# TARGET T0365 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 2 P 0.027 0.039 0.004 0.045 0.005 0.027 0.852 3 V 0.061 0.034 0.029 0.125 0.134 0.096 0.522 4 N 0.072 0.033 0.070 0.151 0.093 0.094 0.487 5 S 0.086 0.014 0.117 0.178 0.149 0.161 0.296 6 I 0.107 0.018 0.121 0.201 0.109 0.237 0.208 7 L 0.075 0.045 0.091 0.179 0.173 0.143 0.294 8 G 0.066 0.018 0.055 0.138 0.181 0.126 0.417 9 V 0.035 0.022 0.074 0.115 0.147 0.206 0.400 10 F 0.026 0.045 0.116 0.167 0.143 0.236 0.267 11 A 0.017 0.011 0.079 0.155 0.156 0.275 0.306 12 K 0.006 0.006 0.050 0.169 0.342 0.199 0.227 13 S 0.007 0.021 0.026 0.197 0.354 0.068 0.327 14 P 0.004 0.007 0.052 0.479 0.031 0.122 0.305 15 I 0.002 0.003 0.024 0.577 0.017 0.031 0.346 16 K 0.002 0.002 0.026 0.896 0.011 0.027 0.036 17 P 0.001 0.001 0.018 0.916 0.011 0.027 0.026 18 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.004 0.011 0.007 19 Q 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.006 0.002 20 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 23 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 25 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 30 S 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.001 31 L 0.001 0.001 0.003 0.956 0.002 0.036 0.002 32 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.013 0.004 33 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 0.001 34 P 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 36 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.010 0.003 37 E 0.001 0.001 0.003 0.968 0.004 0.020 0.004 38 A 0.001 0.001 0.007 0.941 0.006 0.038 0.007 39 T 0.001 0.002 0.016 0.893 0.013 0.059 0.017 40 I 0.002 0.006 0.017 0.783 0.022 0.143 0.027 41 T 0.002 0.001 0.017 0.358 0.079 0.482 0.061 42 G 0.001 0.002 0.007 0.077 0.244 0.524 0.144 43 N 0.002 0.006 0.004 0.029 0.206 0.061 0.692 44 W 0.001 0.002 0.076 0.756 0.051 0.071 0.044 45 D 0.001 0.001 0.074 0.816 0.018 0.075 0.016 46 D 0.001 0.001 0.039 0.877 0.013 0.050 0.019 47 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.006 0.009 0.007 48 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.007 0.004 49 Q 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.003 50 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 51 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 52 K 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.018 0.002 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.969 0.002 0.024 0.004 54 I 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.009 0.005 55 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.008 0.002 56 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.003 0.015 0.002 57 A 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.018 0.002 58 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.014 0.002 59 K 0.001 0.001 0.004 0.962 0.007 0.022 0.005 60 Q 0.001 0.001 0.002 0.958 0.006 0.028 0.006 61 G 0.001 0.001 0.001 0.966 0.004 0.016 0.011 62 D 0.001 0.001 0.001 0.960 0.007 0.027 0.005 63 S 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.014 0.004 64 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.007 0.003 65 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 67 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.010 0.002 68 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.003 69 R 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.012 0.001 70 L 0.001 0.001 0.011 0.925 0.003 0.058 0.003 71 T 0.001 0.001 0.013 0.851 0.006 0.122 0.006 72 L 0.006 0.006 0.022 0.528 0.178 0.086 0.174 73 P 0.008 0.005 0.154 0.314 0.070 0.250 0.199 74 S 0.014 0.003 0.149 0.210 0.092 0.472 0.060 75 G 0.041 0.004 0.133 0.182 0.089 0.435 0.115 76 L 0.145 0.022 0.054 0.149 0.145 0.210 0.275 77 F 0.318 0.029 0.024 0.052 0.154 0.059 0.365 78 M 0.302 0.023 0.023 0.024 0.155 0.032 0.440 79 P 0.214 0.017 0.024 0.024 0.109 0.036 0.576 80 V 0.076 0.041 0.027 0.020 0.147 0.035 0.655 81 E 0.063 0.012 0.006 0.021 0.137 0.014 0.747 82 R 0.005 0.002 0.126 0.601 0.043 0.106 0.117 83 T 0.002 0.002 0.075 0.716 0.067 0.095 0.043 84 D 0.002 0.002 0.039 0.828 0.032 0.050 0.047 85 L 0.001 0.001 0.003 0.968 0.014 0.005 0.010 86 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.004 0.006 87 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.010 0.003 88 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.014 0.002 89 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.018 0.002 90 T 0.001 0.001 0.001 0.935 0.005 0.057 0.003 91 Q 0.001 0.001 0.001 0.950 0.009 0.025 0.014 92 Q 0.001 0.001 0.002 0.974 0.004 0.007 0.013 93 D 0.001 0.001 0.002 0.978 0.006 0.007 0.006 94 K 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 95 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 97 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 100 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.011 0.002 101 D 0.001 0.001 0.001 0.970 0.004 0.018 0.005 102 I 0.001 0.001 0.002 0.966 0.003 0.022 0.006 103 S 0.005 0.001 0.004 0.943 0.006 0.030 0.010 104 G 0.011 0.001 0.010 0.897 0.018 0.050 0.015 105 R 0.021 0.001 0.012 0.880 0.017 0.057 0.013 106 V 0.072 0.004 0.008 0.824 0.016 0.037 0.038 107 I 0.123 0.002 0.012 0.763 0.015 0.059 0.027 108 G 0.270 0.005 0.024 0.457 0.042 0.110 0.092 109 R 0.271 0.008 0.024 0.276 0.114 0.084 0.224 110 Q 0.207 0.013 0.011 0.070 0.204 0.062 0.433 111 L 0.143 0.011 0.020 0.054 0.150 0.068 0.554 112 L 0.160 0.020 0.026 0.020 0.224 0.081 0.468 113 I 0.065 0.027 0.023 0.022 0.225 0.037 0.602 114 P 0.004 0.002 0.005 0.012 0.033 0.008 0.937 115 Q 0.001 0.001 0.167 0.525 0.038 0.128 0.140 116 A 0.001 0.003 0.131 0.633 0.042 0.134 0.056 117 L 0.001 0.001 0.117 0.743 0.021 0.065 0.053 118 Q 0.001 0.001 0.012 0.938 0.015 0.015 0.020 119 V 0.001 0.001 0.004 0.968 0.006 0.013 0.008 120 P 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.003 121 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 122 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 124 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 126 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 127 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 128 C 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 129 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 130 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 131 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 132 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 133 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.002 135 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.003 136 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.006 0.001 137 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 138 V 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.015 0.002 139 I 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.012 0.003 140 N 0.001 0.001 0.003 0.953 0.006 0.033 0.005 141 E 0.001 0.001 0.002 0.909 0.005 0.072 0.011 142 L 0.001 0.001 0.002 0.914 0.014 0.043 0.026 143 D 0.001 0.001 0.005 0.935 0.017 0.028 0.013 144 D 0.003 0.001 0.008 0.936 0.016 0.020 0.017 145 L 0.002 0.001 0.011 0.930 0.014 0.019 0.022 146 L 0.005 0.004 0.014 0.908 0.010 0.045 0.015 147 E 0.006 0.003 0.015 0.795 0.023 0.130 0.028 148 A 0.005 0.003 0.012 0.522 0.063 0.336 0.059 149 G 0.003 0.004 0.009 0.186 0.160 0.401 0.235 150 F 0.003 0.007 0.022 0.058 0.168 0.166 0.576 151 R 0.009 0.008 0.076 0.119 0.191 0.284 0.311 152 G 0.007 0.003 0.071 0.163 0.228 0.286 0.242 153 R 0.016 0.017 0.068 0.358 0.169 0.087 0.284 154 E 0.011 0.015 0.027 0.701 0.041 0.039 0.166 155 V 0.004 0.001 0.014 0.886 0.015 0.024 0.056 156 D 0.003 0.001 0.011 0.931 0.011 0.027 0.017 157 F 0.001 0.001 0.007 0.957 0.005 0.017 0.011 158 V 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.008 0.005 159 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.002 160 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 161 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 163 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 164 E 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.017 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 166 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 167 I 0.001 0.001 0.003 0.972 0.003 0.019 0.002 168 I 0.001 0.001 0.004 0.968 0.003 0.023 0.003 169 E 0.001 0.001 0.004 0.959 0.006 0.025 0.006 170 E 0.001 0.001 0.006 0.938 0.008 0.040 0.007 171 D 0.001 0.001 0.004 0.932 0.012 0.040 0.012 172 T 0.001 0.001 0.003 0.952 0.009 0.017 0.019 173 D 0.001 0.001 0.001 0.948 0.009 0.029 0.012 174 D 0.001 0.001 0.001 0.970 0.006 0.015 0.008 175 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.009 0.007 176 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.008 0.003 177 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 178 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.003 179 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 180 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 181 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.002 182 Q 0.001 0.001 0.002 0.965 0.002 0.028 0.003 183 L 0.001 0.002 0.005 0.912 0.011 0.053 0.016 184 F 0.004 0.004 0.019 0.810 0.024 0.102 0.037 185 A 0.004 0.002 0.035 0.685 0.041 0.176 0.057 186 L 0.002 0.003 0.049 0.517 0.066 0.249 0.113 187 E 0.003 0.005 0.096 0.210 0.177 0.243 0.265 188 S 0.004 0.002 0.141 0.112 0.138 0.526 0.077 189 E 0.008 0.007 0.104 0.068 0.201 0.463 0.149 190 L 0.009 0.016 0.007 0.026 0.454 0.035 0.453 191 N 0.014 0.012 0.001 0.015 0.134 0.007 0.818 192 P 0.001 0.001 0.016 0.947 0.010 0.016 0.010 193 V 0.001 0.001 0.027 0.952 0.003 0.010 0.007 194 D 0.001 0.001 0.021 0.967 0.002 0.005 0.004 195 V 0.002 0.001 0.004 0.984 0.002 0.004 0.004 196 M 0.004 0.001 0.002 0.976 0.003 0.007 0.008 197 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.010 0.007 198 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 0.002 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 200 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 201 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 202 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 203 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 204 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 205 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 206 G 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.014 0.001 207 G 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.022 0.002 208 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.012 0.001 209 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.010 0.004 210 D 0.001 0.001 0.005 0.916 0.007 0.062 0.009 211 L 0.001 0.001 0.007 0.912 0.005 0.071 0.004 212 A 0.001 0.001 0.004 0.961 0.005 0.023 0.006 213 E 0.001 0.001 0.006 0.964 0.009 0.017 0.005 214 R 0.001 0.001 0.005 0.937 0.008 0.038 0.010 215 V 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.015 0.003 216 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 217 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 218 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.007 0.001 219 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.001 220 E 0.006 0.001 0.006 0.962 0.003 0.021 0.003 221 L 0.024 0.001 0.011 0.932 0.009 0.017 0.006 222 M 0.040 0.001 0.029 0.902 0.006 0.015 0.007 223 L 0.093 0.006 0.023 0.812 0.014 0.038 0.014 224 A 0.144 0.002 0.022 0.578 0.038 0.131 0.084 225 R 0.178 0.008 0.017 0.324 0.009 0.219 0.245 226 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.988