# TARGET T0366 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 2 E 0.033 0.018 0.024 0.090 0.013 0.064 0.757 3 N 0.063 0.019 0.071 0.096 0.168 0.154 0.430 4 L 0.095 0.017 0.089 0.054 0.148 0.111 0.487 5 Y 0.175 0.027 0.064 0.057 0.089 0.086 0.502 6 F 0.209 0.021 0.059 0.052 0.136 0.054 0.469 7 Q 0.147 0.022 0.079 0.029 0.108 0.081 0.534 8 S 0.186 0.023 0.053 0.010 0.152 0.105 0.470 9 M 0.173 0.006 0.031 0.003 0.255 0.150 0.382 10 G 0.321 0.012 0.008 0.001 0.149 0.100 0.409 11 L 0.478 0.005 0.001 0.001 0.019 0.002 0.495 12 R 0.891 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.076 13 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 14 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 15 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 17 K 0.837 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.134 18 K 0.519 0.027 0.001 0.001 0.106 0.010 0.338 19 G 0.080 0.009 0.001 0.001 0.172 0.028 0.710 20 P 0.014 0.005 0.012 0.001 0.166 0.717 0.085 21 T 0.010 0.007 0.027 0.001 0.251 0.611 0.093 22 D 0.029 0.012 0.056 0.001 0.347 0.211 0.343 23 S 0.122 0.033 0.041 0.002 0.220 0.158 0.424 24 L 0.531 0.030 0.026 0.001 0.132 0.059 0.221 25 G 0.819 0.013 0.007 0.001 0.030 0.021 0.110 26 I 0.922 0.005 0.002 0.001 0.006 0.003 0.061 27 S 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 28 I 0.962 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.028 29 A 0.879 0.008 0.002 0.003 0.023 0.016 0.069 30 G 0.537 0.010 0.006 0.003 0.104 0.075 0.265 31 G 0.178 0.018 0.013 0.001 0.259 0.119 0.412 32 V 0.141 0.037 0.019 0.002 0.303 0.234 0.264 33 G 0.104 0.045 0.019 0.002 0.359 0.179 0.292 34 S 0.044 0.027 0.031 0.003 0.211 0.057 0.626 35 P 0.036 0.027 0.074 0.006 0.205 0.326 0.326 36 L 0.023 0.016 0.090 0.005 0.139 0.605 0.121 37 G 0.034 0.009 0.051 0.004 0.290 0.409 0.203 38 D 0.064 0.012 0.021 0.002 0.309 0.118 0.475 39 V 0.254 0.019 0.005 0.002 0.260 0.022 0.438 40 P 0.773 0.011 0.002 0.001 0.027 0.005 0.180 41 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 42 F 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 43 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 44 A 0.941 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.031 45 M 0.908 0.002 0.002 0.003 0.021 0.005 0.060 46 M 0.782 0.041 0.001 0.004 0.040 0.003 0.129 47 H 0.262 0.006 0.001 0.002 0.058 0.003 0.668 48 P 0.015 0.002 0.023 0.032 0.076 0.807 0.044 49 T 0.004 0.002 0.016 0.029 0.152 0.754 0.042 50 G 0.012 0.013 0.020 0.119 0.408 0.102 0.326 51 V 0.014 0.014 0.024 0.731 0.034 0.120 0.062 52 A 0.044 0.013 0.066 0.637 0.044 0.139 0.057 53 A 0.074 0.017 0.100 0.569 0.030 0.077 0.132 54 Q 0.080 0.024 0.106 0.429 0.075 0.216 0.070 55 T 0.044 0.009 0.048 0.089 0.050 0.685 0.074 56 Q 0.063 0.002 0.019 0.018 0.264 0.339 0.295 57 K 0.259 0.035 0.011 0.008 0.127 0.037 0.523 58 L 0.187 0.266 0.001 0.002 0.043 0.003 0.499 59 R 0.050 0.003 0.001 0.001 0.021 0.002 0.923 60 V 0.004 0.001 0.019 0.013 0.103 0.847 0.013 61 G 0.020 0.001 0.014 0.003 0.039 0.899 0.025 62 D 0.150 0.004 0.005 0.001 0.068 0.009 0.763 63 R 0.910 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.078 64 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 65 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 66 T 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 67 I 0.910 0.009 0.001 0.001 0.006 0.005 0.068 68 C 0.666 0.007 0.004 0.005 0.042 0.159 0.118 69 G 0.206 0.004 0.006 0.001 0.242 0.404 0.136 70 T 0.361 0.042 0.013 0.003 0.216 0.078 0.287 71 S 0.359 0.070 0.016 0.004 0.100 0.083 0.368 72 T 0.124 0.023 0.116 0.012 0.150 0.203 0.372 73 E 0.051 0.009 0.116 0.020 0.128 0.531 0.144 74 G 0.024 0.007 0.062 0.024 0.241 0.480 0.163 75 M 0.042 0.018 0.006 0.024 0.199 0.019 0.692 76 T 0.044 0.055 0.003 0.048 0.045 0.010 0.794 77 H 0.001 0.001 0.006 0.961 0.004 0.011 0.016 78 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 79 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.002 80 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 84 L 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.018 0.002 85 K 0.001 0.001 0.023 0.874 0.002 0.097 0.002 86 N 0.001 0.001 0.043 0.509 0.008 0.430 0.008 87 A 0.012 0.006 0.033 0.047 0.401 0.276 0.225 88 S 0.007 0.001 0.019 0.002 0.301 0.474 0.196 89 G 0.078 0.002 0.009 0.001 0.542 0.162 0.207 90 S 0.715 0.007 0.002 0.001 0.040 0.005 0.231 91 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 92 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 94 Q 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 95 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 96 V 0.857 0.004 0.001 0.001 0.017 0.003 0.119 97 A 0.524 0.014 0.002 0.001 0.076 0.053 0.331 98 G 0.067 0.005 0.008 0.001 0.358 0.231 0.331 99 G 0.053 0.011 0.017 0.002 0.402 0.148 0.368 100 D 0.098 0.024 0.024 0.003 0.205 0.115 0.532 101 V 0.112 0.042 0.040 0.008 0.131 0.067 0.599 102 S 0.122 0.018 0.041 0.016 0.140 0.092 0.572 103 E 0.112 0.018 0.045 0.015 0.168 0.068 0.575 104 T 0.079 0.017 0.029 0.015 0.127 0.062 0.669 105 S 0.043 0.015 0.012 0.006 0.033 0.040 0.851 106 V 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.981