# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0366/T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.072 0.065 0.093 0.141 0.052 0.274 0.040 0.014 0.010 0.010 0.060 0.071 0.067 0.012 0.008 0.012 2 E 0.021 0.189 0.136 0.180 0.007 0.053 0.009 0.065 0.011 0.006 0.160 0.058 0.058 0.005 0.025 0.018 3 N 0.027 0.070 0.079 0.159 0.013 0.186 0.019 0.009 0.047 0.021 0.034 0.196 0.090 0.007 0.010 0.033 4 L 0.067 0.087 0.196 0.168 0.009 0.043 0.022 0.015 0.006 0.003 0.155 0.039 0.148 0.006 0.010 0.025 5 Y 0.024 0.103 0.188 0.261 0.008 0.080 0.015 0.013 0.016 0.005 0.020 0.142 0.083 0.006 0.012 0.024 6 F 0.034 0.046 0.186 0.259 0.035 0.101 0.040 0.010 0.008 0.006 0.055 0.021 0.144 0.009 0.009 0.037 7 Q 0.030 0.129 0.201 0.271 0.028 0.070 0.013 0.041 0.008 0.005 0.053 0.041 0.073 0.006 0.012 0.020 8 S 0.026 0.030 0.072 0.087 0.256 0.152 0.119 0.022 0.014 0.014 0.045 0.025 0.045 0.072 0.006 0.016 9 M 0.021 0.177 0.105 0.149 0.003 0.021 0.005 0.299 0.010 0.003 0.043 0.014 0.022 0.001 0.115 0.012 10 G 0.024 0.088 0.111 0.316 0.002 0.020 0.003 0.003 0.214 0.034 0.005 0.012 0.008 0.001 0.002 0.158 11 L 0.495 0.016 0.198 0.258 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 12 R 0.005 0.132 0.401 0.453 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 T 0.001 0.001 0.017 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.002 0.081 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.002 0.933 0.031 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.020 0.001 0.475 0.380 0.114 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.208 0.002 0.571 0.015 0.022 0.001 0.157 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 G 0.003 0.047 0.015 0.141 0.043 0.413 0.004 0.016 0.077 0.198 0.016 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 20 P 0.047 0.102 0.021 0.056 0.019 0.098 0.006 0.053 0.006 0.005 0.552 0.022 0.007 0.002 0.003 0.002 21 T 0.009 0.300 0.057 0.107 0.006 0.053 0.006 0.028 0.043 0.007 0.046 0.303 0.008 0.003 0.015 0.009 22 D 0.078 0.087 0.253 0.260 0.008 0.038 0.010 0.010 0.049 0.011 0.026 0.038 0.035 0.002 0.022 0.073 23 S 0.133 0.053 0.438 0.109 0.026 0.062 0.063 0.003 0.012 0.005 0.010 0.013 0.016 0.016 0.002 0.038 24 L 0.042 0.138 0.303 0.382 0.001 0.018 0.003 0.061 0.002 0.001 0.014 0.006 0.008 0.001 0.015 0.004 25 G 0.005 0.019 0.135 0.780 0.001 0.006 0.001 0.001 0.030 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 26 I 0.061 0.005 0.106 0.820 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.001 0.003 0.077 0.844 0.013 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.001 0.004 0.002 0.132 0.728 0.118 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.124 0.002 0.135 0.374 0.016 0.006 0.300 0.005 0.001 0.018 0.007 0.001 0.007 0.003 0.001 30 G 0.003 0.059 0.016 0.196 0.006 0.026 0.001 0.220 0.300 0.093 0.006 0.012 0.006 0.001 0.042 0.014 31 G 0.121 0.015 0.042 0.050 0.137 0.058 0.108 0.005 0.080 0.265 0.044 0.013 0.011 0.012 0.001 0.038 32 V 0.159 0.150 0.076 0.125 0.005 0.036 0.002 0.284 0.004 0.001 0.057 0.048 0.010 0.001 0.041 0.002 33 G 0.006 0.055 0.107 0.271 0.020 0.031 0.008 0.007 0.212 0.151 0.017 0.044 0.012 0.004 0.002 0.054 34 S 0.215 0.045 0.067 0.242 0.057 0.223 0.015 0.013 0.005 0.005 0.017 0.041 0.044 0.001 0.006 0.003 35 P 0.006 0.033 0.065 0.048 0.252 0.080 0.053 0.032 0.006 0.013 0.293 0.023 0.033 0.052 0.002 0.010 36 L 0.017 0.131 0.029 0.153 0.018 0.025 0.011 0.238 0.026 0.006 0.034 0.140 0.019 0.010 0.137 0.006 37 G 0.029 0.034 0.080 0.128 0.007 0.043 0.018 0.021 0.201 0.129 0.024 0.032 0.068 0.003 0.029 0.153 38 D 0.392 0.139 0.160 0.157 0.001 0.009 0.008 0.004 0.022 0.004 0.007 0.015 0.016 0.001 0.005 0.059 39 V 0.094 0.021 0.398 0.424 0.001 0.027 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.006 40 P 0.017 0.027 0.404 0.525 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 41 I 0.003 0.008 0.025 0.959 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.001 0.003 0.037 0.916 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 I 0.001 0.009 0.009 0.406 0.052 0.490 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.431 0.003 0.449 0.003 0.022 0.001 0.028 0.002 0.001 0.039 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 45 M 0.004 0.028 0.019 0.802 0.009 0.028 0.002 0.005 0.035 0.003 0.015 0.012 0.021 0.002 0.001 0.013 46 M 0.022 0.034 0.514 0.362 0.008 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.019 0.001 0.002 0.006 47 H 0.006 0.015 0.063 0.262 0.188 0.375 0.024 0.006 0.001 0.008 0.007 0.007 0.024 0.006 0.001 0.006 48 P 0.006 0.076 0.014 0.107 0.200 0.195 0.016 0.094 0.003 0.004 0.228 0.006 0.025 0.018 0.006 0.003 49 T 0.005 0.353 0.017 0.165 0.002 0.018 0.001 0.151 0.065 0.029 0.031 0.104 0.014 0.001 0.033 0.010 50 G 0.060 0.009 0.030 0.060 0.003 0.314 0.005 0.010 0.050 0.094 0.050 0.122 0.158 0.001 0.004 0.028 51 V 0.032 0.013 0.029 0.016 0.001 0.049 0.002 0.005 0.001 0.001 0.632 0.057 0.158 0.001 0.001 0.003 52 A 0.002 0.021 0.014 0.050 0.002 0.014 0.004 0.003 0.002 0.001 0.037 0.641 0.204 0.003 0.003 0.002 53 A 0.002 0.005 0.014 0.023 0.004 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.026 0.855 0.003 0.008 0.012 54 Q 0.001 0.002 0.012 0.003 0.015 0.002 0.079 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.051 0.797 0.003 0.017 55 T 0.002 0.006 0.017 0.004 0.001 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.002 0.899 0.002 56 Q 0.003 0.008 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 0.007 0.003 0.001 0.016 0.002 0.002 0.869 57 K 0.924 0.007 0.025 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.013 58 L 0.010 0.006 0.926 0.040 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 59 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.008 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 61 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.821 0.160 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 62 D 0.977 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 63 R 0.008 0.040 0.816 0.019 0.001 0.058 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.022 0.018 0.001 0.001 0.011 64 I 0.015 0.017 0.138 0.408 0.008 0.106 0.003 0.003 0.001 0.001 0.221 0.013 0.060 0.004 0.001 0.003 65 V 0.002 0.111 0.207 0.506 0.011 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.037 0.096 0.001 0.002 0.003 66 T 0.006 0.009 0.040 0.523 0.114 0.039 0.031 0.003 0.005 0.004 0.004 0.005 0.158 0.031 0.002 0.027 67 I 0.003 0.004 0.032 0.030 0.493 0.029 0.273 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.102 0.004 0.002 68 C 0.001 0.065 0.009 0.051 0.002 0.020 0.002 0.701 0.007 0.006 0.010 0.004 0.007 0.001 0.109 0.006 69 G 0.014 0.022 0.007 0.042 0.001 0.003 0.002 0.001 0.671 0.072 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.150 70 T 0.798 0.016 0.086 0.059 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.002 0.002 71 S 0.005 0.038 0.334 0.048 0.011 0.495 0.004 0.004 0.002 0.004 0.014 0.017 0.017 0.001 0.001 0.004 72 T 0.003 0.025 0.005 0.034 0.503 0.039 0.067 0.002 0.001 0.001 0.223 0.013 0.005 0.077 0.001 0.001 73 E 0.002 0.068 0.014 0.026 0.001 0.005 0.002 0.517 0.003 0.001 0.008 0.097 0.005 0.001 0.250 0.001 74 G 0.002 0.008 0.017 0.013 0.001 0.007 0.002 0.001 0.325 0.092 0.003 0.004 0.015 0.001 0.002 0.510 75 M 0.829 0.016 0.081 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.010 0.001 0.001 0.004 76 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 77 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 78 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.004 84 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.016 0.006 0.003 85 K 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.016 0.024 0.035 86 N 0.009 0.005 0.017 0.005 0.002 0.002 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.404 0.110 0.029 0.386 87 A 0.028 0.003 0.071 0.002 0.019 0.011 0.355 0.005 0.001 0.001 0.019 0.003 0.258 0.153 0.048 0.024 88 S 0.018 0.164 0.074 0.016 0.001 0.014 0.011 0.159 0.008 0.003 0.024 0.014 0.082 0.008 0.339 0.066 89 G 0.112 0.065 0.042 0.112 0.001 0.006 0.003 0.002 0.227 0.018 0.007 0.011 0.020 0.002 0.006 0.369 90 S 0.411 0.018 0.445 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 91 I 0.008 0.008 0.501 0.479 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.036 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 M 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.002 0.933 0.038 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.001 0.010 0.001 0.340 0.577 0.067 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.001 0.099 0.001 0.185 0.446 0.104 0.003 0.143 0.002 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.186 0.008 0.131 0.007 0.045 0.001 0.391 0.118 0.063 0.024 0.009 0.001 0.001 0.012 0.003 99 G 0.086 0.077 0.034 0.147 0.006 0.042 0.005 0.011 0.276 0.198 0.048 0.036 0.004 0.001 0.002 0.027 100 D 0.315 0.106 0.162 0.130 0.005 0.105 0.005 0.009 0.007 0.004 0.050 0.081 0.011 0.001 0.004 0.005 101 V 0.019 0.097 0.312 0.266 0.018 0.103 0.013 0.008 0.009 0.005 0.056 0.057 0.019 0.005 0.003 0.010 102 S 0.018 0.135 0.120 0.431 0.011 0.109 0.009 0.015 0.008 0.004 0.024 0.072 0.031 0.001 0.007 0.005 103 E 0.016 0.092 0.151 0.412 0.020 0.075 0.016 0.010 0.022 0.009 0.059 0.025 0.050 0.005 0.003 0.034 104 T 0.038 0.083 0.174 0.543 0.008 0.028 0.006 0.012 0.007 0.003 0.018 0.035 0.028 0.002 0.006 0.009 105 S 0.016 0.024 0.119 0.200 0.077 0.373 0.030 0.006 0.008 0.016 0.025 0.029 0.057 0.006 0.002 0.011 106 V 0.019 0.145 0.058 0.218 0.043 0.077 0.015 0.060 0.004 0.003 0.258 0.029 0.046 0.009 0.009 0.007