# TARGET T0365 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0365.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.008 0.040 0.022 0.025 0.070 0.007 0.766 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 3 V 0.011 0.006 0.034 0.025 0.087 0.068 0.002 0.766 4 N 0.056 0.035 0.045 0.040 0.050 0.125 0.006 0.643 5 S 0.158 0.070 0.036 0.027 0.059 0.128 0.010 0.512 6 I 0.216 0.253 0.075 0.046 0.075 0.076 0.009 0.250 7 L 0.089 0.363 0.076 0.068 0.095 0.073 0.017 0.218 8 G 0.188 0.211 0.037 0.045 0.058 0.047 0.050 0.365 9 V 0.239 0.142 0.089 0.030 0.047 0.060 0.034 0.359 10 F 0.111 0.141 0.058 0.063 0.074 0.088 0.025 0.440 11 A 0.048 0.040 0.039 0.016 0.032 0.063 0.019 0.743 12 K 0.148 0.092 0.082 0.026 0.048 0.128 0.034 0.443 13 S 0.085 0.032 0.021 0.013 0.013 0.100 0.007 0.729 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 I 0.064 0.013 0.024 0.013 0.037 0.397 0.008 0.443 16 K 0.132 0.024 0.014 0.005 0.006 0.124 0.005 0.689 17 P 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.972 18 L 0.039 0.337 0.012 0.007 0.024 0.154 0.003 0.424 19 Q 0.036 0.618 0.006 0.002 0.005 0.054 0.005 0.274 20 E 0.024 0.814 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.131 21 H 0.021 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.048 22 M 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 23 D 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 24 K 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 25 V 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 26 Y 0.001 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 27 D 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 28 C 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 30 S 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 31 L 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 32 L 0.072 0.855 0.007 0.001 0.001 0.002 0.028 0.034 33 V 0.020 0.875 0.013 0.002 0.003 0.004 0.005 0.078 34 P 0.002 0.410 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.574 35 F 0.012 0.812 0.003 0.001 0.002 0.012 0.005 0.152 36 F 0.013 0.926 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.050 37 E 0.010 0.936 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.038 38 A 0.020 0.935 0.005 0.002 0.001 0.002 0.005 0.029 39 T 0.044 0.903 0.006 0.003 0.003 0.002 0.012 0.028 40 I 0.068 0.801 0.035 0.007 0.007 0.009 0.023 0.049 41 T 0.081 0.705 0.065 0.009 0.009 0.020 0.026 0.085 42 G 0.272 0.284 0.048 0.008 0.007 0.036 0.073 0.271 43 N 0.297 0.136 0.048 0.005 0.004 0.093 0.044 0.373 44 W 0.066 0.061 0.078 0.004 0.008 0.058 0.012 0.712 45 D 0.014 0.028 0.014 0.003 0.006 0.330 0.004 0.600 46 D 0.036 0.037 0.003 0.001 0.003 0.465 0.003 0.451 47 A 0.068 0.483 0.005 0.002 0.005 0.107 0.002 0.327 48 V 0.008 0.753 0.003 0.001 0.003 0.055 0.002 0.175 49 Q 0.006 0.898 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.073 50 I 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 51 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 52 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 Q 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 54 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 55 S 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 56 L 0.009 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.020 57 A 0.018 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 58 E 0.017 0.955 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 59 K 0.010 0.958 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.019 60 Q 0.040 0.890 0.006 0.002 0.002 0.006 0.008 0.045 61 G 0.011 0.952 0.006 0.002 0.002 0.004 0.003 0.020 62 D 0.030 0.896 0.006 0.003 0.003 0.009 0.012 0.042 63 S 0.042 0.887 0.013 0.004 0.004 0.015 0.006 0.028 64 L 0.025 0.912 0.004 0.003 0.003 0.014 0.006 0.033 65 K 0.025 0.875 0.015 0.005 0.006 0.016 0.007 0.052 66 R 0.007 0.929 0.005 0.003 0.003 0.007 0.003 0.042 67 E 0.010 0.934 0.005 0.003 0.004 0.006 0.003 0.035 68 I 0.011 0.941 0.003 0.003 0.006 0.005 0.003 0.028 69 R 0.007 0.963 0.002 0.002 0.005 0.003 0.002 0.016 70 L 0.012 0.957 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.016 71 T 0.154 0.678 0.008 0.005 0.004 0.004 0.097 0.049 72 L 0.336 0.433 0.034 0.021 0.020 0.009 0.051 0.097 73 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 74 S 0.009 0.021 0.017 0.017 0.025 0.051 0.011 0.849 75 G 0.511 0.022 0.038 0.013 0.008 0.029 0.043 0.335 76 L 0.396 0.018 0.159 0.026 0.034 0.087 0.019 0.260 77 F 0.082 0.021 0.303 0.094 0.126 0.056 0.012 0.307 78 M 0.047 0.009 0.233 0.190 0.155 0.060 0.005 0.302 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 V 0.009 0.002 0.075 0.058 0.168 0.168 0.002 0.517 81 E 0.043 0.006 0.015 0.012 0.018 0.261 0.003 0.641 82 R 0.080 0.027 0.014 0.007 0.032 0.086 0.004 0.751 83 T 0.026 0.037 0.006 0.002 0.004 0.178 0.002 0.744 84 D 0.044 0.085 0.002 0.001 0.002 0.269 0.005 0.592 85 L 0.036 0.731 0.004 0.002 0.005 0.056 0.003 0.164 86 L 0.001 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 87 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 88 L 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 89 L 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 90 T 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 91 Q 0.057 0.895 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 92 Q 0.201 0.650 0.022 0.001 0.002 0.008 0.059 0.057 93 D 0.131 0.636 0.057 0.003 0.002 0.018 0.032 0.120 94 K 0.055 0.502 0.106 0.003 0.004 0.080 0.017 0.231 95 I 0.095 0.561 0.053 0.003 0.005 0.138 0.012 0.133 96 A 0.038 0.787 0.054 0.003 0.005 0.060 0.007 0.047 97 N 0.038 0.834 0.014 0.003 0.004 0.030 0.007 0.072 98 K 0.041 0.836 0.016 0.002 0.003 0.026 0.008 0.069 99 A 0.102 0.728 0.010 0.002 0.007 0.051 0.019 0.080 100 K 0.103 0.718 0.009 0.002 0.005 0.035 0.017 0.110 101 D 0.044 0.793 0.004 0.002 0.002 0.016 0.009 0.130 102 I 0.046 0.763 0.010 0.002 0.003 0.014 0.012 0.151 103 S 0.018 0.871 0.005 0.003 0.005 0.011 0.007 0.082 104 G 0.049 0.717 0.010 0.006 0.007 0.012 0.024 0.176 105 R 0.122 0.620 0.044 0.012 0.010 0.025 0.030 0.137 106 V 0.020 0.812 0.038 0.024 0.017 0.010 0.011 0.068 107 I 0.034 0.501 0.095 0.067 0.094 0.038 0.019 0.152 108 G 0.038 0.370 0.112 0.119 0.099 0.045 0.018 0.200 109 R 0.096 0.280 0.156 0.144 0.130 0.049 0.023 0.122 110 Q 0.060 0.172 0.097 0.141 0.119 0.050 0.026 0.335 111 L 0.068 0.076 0.138 0.153 0.193 0.037 0.023 0.313 112 L 0.066 0.036 0.086 0.146 0.185 0.060 0.025 0.394 113 I 0.041 0.015 0.049 0.123 0.146 0.042 0.006 0.578 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 115 Q 0.011 0.008 0.015 0.029 0.092 0.177 0.004 0.663 116 A 0.231 0.013 0.005 0.006 0.008 0.092 0.011 0.635 117 L 0.305 0.121 0.015 0.013 0.014 0.058 0.008 0.464 118 Q 0.166 0.129 0.031 0.016 0.027 0.163 0.013 0.456 119 V 0.011 0.046 0.005 0.003 0.004 0.019 0.001 0.912 120 P 0.002 0.029 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.948 121 F 0.028 0.575 0.004 0.005 0.010 0.060 0.004 0.314 122 I 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 123 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 124 Y 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 125 L 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 126 Q 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 R 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 128 C 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 129 I 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 130 D 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 131 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 132 V 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 G 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 135 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 136 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 137 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 138 V 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 139 I 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 140 N 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 141 E 0.037 0.900 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.043 142 L 0.068 0.840 0.009 0.001 0.002 0.004 0.017 0.060 143 D 0.024 0.804 0.012 0.002 0.003 0.016 0.009 0.131 144 D 0.036 0.774 0.009 0.002 0.002 0.019 0.010 0.148 145 L 0.074 0.811 0.013 0.002 0.002 0.010 0.014 0.074 146 L 0.032 0.891 0.011 0.002 0.003 0.005 0.009 0.048 147 E 0.038 0.851 0.024 0.004 0.005 0.009 0.013 0.057 148 A 0.105 0.733 0.027 0.008 0.005 0.007 0.038 0.077 149 G 0.628 0.109 0.022 0.005 0.004 0.007 0.111 0.115 150 F 0.156 0.110 0.513 0.019 0.012 0.030 0.029 0.133 151 R 0.039 0.075 0.161 0.020 0.028 0.107 0.017 0.553 152 G 0.095 0.040 0.061 0.011 0.023 0.087 0.018 0.666 153 R 0.191 0.044 0.090 0.015 0.015 0.233 0.013 0.398 154 E 0.027 0.023 0.029 0.004 0.005 0.211 0.006 0.697 155 V 0.074 0.056 0.030 0.008 0.028 0.080 0.005 0.719 156 D 0.007 0.059 0.007 0.004 0.008 0.107 0.002 0.807 157 F 0.024 0.127 0.003 0.002 0.006 0.205 0.003 0.630 158 V 0.028 0.799 0.002 0.001 0.003 0.024 0.002 0.140 159 A 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 160 K 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 161 M 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 162 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 163 N 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 164 E 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 165 L 0.008 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 166 D 0.006 0.960 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 167 I 0.017 0.911 0.006 0.002 0.002 0.005 0.006 0.050 168 I 0.026 0.913 0.006 0.002 0.003 0.006 0.006 0.039 169 E 0.020 0.907 0.009 0.002 0.004 0.006 0.006 0.045 170 E 0.027 0.802 0.008 0.003 0.004 0.015 0.011 0.130 171 D 0.100 0.615 0.008 0.002 0.002 0.025 0.019 0.229 172 T 0.039 0.828 0.009 0.002 0.002 0.013 0.008 0.101 173 D 0.019 0.795 0.008 0.002 0.003 0.026 0.008 0.138 174 D 0.021 0.794 0.008 0.002 0.003 0.040 0.004 0.129 175 L 0.011 0.915 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.042 176 Q 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 177 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 178 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 179 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 180 R 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 181 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 182 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 183 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 184 F 0.011 0.961 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 185 A 0.024 0.927 0.007 0.002 0.002 0.004 0.009 0.024 186 L 0.092 0.806 0.012 0.003 0.003 0.006 0.030 0.048 187 E 0.118 0.731 0.035 0.006 0.005 0.013 0.024 0.069 188 S 0.065 0.518 0.044 0.014 0.011 0.037 0.040 0.270 189 E 0.185 0.172 0.038 0.009 0.012 0.049 0.049 0.486 190 L 0.246 0.153 0.058 0.010 0.014 0.162 0.046 0.311 191 N 0.134 0.095 0.031 0.024 0.018 0.232 0.019 0.447 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 193 V 0.007 0.027 0.015 0.013 0.031 0.395 0.002 0.510 194 D 0.082 0.190 0.015 0.013 0.013 0.287 0.007 0.394 195 V 0.018 0.877 0.004 0.005 0.009 0.016 0.001 0.071 196 M 0.008 0.948 0.006 0.005 0.008 0.008 0.001 0.016 197 F 0.006 0.960 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.020 198 L 0.014 0.960 0.002 0.002 0.004 0.002 0.003 0.013 199 Y 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 200 K 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 201 T 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 202 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 203 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 204 W 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 205 V 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 206 G 0.006 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 207 G 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 208 L 0.018 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.033 209 A 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 210 D 0.013 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 211 L 0.024 0.947 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 212 A 0.026 0.939 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.019 213 E 0.019 0.931 0.010 0.001 0.001 0.009 0.005 0.025 214 R 0.021 0.914 0.004 0.001 0.001 0.010 0.006 0.044 215 V 0.019 0.921 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.044 216 G 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 217 S 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 218 R 0.026 0.919 0.003 0.001 0.001 0.006 0.009 0.036 219 L 0.011 0.960 0.005 0.002 0.001 0.004 0.004 0.013 220 E 0.004 0.965 0.012 0.006 0.004 0.003 0.002 0.005 221 L 0.006 0.926 0.012 0.008 0.008 0.005 0.004 0.032 222 M 0.017 0.790 0.092 0.032 0.032 0.009 0.010 0.018 223 L 0.005 0.932 0.017 0.019 0.012 0.002 0.003 0.010 224 A 0.020 0.672 0.144 0.057 0.066 0.005 0.019 0.017 225 R 0.071 0.364 0.088 0.136 0.081 0.022 0.045 0.193 226 V 0.050 0.134 0.163 0.087 0.123 0.026 0.025 0.392