# TARGET T0366 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.030 0.007 0.024 0.020 0.036 0.078 0.004 0.801 2 E 0.009 0.005 0.011 0.009 0.015 0.043 0.002 0.907 3 N 0.032 0.008 0.011 0.012 0.021 0.116 0.008 0.792 4 L 0.182 0.019 0.035 0.021 0.031 0.093 0.011 0.607 5 Y 0.069 0.024 0.027 0.029 0.047 0.233 0.008 0.563 6 F 0.079 0.026 0.019 0.026 0.065 0.116 0.007 0.663 7 Q 0.100 0.085 0.026 0.061 0.104 0.138 0.010 0.476 8 S 0.065 0.037 0.012 0.029 0.049 0.126 0.019 0.661 9 M 0.188 0.050 0.026 0.074 0.080 0.063 0.035 0.485 10 G 0.244 0.015 0.022 0.074 0.083 0.135 0.054 0.373 11 L 0.074 0.003 0.043 0.072 0.090 0.089 0.014 0.614 12 R 0.036 0.002 0.087 0.389 0.375 0.049 0.004 0.058 13 T 0.005 0.001 0.046 0.111 0.194 0.026 0.001 0.618 14 V 0.001 0.001 0.149 0.433 0.405 0.003 0.001 0.008 15 E 0.002 0.001 0.129 0.307 0.374 0.010 0.001 0.177 16 M 0.001 0.001 0.211 0.339 0.398 0.006 0.001 0.044 17 K 0.002 0.001 0.158 0.264 0.441 0.034 0.001 0.100 18 K 0.003 0.001 0.089 0.144 0.421 0.037 0.002 0.304 19 G 0.007 0.001 0.034 0.053 0.164 0.134 0.002 0.606 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 21 T 0.017 0.001 0.006 0.019 0.037 0.366 0.007 0.546 22 D 0.348 0.003 0.011 0.015 0.014 0.091 0.031 0.487 23 S 0.104 0.008 0.048 0.025 0.030 0.186 0.010 0.590 24 L 0.095 0.012 0.108 0.104 0.127 0.190 0.010 0.353 25 G 0.109 0.006 0.157 0.145 0.266 0.120 0.008 0.190 26 I 0.032 0.004 0.173 0.233 0.343 0.047 0.003 0.167 27 S 0.006 0.003 0.216 0.293 0.360 0.022 0.002 0.097 28 I 0.006 0.003 0.124 0.196 0.372 0.031 0.002 0.266 29 A 0.005 0.005 0.155 0.232 0.386 0.056 0.003 0.157 30 G 0.027 0.005 0.090 0.126 0.218 0.095 0.015 0.425 31 G 0.077 0.004 0.074 0.046 0.074 0.164 0.016 0.546 32 V 0.051 0.004 0.081 0.070 0.097 0.165 0.007 0.525 33 G 0.010 0.003 0.012 0.026 0.049 0.078 0.005 0.816 34 S 0.085 0.006 0.032 0.080 0.146 0.138 0.008 0.505 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 36 L 0.023 0.003 0.011 0.047 0.092 0.321 0.008 0.495 37 G 0.281 0.005 0.017 0.035 0.039 0.103 0.036 0.483 38 D 0.192 0.005 0.025 0.029 0.045 0.223 0.019 0.463 39 V 0.062 0.002 0.083 0.115 0.087 0.134 0.007 0.509 40 P 0.002 0.001 0.012 0.018 0.026 0.017 0.001 0.925 41 I 0.005 0.001 0.198 0.275 0.390 0.025 0.001 0.106 42 F 0.007 0.001 0.229 0.270 0.355 0.024 0.001 0.114 43 I 0.002 0.001 0.199 0.235 0.483 0.015 0.001 0.066 44 A 0.001 0.001 0.230 0.329 0.388 0.014 0.001 0.036 45 M 0.006 0.002 0.170 0.218 0.380 0.028 0.004 0.192 46 M 0.019 0.002 0.285 0.104 0.258 0.031 0.007 0.295 47 H 0.013 0.004 0.120 0.166 0.244 0.099 0.004 0.351 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 T 0.012 0.005 0.019 0.025 0.062 0.158 0.010 0.708 50 G 0.594 0.002 0.006 0.005 0.004 0.039 0.021 0.329 51 V 0.065 0.011 0.057 0.019 0.026 0.078 0.003 0.740 52 A 0.052 0.040 0.023 0.061 0.197 0.138 0.003 0.486 53 A 0.126 0.110 0.030 0.065 0.213 0.122 0.008 0.325 54 Q 0.162 0.269 0.017 0.049 0.090 0.123 0.023 0.267 55 T 0.225 0.407 0.030 0.043 0.038 0.038 0.042 0.177 56 Q 0.495 0.096 0.019 0.063 0.025 0.010 0.155 0.137 57 K 0.481 0.015 0.078 0.035 0.059 0.087 0.032 0.212 58 L 0.038 0.020 0.108 0.131 0.194 0.055 0.011 0.443 59 R 0.038 0.018 0.049 0.137 0.269 0.246 0.007 0.236 60 V 0.002 0.002 0.012 0.018 0.016 0.017 0.001 0.932 61 G 0.008 0.021 0.108 0.171 0.202 0.103 0.012 0.375 62 D 0.418 0.004 0.033 0.049 0.071 0.167 0.026 0.231 63 R 0.062 0.009 0.260 0.244 0.184 0.107 0.006 0.127 64 I 0.016 0.005 0.055 0.281 0.566 0.039 0.002 0.035 65 V 0.007 0.005 0.205 0.342 0.406 0.009 0.002 0.024 66 T 0.004 0.006 0.142 0.359 0.415 0.014 0.002 0.058 67 I 0.004 0.006 0.144 0.300 0.419 0.019 0.003 0.105 68 C 0.003 0.005 0.085 0.149 0.295 0.054 0.005 0.404 69 G 0.019 0.006 0.080 0.106 0.203 0.082 0.019 0.485 70 T 0.182 0.003 0.078 0.061 0.096 0.152 0.012 0.417 71 S 0.013 0.003 0.038 0.039 0.051 0.084 0.004 0.768 72 T 0.044 0.014 0.078 0.088 0.167 0.080 0.006 0.523 73 E 0.053 0.010 0.079 0.055 0.083 0.398 0.012 0.311 74 G 0.213 0.011 0.021 0.031 0.049 0.146 0.019 0.509 75 M 0.216 0.020 0.087 0.036 0.059 0.216 0.006 0.359 76 T 0.010 0.019 0.014 0.023 0.032 0.372 0.003 0.526 77 H 0.027 0.027 0.013 0.008 0.060 0.055 0.004 0.806 78 T 0.012 0.037 0.003 0.003 0.011 0.253 0.002 0.680 79 Q 0.028 0.086 0.001 0.001 0.003 0.441 0.003 0.436 80 A 0.012 0.876 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.098 81 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 82 N 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 83 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 85 K 0.025 0.948 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.011 86 N 0.106 0.763 0.005 0.007 0.005 0.004 0.059 0.050 87 A 0.350 0.326 0.025 0.011 0.011 0.011 0.142 0.124 88 S 0.057 0.100 0.030 0.022 0.014 0.057 0.124 0.596 89 G 0.066 0.022 0.067 0.075 0.030 0.048 0.141 0.550 90 S 0.212 0.001 0.073 0.042 0.061 0.201 0.017 0.393 91 I 0.040 0.001 0.106 0.289 0.275 0.120 0.003 0.166 92 E 0.007 0.001 0.091 0.355 0.509 0.021 0.001 0.017 93 M 0.001 0.001 0.049 0.493 0.437 0.003 0.001 0.017 94 Q 0.001 0.001 0.106 0.439 0.447 0.001 0.001 0.006 95 V 0.001 0.001 0.107 0.344 0.508 0.004 0.001 0.038 96 V 0.001 0.001 0.208 0.262 0.503 0.005 0.001 0.021 97 A 0.001 0.001 0.068 0.145 0.414 0.044 0.001 0.329 98 G 0.005 0.001 0.049 0.035 0.175 0.071 0.003 0.660 99 G 0.042 0.001 0.016 0.012 0.019 0.122 0.007 0.781 100 D 0.059 0.001 0.011 0.015 0.014 0.124 0.009 0.767 101 V 0.032 0.002 0.014 0.013 0.022 0.055 0.003 0.859 102 S 0.038 0.008 0.029 0.036 0.076 0.275 0.006 0.532 103 E 0.060 0.009 0.019 0.018 0.035 0.115 0.006 0.738 104 T 0.051 0.017 0.020 0.016 0.029 0.161 0.005 0.701 105 S 0.052 0.016 0.014 0.018 0.029 0.163 0.008 0.700 106 V 0.046 0.021 0.017 0.019 0.037 0.090 0.005 0.765