# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.2502 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.033 0.045 0.071 0.055 0.164 0.117 0.474 2 P 0.116 0.229 0.035 0.028 0.043 0.087 0.115 0.347 3 V 0.132 0.242 0.026 0.018 0.034 0.087 0.066 0.395 4 N 0.072 0.165 0.067 0.047 0.069 0.089 0.095 0.396 5 S 0.218 0.167 0.039 0.030 0.047 0.086 0.058 0.354 6 I 0.120 0.083 0.068 0.046 0.065 0.120 0.064 0.435 7 L 0.049 0.031 0.049 0.034 0.075 0.105 0.039 0.616 8 G 0.081 0.023 0.050 0.065 0.109 0.092 0.086 0.494 9 V 0.066 0.009 0.027 0.036 0.055 0.110 0.041 0.654 10 F 0.131 0.009 0.029 0.062 0.070 0.113 0.073 0.514 11 A 0.019 0.004 0.008 0.017 0.036 0.088 0.019 0.808 12 K 0.042 0.006 0.012 0.015 0.035 0.078 0.020 0.793 13 S 0.085 0.034 0.016 0.065 0.046 0.141 0.063 0.551 14 P 0.018 0.127 0.009 0.010 0.017 0.093 0.014 0.712 15 I 0.044 0.364 0.011 0.007 0.009 0.056 0.028 0.480 16 K 0.061 0.790 0.008 0.007 0.003 0.015 0.062 0.055 17 P 0.044 0.842 0.005 0.001 0.001 0.007 0.071 0.028 18 L 0.037 0.896 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.012 19 Q 0.018 0.873 0.004 0.001 0.001 0.006 0.058 0.038 20 E 0.006 0.849 0.002 0.001 0.002 0.012 0.043 0.085 21 H 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.011 22 M 0.006 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.009 23 D 0.002 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.017 24 K 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 25 V 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 26 Y 0.014 0.624 0.015 0.001 0.001 0.005 0.323 0.017 27 D 0.007 0.746 0.007 0.001 0.001 0.011 0.172 0.055 28 C 0.028 0.673 0.013 0.001 0.001 0.009 0.245 0.031 29 A 0.056 0.820 0.004 0.001 0.001 0.010 0.071 0.037 30 S 0.030 0.260 0.012 0.002 0.003 0.032 0.352 0.308 31 L 0.004 0.714 0.008 0.002 0.001 0.032 0.091 0.149 32 L 0.010 0.950 0.003 0.001 0.001 0.007 0.013 0.017 33 V 0.016 0.959 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 34 P 0.022 0.926 0.005 0.001 0.001 0.006 0.014 0.026 35 F 0.031 0.253 0.062 0.001 0.002 0.014 0.609 0.027 36 F 0.034 0.667 0.027 0.003 0.002 0.016 0.202 0.049 37 E 0.066 0.181 0.064 0.004 0.007 0.041 0.248 0.390 38 A 0.022 0.087 0.087 0.013 0.015 0.133 0.203 0.440 39 T 0.184 0.046 0.095 0.018 0.022 0.104 0.114 0.418 40 I 0.202 0.014 0.011 0.007 0.008 0.101 0.037 0.619 41 T 0.031 0.015 0.007 0.003 0.006 0.119 0.016 0.805 42 G 0.011 0.014 0.005 0.003 0.004 0.122 0.014 0.828 43 N 0.096 0.445 0.006 0.004 0.003 0.067 0.041 0.338 44 W 0.130 0.717 0.003 0.002 0.001 0.020 0.025 0.103 45 D 0.022 0.758 0.007 0.003 0.003 0.022 0.039 0.145 46 D 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.020 47 A 0.009 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.010 48 V 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.011 49 Q 0.008 0.933 0.004 0.001 0.002 0.004 0.026 0.021 50 I 0.027 0.886 0.003 0.001 0.002 0.005 0.060 0.017 51 R 0.036 0.486 0.007 0.002 0.003 0.011 0.410 0.045 52 K 0.005 0.813 0.003 0.002 0.002 0.013 0.062 0.100 53 Q 0.010 0.904 0.003 0.001 0.002 0.010 0.015 0.055 54 I 0.020 0.882 0.006 0.003 0.002 0.012 0.032 0.042 55 S 0.019 0.854 0.005 0.001 0.002 0.011 0.053 0.054 56 L 0.024 0.885 0.004 0.001 0.001 0.007 0.044 0.035 57 A 0.019 0.881 0.005 0.001 0.001 0.008 0.052 0.032 58 E 0.060 0.683 0.015 0.002 0.003 0.021 0.107 0.109 59 K 0.053 0.485 0.012 0.004 0.003 0.044 0.203 0.196 60 Q 0.033 0.676 0.005 0.001 0.002 0.020 0.132 0.132 61 G 0.022 0.855 0.002 0.001 0.001 0.013 0.036 0.072 62 D 0.015 0.865 0.002 0.002 0.002 0.011 0.032 0.071 63 S 0.008 0.930 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 0.033 64 L 0.012 0.934 0.002 0.001 0.001 0.005 0.025 0.019 65 K 0.012 0.895 0.007 0.001 0.002 0.006 0.060 0.017 66 R 0.005 0.919 0.003 0.002 0.002 0.004 0.034 0.031 67 E 0.031 0.211 0.118 0.014 0.020 0.030 0.511 0.066 68 I 0.089 0.283 0.038 0.043 0.029 0.042 0.377 0.098 69 R 0.311 0.040 0.038 0.010 0.017 0.052 0.105 0.428 70 L 0.012 0.006 0.023 0.031 0.032 0.124 0.174 0.598 71 T 0.004 0.003 0.014 0.007 0.009 0.124 0.042 0.798 72 L 0.336 0.011 0.012 0.009 0.009 0.138 0.051 0.434 73 P 0.217 0.012 0.010 0.006 0.008 0.117 0.046 0.584 74 S 0.075 0.010 0.033 0.005 0.029 0.157 0.038 0.653 75 G 0.010 0.003 0.124 0.022 0.082 0.121 0.076 0.562 76 L 0.006 0.003 0.277 0.161 0.154 0.085 0.047 0.266 77 F 0.005 0.003 0.250 0.056 0.081 0.058 0.030 0.516 78 M 0.025 0.011 0.266 0.115 0.100 0.088 0.052 0.343 79 P 0.049 0.016 0.121 0.026 0.032 0.091 0.138 0.527 80 V 0.047 0.052 0.056 0.025 0.020 0.134 0.124 0.542 81 E 0.101 0.394 0.011 0.005 0.007 0.044 0.080 0.359 82 R 0.081 0.735 0.004 0.002 0.002 0.020 0.052 0.105 83 T 0.016 0.783 0.005 0.004 0.003 0.023 0.045 0.120 84 D 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 85 L 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.011 86 L 0.007 0.141 0.006 0.001 0.001 0.005 0.829 0.010 87 E 0.007 0.602 0.005 0.001 0.002 0.007 0.354 0.022 88 L 0.044 0.829 0.012 0.001 0.001 0.012 0.063 0.038 89 L 0.019 0.671 0.022 0.006 0.005 0.023 0.177 0.076 90 T 0.023 0.788 0.009 0.001 0.002 0.020 0.046 0.112 91 Q 0.022 0.882 0.003 0.001 0.001 0.011 0.027 0.053 92 Q 0.024 0.771 0.008 0.001 0.001 0.012 0.146 0.037 93 D 0.027 0.595 0.010 0.001 0.001 0.017 0.298 0.053 94 K 0.007 0.939 0.005 0.001 0.001 0.006 0.015 0.027 95 I 0.016 0.943 0.008 0.001 0.001 0.004 0.010 0.019 96 A 0.031 0.802 0.009 0.001 0.001 0.011 0.105 0.040 97 N 0.011 0.904 0.005 0.001 0.001 0.005 0.047 0.027 98 K 0.019 0.906 0.003 0.001 0.001 0.005 0.033 0.032 99 A 0.023 0.426 0.011 0.001 0.001 0.011 0.503 0.026 100 K 0.017 0.703 0.006 0.001 0.001 0.017 0.180 0.075 101 D 0.028 0.804 0.006 0.001 0.001 0.016 0.047 0.098 102 I 0.014 0.845 0.007 0.002 0.002 0.019 0.048 0.062 103 S 0.028 0.693 0.014 0.003 0.008 0.038 0.106 0.110 104 G 0.020 0.571 0.022 0.013 0.016 0.034 0.203 0.121 105 R 0.029 0.335 0.093 0.027 0.044 0.086 0.273 0.112 106 V 0.052 0.212 0.151 0.054 0.070 0.065 0.236 0.161 107 I 0.038 0.152 0.167 0.084 0.168 0.072 0.101 0.219 108 G 0.032 0.029 0.195 0.048 0.118 0.068 0.111 0.399 109 R 0.059 0.017 0.058 0.257 0.185 0.086 0.064 0.273 110 Q 0.046 0.006 0.046 0.053 0.090 0.088 0.038 0.632 111 L 0.011 0.008 0.035 0.053 0.092 0.144 0.025 0.632 112 L 0.011 0.013 0.044 0.053 0.072 0.109 0.021 0.677 113 I 0.083 0.056 0.025 0.039 0.026 0.101 0.048 0.621 114 P 0.309 0.174 0.023 0.019 0.013 0.047 0.122 0.292 115 Q 0.367 0.224 0.008 0.006 0.008 0.041 0.082 0.264 116 A 0.125 0.133 0.011 0.005 0.007 0.081 0.095 0.541 117 L 0.018 0.267 0.008 0.008 0.010 0.090 0.062 0.537 118 Q 0.020 0.705 0.002 0.002 0.003 0.028 0.032 0.209 119 V 0.016 0.918 0.001 0.002 0.001 0.007 0.027 0.027 120 P 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.013 121 F 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 122 I 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 123 A 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 124 Y 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 125 L 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 126 Q 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 127 R 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.008 128 C 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 129 I 0.007 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 130 D 0.002 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.015 131 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 132 V 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 133 G 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.016 134 L 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 135 A 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 136 Q 0.005 0.540 0.004 0.001 0.001 0.002 0.440 0.008 137 Q 0.004 0.924 0.003 0.001 0.001 0.003 0.051 0.016 138 V 0.046 0.874 0.011 0.001 0.001 0.004 0.050 0.014 139 I 0.088 0.524 0.025 0.001 0.001 0.015 0.287 0.059 140 N 0.026 0.600 0.009 0.001 0.001 0.025 0.050 0.289 141 E 0.008 0.882 0.003 0.001 0.001 0.009 0.006 0.091 142 L 0.019 0.917 0.010 0.001 0.001 0.008 0.021 0.024 143 D 0.050 0.867 0.012 0.001 0.001 0.009 0.020 0.041 144 D 0.112 0.682 0.049 0.001 0.001 0.015 0.046 0.094 145 L 0.170 0.239 0.210 0.004 0.004 0.048 0.166 0.159 146 L 0.295 0.104 0.047 0.004 0.004 0.067 0.103 0.376 147 E 0.068 0.033 0.011 0.002 0.002 0.045 0.025 0.813 148 A 0.014 0.029 0.042 0.005 0.010 0.109 0.032 0.759 149 G 0.073 0.038 0.028 0.012 0.019 0.174 0.042 0.614 150 F 0.154 0.038 0.030 0.016 0.011 0.095 0.044 0.611 151 R 0.062 0.148 0.014 0.008 0.013 0.069 0.052 0.634 152 G 0.061 0.242 0.016 0.006 0.012 0.071 0.060 0.531 153 R 0.016 0.416 0.021 0.040 0.023 0.072 0.062 0.351 154 E 0.008 0.908 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.061 155 V 0.007 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 156 D 0.002 0.967 0.002 0.002 0.001 0.002 0.019 0.007 157 F 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 158 V 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.003 159 A 0.006 0.561 0.003 0.001 0.001 0.003 0.409 0.016 160 K 0.004 0.842 0.002 0.001 0.001 0.007 0.100 0.043 161 M 0.018 0.883 0.004 0.001 0.001 0.007 0.059 0.027 162 I 0.067 0.734 0.009 0.004 0.003 0.019 0.093 0.071 163 N 0.029 0.663 0.008 0.003 0.003 0.031 0.037 0.226 164 E 0.015 0.810 0.005 0.001 0.001 0.018 0.021 0.128 165 L 0.039 0.823 0.014 0.003 0.002 0.018 0.037 0.064 166 D 0.040 0.720 0.017 0.006 0.005 0.025 0.076 0.112 167 I 0.078 0.565 0.028 0.004 0.005 0.033 0.093 0.195 168 I 0.089 0.254 0.036 0.011 0.011 0.046 0.376 0.178 169 E 0.056 0.176 0.016 0.007 0.010 0.069 0.273 0.393 170 E 0.035 0.356 0.010 0.005 0.007 0.068 0.051 0.468 171 D 0.035 0.512 0.005 0.004 0.005 0.059 0.019 0.360 172 T 0.041 0.787 0.003 0.002 0.002 0.020 0.040 0.105 173 D 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.017 174 D 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.014 175 L 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 176 Q 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 177 I 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 178 Q 0.002 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 179 L 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 180 R 0.025 0.881 0.009 0.002 0.002 0.004 0.064 0.014 181 R 0.055 0.803 0.008 0.004 0.002 0.010 0.035 0.082 182 Q 0.085 0.557 0.017 0.004 0.004 0.031 0.053 0.249 183 L 0.117 0.363 0.030 0.006 0.006 0.069 0.081 0.327 184 F 0.061 0.070 0.042 0.015 0.013 0.092 0.200 0.508 185 A 0.038 0.032 0.020 0.006 0.006 0.092 0.145 0.661 186 L 0.371 0.064 0.018 0.009 0.010 0.060 0.121 0.348 187 E 0.185 0.011 0.009 0.006 0.009 0.088 0.040 0.652 188 S 0.025 0.006 0.009 0.004 0.008 0.091 0.040 0.817 189 E 0.013 0.012 0.010 0.005 0.012 0.146 0.022 0.780 190 L 0.017 0.016 0.015 0.010 0.009 0.145 0.031 0.757 191 N 0.096 0.357 0.020 0.016 0.014 0.086 0.075 0.336 192 P 0.048 0.728 0.010 0.004 0.009 0.029 0.034 0.139 193 V 0.024 0.737 0.022 0.012 0.015 0.028 0.051 0.111 194 D 0.009 0.880 0.010 0.010 0.013 0.007 0.043 0.027 195 V 0.005 0.927 0.007 0.003 0.007 0.006 0.026 0.020 196 M 0.007 0.836 0.021 0.016 0.020 0.008 0.069 0.022 197 F 0.005 0.794 0.009 0.014 0.014 0.006 0.140 0.016 198 L 0.002 0.934 0.002 0.001 0.002 0.002 0.048 0.008 199 Y 0.002 0.941 0.002 0.004 0.003 0.002 0.040 0.006 200 K 0.002 0.960 0.002 0.004 0.003 0.002 0.019 0.008 201 T 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 202 I 0.021 0.767 0.009 0.004 0.002 0.004 0.182 0.012 203 E 0.010 0.809 0.012 0.004 0.003 0.009 0.096 0.057 204 W 0.048 0.835 0.008 0.001 0.001 0.012 0.028 0.066 205 V 0.092 0.614 0.019 0.003 0.002 0.020 0.182 0.068 206 G 0.029 0.624 0.016 0.003 0.003 0.023 0.087 0.215 207 G 0.027 0.809 0.003 0.001 0.001 0.016 0.013 0.130 208 L 0.021 0.894 0.008 0.001 0.001 0.009 0.033 0.034 209 A 0.023 0.881 0.004 0.001 0.001 0.009 0.039 0.044 210 D 0.012 0.914 0.004 0.001 0.001 0.004 0.039 0.026 211 L 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 212 A 0.044 0.674 0.003 0.001 0.001 0.003 0.261 0.014 213 E 0.002 0.159 0.001 0.001 0.001 0.003 0.818 0.017 214 R 0.003 0.743 0.002 0.001 0.001 0.005 0.217 0.029 215 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 216 G 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 217 S 0.005 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.014 218 R 0.006 0.884 0.005 0.001 0.001 0.007 0.089 0.008 219 L 0.013 0.797 0.023 0.003 0.003 0.011 0.125 0.025 220 E 0.017 0.531 0.062 0.009 0.016 0.051 0.216 0.098 221 L 0.016 0.280 0.217 0.018 0.033 0.060 0.225 0.150 222 M 0.028 0.124 0.351 0.103 0.142 0.050 0.106 0.097 223 L 0.027 0.025 0.165 0.124 0.224 0.071 0.112 0.252 224 A 0.016 0.011 0.119 0.176 0.215 0.089 0.080 0.295 225 R 0.036 0.009 0.061 0.149 0.231 0.104 0.068 0.341 226 V 0.045 0.007 0.023 0.045 0.070 0.126 0.048 0.636