# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.133 0.018 0.001 0.007 0.007 0.010 0.110 0.006 0.001 0.041 0.667 2 E 0.039 0.013 0.001 0.008 0.014 0.028 0.131 0.009 0.001 0.030 0.727 3 N 0.073 0.032 0.001 0.017 0.026 0.055 0.117 0.004 0.001 0.047 0.629 4 L 0.036 0.023 0.002 0.017 0.058 0.089 0.099 0.002 0.001 0.042 0.632 5 Y 0.027 0.048 0.005 0.016 0.071 0.109 0.124 0.004 0.003 0.044 0.548 6 F 0.160 0.007 0.014 0.009 0.035 0.053 0.080 0.006 0.009 0.057 0.572 7 Q 0.261 0.006 0.001 0.005 0.022 0.029 0.079 0.013 0.001 0.072 0.513 8 S 0.043 0.001 0.001 0.006 0.009 0.028 0.100 0.001 0.001 0.036 0.776 9 M 0.003 0.001 0.001 0.025 0.034 0.113 0.105 0.001 0.001 0.043 0.675 10 G 0.001 0.001 0.001 0.017 0.240 0.302 0.078 0.001 0.001 0.054 0.307 11 L 0.001 0.001 0.001 0.037 0.185 0.190 0.063 0.001 0.001 0.034 0.490 12 R 0.001 0.001 0.001 0.072 0.325 0.515 0.011 0.001 0.001 0.035 0.041 13 T 0.001 0.001 0.001 0.080 0.217 0.467 0.016 0.001 0.001 0.077 0.143 14 V 0.001 0.001 0.001 0.218 0.385 0.310 0.006 0.001 0.001 0.032 0.048 15 E 0.001 0.001 0.001 0.166 0.288 0.433 0.012 0.001 0.001 0.043 0.056 16 M 0.002 0.001 0.001 0.134 0.356 0.247 0.026 0.001 0.001 0.031 0.204 17 K 0.003 0.001 0.001 0.156 0.242 0.291 0.058 0.001 0.001 0.029 0.222 18 K 0.002 0.001 0.001 0.054 0.057 0.163 0.113 0.001 0.001 0.020 0.589 19 G 0.243 0.002 0.003 0.046 0.042 0.043 0.097 0.006 0.005 0.065 0.447 20 P 0.089 0.003 0.004 0.018 0.005 0.008 0.098 0.003 0.002 0.124 0.647 21 T 0.022 0.001 0.002 0.010 0.007 0.018 0.125 0.001 0.001 0.063 0.752 22 D 0.014 0.001 0.001 0.022 0.084 0.153 0.105 0.003 0.001 0.107 0.510 23 S 0.010 0.001 0.001 0.016 0.045 0.073 0.112 0.001 0.001 0.062 0.679 24 L 0.001 0.001 0.001 0.037 0.220 0.381 0.061 0.001 0.001 0.066 0.232 25 G 0.001 0.001 0.001 0.058 0.181 0.361 0.053 0.001 0.001 0.105 0.239 26 I 0.001 0.001 0.001 0.166 0.314 0.295 0.030 0.001 0.001 0.060 0.132 27 S 0.004 0.001 0.001 0.293 0.203 0.291 0.033 0.001 0.001 0.071 0.105 28 I 0.012 0.001 0.001 0.160 0.236 0.295 0.033 0.001 0.001 0.102 0.160 29 A 0.027 0.001 0.001 0.233 0.084 0.178 0.100 0.001 0.001 0.078 0.295 30 G 0.019 0.001 0.001 0.098 0.047 0.180 0.146 0.006 0.001 0.052 0.450 31 G 0.174 0.005 0.001 0.045 0.038 0.056 0.112 0.001 0.001 0.053 0.514 32 V 0.005 0.001 0.001 0.017 0.056 0.094 0.149 0.002 0.001 0.026 0.650 33 G 0.012 0.008 0.003 0.009 0.013 0.021 0.123 0.001 0.002 0.018 0.789 34 S 0.276 0.005 0.006 0.003 0.039 0.026 0.078 0.041 0.004 0.110 0.411 35 P 0.246 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.058 0.004 0.001 0.055 0.628 36 L 0.101 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.070 0.001 0.001 0.035 0.771 37 G 0.014 0.001 0.001 0.009 0.006 0.010 0.103 0.001 0.001 0.016 0.839 38 D 0.003 0.001 0.001 0.006 0.035 0.029 0.165 0.003 0.001 0.017 0.740 39 V 0.005 0.004 0.001 0.119 0.137 0.073 0.121 0.002 0.001 0.046 0.492 40 P 0.002 0.004 0.001 0.352 0.110 0.171 0.054 0.001 0.001 0.046 0.259 41 I 0.001 0.002 0.001 0.448 0.143 0.183 0.028 0.001 0.001 0.040 0.152 42 F 0.004 0.002 0.001 0.684 0.100 0.095 0.016 0.001 0.001 0.029 0.069 43 I 0.023 0.003 0.001 0.473 0.115 0.147 0.032 0.003 0.001 0.054 0.150 44 A 0.020 0.001 0.001 0.390 0.054 0.109 0.067 0.001 0.001 0.033 0.325 45 M 0.003 0.001 0.001 0.177 0.052 0.117 0.128 0.001 0.001 0.022 0.499 46 M 0.007 0.001 0.001 0.099 0.068 0.072 0.140 0.002 0.001 0.024 0.584 47 H 0.408 0.012 0.002 0.038 0.035 0.021 0.088 0.009 0.002 0.070 0.317 48 P 0.068 0.016 0.001 0.012 0.005 0.006 0.107 0.003 0.001 0.036 0.745 49 T 0.010 0.033 0.001 0.006 0.006 0.012 0.104 0.005 0.001 0.010 0.813 50 G 0.109 0.362 0.002 0.011 0.011 0.021 0.087 0.033 0.001 0.036 0.327 51 V 0.140 0.288 0.004 0.014 0.016 0.021 0.051 0.008 0.001 0.198 0.258 52 A 0.054 0.271 0.045 0.014 0.022 0.035 0.082 0.005 0.019 0.190 0.264 53 A 0.343 0.133 0.016 0.007 0.016 0.025 0.079 0.017 0.007 0.063 0.293 54 Q 0.393 0.145 0.003 0.011 0.012 0.018 0.052 0.027 0.002 0.054 0.281 55 T 0.088 0.077 0.001 0.009 0.012 0.045 0.117 0.007 0.001 0.027 0.616 56 Q 0.031 0.044 0.003 0.044 0.029 0.122 0.086 0.003 0.001 0.038 0.598 57 K 0.017 0.023 0.006 0.019 0.121 0.134 0.149 0.002 0.002 0.051 0.476 58 L 0.015 0.003 0.005 0.039 0.043 0.058 0.082 0.002 0.003 0.024 0.726 59 R 0.547 0.027 0.002 0.020 0.026 0.040 0.060 0.013 0.002 0.078 0.185 60 V 0.140 0.005 0.005 0.024 0.008 0.023 0.112 0.003 0.002 0.058 0.619 61 G 0.009 0.008 0.001 0.049 0.025 0.127 0.124 0.003 0.001 0.038 0.615 62 D 0.005 0.003 0.001 0.048 0.139 0.279 0.095 0.001 0.001 0.115 0.313 63 R 0.001 0.002 0.001 0.091 0.256 0.442 0.030 0.001 0.001 0.077 0.101 64 I 0.001 0.001 0.001 0.079 0.279 0.437 0.018 0.001 0.001 0.057 0.128 65 V 0.001 0.001 0.001 0.123 0.385 0.339 0.019 0.001 0.001 0.041 0.091 66 T 0.013 0.001 0.001 0.142 0.196 0.370 0.026 0.001 0.001 0.137 0.112 67 I 0.205 0.001 0.001 0.068 0.095 0.110 0.072 0.005 0.001 0.133 0.310 68 C 0.026 0.001 0.001 0.049 0.024 0.046 0.124 0.002 0.001 0.037 0.692 69 G 0.007 0.001 0.001 0.046 0.022 0.051 0.155 0.002 0.001 0.037 0.678 70 T 0.020 0.001 0.001 0.087 0.078 0.067 0.192 0.003 0.001 0.056 0.494 71 S 0.062 0.004 0.002 0.121 0.054 0.065 0.139 0.007 0.001 0.119 0.427 72 T 0.180 0.014 0.001 0.059 0.014 0.024 0.140 0.003 0.001 0.093 0.471 73 E 0.023 0.009 0.001 0.029 0.011 0.036 0.198 0.005 0.001 0.051 0.636 74 G 0.068 0.051 0.001 0.022 0.005 0.011 0.148 0.001 0.001 0.100 0.592 75 M 0.006 0.049 0.001 0.021 0.022 0.032 0.177 0.007 0.001 0.220 0.465 76 T 0.027 0.823 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.001 0.057 0.068 77 H 0.014 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.029 0.027 78 T 0.012 0.622 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.306 0.044 79 Q 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.011 80 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 81 V 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.016 0.010 82 N 0.017 0.728 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.003 0.161 0.067 83 L 0.071 0.359 0.050 0.003 0.001 0.001 0.033 0.024 0.019 0.356 0.083 84 L 0.090 0.046 0.269 0.005 0.001 0.002 0.047 0.020 0.248 0.141 0.130 85 K 0.139 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.080 0.002 0.010 0.022 0.729 86 N 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.025 0.818 87 A 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.169 0.003 0.001 0.051 0.739 88 S 0.008 0.001 0.001 0.011 0.002 0.008 0.133 0.001 0.001 0.031 0.806 89 G 0.002 0.001 0.001 0.042 0.070 0.157 0.128 0.001 0.001 0.058 0.542 90 S 0.001 0.001 0.001 0.120 0.070 0.249 0.069 0.001 0.001 0.107 0.383 91 I 0.001 0.001 0.001 0.197 0.231 0.382 0.017 0.001 0.001 0.069 0.105 92 E 0.001 0.001 0.001 0.130 0.267 0.506 0.007 0.001 0.001 0.048 0.043 93 M 0.001 0.001 0.001 0.170 0.377 0.363 0.005 0.001 0.001 0.028 0.057 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.132 0.365 0.448 0.006 0.001 0.001 0.025 0.024 95 V 0.002 0.001 0.001 0.101 0.320 0.444 0.016 0.001 0.001 0.035 0.082 96 V 0.159 0.001 0.002 0.071 0.178 0.251 0.042 0.005 0.004 0.073 0.214 97 A 0.215 0.001 0.001 0.023 0.015 0.025 0.067 0.004 0.002 0.060 0.586 98 G 0.013 0.001 0.001 0.009 0.007 0.016 0.071 0.001 0.001 0.016 0.867 99 G 0.008 0.001 0.001 0.014 0.040 0.068 0.108 0.002 0.001 0.032 0.727 100 D 0.024 0.001 0.001 0.017 0.068 0.065 0.088 0.002 0.001 0.069 0.666 101 V 0.012 0.001 0.001 0.018 0.038 0.042 0.090 0.001 0.001 0.035 0.762 102 S 0.052 0.001 0.001 0.011 0.029 0.036 0.113 0.003 0.001 0.043 0.711 103 E 0.056 0.001 0.001 0.008 0.010 0.014 0.123 0.003 0.001 0.036 0.748 104 T 0.018 0.001 0.001 0.007 0.013 0.020 0.130 0.004 0.001 0.023 0.784 105 S 0.051 0.004 0.001 0.012 0.015 0.022 0.129 0.003 0.001 0.025 0.738 106 V 0.030 0.003 0.001 0.013 0.033 0.042 0.146 0.009 0.001 0.031 0.691