# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.364 0.159 0.061 0.125 0.088 0.070 0.054 0.034 0.024 0.015 0.007 2 E 0.513 0.165 0.054 0.093 0.063 0.042 0.032 0.017 0.011 0.007 0.003 3 N 0.241 0.258 0.107 0.187 0.106 0.047 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001 4 L 0.091 0.073 0.026 0.079 0.112 0.122 0.153 0.128 0.100 0.076 0.041 5 Y 0.144 0.244 0.124 0.215 0.125 0.057 0.046 0.019 0.012 0.008 0.006 6 F 0.142 0.074 0.058 0.123 0.090 0.079 0.128 0.093 0.094 0.074 0.045 7 Q 0.270 0.147 0.100 0.180 0.109 0.077 0.060 0.025 0.017 0.010 0.006 8 S 0.289 0.250 0.110 0.155 0.070 0.044 0.039 0.018 0.014 0.008 0.005 9 M 0.237 0.096 0.058 0.112 0.091 0.102 0.118 0.068 0.059 0.039 0.019 10 G 0.467 0.226 0.067 0.131 0.055 0.026 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 11 L 0.040 0.044 0.052 0.139 0.123 0.111 0.132 0.118 0.110 0.080 0.051 12 R 0.022 0.040 0.025 0.126 0.156 0.187 0.220 0.114 0.065 0.033 0.014 13 T 0.016 0.079 0.085 0.356 0.248 0.133 0.054 0.019 0.008 0.003 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.064 0.146 0.278 0.295 0.196 15 E 0.012 0.079 0.076 0.413 0.282 0.090 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.047 0.104 0.235 0.316 0.281 17 K 0.025 0.090 0.054 0.373 0.264 0.115 0.056 0.014 0.006 0.002 0.001 18 K 0.019 0.033 0.010 0.058 0.077 0.110 0.225 0.171 0.156 0.096 0.044 19 G 0.104 0.157 0.057 0.210 0.139 0.108 0.096 0.053 0.037 0.025 0.015 20 P 0.353 0.228 0.063 0.141 0.085 0.053 0.041 0.016 0.010 0.006 0.004 21 T 0.540 0.192 0.047 0.099 0.052 0.028 0.020 0.010 0.006 0.004 0.002 22 D 0.226 0.200 0.059 0.220 0.139 0.075 0.045 0.019 0.010 0.005 0.003 23 S 0.053 0.117 0.059 0.241 0.196 0.146 0.100 0.043 0.025 0.013 0.007 24 L 0.001 0.004 0.003 0.022 0.050 0.083 0.192 0.227 0.208 0.141 0.068 25 G 0.007 0.021 0.018 0.107 0.145 0.176 0.203 0.132 0.088 0.058 0.047 26 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.052 0.130 0.261 0.299 0.237 27 S 0.006 0.017 0.013 0.094 0.127 0.122 0.192 0.161 0.113 0.077 0.082 28 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.031 0.075 0.172 0.322 0.387 29 A 0.005 0.017 0.020 0.114 0.132 0.153 0.215 0.131 0.103 0.062 0.048 30 G 0.022 0.033 0.019 0.072 0.077 0.096 0.176 0.153 0.143 0.127 0.082 31 G 0.062 0.062 0.040 0.123 0.113 0.108 0.142 0.102 0.087 0.090 0.074 32 V 0.111 0.142 0.062 0.153 0.131 0.092 0.127 0.063 0.051 0.038 0.028 33 G 0.269 0.137 0.033 0.097 0.087 0.087 0.088 0.059 0.058 0.047 0.039 34 S 0.117 0.130 0.039 0.134 0.105 0.088 0.101 0.073 0.077 0.067 0.069 35 P 0.342 0.161 0.053 0.123 0.080 0.067 0.065 0.030 0.029 0.025 0.026 36 L 0.204 0.122 0.052 0.132 0.111 0.107 0.109 0.064 0.050 0.031 0.017 37 G 0.348 0.143 0.057 0.130 0.087 0.068 0.061 0.034 0.028 0.021 0.020 38 D 0.242 0.209 0.118 0.197 0.104 0.057 0.038 0.016 0.010 0.006 0.004 39 V 0.021 0.047 0.025 0.120 0.153 0.161 0.197 0.119 0.083 0.053 0.020 40 P 0.005 0.022 0.017 0.117 0.186 0.207 0.205 0.109 0.065 0.041 0.026 41 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.035 0.127 0.203 0.244 0.225 0.141 42 F 0.001 0.004 0.006 0.054 0.110 0.147 0.257 0.184 0.123 0.071 0.043 43 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.041 0.112 0.209 0.290 0.332 44 A 0.005 0.010 0.008 0.091 0.163 0.165 0.239 0.153 0.098 0.044 0.023 45 M 0.076 0.197 0.050 0.243 0.164 0.096 0.096 0.040 0.023 0.011 0.004 46 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.050 0.101 0.196 0.287 0.335 47 H 0.041 0.142 0.051 0.222 0.227 0.141 0.104 0.038 0.019 0.008 0.005 48 P 0.346 0.205 0.058 0.149 0.090 0.057 0.051 0.023 0.013 0.007 0.003 49 T 0.375 0.127 0.047 0.141 0.103 0.077 0.065 0.029 0.019 0.012 0.006 50 G 0.129 0.157 0.037 0.109 0.091 0.093 0.099 0.077 0.086 0.068 0.054 51 V 0.079 0.126 0.047 0.132 0.121 0.115 0.124 0.089 0.079 0.054 0.035 52 A 0.101 0.035 0.025 0.055 0.059 0.081 0.155 0.129 0.150 0.116 0.094 53 A 0.156 0.104 0.111 0.204 0.148 0.100 0.082 0.042 0.028 0.016 0.010 54 Q 0.052 0.110 0.101 0.221 0.169 0.131 0.092 0.049 0.037 0.022 0.016 55 T 0.081 0.053 0.046 0.067 0.073 0.086 0.130 0.121 0.130 0.110 0.103 56 Q 0.604 0.136 0.069 0.088 0.045 0.027 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 57 K 0.106 0.160 0.085 0.214 0.160 0.111 0.100 0.032 0.019 0.008 0.004 58 L 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.034 0.067 0.150 0.222 0.501 59 R 0.095 0.180 0.154 0.225 0.148 0.104 0.063 0.016 0.009 0.004 0.003 60 V 0.107 0.156 0.138 0.209 0.123 0.102 0.093 0.037 0.021 0.011 0.004 61 G 0.470 0.144 0.060 0.132 0.079 0.048 0.031 0.014 0.010 0.006 0.005 62 D 0.001 0.011 0.013 0.077 0.133 0.165 0.255 0.152 0.109 0.055 0.026 63 R 0.006 0.046 0.045 0.182 0.226 0.211 0.178 0.057 0.027 0.013 0.009 64 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 0.058 0.116 0.201 0.284 0.314 65 V 0.001 0.002 0.005 0.021 0.042 0.071 0.201 0.218 0.212 0.149 0.078 66 T 0.004 0.032 0.043 0.167 0.141 0.119 0.144 0.114 0.108 0.073 0.054 67 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.015 0.029 0.099 0.155 0.256 0.256 0.176 68 C 0.005 0.018 0.024 0.110 0.142 0.130 0.224 0.168 0.109 0.049 0.023 69 G 0.183 0.162 0.074 0.195 0.134 0.091 0.086 0.035 0.021 0.011 0.007 70 T 0.081 0.136 0.090 0.244 0.179 0.116 0.079 0.038 0.020 0.010 0.004 71 S 0.246 0.258 0.062 0.166 0.110 0.061 0.048 0.022 0.015 0.008 0.004 72 T 0.041 0.024 0.010 0.028 0.042 0.057 0.123 0.125 0.204 0.166 0.180 73 E 0.151 0.220 0.077 0.207 0.136 0.083 0.075 0.029 0.014 0.006 0.003 74 G 0.563 0.149 0.046 0.103 0.057 0.039 0.027 0.008 0.005 0.002 0.002 75 M 0.023 0.022 0.011 0.046 0.067 0.089 0.161 0.180 0.161 0.142 0.098 76 T 0.067 0.641 0.057 0.104 0.048 0.031 0.022 0.011 0.008 0.007 0.005 77 H 0.011 0.019 0.015 0.071 0.158 0.231 0.236 0.120 0.082 0.037 0.020 78 T 0.752 0.124 0.028 0.040 0.024 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.003 0.026 0.052 0.375 0.282 0.149 0.082 0.022 0.007 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.074 0.197 0.342 0.358 81 V 0.001 0.001 0.010 0.042 0.118 0.300 0.311 0.120 0.058 0.027 0.014 82 N 0.002 0.018 0.564 0.261 0.094 0.037 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.098 0.354 0.225 0.133 0.097 0.057 84 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.076 0.211 0.339 0.344 85 K 0.001 0.006 0.099 0.178 0.299 0.210 0.141 0.041 0.014 0.006 0.003 86 N 0.013 0.071 0.580 0.170 0.087 0.052 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 87 A 0.002 0.003 0.003 0.008 0.017 0.047 0.201 0.189 0.200 0.184 0.147 88 S 0.520 0.305 0.041 0.078 0.029 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 89 G 0.411 0.151 0.061 0.148 0.090 0.065 0.044 0.016 0.008 0.004 0.002 90 S 0.082 0.186 0.122 0.353 0.157 0.070 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 91 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.095 0.178 0.290 0.246 0.171 92 E 0.006 0.060 0.070 0.493 0.262 0.088 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 93 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.089 0.250 0.327 0.301 94 Q 0.005 0.030 0.035 0.328 0.339 0.165 0.073 0.017 0.006 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.033 0.079 0.209 0.336 0.333 96 V 0.003 0.019 0.024 0.237 0.304 0.191 0.132 0.051 0.026 0.008 0.004 97 A 0.042 0.106 0.051 0.140 0.137 0.141 0.191 0.099 0.059 0.026 0.008 98 G 0.169 0.140 0.073 0.259 0.158 0.083 0.062 0.029 0.015 0.008 0.003 99 G 0.362 0.204 0.052 0.125 0.089 0.061 0.052 0.025 0.015 0.009 0.004 100 D 0.395 0.296 0.061 0.115 0.060 0.028 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 101 V 0.170 0.088 0.028 0.093 0.095 0.099 0.140 0.105 0.096 0.058 0.027 102 S 0.327 0.263 0.052 0.122 0.076 0.049 0.048 0.026 0.019 0.012 0.006 103 E 0.408 0.190 0.067 0.145 0.088 0.045 0.029 0.014 0.009 0.004 0.001 104 T 0.420 0.106 0.038 0.093 0.077 0.074 0.073 0.046 0.034 0.025 0.013 105 S 0.364 0.238 0.071 0.117 0.073 0.043 0.038 0.023 0.018 0.011 0.005 106 V 0.408 0.139 0.043 0.108 0.084 0.060 0.061 0.041 0.030 0.018 0.009