.234 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 0.030 0.070 0.071 0.102 0.035 0.034 0.027 0.062 0.005 31 G 0.025 0.024 0.126 0.079 0.157 0.005 0.038 0.003 0.002 0.001 0.008 0.008 0.011 0.020 0.120 0.044 0.044 0.053 0.058 0.172 0.004 32 V 0.012 0.008 0.096 0.048 0.179 0.005 0.025 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 0.052 0.036 0.204 0.038 0.093 0.183 0.002 33 G 0.007 0.007 0.051 0.047 0.194 0.006 0.109 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.051 0.026 0.103 0.092 0.089 0.201 0.001 34 S 0.003 0.003 0.075 0.056 0.051 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.055 0.038 0.282 0.375 0.001 35 P 0.002 0.003 0.021 0.032 0.127 0.005 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.384 0.062 0.105 0.198 0.001 36 L 0.002 0.003 0.024 0.030 0.038 0.020 0.277 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.021 0.290 0.038 0.073 0.141 0.001 37 G 0.003 0.005 0.029 0.031 0.079 0.007 0.338 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.020 0.119 0.103 0.090 0.146 0.001 38 D 0.008 0.013 0.089 0.047 0.128 0.002 0.061 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.023 0.048 0.068 0.133 0.115 0.243 0.003 39 V 0.018 0.032 0.129 0.074 0.139 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.012 0.005 0.101 0.045 0.088 0.036 0.061 0.210 0.013 40 P 0.049 0.117 0.043 0.031 0.330 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.024 0.015 0.042 0.030 0.080 0.092 0.014 0.023 0.029 0.024 0.026 41 I 0.205 0.188 0.101 0.076 0.028 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.037 0.035 0.134 0.091 0.048 0.016 0.003 0.002 0.008 0.003 0.020 42 F 0.226 0.121 0.037 0.025 0.063 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.054 0.059 0.112 0.185 0.027 0.028 0.002 0.001 0.006 0.001 0.048 43 I 0.156 0.153 0.023 0.042 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.063 0.141 0.280 0.076 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 44 A 0.141 0.181 0.030 0.062 0.048 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.028 0.033 0.102 0.249 0.064 0.018 0.004 0.002 0.002 0.005 0.019 45 M 0.113 0.143 0.082 0.119 0.105 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.025 0.032 0.045 0.101 0.093 0.039 0.015 0.015 0.015 0.024 0.019 46 M 0.064 0.091 0.034 0.051 0.270 0.001 0.028 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.029 0.033 0.097 0.108 0.049 0.040 0.031 0.048 0.004 47 H 0.016 0.010 0.112 0.109 0.028 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.005 0.005 0.004 0.012 0.149 0.019 0.026 0.017 0.139 0.329 0.002 48 P 0.001 0.001 0.005 0.005 0.086 0.003 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.650 0.027 0.044 0.110 0.001 49 T 0.001 0.002 0.011 0.010 0.012 0.018 0.534 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.011 0.122 0.090 0.026 0.088 0.001 50 G 0.002 0.003 0.038 0.018 0.047 0.004 0.046 0.060 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.105 0.105 0.166 0.361 0.001 51 V 0.003 0.006 0.035 0.015 0.116 0.003 0.030 0.113 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.019 0.432 0.091 0.050 0.061 0.001 52 A 0.009 0.013 0.048 0.031 0.047 0.018 0.205 0.389 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.021 0.008 0.125 0.024 0.026 0.019 0.001 53 A 0.012 0.014 0.036 0.035 0.059 0.019 0.175 0.394 0.010 0.003 0.001 0.002 0.005 0.006 0.027 0.009 0.114 0.023 0.029 0.024 0.001 54 Q 0.014 0.014 0.029 0.049 0.063 0.008 0.202 0.094 0.058 0.018 0.003 0.004 0.011 0.012 0.022 0.020 0.239 0.054 0.040 0.043 0.002 55 T 0.009 0.009 0.020 0.021 0.092 0.003 0.394 0.032 0.008 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.021 0.032 0.094 0.038 0.084 0.123 0.001 56 Q 0.011 0.012 0.104 0.045 0.100 0.016 0.176 0.034 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.025 0.016 0.094 0.222 0.047 0.080 0.003 57 K 0.022 0.021 0.074 0.051 0.242 0.008 0.050 0.019 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.009 0.035 0.068 0.107 0.079 0.131 0.056 0.006 58 L 0.014 0.024 0.107 0.112 0.137 0.003 0.021 0.009 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.007 0.153 0.018 0.044 0.023 0.131 0.171 0.003 59 R 0.007 0.008 0.069 0.081 0.133 0.002 0.008 0.006 0.003 0.003 0.005 0.004 0.003 0.003 0.029 0.034 0.037 0.040 0.139 0.381 0.004 60 V 0.003 0.002 0.026 0.015 0.108 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.033 0.036 0.582 0.023 0.026 0.113 0.001 61 G 0.005 0.014 0.036 0.034 0.060 0.009 0.610 0.020 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.039 0.015 0.035 0.045 0.022 0.039 0.002 62 D 0.078 0.091 0.139 0.075 0.246 0.003 0.048 0.035 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.006 0.018 0.049 0.027 0.039 0.071 0.036 0.006 63 R 0.163 0.128 0.221 0.116 0.108 0.002 0.006 0.045 0.001 0.001 0.006 0.010 0.048 0.014 0.045 0.011 0.028 0.011 0.019 0.010 0.009 64 I 0.222 0.248 0.023 0.050 0.278 0.001 0.010 0.028 0.001 0.001 0.008 0.022 0.028 0.017 0.011 0.018 0.009 0.004 0.007 0.003 0.013 65 V 0.254 0.240 0.101 0.115 0.030 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 0.009 0.014 0.073 0.052 0.044 0.003 0.006 0.002 0.003 0.002 0.009 66 T 0.205 0.316 0.030 0.088 0.103 0.003 0.009 0.037 0.003 0.001 0.021 0.022 0.047 0.052 0.016 0.008 0.008 0.003 0.005 0.003 0.022 67 I 0.241 0.174 0.093 0.072 0.068 0.002 0.012 0.015 0.033 0.011 0.016 0.026 0.051 0.033 0.070 0.011 0.029 0.005 0.009 0.008 0.021 68 C 0.087 0.073 0.037 0.067 0.284 0.002 0.075 0.009 0.004 0.001 0.006 0.007 0.016 0.012 0.072 0.030 0.075 0.006 0.023 0.105 0.007 69 G 0.027 0.030 0.060 0.033 0.255 0.004 0.116 0.008 0.002 0.001 0.007 0.005 0.010 0.009 0.035 0.027 0.031 0.259 0.027 0.040 0.014 70 T 0.024 0.030 0.228 0.086 0.072 0.004 0.013 0.008 0.002 0.001 0.009 0.008 0.020 0.022 0.096 0.074 0.053 0.030 0.077 0.133 0.012 71 S 0.015 0.019 0.043 0.036 0.462 0.002 0.014 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.018 0.066 0.051 0.066 0.025 0.082 0.068 0.004 72 T 0.008 0.007 0.104 0.081 0.053 0.002 0.028 0.006 0.006 0.005 0.008 0.007 0.006 0.015 0.214 0.050 0.103 0.045 0.119 0.132 0.003 73 E 0.003 0.002 0.017 0.023 0.067 0.014 0.086 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.046 0.039 0.424 0.020 0.050 0.183 0.001 74 G 0.001 0.001 0.004 0.006 0.030 0.009 0.477 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.049 0.059 0.246 0.034 0.034 0.001 75 M 0.003 0.002 0.071 0.051 0.009 0.001 0.025 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.041 0.015 0.084 0.056 0.175 0.443 0.001 76 T 0.001 0.001 0.005 0.007 0.080 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.024 0.019 0.218 0.586 0.001 77 H 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.875 0.017 0.011 0.009 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.122 0.660 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.003 0.002 0.003 0.001 86 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.352 0.081 0.256 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.030 0.008 0.005 0.001 87 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.405 0.006 0.032 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.190 0.050 0.143 0.120 0.001 88 S 0.001 0.001 0.007 0.003 0.014 0.001 0.216 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.080 0.404 0.122 0.128 0.001 89 G 0.001 0.003 0.047 0.018 0.049 0.002 0.093 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.100 0.055 0.274 0.091 0.242 0.002 90 S 0.012 0.053 0.128 0.073 0.245 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.015 0.010 0.114 0.080 0.035 0.042 0.055 0.087 0.015 91 I 0.053 0.180 0.059 0.039 0.211 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.061 0.026 0.057 0.048 0.125 0.067 0.003 0.003 0.011 0.008 0.044 92 E 0.137 0.238 0.054 0.049 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.044 0.130 0.055 0.101 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 93 M 0.214 0.197 0.010 0.007 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.062 0.124 0.042 0.023 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 94 Q 0.281 0.252 0.061 0.042 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.037 0.123 0.028 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 95 V 0.243 0.391 0.006 0.024 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.076 0.019 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 96 V 0.248 0.298 0.084 0.148 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.064 0.018 0.056 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 97 A 0.092 0.076 0.036 0.059 0.492 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.007 0.037 0.056 0.042 0.006 0.015 0.054 0.003 98 G 0.021 0.020 0.073 0.059 0.162 0.002 0.125 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.166 0.025 0.072 0.051 0.054 0.149 0.002 99 G 0.004 0.004 0.096 0.043 0.046 0.003 0.064 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.056 0.019 0.117 0.113 0.095 0.327 0.001 100 D 0.003 0.003 0.046 0.034 0.093 0.008 0.048 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.023 0.075 0.069 0.226 0.344 0.001 101 V 0.003 0.004 0.055 0.039 0.089 0.006 0.053 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 0.020 0.272 0.096 0.130 0.188 0.001 102 S 0.003 0.004 0.052 0.062 0.079 0.011 0.103 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.016 0.093 0.052 0.139 0.328 0.001 103 E 0.002 0.003 0.031 0.044 0.097 0.003 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.028 0.127 0.082 0.227 0.266 0.001 104 T 0.003 0.004 0.051 0.057 0.075 0.006 0.061 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.025 0.121 0.075 0.129 0.328 0.001 105 S 0.004 0.006 0.053 0.053 0.105 0.005 0.058 0.023 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 0.028 0.098 0.057 0.190 0.281 0.001 106 V 0.006 0.008 0.062 0.062 0.130 0.006 0.050 0.036 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.050 0.036 0.147 0.074 0.140 0.179 0.002