# TARGET T0365 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 91 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.723 0.190 0.064 0.019 0.003 0.001 0.001 2 P 0.732 0.149 0.065 0.037 0.014 0.003 0.001 3 V 0.577 0.186 0.093 0.075 0.047 0.018 0.003 4 N 0.590 0.168 0.108 0.077 0.040 0.014 0.002 5 S 0.526 0.241 0.115 0.066 0.035 0.015 0.004 6 I 0.457 0.219 0.133 0.100 0.054 0.029 0.008 7 L 0.403 0.180 0.151 0.140 0.089 0.032 0.004 8 G 0.437 0.285 0.142 0.083 0.040 0.013 0.001 9 V 0.439 0.241 0.165 0.111 0.037 0.007 0.001 10 F 0.542 0.268 0.116 0.058 0.014 0.002 0.001 11 A 0.584 0.256 0.096 0.050 0.012 0.002 0.001 12 K 0.560 0.274 0.111 0.044 0.010 0.001 0.001 13 S 0.354 0.343 0.183 0.092 0.025 0.003 0.001 14 P 0.142 0.210 0.197 0.233 0.163 0.052 0.003 15 I 0.015 0.068 0.173 0.327 0.309 0.103 0.005 16 K 0.111 0.415 0.306 0.133 0.030 0.005 0.001 17 P 0.016 0.075 0.211 0.394 0.245 0.056 0.003 18 L 0.004 0.010 0.017 0.073 0.321 0.527 0.048 19 Q 0.009 0.109 0.300 0.382 0.170 0.029 0.001 20 E 0.024 0.253 0.396 0.263 0.056 0.007 0.001 21 H 0.002 0.008 0.023 0.108 0.385 0.447 0.027 22 M 0.001 0.007 0.032 0.157 0.435 0.346 0.023 23 D 0.011 0.236 0.424 0.263 0.058 0.007 0.001 24 K 0.002 0.022 0.129 0.414 0.356 0.074 0.003 25 V 0.001 0.001 0.002 0.013 0.138 0.695 0.151 26 Y 0.001 0.026 0.165 0.435 0.309 0.061 0.003 27 D 0.005 0.117 0.332 0.404 0.120 0.020 0.001 28 C 0.001 0.002 0.005 0.034 0.250 0.629 0.081 29 A 0.001 0.001 0.008 0.077 0.401 0.478 0.034 30 S 0.001 0.069 0.352 0.426 0.128 0.022 0.001 31 L 0.001 0.003 0.036 0.283 0.489 0.180 0.009 32 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.639 0.313 33 V 0.001 0.013 0.146 0.502 0.284 0.054 0.001 34 P 0.003 0.104 0.376 0.402 0.100 0.015 0.001 35 F 0.001 0.003 0.006 0.042 0.247 0.598 0.103 36 F 0.001 0.001 0.006 0.063 0.409 0.503 0.019 37 E 0.008 0.205 0.420 0.282 0.076 0.009 0.001 38 A 0.027 0.184 0.320 0.336 0.114 0.018 0.001 39 T 0.010 0.058 0.120 0.271 0.395 0.141 0.004 40 I 0.121 0.292 0.303 0.219 0.058 0.007 0.001 41 T 0.602 0.318 0.062 0.016 0.002 0.001 0.001 42 G 0.581 0.294 0.096 0.024 0.004 0.001 0.001 43 N 0.453 0.364 0.137 0.038 0.007 0.001 0.001 44 W 0.157 0.248 0.299 0.222 0.067 0.007 0.001 45 D 0.651 0.283 0.050 0.012 0.003 0.001 0.001 46 D 0.188 0.404 0.273 0.112 0.021 0.002 0.001 47 A 0.041 0.114 0.220 0.334 0.246 0.045 0.001 48 V 0.292 0.431 0.193 0.067 0.015 0.002 0.001 49 Q 0.304 0.489 0.167 0.034 0.004 0.001 0.001 50 I 0.020 0.046 0.104 0.270 0.406 0.149 0.005 51 R 0.028 0.090 0.229 0.334 0.251 0.065 0.004 52 K 0.407 0.460 0.108 0.020 0.003 0.001 0.001 53 Q 0.072 0.196 0.370 0.285 0.070 0.007 0.001 54 I 0.035 0.038 0.057 0.186 0.388 0.277 0.020 55 S 0.321 0.362 0.206 0.084 0.024 0.003 0.001 56 L 0.512 0.342 0.115 0.026 0.004 0.001 0.001 57 A 0.257 0.170 0.172 0.234 0.129 0.036 0.002 58 E 0.388 0.242 0.178 0.125 0.055 0.012 0.001 59 K 0.714 0.213 0.057 0.013 0.002 0.001 0.001 60 Q 0.593 0.249 0.103 0.042 0.011 0.002 0.001 61 G 0.519 0.191 0.102 0.099 0.062 0.025 0.002 62 D 0.574 0.253 0.116 0.048 0.008 0.001 0.001 63 S 0.647 0.267 0.063 0.018 0.004 0.001 0.001 64 L 0.259 0.186 0.182 0.221 0.124 0.026 0.001 65 K 0.269 0.234 0.207 0.182 0.085 0.023 0.001 66 R 0.633 0.266 0.078 0.020 0.003 0.001 0.001 67 E 0.333 0.402 0.197 0.059 0.009 0.001 0.001 68 I 0.050 0.044 0.070 0.236 0.394 0.197 0.008 69 R 0.100 0.239 0.297 0.262 0.088 0.013 0.001 70 L 0.465 0.415 0.090 0.024 0.005 0.001 0.001 71 T 0.125 0.222 0.323 0.261 0.061 0.007 0.001 72 L 0.049 0.055 0.084 0.222 0.388 0.194 0.008 73 P 0.219 0.336 0.246 0.138 0.049 0.011 0.001 74 S 0.263 0.371 0.214 0.107 0.033 0.010 0.001 75 G 0.073 0.143 0.215 0.272 0.200 0.086 0.011 76 L 0.043 0.075 0.097 0.181 0.299 0.261 0.044 77 F 0.068 0.050 0.075 0.155 0.216 0.313 0.123 78 M 0.056 0.054 0.060 0.122 0.185 0.331 0.193 79 P 0.050 0.078 0.121 0.180 0.226 0.254 0.091 80 V 0.047 0.084 0.112 0.193 0.269 0.225 0.070 81 E 0.095 0.268 0.242 0.216 0.113 0.055 0.011 82 R 0.027 0.110 0.214 0.291 0.249 0.100 0.010 83 T 0.311 0.404 0.200 0.064 0.017 0.004 0.001 84 D 0.052 0.143 0.257 0.326 0.168 0.047 0.006 85 L 0.021 0.022 0.034 0.105 0.332 0.442 0.043 86 L 0.028 0.135 0.275 0.325 0.194 0.042 0.002 87 E 0.106 0.363 0.329 0.158 0.036 0.007 0.001 88 L 0.021 0.028 0.057 0.176 0.373 0.318 0.027 89 L 0.010 0.024 0.052 0.172 0.361 0.345 0.036 90 T 0.070 0.358 0.353 0.171 0.041 0.007 0.001 91 Q 0.086 0.189 0.270 0.281 0.140 0.031 0.003 92 Q 0.013 0.027 0.038 0.101 0.264 0.477 0.079 93 D 0.049 0.157 0.274 0.323 0.160 0.034 0.003 94 K 0.078 0.274 0.308 0.231 0.086 0.020 0.002 95 I 0.020 0.031 0.044 0.139 0.350 0.375 0.041 96 A 0.004 0.027 0.102 0.266 0.372 0.211 0.017 97 N 0.040 0.211 0.310 0.287 0.122 0.029 0.001 98 K 0.008 0.035 0.105 0.290 0.381 0.164 0.017 99 A 0.001 0.002 0.003 0.023 0.162 0.616 0.194 100 K 0.007 0.075 0.213 0.365 0.257 0.077 0.007 101 D 0.027 0.118 0.228 0.302 0.230 0.087 0.009 102 I 0.006 0.011 0.014 0.044 0.175 0.566 0.184 103 S 0.010 0.024 0.066 0.227 0.327 0.297 0.047 104 G 0.056 0.237 0.281 0.229 0.116 0.064 0.016 105 R 0.042 0.088 0.122 0.225 0.288 0.188 0.047 106 V 0.008 0.014 0.031 0.093 0.233 0.474 0.148 107 I 0.026 0.088 0.176 0.273 0.257 0.157 0.023 108 G 0.031 0.057 0.099 0.195 0.293 0.273 0.053 109 R 0.029 0.083 0.153 0.278 0.289 0.147 0.021 110 Q 0.112 0.246 0.270 0.203 0.114 0.048 0.007 111 L 0.055 0.127 0.184 0.295 0.235 0.093 0.010 112 L 0.188 0.290 0.224 0.162 0.093 0.038 0.004 113 I 0.113 0.212 0.239 0.245 0.144 0.044 0.004 114 P 0.098 0.176 0.235 0.267 0.165 0.055 0.004 115 Q 0.502 0.306 0.114 0.052 0.019 0.006 0.001 116 A 0.356 0.385 0.177 0.061 0.017 0.004 0.001 117 L 0.022 0.069 0.140 0.287 0.330 0.142 0.010 118 Q 0.008 0.082 0.241 0.352 0.245 0.068 0.004 119 V 0.110 0.509 0.273 0.086 0.018 0.003 0.001 120 P 0.009 0.082 0.298 0.409 0.172 0.028 0.001 121 F 0.001 0.002 0.005 0.035 0.262 0.632 0.064 122 I 0.001 0.020 0.142 0.402 0.350 0.083 0.004 123 A 0.009 0.198 0.405 0.308 0.071 0.009 0.001 124 Y 0.001 0.002 0.017 0.133 0.454 0.378 0.016 125 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.113 0.714 0.164 126 Q 0.001 0.038 0.238 0.476 0.210 0.036 0.001 127 R 0.002 0.037 0.195 0.473 0.249 0.043 0.001 128 C 0.001 0.001 0.002 0.014 0.153 0.701 0.129 129 I 0.001 0.005 0.037 0.205 0.462 0.279 0.012 130 D 0.006 0.194 0.408 0.309 0.074 0.009 0.001 131 A 0.001 0.014 0.057 0.269 0.451 0.194 0.012 132 V 0.001 0.004 0.014 0.071 0.369 0.510 0.032 133 G 0.015 0.231 0.435 0.256 0.056 0.007 0.001 134 L 0.016 0.137 0.335 0.405 0.097 0.011 0.001 135 A 0.003 0.009 0.013 0.062 0.351 0.522 0.039 136 Q 0.014 0.095 0.275 0.389 0.198 0.028 0.001 137 Q 0.065 0.506 0.326 0.089 0.012 0.001 0.001 138 V 0.011 0.045 0.166 0.443 0.276 0.057 0.002 139 I 0.006 0.019 0.042 0.168 0.454 0.296 0.016 140 N 0.093 0.415 0.353 0.110 0.023 0.004 0.001 141 E 0.121 0.336 0.300 0.190 0.045 0.007 0.001 142 L 0.027 0.048 0.085 0.189 0.382 0.253 0.016 143 D 0.085 0.229 0.308 0.267 0.094 0.016 0.001 144 D 0.298 0.442 0.170 0.063 0.022 0.005 0.001 145 L 0.058 0.125 0.265 0.325 0.184 0.040 0.002 146 L 0.155 0.113 0.118 0.261 0.256 0.093 0.004 147 E 0.427 0.328 0.145 0.070 0.024 0.005 0.001 148 A 0.659 0.226 0.073 0.030 0.009 0.003 0.001 149 G 0.292 0.245 0.190 0.149 0.090 0.031 0.002 150 F 0.315 0.168 0.170 0.187 0.129 0.030 0.001 151 R 0.510 0.300 0.121 0.056 0.012 0.002 0.001 152 G 0.547 0.297 0.103 0.042 0.009 0.001 0.001 153 R 0.646 0.233 0.078 0.031 0.009 0.002 0.001 154 E 0.367 0.346 0.177 0.080 0.024 0.004 0.001 155 V 0.071 0.165 0.286 0.306 0.147 0.024 0.001 156 D 0.413 0.409 0.132 0.035 0.009 0.002 0.001 157 F 0.082 0.336 0.346 0.185 0.042 0.007 0.001 158 V 0.010 0.020 0.051 0.178 0.462 0.267 0.012 159 A 0.032 0.171 0.330 0.310 0.134 0.022 0.001 160 K 0.195 0.520 0.214 0.058 0.010 0.002 0.001 161 M 0.015 0.050 0.146 0.332 0.338 0.115 0.005 162 I 0.009 0.023 0.066 0.222 0.414 0.250 0.016 163 N 0.176 0.477 0.251 0.076 0.016 0.003 0.001 164 E 0.204 0.323 0.293 0.142 0.033 0.005 0.001 165 L 0.056 0.068 0.093 0.225 0.344 0.199 0.015 166 D 0.259 0.339 0.248 0.118 0.033 0.004 0.001 167 I 0.561 0.317 0.094 0.023 0.004 0.001 0.001 168 I 0.280 0.199 0.194 0.210 0.096 0.020 0.001 169 E 0.369 0.203 0.161 0.154 0.084 0.027 0.002 170 E 0.613 0.262 0.091 0.027 0.006 0.001 0.001 171 D 0.505 0.301 0.126 0.051 0.014 0.002 0.001 172 T 0.351 0.176 0.125 0.148 0.125 0.070 0.006 173 D 0.322 0.257 0.199 0.156 0.055 0.011 0.001 174 D 0.409 0.372 0.152 0.051 0.013 0.002 0.001 175 L 0.188 0.164 0.191 0.255 0.166 0.035 0.002 176 Q 0.185 0.164 0.145 0.195 0.189 0.112 0.010 177 I 0.236 0.323 0.255 0.141 0.040 0.006 0.001 178 Q 0.210 0.435 0.250 0.086 0.016 0.002 0.001 179 L 0.013 0.031 0.076 0.212 0.386 0.261 0.021 180 R 0.016 0.039 0.086 0.241 0.372 0.227 0.019 181 R 0.111 0.370 0.317 0.152 0.041 0.008 0.001 182 Q 0.098 0.204 0.319 0.281 0.084 0.013 0.001 183 L 0.009 0.018 0.029 0.100 0.374 0.441 0.028 184 F 0.029 0.087 0.233 0.375 0.231 0.042 0.001 185 A 0.217 0.452 0.226 0.085 0.018 0.003 0.001 186 L 0.192 0.294 0.264 0.182 0.058 0.009 0.001 187 E 0.121 0.176 0.222 0.266 0.167 0.045 0.002 188 S 0.526 0.291 0.121 0.046 0.013 0.003 0.001 189 E 0.634 0.247 0.078 0.030 0.008 0.001 0.001 190 L 0.276 0.224 0.219 0.189 0.076 0.015 0.001 191 N 0.408 0.343 0.153 0.069 0.022 0.005 0.001 192 P 0.111 0.187 0.210 0.256 0.178 0.052 0.006 193 V 0.135 0.202 0.183 0.220 0.175 0.078 0.008 194 D 0.053 0.181 0.256 0.287 0.167 0.053 0.003 195 V 0.018 0.066 0.138 0.280 0.324 0.162 0.012 196 M 0.054 0.145 0.185 0.229 0.224 0.150 0.015 197 F 0.016 0.087 0.245 0.400 0.191 0.056 0.005 198 L 0.006 0.018 0.029 0.091 0.332 0.475 0.050 199 Y 0.016 0.104 0.247 0.353 0.219 0.058 0.003 200 K 0.028 0.256 0.386 0.250 0.066 0.012 0.001 201 T 0.006 0.015 0.040 0.161 0.417 0.343 0.017 202 I 0.003 0.022 0.061 0.211 0.425 0.264 0.014 203 E 0.058 0.395 0.344 0.157 0.040 0.006 0.001 204 W 0.023 0.093 0.278 0.393 0.176 0.035 0.002 205 V 0.010 0.019 0.025 0.084 0.303 0.497 0.061 206 G 0.044 0.162 0.261 0.310 0.175 0.044 0.004 207 G 0.108 0.282 0.296 0.214 0.079 0.020 0.001 208 L 0.041 0.068 0.099 0.221 0.334 0.216 0.021 209 A 0.036 0.091 0.139 0.227 0.285 0.198 0.024 210 D 0.179 0.266 0.240 0.196 0.092 0.025 0.002 211 L 0.065 0.157 0.215 0.291 0.194 0.068 0.010 212 A 0.030 0.040 0.053 0.132 0.266 0.387 0.092 213 E 0.077 0.213 0.279 0.250 0.139 0.037 0.005 214 R 0.108 0.268 0.287 0.223 0.087 0.023 0.003 215 V 0.030 0.032 0.043 0.121 0.312 0.397 0.064 216 G 0.028 0.051 0.103 0.238 0.319 0.226 0.034 217 S 0.150 0.314 0.252 0.168 0.082 0.030 0.004 218 R 0.054 0.090 0.204 0.343 0.227 0.074 0.007 219 L 0.036 0.021 0.023 0.063 0.167 0.487 0.202 220 E 0.160 0.166 0.200 0.226 0.163 0.070 0.015 221 L 0.265 0.197 0.186 0.161 0.118 0.065 0.008 222 M 0.075 0.059 0.088 0.191 0.272 0.279 0.035 223 L 0.147 0.115 0.140 0.208 0.221 0.154 0.014 224 A 0.311 0.190 0.154 0.150 0.123 0.064 0.007 225 R 0.448 0.226 0.139 0.114 0.055 0.016 0.001 226 V 0.622 0.172 0.088 0.064 0.037 0.015 0.001