# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.053 0.025 0.062 0.047 0.145 0.139 0.497 2 P 0.090 0.463 0.015 0.017 0.024 0.052 0.120 0.218 3 V 0.103 0.581 0.012 0.010 0.018 0.040 0.050 0.184 4 N 0.059 0.303 0.064 0.053 0.065 0.062 0.094 0.300 5 S 0.240 0.229 0.039 0.033 0.047 0.066 0.064 0.281 6 I 0.231 0.092 0.058 0.036 0.055 0.092 0.088 0.347 7 L 0.075 0.031 0.037 0.033 0.062 0.098 0.042 0.622 8 G 0.025 0.012 0.030 0.038 0.071 0.096 0.038 0.690 9 V 0.026 0.005 0.021 0.025 0.034 0.110 0.025 0.755 10 F 0.314 0.013 0.027 0.051 0.043 0.108 0.086 0.358 11 A 0.040 0.006 0.006 0.010 0.018 0.084 0.020 0.816 12 K 0.045 0.007 0.008 0.006 0.015 0.068 0.014 0.837 13 S 0.102 0.041 0.013 0.039 0.026 0.141 0.068 0.570 14 P 0.022 0.156 0.007 0.007 0.010 0.091 0.014 0.694 15 I 0.062 0.456 0.008 0.004 0.005 0.049 0.023 0.393 16 K 0.048 0.768 0.008 0.007 0.003 0.021 0.067 0.079 17 P 0.031 0.877 0.003 0.001 0.001 0.007 0.055 0.026 18 L 0.029 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.007 19 Q 0.009 0.916 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.019 20 E 0.005 0.901 0.002 0.001 0.001 0.007 0.037 0.048 21 H 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.007 22 M 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.007 23 D 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.018 24 K 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 25 V 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 26 Y 0.013 0.610 0.016 0.001 0.001 0.006 0.339 0.016 27 D 0.008 0.787 0.006 0.001 0.001 0.010 0.140 0.049 28 C 0.028 0.663 0.013 0.001 0.001 0.009 0.256 0.030 29 A 0.042 0.842 0.005 0.001 0.001 0.010 0.064 0.036 30 S 0.025 0.255 0.013 0.002 0.003 0.034 0.353 0.315 31 L 0.003 0.727 0.009 0.002 0.001 0.032 0.100 0.126 32 L 0.011 0.950 0.003 0.001 0.001 0.007 0.014 0.014 33 V 0.017 0.955 0.004 0.001 0.001 0.003 0.009 0.011 34 P 0.021 0.928 0.005 0.001 0.001 0.006 0.013 0.026 35 F 0.025 0.165 0.049 0.001 0.001 0.013 0.720 0.025 36 F 0.028 0.637 0.025 0.003 0.002 0.017 0.241 0.047 37 E 0.065 0.227 0.055 0.002 0.005 0.040 0.245 0.359 38 A 0.024 0.124 0.083 0.012 0.013 0.125 0.210 0.409 39 T 0.160 0.062 0.110 0.015 0.020 0.103 0.160 0.370 40 I 0.269 0.025 0.014 0.006 0.007 0.098 0.052 0.530 41 T 0.044 0.021 0.009 0.003 0.006 0.121 0.024 0.772 42 G 0.012 0.019 0.005 0.002 0.003 0.120 0.015 0.824 43 N 0.084 0.483 0.007 0.003 0.003 0.067 0.047 0.306 44 W 0.106 0.726 0.004 0.001 0.001 0.022 0.031 0.108 45 D 0.023 0.792 0.007 0.002 0.002 0.019 0.042 0.114 46 D 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.017 47 A 0.009 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.030 0.009 48 V 0.004 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 49 Q 0.007 0.938 0.004 0.001 0.001 0.004 0.026 0.020 50 I 0.023 0.918 0.002 0.001 0.001 0.004 0.039 0.013 51 R 0.036 0.467 0.006 0.001 0.001 0.009 0.440 0.038 52 K 0.005 0.831 0.003 0.001 0.001 0.011 0.065 0.084 53 Q 0.009 0.928 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 0.041 54 I 0.018 0.914 0.005 0.002 0.001 0.008 0.024 0.028 55 S 0.017 0.873 0.006 0.001 0.001 0.009 0.046 0.047 56 L 0.023 0.897 0.004 0.001 0.001 0.006 0.035 0.034 57 A 0.025 0.855 0.006 0.001 0.001 0.008 0.073 0.031 58 E 0.062 0.667 0.012 0.001 0.002 0.020 0.126 0.110 59 K 0.041 0.459 0.011 0.002 0.002 0.042 0.230 0.213 60 Q 0.021 0.712 0.005 0.001 0.001 0.021 0.114 0.125 61 G 0.020 0.882 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 0.057 62 D 0.013 0.895 0.002 0.001 0.001 0.009 0.025 0.052 63 S 0.008 0.931 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.030 64 L 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 0.015 65 K 0.008 0.918 0.006 0.001 0.002 0.005 0.046 0.014 66 R 0.005 0.922 0.003 0.002 0.002 0.004 0.036 0.025 67 E 0.027 0.213 0.097 0.017 0.019 0.025 0.544 0.058 68 I 0.097 0.288 0.034 0.041 0.030 0.041 0.365 0.104 69 R 0.327 0.044 0.030 0.012 0.019 0.050 0.098 0.419 70 L 0.014 0.006 0.017 0.033 0.035 0.114 0.129 0.653 71 T 0.005 0.003 0.010 0.007 0.010 0.112 0.041 0.813 72 L 0.271 0.008 0.011 0.011 0.010 0.150 0.054 0.485 73 P 0.206 0.008 0.011 0.007 0.010 0.114 0.041 0.603 74 S 0.055 0.006 0.032 0.006 0.033 0.136 0.035 0.698 75 G 0.008 0.002 0.147 0.030 0.106 0.120 0.063 0.524 76 L 0.005 0.002 0.240 0.179 0.169 0.073 0.041 0.290 77 F 0.005 0.002 0.231 0.076 0.087 0.056 0.026 0.516 78 M 0.033 0.014 0.218 0.111 0.096 0.088 0.057 0.383 79 P 0.045 0.017 0.092 0.025 0.027 0.093 0.115 0.585 80 V 0.052 0.069 0.045 0.020 0.015 0.123 0.116 0.560 81 E 0.108 0.523 0.007 0.003 0.004 0.032 0.073 0.251 82 R 0.062 0.798 0.002 0.001 0.001 0.014 0.048 0.073 83 T 0.012 0.844 0.003 0.002 0.002 0.016 0.040 0.080 84 D 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 85 L 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 86 L 0.004 0.095 0.004 0.001 0.001 0.002 0.888 0.005 87 E 0.007 0.646 0.004 0.001 0.001 0.005 0.320 0.016 88 L 0.086 0.735 0.018 0.001 0.001 0.014 0.105 0.040 89 L 0.023 0.550 0.028 0.006 0.003 0.027 0.266 0.096 90 T 0.027 0.711 0.009 0.001 0.002 0.024 0.037 0.190 91 Q 0.026 0.878 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 0.067 92 Q 0.029 0.719 0.009 0.001 0.001 0.015 0.184 0.044 93 D 0.023 0.582 0.010 0.001 0.001 0.017 0.308 0.059 94 K 0.010 0.938 0.006 0.001 0.001 0.006 0.014 0.026 95 I 0.021 0.938 0.010 0.001 0.001 0.003 0.011 0.016 96 A 0.029 0.830 0.009 0.001 0.001 0.010 0.076 0.044 97 N 0.010 0.884 0.005 0.001 0.001 0.006 0.056 0.038 98 K 0.016 0.918 0.003 0.001 0.001 0.005 0.031 0.027 99 A 0.023 0.412 0.008 0.001 0.001 0.009 0.526 0.021 100 K 0.012 0.705 0.006 0.001 0.001 0.013 0.199 0.063 101 D 0.021 0.863 0.005 0.001 0.001 0.011 0.037 0.062 102 I 0.014 0.882 0.006 0.001 0.001 0.013 0.039 0.043 103 S 0.023 0.759 0.009 0.002 0.005 0.028 0.092 0.083 104 G 0.013 0.628 0.014 0.005 0.007 0.026 0.208 0.099 105 R 0.020 0.460 0.061 0.017 0.024 0.065 0.275 0.078 106 V 0.049 0.335 0.133 0.035 0.045 0.054 0.232 0.116 107 I 0.049 0.235 0.158 0.058 0.121 0.069 0.115 0.195 108 G 0.043 0.044 0.226 0.041 0.092 0.067 0.119 0.368 109 R 0.070 0.027 0.060 0.190 0.146 0.104 0.067 0.336 110 Q 0.039 0.010 0.047 0.036 0.064 0.101 0.038 0.664 111 L 0.010 0.012 0.045 0.049 0.081 0.160 0.032 0.610 112 L 0.012 0.016 0.066 0.053 0.065 0.107 0.033 0.647 113 I 0.196 0.067 0.033 0.042 0.028 0.085 0.086 0.462 114 P 0.376 0.090 0.026 0.018 0.015 0.047 0.144 0.285 115 Q 0.212 0.090 0.012 0.007 0.012 0.073 0.061 0.532 116 A 0.047 0.044 0.011 0.005 0.008 0.098 0.050 0.737 117 L 0.019 0.171 0.008 0.008 0.010 0.103 0.052 0.630 118 Q 0.031 0.652 0.003 0.002 0.004 0.036 0.046 0.227 119 V 0.016 0.891 0.002 0.002 0.002 0.010 0.036 0.041 120 P 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.009 121 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 122 I 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 123 A 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 124 Y 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 125 L 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 126 Q 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 127 R 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 128 C 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 129 I 0.007 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 130 D 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.015 131 A 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 132 V 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.004 133 G 0.005 0.886 0.002 0.001 0.001 0.003 0.085 0.019 134 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 135 A 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 136 Q 0.008 0.646 0.003 0.001 0.001 0.003 0.325 0.014 137 Q 0.004 0.879 0.004 0.001 0.001 0.004 0.088 0.020 138 V 0.015 0.944 0.004 0.001 0.001 0.002 0.028 0.008 139 I 0.062 0.752 0.014 0.001 0.001 0.007 0.136 0.028 140 N 0.020 0.675 0.011 0.001 0.001 0.018 0.122 0.154 141 E 0.009 0.936 0.004 0.001 0.001 0.005 0.009 0.037 142 L 0.027 0.926 0.008 0.001 0.001 0.005 0.017 0.016 143 D 0.034 0.862 0.017 0.001 0.001 0.009 0.021 0.056 144 D 0.078 0.756 0.033 0.001 0.001 0.013 0.028 0.092 145 L 0.183 0.286 0.212 0.003 0.002 0.037 0.157 0.121 146 L 0.322 0.148 0.060 0.003 0.003 0.057 0.085 0.321 147 E 0.100 0.045 0.012 0.001 0.001 0.041 0.021 0.779 148 A 0.013 0.030 0.062 0.005 0.007 0.103 0.041 0.740 149 G 0.086 0.036 0.040 0.009 0.014 0.156 0.048 0.612 150 F 0.243 0.027 0.027 0.011 0.007 0.088 0.053 0.544 151 R 0.053 0.070 0.017 0.005 0.009 0.081 0.038 0.726 152 G 0.050 0.117 0.013 0.004 0.008 0.077 0.037 0.694 153 R 0.018 0.243 0.020 0.027 0.015 0.102 0.051 0.523 154 E 0.013 0.900 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 0.062 155 V 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.012 156 D 0.002 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.008 157 F 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 158 V 0.013 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.003 159 A 0.006 0.483 0.002 0.001 0.001 0.003 0.490 0.013 160 K 0.004 0.831 0.002 0.001 0.001 0.006 0.115 0.041 161 M 0.013 0.913 0.002 0.001 0.001 0.005 0.044 0.021 162 I 0.051 0.782 0.008 0.003 0.002 0.015 0.082 0.057 163 N 0.032 0.695 0.008 0.003 0.003 0.027 0.038 0.194 164 E 0.018 0.824 0.006 0.001 0.001 0.017 0.023 0.111 165 L 0.039 0.821 0.016 0.002 0.002 0.018 0.037 0.065 166 D 0.033 0.698 0.027 0.006 0.005 0.029 0.072 0.130 167 I 0.074 0.568 0.033 0.003 0.003 0.034 0.080 0.204 168 I 0.097 0.238 0.037 0.007 0.006 0.035 0.451 0.129 169 E 0.059 0.216 0.014 0.005 0.006 0.060 0.279 0.362 170 E 0.028 0.400 0.008 0.003 0.004 0.059 0.044 0.455 171 D 0.023 0.650 0.004 0.003 0.003 0.042 0.017 0.259 172 T 0.028 0.874 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 0.052 173 D 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 174 D 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.008 175 L 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 176 Q 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 177 I 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 178 Q 0.002 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 179 L 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 180 R 0.013 0.939 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 0.009 181 R 0.024 0.894 0.005 0.002 0.001 0.006 0.023 0.045 182 Q 0.054 0.749 0.014 0.002 0.002 0.018 0.049 0.111 183 L 0.156 0.510 0.032 0.003 0.003 0.039 0.093 0.164 184 F 0.085 0.115 0.046 0.009 0.007 0.073 0.247 0.417 185 A 0.034 0.050 0.023 0.004 0.005 0.082 0.139 0.663 186 L 0.290 0.072 0.023 0.007 0.008 0.069 0.114 0.417 187 E 0.185 0.014 0.012 0.006 0.007 0.095 0.053 0.628 188 S 0.035 0.010 0.008 0.003 0.005 0.091 0.045 0.802 189 E 0.013 0.022 0.009 0.004 0.008 0.140 0.020 0.784 190 L 0.019 0.038 0.015 0.008 0.008 0.137 0.040 0.735 191 N 0.062 0.645 0.011 0.009 0.008 0.042 0.055 0.168 192 P 0.024 0.871 0.006 0.002 0.004 0.014 0.021 0.059 193 V 0.012 0.855 0.015 0.008 0.008 0.012 0.043 0.049 194 D 0.007 0.932 0.006 0.004 0.005 0.003 0.031 0.011 195 V 0.006 0.942 0.005 0.002 0.003 0.004 0.027 0.012 196 M 0.008 0.872 0.017 0.008 0.008 0.005 0.064 0.016 197 F 0.006 0.820 0.006 0.005 0.006 0.005 0.132 0.020 198 L 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.008 199 Y 0.002 0.953 0.002 0.002 0.001 0.002 0.034 0.005 200 K 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 201 T 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 202 I 0.017 0.763 0.006 0.001 0.001 0.003 0.202 0.008 203 E 0.007 0.825 0.008 0.002 0.001 0.006 0.111 0.040 204 W 0.033 0.903 0.004 0.001 0.001 0.006 0.019 0.034 205 V 0.072 0.619 0.013 0.001 0.001 0.011 0.244 0.039 206 G 0.021 0.712 0.010 0.001 0.001 0.014 0.097 0.145 207 G 0.017 0.867 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 0.091 208 L 0.013 0.939 0.005 0.001 0.001 0.004 0.021 0.017 209 A 0.023 0.909 0.003 0.001 0.001 0.006 0.033 0.026 210 D 0.009 0.899 0.004 0.001 0.001 0.004 0.056 0.027 211 L 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 212 A 0.034 0.718 0.004 0.001 0.001 0.003 0.231 0.011 213 E 0.002 0.213 0.001 0.001 0.001 0.003 0.763 0.018 214 R 0.002 0.829 0.002 0.001 0.001 0.004 0.140 0.022 215 V 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 216 G 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.009 217 S 0.009 0.868 0.003 0.001 0.002 0.009 0.083 0.026 218 R 0.013 0.739 0.015 0.001 0.002 0.016 0.197 0.018 219 L 0.024 0.576 0.061 0.009 0.011 0.028 0.222 0.069 220 E 0.026 0.232 0.124 0.025 0.050 0.103 0.223 0.216 221 L 0.016 0.057 0.293 0.037 0.071 0.085 0.202 0.239 222 M 0.021 0.018 0.321 0.178 0.219 0.055 0.074 0.114 223 L 0.015 0.004 0.128 0.149 0.284 0.064 0.059 0.298 224 A 0.007 0.002 0.093 0.204 0.275 0.087 0.037 0.294 225 R 0.023 0.002 0.063 0.164 0.265 0.109 0.046 0.329 226 V 0.042 0.003 0.022 0.045 0.061 0.121 0.040 0.666