# TARGET T0365 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.682 0.191 0.077 0.034 0.012 0.004 0.001 2 P 0.608 0.197 0.100 0.055 0.027 0.011 0.002 3 V 0.502 0.193 0.126 0.097 0.056 0.024 0.004 4 N 0.452 0.241 0.140 0.091 0.048 0.023 0.005 5 S 0.305 0.211 0.179 0.151 0.093 0.052 0.009 6 I 0.194 0.128 0.135 0.165 0.171 0.163 0.045 7 L 0.190 0.151 0.152 0.174 0.163 0.138 0.033 8 G 0.291 0.261 0.198 0.142 0.070 0.032 0.006 9 V 0.216 0.172 0.166 0.210 0.161 0.066 0.008 10 F 0.219 0.222 0.218 0.194 0.106 0.038 0.004 11 A 0.402 0.299 0.161 0.092 0.035 0.011 0.001 12 K 0.486 0.292 0.133 0.064 0.020 0.004 0.001 13 S 0.516 0.303 0.111 0.048 0.016 0.004 0.001 14 P 0.109 0.244 0.271 0.236 0.108 0.031 0.001 15 I 0.037 0.113 0.248 0.356 0.204 0.041 0.001 16 K 0.283 0.479 0.177 0.048 0.011 0.002 0.001 17 P 0.033 0.201 0.368 0.294 0.088 0.014 0.001 18 L 0.003 0.009 0.030 0.162 0.467 0.318 0.012 19 Q 0.040 0.261 0.400 0.244 0.050 0.006 0.001 20 E 0.082 0.529 0.292 0.080 0.014 0.003 0.001 21 H 0.002 0.013 0.050 0.240 0.443 0.245 0.007 22 M 0.001 0.012 0.070 0.291 0.433 0.184 0.009 23 D 0.042 0.458 0.369 0.106 0.021 0.004 0.001 24 K 0.005 0.042 0.205 0.441 0.254 0.051 0.002 25 V 0.001 0.002 0.004 0.023 0.179 0.641 0.150 26 Y 0.005 0.037 0.183 0.421 0.283 0.068 0.002 27 D 0.017 0.204 0.381 0.287 0.089 0.022 0.001 28 C 0.002 0.005 0.013 0.069 0.287 0.542 0.081 29 A 0.001 0.002 0.011 0.085 0.342 0.496 0.063 30 S 0.009 0.169 0.429 0.281 0.092 0.019 0.001 31 L 0.004 0.011 0.065 0.299 0.437 0.167 0.018 32 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.550 0.395 33 V 0.003 0.012 0.097 0.367 0.378 0.135 0.008 34 P 0.012 0.173 0.387 0.290 0.106 0.031 0.002 35 F 0.004 0.009 0.027 0.126 0.333 0.412 0.089 36 F 0.003 0.005 0.017 0.106 0.367 0.445 0.056 37 E 0.041 0.264 0.372 0.224 0.079 0.018 0.002 38 A 0.125 0.282 0.249 0.208 0.102 0.029 0.004 39 T 0.031 0.094 0.172 0.302 0.257 0.130 0.015 40 I 0.128 0.177 0.272 0.267 0.128 0.028 0.001 41 T 0.608 0.289 0.076 0.021 0.004 0.001 0.001 42 G 0.555 0.263 0.121 0.047 0.011 0.002 0.001 43 N 0.513 0.324 0.111 0.040 0.010 0.002 0.001 44 W 0.163 0.223 0.276 0.239 0.085 0.013 0.001 45 D 0.698 0.216 0.055 0.021 0.008 0.002 0.001 46 D 0.256 0.369 0.238 0.107 0.026 0.004 0.001 47 A 0.039 0.068 0.166 0.347 0.283 0.092 0.004 48 V 0.323 0.383 0.201 0.076 0.014 0.002 0.001 49 Q 0.396 0.440 0.128 0.030 0.005 0.001 0.001 50 I 0.036 0.062 0.141 0.345 0.322 0.093 0.001 51 R 0.054 0.099 0.213 0.322 0.238 0.072 0.002 52 K 0.464 0.410 0.105 0.019 0.002 0.001 0.001 53 Q 0.217 0.349 0.284 0.122 0.025 0.003 0.001 54 I 0.066 0.080 0.145 0.297 0.305 0.105 0.002 55 S 0.357 0.325 0.204 0.086 0.023 0.005 0.001 56 L 0.577 0.296 0.087 0.031 0.007 0.002 0.001 57 A 0.269 0.231 0.223 0.193 0.069 0.014 0.001 58 E 0.375 0.280 0.190 0.114 0.036 0.006 0.001 59 K 0.581 0.266 0.103 0.037 0.010 0.002 0.001 60 Q 0.480 0.317 0.138 0.051 0.012 0.002 0.001 61 G 0.225 0.169 0.199 0.224 0.139 0.042 0.002 62 D 0.508 0.295 0.127 0.053 0.014 0.003 0.001 63 S 0.575 0.315 0.079 0.024 0.006 0.001 0.001 64 L 0.162 0.165 0.235 0.290 0.123 0.025 0.001 65 K 0.220 0.278 0.258 0.152 0.070 0.022 0.002 66 R 0.396 0.328 0.172 0.075 0.023 0.006 0.001 67 E 0.193 0.372 0.278 0.121 0.031 0.005 0.001 68 I 0.034 0.038 0.076 0.269 0.405 0.172 0.006 69 R 0.034 0.137 0.267 0.307 0.184 0.066 0.004 70 L 0.250 0.454 0.202 0.072 0.017 0.004 0.001 71 T 0.091 0.174 0.321 0.304 0.095 0.014 0.001 72 L 0.070 0.073 0.087 0.197 0.343 0.215 0.015 73 P 0.158 0.224 0.236 0.218 0.118 0.042 0.003 74 S 0.290 0.360 0.197 0.105 0.035 0.011 0.002 75 G 0.162 0.155 0.218 0.248 0.143 0.063 0.011 76 L 0.115 0.115 0.132 0.194 0.229 0.182 0.033 77 F 0.144 0.144 0.154 0.178 0.170 0.148 0.063 78 M 0.150 0.146 0.138 0.180 0.178 0.152 0.056 79 P 0.114 0.135 0.140 0.182 0.186 0.180 0.062 80 V 0.095 0.113 0.154 0.224 0.218 0.149 0.047 81 E 0.121 0.300 0.248 0.176 0.093 0.051 0.011 82 R 0.045 0.119 0.215 0.294 0.212 0.098 0.016 83 T 0.278 0.362 0.196 0.096 0.044 0.019 0.005 84 D 0.053 0.195 0.287 0.268 0.139 0.051 0.007 85 L 0.006 0.012 0.027 0.111 0.325 0.454 0.066 86 L 0.016 0.091 0.210 0.337 0.245 0.093 0.008 87 E 0.043 0.287 0.342 0.213 0.079 0.031 0.004 88 L 0.002 0.008 0.034 0.152 0.366 0.401 0.038 89 L 0.003 0.010 0.028 0.092 0.285 0.478 0.104 90 T 0.040 0.212 0.303 0.245 0.136 0.056 0.008 91 Q 0.014 0.092 0.272 0.355 0.198 0.063 0.006 92 Q 0.005 0.013 0.023 0.078 0.258 0.470 0.154 93 D 0.024 0.098 0.209 0.319 0.245 0.098 0.008 94 K 0.040 0.249 0.333 0.245 0.101 0.029 0.003 95 I 0.004 0.011 0.033 0.136 0.337 0.388 0.090 96 A 0.003 0.017 0.051 0.153 0.319 0.401 0.055 97 N 0.021 0.188 0.310 0.268 0.150 0.056 0.007 98 K 0.006 0.039 0.140 0.307 0.326 0.159 0.024 99 A 0.001 0.003 0.005 0.023 0.144 0.548 0.276 100 K 0.011 0.065 0.210 0.338 0.264 0.102 0.010 101 D 0.014 0.122 0.278 0.304 0.193 0.080 0.010 102 I 0.005 0.011 0.024 0.075 0.198 0.415 0.272 103 S 0.002 0.006 0.015 0.052 0.176 0.511 0.239 104 G 0.008 0.039 0.125 0.269 0.287 0.207 0.065 105 R 0.010 0.019 0.050 0.120 0.253 0.374 0.173 106 V 0.004 0.004 0.005 0.014 0.063 0.381 0.529 107 I 0.008 0.025 0.063 0.144 0.251 0.357 0.152 108 G 0.014 0.041 0.084 0.172 0.259 0.296 0.135 109 R 0.007 0.020 0.050 0.159 0.316 0.345 0.103 110 Q 0.017 0.082 0.176 0.278 0.262 0.164 0.021 111 L 0.015 0.034 0.079 0.188 0.332 0.302 0.051 112 L 0.078 0.191 0.243 0.240 0.157 0.080 0.011 113 I 0.045 0.107 0.182 0.285 0.263 0.111 0.007 114 P 0.058 0.146 0.223 0.296 0.212 0.063 0.003 115 Q 0.457 0.349 0.124 0.049 0.016 0.004 0.001 116 A 0.303 0.366 0.209 0.091 0.025 0.006 0.001 117 L 0.032 0.055 0.139 0.348 0.330 0.094 0.002 118 Q 0.099 0.303 0.341 0.188 0.057 0.012 0.001 119 V 0.283 0.407 0.198 0.076 0.027 0.008 0.001 120 P 0.037 0.127 0.234 0.324 0.213 0.061 0.003 121 F 0.002 0.005 0.014 0.084 0.341 0.495 0.060 122 I 0.008 0.064 0.238 0.391 0.225 0.069 0.004 123 A 0.022 0.208 0.350 0.276 0.110 0.031 0.002 124 Y 0.001 0.003 0.009 0.054 0.278 0.552 0.104 125 L 0.001 0.001 0.004 0.024 0.164 0.603 0.204 126 Q 0.004 0.063 0.289 0.368 0.201 0.069 0.006 127 R 0.001 0.005 0.053 0.310 0.442 0.177 0.013 128 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.470 0.494 129 I 0.001 0.005 0.047 0.267 0.415 0.249 0.017 130 D 0.002 0.058 0.311 0.409 0.178 0.039 0.003 131 A 0.001 0.002 0.006 0.042 0.229 0.526 0.193 132 V 0.001 0.001 0.006 0.049 0.241 0.572 0.131 133 G 0.005 0.120 0.391 0.313 0.132 0.035 0.004 134 L 0.001 0.006 0.048 0.273 0.464 0.186 0.022 135 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.514 0.433 136 Q 0.004 0.027 0.177 0.463 0.268 0.059 0.002 137 Q 0.006 0.093 0.350 0.390 0.139 0.022 0.001 138 V 0.002 0.005 0.006 0.027 0.186 0.643 0.131 139 I 0.001 0.001 0.009 0.081 0.361 0.514 0.033 140 N 0.012 0.245 0.505 0.194 0.038 0.006 0.001 141 E 0.010 0.042 0.170 0.412 0.305 0.056 0.005 142 L 0.001 0.003 0.004 0.024 0.163 0.674 0.131 143 D 0.010 0.057 0.246 0.382 0.233 0.069 0.005 144 D 0.048 0.346 0.360 0.183 0.051 0.011 0.001 145 L 0.012 0.027 0.067 0.239 0.354 0.266 0.035 146 L 0.017 0.045 0.094 0.248 0.364 0.211 0.020 147 E 0.121 0.361 0.291 0.148 0.057 0.020 0.004 148 A 0.126 0.215 0.246 0.226 0.129 0.049 0.008 149 G 0.056 0.122 0.194 0.256 0.209 0.139 0.024 150 F 0.107 0.110 0.160 0.227 0.246 0.135 0.015 151 R 0.430 0.361 0.142 0.054 0.012 0.002 0.001 152 G 0.369 0.336 0.180 0.088 0.023 0.003 0.001 153 R 0.545 0.262 0.122 0.053 0.015 0.003 0.001 154 E 0.439 0.369 0.131 0.049 0.010 0.001 0.001 155 V 0.050 0.154 0.342 0.326 0.111 0.017 0.001 156 D 0.519 0.373 0.079 0.021 0.007 0.002 0.001 157 F 0.035 0.227 0.364 0.270 0.089 0.015 0.001 158 V 0.002 0.005 0.023 0.179 0.489 0.290 0.011 159 A 0.037 0.274 0.419 0.229 0.039 0.003 0.001 160 K 0.176 0.516 0.242 0.057 0.008 0.001 0.001 161 M 0.012 0.029 0.068 0.222 0.418 0.246 0.005 162 I 0.009 0.023 0.098 0.302 0.399 0.164 0.004 163 N 0.221 0.494 0.221 0.055 0.008 0.001 0.001 164 E 0.092 0.263 0.327 0.234 0.071 0.012 0.001 165 L 0.035 0.055 0.124 0.293 0.345 0.144 0.004 166 D 0.252 0.363 0.240 0.108 0.031 0.006 0.001 167 I 0.353 0.367 0.186 0.074 0.017 0.003 0.001 168 I 0.137 0.188 0.220 0.276 0.141 0.036 0.001 169 E 0.281 0.327 0.223 0.121 0.039 0.009 0.001 170 E 0.704 0.185 0.060 0.030 0.014 0.006 0.001 171 D 0.399 0.317 0.172 0.080 0.025 0.006 0.001 172 T 0.105 0.124 0.203 0.280 0.203 0.079 0.006 173 D 0.313 0.313 0.200 0.116 0.045 0.012 0.001 174 D 0.300 0.439 0.182 0.060 0.015 0.004 0.001 175 L 0.064 0.063 0.141 0.329 0.298 0.101 0.005 176 Q 0.089 0.146 0.186 0.203 0.205 0.156 0.016 177 I 0.164 0.250 0.269 0.197 0.089 0.029 0.002 178 Q 0.076 0.226 0.332 0.258 0.090 0.016 0.001 179 L 0.011 0.014 0.023 0.101 0.356 0.453 0.042 180 R 0.008 0.037 0.100 0.231 0.330 0.269 0.024 181 R 0.100 0.336 0.304 0.184 0.058 0.016 0.001 182 Q 0.017 0.080 0.300 0.413 0.160 0.028 0.001 183 L 0.006 0.010 0.020 0.091 0.351 0.479 0.044 184 F 0.026 0.099 0.229 0.327 0.240 0.075 0.003 185 A 0.210 0.480 0.213 0.076 0.017 0.003 0.001 186 L 0.064 0.212 0.314 0.300 0.095 0.015 0.001 187 E 0.085 0.157 0.216 0.291 0.195 0.053 0.002 188 S 0.527 0.310 0.113 0.039 0.009 0.002 0.001 189 E 0.599 0.254 0.091 0.041 0.012 0.003 0.001 190 L 0.125 0.208 0.269 0.243 0.120 0.034 0.002 191 N 0.236 0.320 0.229 0.139 0.059 0.015 0.002 192 P 0.065 0.077 0.103 0.191 0.282 0.241 0.041 193 V 0.065 0.115 0.178 0.243 0.221 0.152 0.026 194 D 0.046 0.121 0.192 0.235 0.219 0.156 0.031 195 V 0.013 0.024 0.045 0.124 0.260 0.391 0.143 196 M 0.007 0.028 0.066 0.140 0.265 0.365 0.128 197 F 0.004 0.015 0.054 0.170 0.286 0.360 0.111 198 L 0.004 0.009 0.012 0.032 0.138 0.484 0.321 199 Y 0.011 0.031 0.104 0.281 0.346 0.201 0.025 200 K 0.012 0.135 0.324 0.309 0.153 0.058 0.007 201 T 0.001 0.003 0.009 0.060 0.235 0.528 0.164 202 I 0.001 0.004 0.010 0.049 0.222 0.569 0.145 203 E 0.007 0.092 0.273 0.347 0.200 0.072 0.009 204 W 0.002 0.012 0.080 0.292 0.395 0.193 0.026 205 V 0.002 0.006 0.005 0.015 0.081 0.494 0.397 206 G 0.006 0.023 0.091 0.287 0.377 0.199 0.017 207 G 0.009 0.103 0.313 0.350 0.171 0.049 0.004 208 L 0.001 0.005 0.015 0.086 0.300 0.488 0.106 209 A 0.002 0.010 0.030 0.117 0.319 0.445 0.078 210 D 0.009 0.140 0.297 0.294 0.178 0.073 0.009 211 L 0.001 0.016 0.111 0.332 0.362 0.153 0.024 212 A 0.001 0.002 0.004 0.027 0.165 0.550 0.252 213 E 0.013 0.127 0.315 0.358 0.155 0.031 0.001 214 R 0.010 0.139 0.359 0.336 0.130 0.026 0.002 215 V 0.003 0.007 0.013 0.064 0.264 0.534 0.116 216 G 0.009 0.030 0.096 0.238 0.355 0.260 0.012 217 S 0.082 0.285 0.312 0.223 0.077 0.020 0.001 218 R 0.079 0.098 0.194 0.268 0.235 0.113 0.013 219 L 0.074 0.040 0.038 0.069 0.173 0.488 0.118 220 E 0.174 0.175 0.191 0.187 0.155 0.099 0.019 221 L 0.313 0.237 0.164 0.129 0.087 0.059 0.011 222 M 0.250 0.124 0.152 0.215 0.147 0.098 0.014 223 L 0.245 0.175 0.182 0.195 0.133 0.066 0.004 224 A 0.351 0.221 0.178 0.146 0.079 0.023 0.002 225 R 0.572 0.246 0.111 0.053 0.015 0.003 0.001 226 V 0.834 0.128 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001