# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.263 0.046 0.011 0.016 0.020 0.075 0.058 0.511 2 E 0.050 0.029 0.010 0.014 0.026 0.114 0.026 0.731 3 N 0.069 0.038 0.013 0.018 0.041 0.099 0.052 0.669 4 L 0.041 0.016 0.019 0.073 0.058 0.106 0.088 0.598 5 Y 0.038 0.015 0.027 0.079 0.104 0.104 0.102 0.531 6 F 0.068 0.007 0.027 0.043 0.064 0.100 0.102 0.589 7 Q 0.233 0.004 0.017 0.033 0.035 0.072 0.036 0.570 8 S 0.187 0.003 0.008 0.011 0.031 0.054 0.033 0.674 9 M 0.012 0.001 0.017 0.014 0.045 0.119 0.018 0.774 10 G 0.014 0.001 0.052 0.098 0.341 0.096 0.036 0.361 11 L 0.004 0.001 0.037 0.113 0.157 0.055 0.030 0.604 12 R 0.001 0.001 0.171 0.277 0.386 0.027 0.012 0.126 13 T 0.001 0.001 0.119 0.207 0.436 0.015 0.025 0.196 14 V 0.002 0.001 0.140 0.452 0.266 0.012 0.015 0.113 15 E 0.003 0.001 0.185 0.325 0.380 0.012 0.014 0.081 16 M 0.016 0.001 0.055 0.298 0.249 0.044 0.025 0.312 17 K 0.010 0.001 0.065 0.198 0.206 0.066 0.030 0.424 18 K 0.021 0.001 0.011 0.031 0.051 0.090 0.019 0.775 19 G 0.281 0.006 0.013 0.054 0.033 0.079 0.062 0.473 20 P 0.137 0.007 0.007 0.017 0.025 0.103 0.038 0.665 21 T 0.063 0.005 0.014 0.009 0.022 0.112 0.043 0.731 22 D 0.159 0.005 0.020 0.028 0.058 0.152 0.030 0.549 23 S 0.029 0.004 0.014 0.024 0.046 0.105 0.059 0.719 24 L 0.004 0.003 0.118 0.070 0.232 0.162 0.029 0.383 25 G 0.003 0.001 0.205 0.120 0.395 0.046 0.059 0.170 26 I 0.003 0.001 0.233 0.328 0.204 0.032 0.045 0.154 27 S 0.004 0.001 0.593 0.118 0.164 0.021 0.038 0.061 28 I 0.036 0.003 0.203 0.193 0.210 0.063 0.081 0.210 29 A 0.038 0.002 0.237 0.082 0.117 0.078 0.063 0.383 30 G 0.050 0.003 0.074 0.048 0.127 0.111 0.046 0.541 31 G 0.042 0.002 0.038 0.055 0.084 0.129 0.059 0.591 32 V 0.014 0.001 0.027 0.081 0.092 0.141 0.028 0.616 33 G 0.018 0.001 0.016 0.028 0.051 0.123 0.038 0.724 34 S 0.198 0.002 0.016 0.046 0.036 0.108 0.062 0.533 35 P 0.399 0.002 0.006 0.010 0.014 0.064 0.031 0.473 36 L 0.057 0.002 0.008 0.008 0.019 0.099 0.023 0.784 37 G 0.016 0.001 0.020 0.014 0.060 0.140 0.018 0.731 38 D 0.021 0.003 0.023 0.041 0.081 0.119 0.044 0.668 39 V 0.012 0.006 0.068 0.169 0.186 0.115 0.041 0.403 40 P 0.003 0.003 0.181 0.126 0.349 0.043 0.048 0.247 41 I 0.001 0.002 0.231 0.259 0.383 0.014 0.039 0.071 42 F 0.004 0.002 0.296 0.272 0.328 0.011 0.029 0.059 43 I 0.007 0.003 0.203 0.335 0.312 0.019 0.029 0.093 44 A 0.015 0.004 0.162 0.230 0.307 0.045 0.040 0.197 45 M 0.006 0.002 0.159 0.148 0.323 0.065 0.058 0.238 46 M 0.016 0.003 0.066 0.098 0.151 0.085 0.027 0.553 47 H 0.504 0.012 0.045 0.086 0.064 0.063 0.051 0.174 48 P 0.028 0.020 0.008 0.017 0.030 0.097 0.011 0.788 49 T 0.011 0.027 0.011 0.005 0.016 0.066 0.006 0.858 50 G 0.194 0.223 0.022 0.051 0.034 0.086 0.096 0.293 51 V 0.185 0.111 0.041 0.046 0.030 0.078 0.258 0.251 52 A 0.150 0.089 0.037 0.035 0.051 0.068 0.187 0.384 53 A 0.213 0.042 0.020 0.021 0.040 0.082 0.067 0.515 54 Q 0.080 0.034 0.008 0.020 0.038 0.076 0.037 0.707 55 T 0.023 0.027 0.015 0.023 0.066 0.101 0.028 0.718 56 Q 0.037 0.029 0.045 0.100 0.176 0.114 0.064 0.435 57 K 0.014 0.014 0.061 0.146 0.166 0.108 0.092 0.398 58 L 0.043 0.016 0.089 0.078 0.082 0.102 0.060 0.531 59 R 0.325 0.035 0.058 0.056 0.052 0.079 0.082 0.314 60 V 0.079 0.040 0.025 0.014 0.025 0.077 0.029 0.710 61 G 0.030 0.032 0.030 0.025 0.110 0.127 0.072 0.573 62 D 0.007 0.015 0.035 0.101 0.216 0.100 0.230 0.295 63 R 0.003 0.014 0.108 0.322 0.370 0.029 0.061 0.093 64 I 0.006 0.009 0.074 0.241 0.441 0.025 0.052 0.153 65 V 0.003 0.002 0.139 0.396 0.348 0.017 0.040 0.056 66 T 0.029 0.002 0.098 0.196 0.419 0.038 0.052 0.167 67 I 0.136 0.003 0.037 0.203 0.172 0.081 0.096 0.272 68 C 0.014 0.003 0.018 0.031 0.076 0.139 0.014 0.706 69 G 0.023 0.003 0.013 0.016 0.057 0.111 0.018 0.759 70 T 0.023 0.007 0.039 0.106 0.078 0.150 0.061 0.536 71 S 0.152 0.020 0.023 0.030 0.040 0.097 0.034 0.604 72 T 0.405 0.018 0.017 0.030 0.025 0.058 0.104 0.343 73 E 0.036 0.027 0.021 0.016 0.032 0.118 0.039 0.710 74 G 0.017 0.031 0.012 0.008 0.029 0.078 0.060 0.764 75 M 0.016 0.125 0.024 0.086 0.043 0.129 0.076 0.502 76 T 0.021 0.855 0.005 0.006 0.008 0.014 0.024 0.067 77 H 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 78 T 0.007 0.825 0.007 0.005 0.005 0.007 0.116 0.028 79 Q 0.002 0.963 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 0.005 80 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 81 V 0.014 0.954 0.005 0.002 0.001 0.001 0.018 0.005 82 N 0.018 0.781 0.023 0.011 0.008 0.008 0.095 0.056 83 L 0.111 0.576 0.023 0.005 0.005 0.023 0.120 0.137 84 L 0.202 0.059 0.088 0.045 0.017 0.037 0.392 0.161 85 K 0.096 0.008 0.010 0.008 0.010 0.055 0.095 0.717 86 N 0.170 0.001 0.004 0.001 0.002 0.031 0.044 0.748 87 A 0.118 0.001 0.007 0.006 0.007 0.112 0.024 0.725 88 S 0.011 0.001 0.006 0.001 0.006 0.073 0.008 0.895 89 G 0.010 0.001 0.052 0.026 0.096 0.174 0.015 0.625 90 S 0.003 0.001 0.186 0.092 0.220 0.057 0.040 0.402 91 I 0.001 0.001 0.169 0.362 0.255 0.022 0.018 0.172 92 E 0.001 0.001 0.243 0.319 0.360 0.008 0.017 0.053 93 M 0.001 0.001 0.180 0.378 0.305 0.009 0.015 0.112 94 Q 0.001 0.001 0.239 0.407 0.323 0.004 0.008 0.018 95 V 0.004 0.001 0.133 0.291 0.364 0.021 0.022 0.165 96 V 0.037 0.002 0.143 0.344 0.263 0.030 0.044 0.137 97 A 0.105 0.004 0.031 0.093 0.116 0.071 0.028 0.551 98 G 0.058 0.004 0.013 0.022 0.041 0.087 0.034 0.740 99 G 0.030 0.004 0.015 0.033 0.055 0.112 0.028 0.723 100 D 0.065 0.006 0.014 0.045 0.057 0.111 0.057 0.646 101 V 0.030 0.004 0.015 0.049 0.050 0.098 0.044 0.710 102 S 0.054 0.006 0.017 0.036 0.059 0.105 0.046 0.677 103 E 0.085 0.007 0.014 0.032 0.046 0.106 0.044 0.666 104 T 0.043 0.006 0.014 0.022 0.033 0.100 0.032 0.750 105 S 0.072 0.016 0.018 0.029 0.056 0.116 0.054 0.639 106 V 0.044 0.015 0.019 0.033 0.059 0.116 0.046 0.668