# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.2502 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.008 0.060 0.027 0.030 0.080 0.011 0.707 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 3 V 0.017 0.004 0.095 0.045 0.117 0.079 0.003 0.640 4 N 0.041 0.012 0.076 0.046 0.058 0.089 0.006 0.673 5 S 0.097 0.018 0.104 0.052 0.110 0.118 0.010 0.492 6 I 0.130 0.038 0.123 0.057 0.088 0.155 0.007 0.402 7 L 0.130 0.056 0.171 0.104 0.163 0.193 0.017 0.165 8 G 0.148 0.058 0.072 0.090 0.103 0.094 0.024 0.411 9 V 0.054 0.038 0.100 0.046 0.090 0.061 0.009 0.601 10 F 0.040 0.048 0.045 0.063 0.116 0.154 0.011 0.522 11 A 0.138 0.050 0.044 0.031 0.073 0.141 0.029 0.494 12 K 0.212 0.081 0.050 0.026 0.047 0.098 0.045 0.440 13 S 0.191 0.031 0.027 0.023 0.021 0.088 0.011 0.607 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 I 0.048 0.011 0.022 0.017 0.061 0.442 0.008 0.391 16 K 0.120 0.021 0.015 0.006 0.007 0.105 0.004 0.722 17 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.985 18 L 0.034 0.313 0.014 0.008 0.025 0.170 0.003 0.433 19 Q 0.038 0.639 0.006 0.002 0.005 0.048 0.004 0.258 20 E 0.023 0.836 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.110 21 H 0.024 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.038 22 M 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 23 D 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 24 K 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 25 V 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 26 Y 0.001 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 27 D 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 28 C 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 30 S 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 31 L 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 32 L 0.060 0.879 0.005 0.001 0.001 0.002 0.024 0.028 33 V 0.023 0.873 0.010 0.002 0.003 0.004 0.006 0.077 34 P 0.001 0.221 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.767 35 F 0.012 0.797 0.003 0.002 0.004 0.015 0.005 0.163 36 F 0.013 0.928 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.048 37 E 0.009 0.943 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.034 38 A 0.019 0.943 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.023 39 T 0.056 0.884 0.006 0.004 0.004 0.002 0.015 0.029 40 I 0.072 0.783 0.040 0.010 0.008 0.009 0.025 0.052 41 T 0.077 0.620 0.075 0.013 0.014 0.029 0.037 0.135 42 G 0.315 0.216 0.043 0.011 0.008 0.035 0.077 0.296 43 N 0.256 0.094 0.047 0.005 0.004 0.166 0.036 0.392 44 W 0.042 0.038 0.048 0.004 0.009 0.063 0.008 0.787 45 D 0.013 0.024 0.010 0.003 0.007 0.351 0.003 0.588 46 D 0.030 0.028 0.002 0.001 0.003 0.507 0.003 0.425 47 A 0.064 0.554 0.004 0.002 0.007 0.070 0.002 0.298 48 V 0.005 0.793 0.003 0.002 0.004 0.036 0.001 0.156 49 Q 0.006 0.893 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.079 50 I 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 51 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 52 K 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 53 Q 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 54 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 S 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 56 L 0.012 0.940 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.033 57 A 0.020 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 58 E 0.021 0.938 0.006 0.002 0.002 0.007 0.006 0.019 59 K 0.010 0.954 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.021 60 Q 0.036 0.896 0.007 0.002 0.003 0.007 0.007 0.041 61 G 0.013 0.948 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.020 62 D 0.061 0.857 0.006 0.004 0.003 0.009 0.020 0.040 63 S 0.077 0.834 0.022 0.006 0.007 0.019 0.009 0.026 64 L 0.040 0.841 0.006 0.007 0.007 0.026 0.010 0.063 65 K 0.037 0.791 0.026 0.009 0.013 0.029 0.010 0.086 66 R 0.007 0.900 0.007 0.005 0.005 0.013 0.003 0.061 67 E 0.011 0.912 0.007 0.004 0.006 0.008 0.003 0.049 68 I 0.014 0.928 0.004 0.004 0.008 0.006 0.004 0.033 69 R 0.008 0.955 0.003 0.003 0.006 0.003 0.003 0.018 70 L 0.017 0.942 0.003 0.004 0.003 0.002 0.009 0.019 71 T 0.155 0.667 0.012 0.007 0.006 0.005 0.098 0.051 72 L 0.363 0.368 0.038 0.025 0.025 0.012 0.059 0.112 73 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 74 S 0.009 0.018 0.016 0.017 0.027 0.062 0.011 0.840 75 G 0.507 0.023 0.040 0.015 0.010 0.034 0.041 0.330 76 L 0.503 0.017 0.144 0.029 0.042 0.091 0.022 0.151 77 F 0.097 0.023 0.310 0.098 0.133 0.052 0.012 0.275 78 M 0.037 0.007 0.298 0.254 0.178 0.040 0.005 0.181 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 V 0.007 0.002 0.131 0.079 0.245 0.113 0.002 0.421 81 E 0.026 0.006 0.019 0.018 0.023 0.218 0.002 0.687 82 R 0.059 0.024 0.018 0.010 0.049 0.080 0.004 0.756 83 T 0.024 0.033 0.007 0.003 0.006 0.162 0.001 0.763 84 D 0.049 0.092 0.003 0.002 0.003 0.256 0.006 0.589 85 L 0.039 0.731 0.004 0.003 0.006 0.055 0.004 0.158 86 L 0.002 0.976 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.014 87 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 88 L 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 89 L 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 90 T 0.008 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 91 Q 0.029 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 92 Q 0.083 0.806 0.014 0.002 0.002 0.011 0.032 0.050 93 D 0.082 0.765 0.029 0.003 0.002 0.013 0.022 0.084 94 K 0.042 0.673 0.065 0.004 0.005 0.048 0.013 0.151 95 I 0.071 0.642 0.035 0.004 0.005 0.108 0.013 0.122 96 A 0.043 0.803 0.039 0.004 0.006 0.053 0.009 0.044 97 N 0.026 0.869 0.010 0.003 0.004 0.018 0.005 0.063 98 K 0.026 0.843 0.014 0.003 0.004 0.021 0.007 0.082 99 A 0.097 0.685 0.010 0.003 0.009 0.084 0.021 0.091 100 K 0.125 0.709 0.007 0.003 0.005 0.044 0.018 0.090 101 D 0.048 0.806 0.004 0.002 0.002 0.015 0.009 0.113 102 I 0.045 0.777 0.010 0.002 0.004 0.015 0.012 0.135 103 S 0.019 0.860 0.006 0.003 0.007 0.013 0.007 0.083 104 G 0.046 0.724 0.009 0.007 0.009 0.013 0.023 0.167 105 R 0.118 0.620 0.043 0.013 0.013 0.026 0.029 0.137 106 V 0.022 0.799 0.039 0.030 0.020 0.011 0.012 0.067 107 I 0.038 0.478 0.093 0.076 0.105 0.039 0.019 0.152 108 G 0.040 0.334 0.111 0.138 0.114 0.041 0.018 0.204 109 R 0.103 0.243 0.154 0.162 0.147 0.048 0.022 0.122 110 Q 0.047 0.151 0.093 0.134 0.111 0.046 0.024 0.394 111 L 0.067 0.072 0.133 0.113 0.186 0.047 0.023 0.360 112 L 0.075 0.048 0.078 0.127 0.155 0.078 0.029 0.411 113 I 0.040 0.014 0.036 0.071 0.078 0.038 0.005 0.718 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 115 Q 0.009 0.007 0.011 0.019 0.078 0.134 0.003 0.739 116 A 0.090 0.017 0.004 0.005 0.008 0.081 0.006 0.790 117 L 0.236 0.159 0.007 0.008 0.011 0.082 0.008 0.489 118 Q 0.322 0.209 0.012 0.007 0.011 0.115 0.016 0.308 119 V 0.052 0.316 0.010 0.006 0.008 0.027 0.003 0.579 120 P 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.957 121 F 0.012 0.749 0.002 0.004 0.007 0.033 0.003 0.191 122 I 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 123 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 L 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 126 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 128 C 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 129 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 130 D 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 131 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 132 V 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 G 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 134 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 135 A 0.015 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 136 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 137 Q 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 138 V 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 139 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 140 N 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 141 E 0.040 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 142 L 0.062 0.861 0.012 0.001 0.001 0.003 0.018 0.042 143 D 0.024 0.859 0.010 0.002 0.003 0.008 0.009 0.083 144 D 0.035 0.728 0.019 0.003 0.003 0.015 0.018 0.180 145 L 0.149 0.635 0.036 0.005 0.005 0.026 0.036 0.110 146 L 0.074 0.747 0.049 0.007 0.007 0.014 0.023 0.079 147 E 0.040 0.640 0.139 0.020 0.024 0.029 0.017 0.092 148 A 0.067 0.518 0.074 0.038 0.029 0.029 0.027 0.217 149 G 0.336 0.139 0.056 0.021 0.023 0.030 0.079 0.317 150 F 0.184 0.114 0.260 0.035 0.030 0.066 0.028 0.283 151 R 0.032 0.045 0.072 0.019 0.027 0.120 0.015 0.669 152 G 0.085 0.028 0.020 0.009 0.021 0.076 0.013 0.748 153 R 0.204 0.048 0.039 0.017 0.018 0.225 0.013 0.437 154 E 0.037 0.039 0.018 0.007 0.008 0.195 0.006 0.690 155 V 0.065 0.155 0.036 0.017 0.054 0.081 0.005 0.586 156 D 0.008 0.160 0.008 0.009 0.017 0.090 0.002 0.706 157 F 0.025 0.318 0.004 0.005 0.010 0.090 0.004 0.544 158 V 0.019 0.849 0.002 0.002 0.004 0.017 0.002 0.104 159 A 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 160 K 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 161 M 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 162 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 163 N 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 164 E 0.012 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 165 L 0.015 0.960 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 166 D 0.010 0.928 0.005 0.003 0.002 0.008 0.006 0.038 167 I 0.024 0.881 0.006 0.002 0.003 0.008 0.007 0.069 168 I 0.038 0.881 0.006 0.003 0.003 0.008 0.009 0.052 169 E 0.031 0.881 0.012 0.003 0.005 0.008 0.008 0.052 170 E 0.033 0.778 0.011 0.004 0.006 0.016 0.013 0.139 171 D 0.102 0.532 0.012 0.004 0.004 0.027 0.023 0.296 172 T 0.061 0.734 0.015 0.003 0.004 0.024 0.012 0.148 173 D 0.031 0.692 0.013 0.004 0.004 0.044 0.013 0.199 174 D 0.035 0.616 0.013 0.003 0.005 0.066 0.006 0.256 175 L 0.019 0.799 0.005 0.002 0.003 0.073 0.003 0.096 176 Q 0.009 0.924 0.002 0.001 0.002 0.026 0.002 0.034 177 I 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 178 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 179 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 180 R 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 181 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 182 Q 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 183 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 184 F 0.017 0.948 0.005 0.002 0.003 0.002 0.008 0.016 185 A 0.037 0.891 0.014 0.004 0.004 0.006 0.012 0.031 186 L 0.105 0.743 0.018 0.005 0.005 0.010 0.035 0.079 187 E 0.150 0.602 0.048 0.008 0.009 0.025 0.032 0.126 188 S 0.084 0.397 0.041 0.016 0.012 0.055 0.048 0.347 189 E 0.253 0.129 0.037 0.009 0.012 0.068 0.056 0.435 190 L 0.278 0.140 0.066 0.014 0.020 0.123 0.042 0.317 191 N 0.104 0.072 0.040 0.042 0.033 0.215 0.018 0.477 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 193 V 0.009 0.016 0.019 0.018 0.045 0.399 0.002 0.493 194 D 0.089 0.107 0.022 0.021 0.017 0.282 0.008 0.454 195 V 0.036 0.687 0.012 0.012 0.023 0.043 0.002 0.183 196 M 0.021 0.837 0.025 0.020 0.025 0.027 0.001 0.043 197 F 0.010 0.891 0.005 0.013 0.011 0.015 0.002 0.052 198 L 0.009 0.942 0.004 0.006 0.011 0.004 0.002 0.021 199 Y 0.002 0.978 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 200 K 0.002 0.973 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 201 T 0.004 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 202 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 203 E 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 204 W 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 205 V 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 206 G 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 207 G 0.010 0.944 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.034 208 L 0.026 0.932 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.027 209 A 0.007 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 210 D 0.020 0.937 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.026 211 L 0.031 0.926 0.010 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 212 A 0.035 0.905 0.006 0.001 0.002 0.010 0.009 0.032 213 E 0.035 0.878 0.012 0.002 0.002 0.019 0.008 0.044 214 R 0.032 0.878 0.004 0.001 0.001 0.017 0.007 0.060 215 V 0.023 0.903 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.056 216 G 0.004 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 217 S 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.024 218 R 0.023 0.919 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.040 219 L 0.011 0.962 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 220 E 0.003 0.975 0.007 0.003 0.002 0.003 0.002 0.005 221 L 0.004 0.960 0.005 0.004 0.004 0.003 0.002 0.018 222 M 0.012 0.894 0.036 0.016 0.016 0.007 0.006 0.012 223 L 0.002 0.968 0.006 0.010 0.006 0.001 0.001 0.004 224 A 0.015 0.832 0.057 0.033 0.042 0.003 0.010 0.009 225 R 0.039 0.633 0.049 0.120 0.063 0.010 0.022 0.065 226 V 0.036 0.411 0.104 0.105 0.132 0.016 0.022 0.175