# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.001 0.015 0.794 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.002 0.125 0.025 0.005 0.011 2 E 0.001 0.026 0.434 0.003 0.083 0.052 0.001 0.001 0.002 0.148 0.234 0.005 0.010 3 N 0.002 0.023 0.382 0.004 0.130 0.055 0.001 0.001 0.003 0.162 0.213 0.009 0.018 4 L 0.003 0.020 0.382 0.005 0.169 0.070 0.001 0.001 0.004 0.168 0.132 0.019 0.026 5 Y 0.007 0.038 0.408 0.009 0.098 0.073 0.002 0.001 0.009 0.118 0.140 0.038 0.059 6 F 0.007 0.025 0.443 0.005 0.101 0.058 0.001 0.001 0.006 0.140 0.113 0.035 0.066 7 Q 0.009 0.029 0.353 0.014 0.103 0.066 0.001 0.001 0.005 0.156 0.147 0.051 0.065 8 S 0.004 0.014 0.364 0.011 0.101 0.045 0.001 0.001 0.003 0.136 0.220 0.031 0.071 9 M 0.004 0.008 0.180 0.048 0.068 0.018 0.001 0.001 0.002 0.175 0.450 0.014 0.031 10 G 0.008 0.013 0.299 0.017 0.031 0.006 0.002 0.001 0.008 0.248 0.219 0.110 0.038 11 L 0.031 0.006 0.341 0.013 0.005 0.001 0.008 0.001 0.021 0.064 0.014 0.025 0.472 12 R 0.103 0.003 0.141 0.048 0.001 0.001 0.035 0.003 0.066 0.043 0.002 0.511 0.044 13 T 0.272 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.101 0.012 0.054 0.003 0.001 0.056 0.476 14 V 0.570 0.001 0.015 0.026 0.001 0.001 0.151 0.011 0.017 0.001 0.001 0.148 0.060 15 E 0.597 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.146 0.009 0.026 0.001 0.001 0.094 0.110 16 M 0.418 0.001 0.053 0.010 0.001 0.001 0.108 0.006 0.039 0.003 0.002 0.126 0.232 17 K 0.306 0.003 0.190 0.021 0.001 0.001 0.056 0.002 0.050 0.033 0.009 0.127 0.201 18 K 0.091 0.039 0.190 0.012 0.002 0.001 0.016 0.001 0.040 0.135 0.015 0.190 0.268 19 G 0.002 0.013 0.569 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.216 0.026 0.071 0.078 20 P 0.001 0.005 0.141 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.567 0.007 0.026 21 T 0.002 0.007 0.109 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.623 0.021 0.015 22 D 0.005 0.015 0.202 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.488 0.199 0.023 0.027 23 S 0.025 0.014 0.406 0.016 0.043 0.001 0.003 0.001 0.002 0.118 0.182 0.035 0.156 24 L 0.255 0.011 0.169 0.039 0.014 0.001 0.013 0.001 0.002 0.088 0.052 0.142 0.216 25 G 0.648 0.003 0.025 0.007 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 0.010 0.004 0.168 0.114 26 I 0.719 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.003 0.002 0.001 0.080 0.152 27 S 0.708 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.041 0.006 0.008 0.001 0.001 0.178 0.041 28 I 0.574 0.002 0.024 0.002 0.001 0.001 0.048 0.004 0.011 0.002 0.003 0.054 0.275 29 A 0.420 0.005 0.058 0.066 0.004 0.001 0.039 0.002 0.009 0.021 0.031 0.211 0.135 30 G 0.092 0.005 0.110 0.046 0.007 0.001 0.008 0.001 0.012 0.215 0.135 0.239 0.129 31 G 0.029 0.015 0.231 0.014 0.009 0.001 0.005 0.001 0.021 0.269 0.118 0.078 0.208 32 V 0.031 0.092 0.197 0.008 0.012 0.002 0.008 0.003 0.014 0.173 0.131 0.206 0.125 33 G 0.015 0.113 0.319 0.013 0.011 0.003 0.005 0.002 0.008 0.203 0.136 0.030 0.142 34 S 0.001 0.018 0.583 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 0.003 0.223 0.111 0.023 0.015 35 P 0.001 0.017 0.154 0.002 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.151 0.591 0.003 0.022 36 L 0.002 0.012 0.127 0.002 0.088 0.007 0.001 0.001 0.001 0.193 0.549 0.012 0.006 37 G 0.004 0.018 0.266 0.004 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.361 0.243 0.019 0.026 38 D 0.008 0.026 0.497 0.012 0.020 0.002 0.002 0.001 0.002 0.259 0.106 0.013 0.053 39 V 0.012 0.025 0.436 0.017 0.014 0.002 0.002 0.001 0.004 0.301 0.040 0.105 0.041 40 P 0.020 0.008 0.384 0.274 0.017 0.002 0.006 0.001 0.012 0.109 0.028 0.018 0.121 41 I 0.263 0.010 0.106 0.028 0.010 0.001 0.099 0.054 0.064 0.028 0.005 0.186 0.144 42 F 0.505 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.153 0.062 0.037 0.001 0.001 0.149 0.069 43 I 0.375 0.006 0.053 0.005 0.003 0.003 0.113 0.037 0.059 0.001 0.001 0.050 0.294 44 A 0.058 0.001 0.053 0.701 0.003 0.002 0.028 0.010 0.038 0.008 0.008 0.054 0.035 45 M 0.096 0.003 0.171 0.032 0.009 0.002 0.030 0.007 0.096 0.112 0.053 0.258 0.132 46 M 0.047 0.030 0.174 0.004 0.005 0.003 0.022 0.004 0.064 0.055 0.006 0.028 0.556 47 H 0.005 0.032 0.348 0.021 0.008 0.012 0.005 0.001 0.077 0.121 0.016 0.333 0.021 48 P 0.001 0.013 0.324 0.004 0.016 0.024 0.002 0.003 0.034 0.170 0.305 0.005 0.098 49 T 0.001 0.010 0.341 0.009 0.011 0.031 0.001 0.001 0.007 0.316 0.255 0.007 0.010 50 G 0.001 0.029 0.290 0.001 0.052 0.224 0.001 0.001 0.005 0.304 0.071 0.013 0.008 51 V 0.001 0.010 0.093 0.001 0.097 0.615 0.001 0.001 0.002 0.039 0.126 0.001 0.013 52 A 0.005 0.011 0.093 0.005 0.166 0.502 0.001 0.001 0.001 0.064 0.140 0.006 0.007 53 A 0.012 0.020 0.101 0.005 0.140 0.456 0.003 0.002 0.004 0.052 0.172 0.009 0.025 54 Q 0.010 0.013 0.115 0.002 0.058 0.378 0.003 0.001 0.004 0.066 0.315 0.021 0.014 55 T 0.003 0.013 0.288 0.009 0.017 0.141 0.001 0.001 0.004 0.124 0.379 0.004 0.016 56 Q 0.002 0.013 0.327 0.008 0.013 0.031 0.001 0.001 0.007 0.316 0.238 0.036 0.008 57 K 0.002 0.040 0.604 0.006 0.003 0.009 0.002 0.001 0.034 0.140 0.036 0.008 0.114 58 L 0.002 0.114 0.536 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.058 0.092 0.005 0.151 0.029 59 R 0.001 0.026 0.821 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.034 0.007 0.014 0.062 60 V 0.001 0.008 0.049 0.010 0.057 0.011 0.001 0.001 0.001 0.043 0.808 0.005 0.007 61 G 0.001 0.001 0.032 0.044 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.851 0.003 0.003 62 D 0.018 0.003 0.568 0.015 0.034 0.002 0.004 0.001 0.010 0.098 0.034 0.048 0.165 63 R 0.242 0.017 0.165 0.014 0.006 0.002 0.032 0.002 0.017 0.048 0.014 0.175 0.267 64 I 0.289 0.017 0.032 0.023 0.003 0.003 0.077 0.033 0.073 0.009 0.002 0.179 0.263 65 V 0.519 0.002 0.010 0.081 0.001 0.002 0.077 0.044 0.020 0.006 0.004 0.137 0.098 66 T 0.758 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.066 0.015 0.015 0.002 0.003 0.030 0.092 67 I 0.542 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.007 0.003 0.003 0.294 0.084 68 C 0.027 0.002 0.064 0.066 0.003 0.002 0.006 0.002 0.016 0.046 0.633 0.077 0.057 69 G 0.010 0.001 0.045 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.140 0.670 0.013 0.028 70 T 0.033 0.045 0.329 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.017 0.049 0.004 0.364 0.143 71 S 0.040 0.140 0.179 0.009 0.002 0.001 0.030 0.010 0.075 0.017 0.012 0.048 0.437 72 T 0.034 0.040 0.425 0.054 0.029 0.012 0.034 0.021 0.028 0.037 0.137 0.098 0.051 73 E 0.005 0.006 0.031 0.009 0.023 0.008 0.005 0.005 0.009 0.131 0.738 0.012 0.020 74 G 0.002 0.004 0.162 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 0.006 0.270 0.501 0.013 0.016 75 M 0.001 0.054 0.751 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.114 0.004 0.033 0.033 76 T 0.001 0.082 0.769 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.063 0.005 0.004 0.066 77 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 86 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.574 0.001 0.001 0.001 0.006 0.402 0.001 0.001 87 A 0.001 0.004 0.613 0.001 0.014 0.115 0.001 0.001 0.001 0.132 0.120 0.001 0.001 88 S 0.001 0.003 0.134 0.003 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.158 0.649 0.001 0.001 89 G 0.001 0.001 0.146 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.539 0.003 0.001 90 S 0.009 0.009 0.586 0.010 0.007 0.001 0.006 0.002 0.049 0.106 0.047 0.019 0.148 91 I 0.123 0.016 0.111 0.006 0.001 0.001 0.104 0.013 0.182 0.016 0.002 0.203 0.224 92 E 0.329 0.002 0.037 0.036 0.001 0.001 0.163 0.038 0.096 0.007 0.001 0.182 0.109 93 M 0.532 0.001 0.012 0.020 0.001 0.001 0.174 0.044 0.053 0.003 0.001 0.074 0.086 94 Q 0.572 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.195 0.021 0.041 0.001 0.001 0.099 0.056 95 V 0.490 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.142 0.006 0.043 0.001 0.001 0.065 0.229 96 V 0.200 0.003 0.244 0.044 0.001 0.001 0.047 0.003 0.061 0.020 0.004 0.224 0.150 97 A 0.038 0.018 0.334 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.040 0.102 0.028 0.088 0.328 98 G 0.004 0.020 0.338 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.006 0.227 0.262 0.048 0.060 99 G 0.001 0.007 0.310 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.383 0.236 0.019 0.019 100 D 0.003 0.020 0.574 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.196 0.091 0.039 0.053 101 V 0.009 0.045 0.495 0.005 0.028 0.004 0.003 0.001 0.002 0.181 0.054 0.027 0.146 102 S 0.004 0.017 0.617 0.010 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.180 0.027 0.081 0.034 103 E 0.002 0.018 0.732 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.104 0.019 0.013 0.086 104 T 0.001 0.012 0.833 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.083 0.023 0.022 0.014 105 S 0.001 0.012 0.910 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.042 0.014 0.003 0.013 106 V 0.001 0.007 0.895 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.061 0.014 0.004 0.004