# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.008 0.042 0.023 0.026 0.068 0.008 0.758 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 3 V 0.009 0.004 0.035 0.024 0.078 0.057 0.002 0.792 4 N 0.049 0.023 0.046 0.039 0.050 0.103 0.006 0.684 5 S 0.147 0.043 0.047 0.028 0.061 0.124 0.010 0.540 6 I 0.220 0.160 0.090 0.050 0.078 0.095 0.008 0.299 7 L 0.103 0.224 0.103 0.076 0.112 0.091 0.016 0.274 8 G 0.146 0.139 0.044 0.047 0.063 0.064 0.037 0.461 9 V 0.211 0.107 0.089 0.032 0.055 0.076 0.029 0.401 10 F 0.099 0.114 0.049 0.048 0.066 0.107 0.021 0.496 11 A 0.059 0.046 0.040 0.017 0.035 0.088 0.022 0.694 12 K 0.158 0.090 0.059 0.018 0.032 0.123 0.039 0.481 13 S 0.170 0.035 0.023 0.012 0.012 0.110 0.010 0.627 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 I 0.063 0.016 0.028 0.015 0.045 0.367 0.009 0.456 16 K 0.115 0.029 0.018 0.007 0.008 0.139 0.005 0.678 17 P 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.968 18 L 0.040 0.333 0.013 0.007 0.024 0.150 0.003 0.430 19 Q 0.032 0.631 0.006 0.002 0.005 0.051 0.004 0.269 20 E 0.022 0.810 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.137 21 H 0.021 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.051 22 M 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 23 D 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 24 K 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 25 V 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 26 Y 0.001 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 27 D 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 28 C 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 30 S 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 31 L 0.016 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 32 L 0.079 0.841 0.008 0.001 0.001 0.002 0.028 0.039 33 V 0.019 0.867 0.014 0.002 0.003 0.005 0.005 0.085 34 P 0.003 0.451 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.532 35 F 0.011 0.821 0.003 0.001 0.002 0.011 0.004 0.146 36 F 0.012 0.932 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.047 37 E 0.008 0.947 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.033 38 A 0.018 0.947 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 39 T 0.043 0.912 0.005 0.002 0.002 0.002 0.011 0.024 40 I 0.066 0.830 0.027 0.004 0.005 0.007 0.020 0.041 41 T 0.085 0.748 0.048 0.006 0.006 0.016 0.024 0.067 42 G 0.276 0.337 0.046 0.006 0.005 0.031 0.070 0.230 43 N 0.299 0.193 0.052 0.004 0.003 0.075 0.047 0.326 44 W 0.077 0.082 0.086 0.004 0.007 0.053 0.014 0.677 45 D 0.015 0.037 0.017 0.003 0.006 0.328 0.005 0.590 46 D 0.037 0.047 0.004 0.001 0.003 0.445 0.004 0.459 47 A 0.063 0.508 0.005 0.001 0.004 0.103 0.002 0.313 48 V 0.008 0.772 0.003 0.001 0.002 0.051 0.002 0.161 49 Q 0.005 0.910 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.064 50 I 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 51 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 K 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 53 Q 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 54 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 55 S 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 56 L 0.010 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 57 A 0.020 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.019 58 E 0.023 0.942 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 59 K 0.013 0.954 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.020 60 Q 0.051 0.873 0.006 0.002 0.002 0.007 0.009 0.050 61 G 0.013 0.945 0.007 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 62 D 0.028 0.895 0.006 0.003 0.003 0.009 0.011 0.046 63 S 0.035 0.893 0.013 0.004 0.004 0.015 0.006 0.030 64 L 0.020 0.921 0.003 0.003 0.003 0.013 0.005 0.031 65 K 0.020 0.894 0.012 0.004 0.006 0.014 0.006 0.044 66 R 0.005 0.946 0.004 0.003 0.002 0.006 0.002 0.031 67 E 0.007 0.949 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.027 68 I 0.010 0.950 0.002 0.002 0.005 0.004 0.003 0.023 69 R 0.006 0.968 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.014 70 L 0.011 0.961 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.014 71 T 0.148 0.698 0.007 0.004 0.003 0.004 0.092 0.043 72 L 0.337 0.446 0.032 0.019 0.018 0.008 0.051 0.090 73 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 74 S 0.010 0.025 0.017 0.016 0.025 0.052 0.012 0.843 75 G 0.491 0.026 0.035 0.012 0.008 0.030 0.043 0.355 76 L 0.408 0.021 0.131 0.023 0.030 0.085 0.020 0.282 77 F 0.095 0.024 0.282 0.085 0.110 0.058 0.014 0.332 78 M 0.053 0.010 0.216 0.178 0.143 0.063 0.005 0.331 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 V 0.009 0.003 0.067 0.055 0.172 0.155 0.002 0.536 81 E 0.049 0.007 0.015 0.012 0.018 0.252 0.003 0.644 82 R 0.093 0.030 0.014 0.007 0.033 0.091 0.004 0.728 83 T 0.030 0.046 0.006 0.002 0.005 0.165 0.002 0.744 84 D 0.046 0.098 0.003 0.001 0.002 0.244 0.005 0.601 85 L 0.040 0.719 0.004 0.002 0.005 0.059 0.004 0.168 86 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 87 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 88 L 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 89 L 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 90 T 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 91 Q 0.063 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 92 Q 0.206 0.628 0.024 0.001 0.002 0.010 0.061 0.068 93 D 0.140 0.607 0.052 0.003 0.002 0.022 0.034 0.139 94 K 0.067 0.468 0.099 0.004 0.004 0.090 0.019 0.250 95 I 0.099 0.570 0.053 0.003 0.005 0.116 0.012 0.141 96 A 0.031 0.792 0.061 0.003 0.005 0.048 0.006 0.054 97 N 0.034 0.821 0.015 0.003 0.004 0.034 0.007 0.082 98 K 0.034 0.855 0.015 0.002 0.003 0.022 0.007 0.062 99 A 0.083 0.765 0.009 0.002 0.006 0.047 0.017 0.072 100 K 0.086 0.763 0.009 0.002 0.004 0.029 0.015 0.092 101 D 0.036 0.834 0.004 0.002 0.002 0.013 0.008 0.104 102 I 0.040 0.793 0.009 0.001 0.003 0.012 0.011 0.131 103 S 0.016 0.886 0.004 0.002 0.004 0.010 0.006 0.073 104 G 0.033 0.786 0.007 0.004 0.005 0.010 0.016 0.138 105 R 0.080 0.737 0.026 0.008 0.006 0.017 0.021 0.105 106 V 0.014 0.886 0.022 0.013 0.009 0.006 0.008 0.043 107 I 0.028 0.668 0.053 0.040 0.057 0.026 0.016 0.111 108 G 0.037 0.550 0.070 0.075 0.063 0.031 0.017 0.157 109 R 0.114 0.414 0.105 0.097 0.087 0.040 0.028 0.115 110 Q 0.070 0.261 0.078 0.105 0.076 0.041 0.033 0.336 111 L 0.081 0.104 0.123 0.112 0.147 0.042 0.027 0.363 112 L 0.084 0.061 0.081 0.126 0.159 0.064 0.031 0.393 113 I 0.062 0.024 0.056 0.113 0.133 0.049 0.008 0.555 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 115 Q 0.012 0.009 0.017 0.031 0.098 0.170 0.004 0.659 116 A 0.200 0.013 0.005 0.006 0.008 0.080 0.010 0.678 117 L 0.302 0.111 0.016 0.013 0.016 0.066 0.009 0.467 118 Q 0.176 0.127 0.028 0.015 0.024 0.166 0.012 0.452 119 V 0.014 0.057 0.006 0.003 0.005 0.022 0.001 0.892 120 P 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.952 121 F 0.028 0.577 0.004 0.005 0.010 0.058 0.004 0.313 122 I 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 123 A 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 124 Y 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 125 L 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 126 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 127 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 C 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 129 I 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 130 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 132 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 G 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 135 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 136 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 137 Q 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 138 V 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 139 I 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 140 N 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 141 E 0.029 0.912 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.041 142 L 0.061 0.853 0.008 0.001 0.001 0.004 0.016 0.056 143 D 0.023 0.822 0.011 0.002 0.003 0.014 0.008 0.117 144 D 0.033 0.805 0.008 0.001 0.002 0.017 0.008 0.125 145 L 0.058 0.842 0.011 0.001 0.002 0.007 0.012 0.067 146 L 0.021 0.920 0.007 0.001 0.002 0.004 0.006 0.037 147 E 0.034 0.879 0.017 0.003 0.003 0.007 0.012 0.046 148 A 0.103 0.768 0.024 0.006 0.004 0.005 0.037 0.053 149 G 0.664 0.102 0.018 0.004 0.003 0.006 0.112 0.093 150 F 0.135 0.111 0.578 0.016 0.010 0.024 0.024 0.101 151 R 0.034 0.076 0.127 0.015 0.024 0.115 0.016 0.593 152 G 0.108 0.041 0.057 0.008 0.018 0.079 0.018 0.671 153 R 0.195 0.050 0.085 0.012 0.011 0.239 0.014 0.395 154 E 0.040 0.029 0.032 0.004 0.004 0.263 0.007 0.620 155 V 0.079 0.082 0.033 0.007 0.026 0.077 0.005 0.690 156 D 0.007 0.090 0.007 0.004 0.009 0.115 0.002 0.765 157 F 0.025 0.170 0.003 0.002 0.005 0.190 0.004 0.601 158 V 0.025 0.827 0.002 0.001 0.003 0.021 0.002 0.118 159 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 160 K 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 161 M 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 162 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 163 N 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 164 E 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 165 L 0.008 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 166 D 0.007 0.959 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 167 I 0.020 0.908 0.006 0.002 0.002 0.006 0.006 0.050 168 I 0.027 0.910 0.006 0.002 0.003 0.006 0.007 0.039 169 E 0.021 0.901 0.009 0.002 0.004 0.007 0.007 0.049 170 E 0.029 0.788 0.008 0.003 0.004 0.017 0.012 0.140 171 D 0.113 0.594 0.007 0.002 0.002 0.028 0.020 0.234 172 T 0.042 0.820 0.009 0.002 0.002 0.013 0.008 0.104 173 D 0.018 0.794 0.008 0.002 0.003 0.026 0.008 0.140 174 D 0.020 0.801 0.008 0.002 0.002 0.038 0.004 0.125 175 L 0.011 0.922 0.002 0.001 0.001 0.022 0.002 0.039 176 Q 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 177 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 178 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 179 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 180 R 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 181 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 182 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 183 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 184 F 0.013 0.958 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.015 185 A 0.032 0.910 0.008 0.003 0.002 0.005 0.011 0.029 186 L 0.114 0.761 0.014 0.003 0.003 0.007 0.036 0.063 187 E 0.117 0.698 0.036 0.006 0.006 0.015 0.025 0.097 188 S 0.064 0.453 0.041 0.013 0.011 0.049 0.040 0.329 189 E 0.210 0.155 0.032 0.008 0.010 0.056 0.052 0.479 190 L 0.297 0.149 0.059 0.010 0.013 0.131 0.045 0.296 191 N 0.116 0.092 0.037 0.027 0.019 0.205 0.017 0.488 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 193 V 0.008 0.027 0.017 0.015 0.037 0.335 0.002 0.559 194 D 0.077 0.189 0.017 0.015 0.014 0.265 0.007 0.415 195 V 0.021 0.845 0.005 0.006 0.011 0.019 0.001 0.092 196 M 0.010 0.934 0.008 0.007 0.010 0.009 0.001 0.021 197 F 0.005 0.956 0.002 0.005 0.003 0.005 0.001 0.023 198 L 0.010 0.963 0.002 0.002 0.004 0.002 0.003 0.014 199 Y 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 200 K 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 201 T 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 202 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 203 E 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 204 W 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 205 V 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 206 G 0.006 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 207 G 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 208 L 0.019 0.937 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.031 209 A 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 210 D 0.014 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.019 211 L 0.027 0.942 0.007 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 212 A 0.027 0.934 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.021 213 E 0.020 0.924 0.011 0.002 0.002 0.009 0.006 0.027 214 R 0.023 0.905 0.004 0.001 0.001 0.011 0.006 0.049 215 V 0.020 0.915 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.047 216 G 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 217 S 0.006 0.960 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.022 218 R 0.035 0.891 0.004 0.002 0.002 0.008 0.013 0.046 219 L 0.016 0.940 0.009 0.004 0.003 0.005 0.006 0.017 220 E 0.006 0.926 0.025 0.015 0.010 0.005 0.004 0.009 221 L 0.010 0.847 0.028 0.021 0.022 0.007 0.006 0.058 222 M 0.024 0.568 0.193 0.079 0.081 0.013 0.012 0.029 223 L 0.010 0.797 0.046 0.066 0.039 0.006 0.006 0.029 224 A 0.027 0.367 0.295 0.098 0.138 0.010 0.024 0.040 225 R 0.057 0.200 0.111 0.179 0.131 0.039 0.034 0.248 226 V 0.032 0.056 0.079 0.051 0.084 0.032 0.018 0.647