# TARGET T0366 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0366.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1856 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.118 0.222 0.325 0.081 0.110 0.030 0.034 0.023 0.030 0.026 0.002 2 E 0.298 0.167 0.303 0.105 0.056 0.020 0.015 0.007 0.014 0.014 0.001 3 N 0.119 0.115 0.322 0.148 0.045 0.107 0.069 0.010 0.057 0.005 0.003 4 L 0.300 0.185 0.247 0.178 0.027 0.030 0.010 0.004 0.018 0.002 0.001 5 Y 0.220 0.214 0.275 0.125 0.061 0.037 0.021 0.010 0.026 0.009 0.001 6 F 0.184 0.234 0.306 0.118 0.036 0.056 0.014 0.004 0.042 0.002 0.002 7 Q 0.224 0.220 0.336 0.106 0.039 0.025 0.015 0.003 0.027 0.005 0.001 8 S 0.177 0.135 0.371 0.114 0.064 0.052 0.028 0.015 0.022 0.019 0.004 9 M 0.138 0.133 0.262 0.258 0.084 0.012 0.063 0.027 0.012 0.009 0.002 10 G 0.037 0.103 0.210 0.062 0.239 0.011 0.070 0.143 0.010 0.113 0.001 11 L 0.017 0.398 0.506 0.009 0.040 0.020 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 12 R 0.024 0.700 0.117 0.043 0.063 0.021 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 13 T 0.002 0.643 0.317 0.001 0.020 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 V 0.001 0.828 0.087 0.001 0.031 0.016 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 15 E 0.002 0.632 0.284 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 16 M 0.007 0.618 0.270 0.006 0.028 0.043 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 17 K 0.008 0.577 0.287 0.005 0.044 0.043 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 18 K 0.026 0.288 0.566 0.037 0.029 0.035 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 19 G 0.007 0.047 0.252 0.001 0.283 0.003 0.004 0.014 0.016 0.373 0.001 20 P 0.642 0.003 0.115 0.119 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.101 21 T 0.136 0.120 0.066 0.487 0.081 0.010 0.040 0.038 0.015 0.007 0.001 22 D 0.047 0.171 0.248 0.121 0.161 0.019 0.117 0.043 0.046 0.025 0.001 23 S 0.094 0.243 0.310 0.049 0.183 0.020 0.024 0.027 0.013 0.029 0.008 24 L 0.033 0.446 0.173 0.136 0.154 0.018 0.013 0.004 0.018 0.003 0.001 25 G 0.008 0.235 0.135 0.021 0.525 0.007 0.008 0.018 0.005 0.037 0.001 26 I 0.001 0.849 0.058 0.001 0.083 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 S 0.002 0.835 0.096 0.001 0.032 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 28 I 0.005 0.783 0.130 0.003 0.033 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 29 A 0.024 0.649 0.118 0.030 0.074 0.032 0.010 0.001 0.060 0.002 0.001 30 G 0.021 0.054 0.125 0.030 0.291 0.004 0.166 0.104 0.009 0.195 0.001 31 G 0.049 0.040 0.202 0.028 0.178 0.006 0.033 0.244 0.002 0.213 0.004 32 V 0.120 0.400 0.277 0.125 0.049 0.008 0.006 0.002 0.010 0.004 0.001 33 G 0.064 0.023 0.167 0.049 0.079 0.010 0.055 0.215 0.003 0.332 0.002 34 S 0.036 0.228 0.570 0.003 0.068 0.012 0.004 0.001 0.069 0.007 0.001 35 P 0.310 0.006 0.451 0.021 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.188 36 L 0.221 0.078 0.338 0.290 0.010 0.020 0.019 0.004 0.018 0.001 0.002 37 G 0.021 0.004 0.026 0.016 0.036 0.001 0.043 0.435 0.001 0.417 0.001 38 D 0.108 0.154 0.239 0.321 0.032 0.045 0.059 0.006 0.031 0.003 0.003 39 V 0.006 0.543 0.324 0.001 0.015 0.016 0.007 0.001 0.089 0.001 0.001 40 P 0.010 0.013 0.916 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 41 I 0.015 0.729 0.167 0.004 0.045 0.013 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 42 F 0.005 0.619 0.318 0.001 0.007 0.040 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 43 I 0.009 0.406 0.445 0.001 0.003 0.109 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 44 A 0.550 0.093 0.024 0.302 0.017 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 45 M 0.003 0.559 0.033 0.005 0.384 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 46 M 0.011 0.699 0.217 0.011 0.022 0.018 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 47 H 0.002 0.366 0.422 0.001 0.041 0.018 0.001 0.001 0.150 0.001 0.001 48 P 0.360 0.005 0.587 0.019 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 49 T 0.179 0.011 0.075 0.536 0.017 0.004 0.031 0.135 0.006 0.005 0.001 50 G 0.038 0.030 0.577 0.007 0.094 0.007 0.012 0.040 0.004 0.191 0.001 51 V 0.820 0.028 0.105 0.026 0.005 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 52 A 0.876 0.027 0.052 0.025 0.004 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 53 A 0.924 0.018 0.018 0.030 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.891 0.020 0.017 0.058 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 55 T 0.284 0.024 0.082 0.567 0.010 0.006 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 56 Q 0.048 0.012 0.029 0.044 0.029 0.004 0.456 0.346 0.006 0.027 0.001 57 K 0.172 0.275 0.298 0.128 0.025 0.059 0.027 0.001 0.013 0.001 0.001 58 L 0.030 0.294 0.588 0.013 0.013 0.044 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 59 R 0.022 0.401 0.465 0.005 0.026 0.032 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 60 V 0.137 0.034 0.798 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 61 G 0.045 0.002 0.017 0.011 0.015 0.001 0.023 0.638 0.001 0.248 0.001 62 D 0.116 0.083 0.496 0.143 0.023 0.063 0.051 0.004 0.015 0.001 0.002 63 R 0.036 0.645 0.254 0.014 0.025 0.014 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 64 I 0.020 0.580 0.351 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.376 0.454 0.071 0.053 0.011 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 66 T 0.019 0.733 0.083 0.002 0.146 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 67 I 0.167 0.642 0.060 0.029 0.009 0.034 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 68 C 0.049 0.164 0.102 0.339 0.068 0.032 0.131 0.004 0.105 0.005 0.001 69 G 0.011 0.006 0.024 0.016 0.051 0.003 0.176 0.642 0.001 0.070 0.001 70 T 0.067 0.522 0.281 0.056 0.044 0.013 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 71 S 0.078 0.095 0.671 0.013 0.042 0.065 0.008 0.003 0.008 0.016 0.002 72 T 0.431 0.127 0.083 0.288 0.023 0.025 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 73 E 0.164 0.099 0.530 0.152 0.018 0.009 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 74 G 0.010 0.001 0.005 0.053 0.007 0.001 0.106 0.782 0.001 0.033 0.001 75 M 0.002 0.191 0.742 0.003 0.013 0.029 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 76 T 0.001 0.037 0.927 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 H 0.990 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.910 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.943 0.002 0.032 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.193 0.002 0.009 0.775 0.001 0.003 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 87 A 0.061 0.067 0.680 0.038 0.007 0.075 0.012 0.002 0.055 0.002 0.001 88 S 0.095 0.048 0.123 0.443 0.027 0.013 0.202 0.022 0.014 0.011 0.001 89 G 0.013 0.019 0.116 0.023 0.180 0.001 0.041 0.389 0.001 0.217 0.001 90 S 0.015 0.531 0.332 0.023 0.075 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 I 0.001 0.812 0.121 0.001 0.036 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 92 E 0.002 0.707 0.240 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 93 M 0.001 0.841 0.115 0.001 0.028 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.888 0.078 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 95 V 0.001 0.579 0.377 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 V 0.006 0.774 0.107 0.003 0.024 0.029 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 97 A 0.021 0.182 0.714 0.015 0.009 0.037 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 98 G 0.028 0.063 0.199 0.033 0.183 0.008 0.095 0.217 0.009 0.163 0.002 99 G 0.093 0.050 0.150 0.021 0.165 0.003 0.015 0.097 0.003 0.399 0.001 100 D 0.114 0.119 0.464 0.118 0.050 0.065 0.024 0.004 0.028 0.005 0.009 101 V 0.254 0.224 0.291 0.149 0.028 0.031 0.005 0.002 0.013 0.001 0.002 102 S 0.200 0.203 0.307 0.130 0.074 0.038 0.010 0.004 0.025 0.008 0.001 103 E 0.180 0.218 0.323 0.108 0.071 0.036 0.013 0.006 0.038 0.005 0.003 104 T 0.203 0.259 0.317 0.129 0.038 0.024 0.005 0.003 0.020 0.002 0.001 105 S 0.109 0.217 0.371 0.094 0.085 0.042 0.022 0.017 0.026 0.015 0.001 106 V 0.192 0.264 0.267 0.092 0.079 0.028 0.022 0.013 0.024 0.018 0.001