# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.003 0.001 0.014 0.048 0.051 0.177 0.013 0.001 0.045 0.614 2 P 0.021 0.003 0.001 0.024 0.026 0.040 0.153 0.002 0.001 0.047 0.684 3 A 0.006 0.001 0.001 0.102 0.139 0.296 0.079 0.002 0.001 0.073 0.300 4 L 0.004 0.001 0.001 0.105 0.079 0.188 0.073 0.001 0.001 0.043 0.505 5 I 0.001 0.001 0.001 0.146 0.282 0.316 0.036 0.001 0.001 0.044 0.174 6 T 0.001 0.001 0.001 0.219 0.184 0.286 0.032 0.001 0.001 0.073 0.203 7 Y 0.002 0.001 0.001 0.125 0.286 0.315 0.033 0.001 0.001 0.050 0.187 8 R 0.004 0.001 0.001 0.175 0.215 0.315 0.040 0.001 0.001 0.021 0.226 9 T 0.006 0.001 0.001 0.054 0.290 0.301 0.037 0.001 0.001 0.028 0.283 10 T 0.002 0.001 0.001 0.056 0.321 0.242 0.056 0.001 0.001 0.020 0.301 11 V 0.005 0.004 0.001 0.080 0.090 0.132 0.114 0.003 0.002 0.017 0.552 12 Q 0.549 0.127 0.004 0.025 0.032 0.024 0.037 0.022 0.004 0.042 0.134 13 E 0.282 0.123 0.005 0.023 0.008 0.012 0.058 0.012 0.002 0.063 0.412 14 D 0.048 0.087 0.004 0.035 0.017 0.044 0.099 0.005 0.002 0.048 0.612 15 W 0.109 0.057 0.010 0.048 0.046 0.073 0.116 0.004 0.003 0.107 0.428 16 V 0.097 0.041 0.007 0.049 0.061 0.053 0.139 0.007 0.003 0.092 0.451 17 D 0.231 0.073 0.002 0.023 0.027 0.043 0.109 0.011 0.002 0.054 0.426 18 Y 0.138 0.126 0.003 0.020 0.011 0.022 0.116 0.008 0.001 0.048 0.507 19 N 0.040 0.090 0.002 0.027 0.024 0.065 0.155 0.010 0.001 0.059 0.527 20 G 0.033 0.112 0.003 0.047 0.043 0.084 0.119 0.004 0.001 0.147 0.407 21 H 0.055 0.257 0.005 0.044 0.066 0.072 0.087 0.006 0.001 0.146 0.261 22 L 0.038 0.521 0.004 0.028 0.021 0.033 0.051 0.005 0.001 0.058 0.239 23 R 0.021 0.762 0.002 0.010 0.010 0.018 0.024 0.003 0.001 0.056 0.093 24 D 0.017 0.823 0.002 0.008 0.008 0.015 0.016 0.003 0.001 0.049 0.059 25 A 0.010 0.863 0.002 0.008 0.011 0.018 0.012 0.002 0.001 0.028 0.045 26 F 0.010 0.879 0.002 0.006 0.016 0.020 0.010 0.002 0.001 0.026 0.030 27 Y 0.010 0.877 0.001 0.008 0.011 0.014 0.009 0.002 0.001 0.033 0.036 28 L 0.015 0.601 0.004 0.021 0.021 0.024 0.020 0.002 0.001 0.232 0.057 29 L 0.013 0.728 0.006 0.020 0.016 0.019 0.021 0.004 0.001 0.110 0.062 30 I 0.046 0.801 0.008 0.007 0.004 0.006 0.016 0.010 0.002 0.033 0.067 31 F 0.036 0.111 0.004 0.008 0.004 0.005 0.022 0.003 0.001 0.717 0.089 32 S 0.009 0.283 0.004 0.004 0.002 0.004 0.029 0.002 0.002 0.506 0.156 33 Y 0.027 0.808 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.042 0.093 34 A 0.007 0.889 0.008 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.015 0.062 35 T 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 36 D 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 0.022 37 A 0.016 0.868 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.054 0.026 38 L 0.051 0.686 0.022 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.014 0.128 0.068 39 M 0.090 0.082 0.252 0.003 0.001 0.001 0.042 0.017 0.125 0.218 0.171 40 D 0.518 0.034 0.003 0.005 0.001 0.001 0.070 0.014 0.002 0.108 0.244 41 R 0.045 0.019 0.001 0.014 0.001 0.003 0.094 0.003 0.001 0.050 0.769 42 I 0.014 0.008 0.001 0.016 0.001 0.004 0.143 0.001 0.001 0.020 0.791 43 G 0.026 0.016 0.001 0.030 0.008 0.020 0.160 0.003 0.001 0.051 0.686 44 L 0.012 0.018 0.001 0.023 0.005 0.008 0.116 0.002 0.001 0.036 0.779 45 D 0.128 0.603 0.002 0.020 0.003 0.006 0.046 0.009 0.001 0.025 0.157 46 A 0.108 0.626 0.004 0.013 0.001 0.002 0.027 0.007 0.001 0.035 0.176 47 D 0.046 0.576 0.006 0.012 0.003 0.006 0.047 0.018 0.002 0.056 0.226 48 S 0.196 0.232 0.005 0.013 0.006 0.010 0.046 0.012 0.002 0.248 0.229 49 R 0.087 0.063 0.059 0.020 0.008 0.013 0.076 0.012 0.031 0.352 0.279 50 G 0.297 0.032 0.007 0.010 0.008 0.016 0.100 0.009 0.004 0.076 0.440 51 Q 0.102 0.009 0.005 0.018 0.009 0.023 0.093 0.004 0.005 0.069 0.665 52 S 0.041 0.009 0.001 0.011 0.010 0.023 0.171 0.003 0.001 0.039 0.691 53 G 0.019 0.007 0.001 0.030 0.014 0.046 0.157 0.005 0.001 0.052 0.668 54 N 0.010 0.021 0.002 0.047 0.037 0.065 0.149 0.002 0.001 0.091 0.575 55 S 0.006 0.054 0.001 0.131 0.078 0.175 0.070 0.002 0.001 0.144 0.339 56 L 0.007 0.133 0.003 0.124 0.097 0.125 0.045 0.001 0.001 0.059 0.406 57 F 0.005 0.110 0.002 0.199 0.222 0.224 0.025 0.002 0.001 0.077 0.134 58 T 0.021 0.183 0.004 0.108 0.117 0.158 0.031 0.003 0.001 0.231 0.142 59 L 0.045 0.252 0.004 0.110 0.145 0.144 0.035 0.005 0.001 0.131 0.128 60 E 0.049 0.258 0.003 0.058 0.103 0.165 0.044 0.003 0.001 0.170 0.147 61 A 0.016 0.408 0.005 0.056 0.121 0.114 0.041 0.005 0.002 0.060 0.172 62 H 0.050 0.521 0.009 0.037 0.087 0.097 0.036 0.019 0.003 0.032 0.111 63 I 0.066 0.490 0.008 0.034 0.079 0.076 0.033 0.009 0.003 0.031 0.169 64 N 0.075 0.353 0.014 0.027 0.066 0.101 0.063 0.008 0.007 0.033 0.254 65 Y 0.090 0.251 0.008 0.036 0.041 0.060 0.079 0.013 0.004 0.044 0.373 66 L 0.105 0.346 0.012 0.024 0.036 0.061 0.072 0.021 0.006 0.060 0.255 67 H 0.146 0.180 0.009 0.038 0.070 0.133 0.074 0.010 0.004 0.072 0.262 68 E 0.034 0.030 0.041 0.030 0.050 0.124 0.094 0.004 0.020 0.076 0.497 69 V 0.106 0.004 0.011 0.025 0.073 0.099 0.089 0.006 0.005 0.077 0.506 70 K 0.343 0.005 0.002 0.017 0.022 0.036 0.068 0.005 0.002 0.095 0.406 71 L 0.035 0.001 0.001 0.010 0.005 0.018 0.128 0.002 0.001 0.023 0.777 72 G 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 0.034 0.094 0.001 0.001 0.019 0.825 73 T 0.002 0.002 0.001 0.046 0.159 0.183 0.111 0.001 0.001 0.061 0.436 74 E 0.001 0.003 0.001 0.110 0.142 0.336 0.051 0.001 0.001 0.077 0.279 75 V 0.001 0.002 0.001 0.119 0.300 0.359 0.013 0.001 0.001 0.124 0.082 76 W 0.001 0.005 0.001 0.142 0.365 0.318 0.011 0.001 0.001 0.070 0.089 77 V 0.002 0.010 0.001 0.106 0.452 0.307 0.009 0.001 0.001 0.027 0.086 78 Q 0.004 0.017 0.001 0.160 0.353 0.323 0.012 0.001 0.001 0.040 0.087 79 T 0.027 0.015 0.004 0.047 0.290 0.323 0.031 0.004 0.003 0.099 0.157 80 Q 0.085 0.021 0.003 0.052 0.297 0.266 0.037 0.008 0.002 0.059 0.172 81 I 0.063 0.018 0.009 0.052 0.121 0.192 0.085 0.004 0.008 0.042 0.407 82 L 0.043 0.021 0.006 0.050 0.148 0.165 0.092 0.005 0.004 0.031 0.436 83 G 0.094 0.029 0.005 0.025 0.070 0.085 0.090 0.005 0.003 0.034 0.560 84 F 0.045 0.015 0.004 0.025 0.072 0.080 0.121 0.008 0.002 0.032 0.596 85 D 0.071 0.070 0.002 0.035 0.035 0.069 0.094 0.006 0.001 0.037 0.579 86 R 0.050 0.062 0.004 0.052 0.056 0.072 0.104 0.005 0.001 0.042 0.552 87 K 0.011 0.070 0.002 0.092 0.134 0.187 0.081 0.004 0.001 0.040 0.378 88 R 0.013 0.060 0.003 0.132 0.158 0.218 0.060 0.003 0.001 0.064 0.289 89 L 0.009 0.069 0.003 0.197 0.198 0.205 0.047 0.002 0.001 0.051 0.218 90 H 0.015 0.036 0.004 0.146 0.208 0.280 0.039 0.002 0.001 0.128 0.141 91 V 0.014 0.089 0.004 0.136 0.194 0.258 0.043 0.004 0.002 0.076 0.180 92 Y 0.056 0.121 0.006 0.083 0.168 0.249 0.050 0.010 0.003 0.068 0.185 93 H 0.043 0.088 0.005 0.059 0.193 0.265 0.057 0.009 0.002 0.048 0.230 94 S 0.029 0.034 0.002 0.052 0.150 0.326 0.062 0.004 0.001 0.073 0.268 95 L 0.035 0.021 0.013 0.061 0.146 0.221 0.082 0.003 0.005 0.100 0.313 96 H 0.046 0.012 0.011 0.062 0.113 0.190 0.098 0.004 0.006 0.068 0.391 97 R 0.214 0.013 0.007 0.023 0.043 0.075 0.074 0.005 0.007 0.068 0.471 98 A 0.102 0.010 0.002 0.009 0.011 0.018 0.075 0.004 0.001 0.032 0.736 99 G 0.044 0.017 0.001 0.004 0.007 0.012 0.076 0.005 0.001 0.022 0.813 100 F 0.021 0.093 0.001 0.007 0.014 0.021 0.107 0.006 0.001 0.030 0.699 101 D 0.020 0.343 0.002 0.020 0.032 0.046 0.070 0.004 0.001 0.049 0.414 102 E 0.015 0.653 0.002 0.021 0.039 0.050 0.028 0.002 0.001 0.045 0.146 103 V 0.008 0.168 0.001 0.022 0.043 0.041 0.023 0.001 0.001 0.604 0.088 104 L 0.004 0.519 0.003 0.020 0.039 0.037 0.020 0.002 0.001 0.278 0.079 105 A 0.020 0.702 0.004 0.014 0.021 0.032 0.013 0.004 0.001 0.128 0.063 106 A 0.025 0.560 0.015 0.024 0.033 0.052 0.019 0.005 0.005 0.161 0.101 107 S 0.081 0.284 0.010 0.019 0.064 0.116 0.062 0.008 0.006 0.107 0.244 108 E 0.074 0.181 0.013 0.040 0.078 0.134 0.071 0.011 0.006 0.151 0.240 109 Q 0.033 0.063 0.007 0.055 0.068 0.123 0.153 0.004 0.003 0.142 0.349 110 M 0.011 0.028 0.003 0.099 0.092 0.191 0.113 0.003 0.001 0.203 0.258 111 L 0.007 0.014 0.002 0.130 0.102 0.183 0.100 0.002 0.001 0.174 0.285 112 L 0.003 0.003 0.002 0.265 0.162 0.231 0.055 0.001 0.001 0.090 0.186 113 H 0.006 0.002 0.003 0.154 0.170 0.356 0.044 0.001 0.001 0.132 0.132 114 V 0.009 0.001 0.003 0.146 0.156 0.266 0.056 0.002 0.002 0.098 0.262 115 D 0.292 0.002 0.003 0.071 0.056 0.129 0.072 0.004 0.004 0.119 0.249 116 L 0.076 0.001 0.002 0.033 0.013 0.035 0.087 0.002 0.001 0.066 0.684 117 A 0.011 0.001 0.001 0.010 0.009 0.018 0.078 0.001 0.001 0.014 0.859 118 G 0.015 0.001 0.001 0.010 0.047 0.068 0.117 0.008 0.001 0.045 0.691 119 P 0.033 0.001 0.001 0.009 0.012 0.012 0.107 0.001 0.001 0.029 0.798 120 Q 0.009 0.001 0.001 0.012 0.066 0.081 0.106 0.008 0.001 0.028 0.690 121 S 0.014 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.093 0.001 0.001 0.009 0.854 122 A 0.006 0.001 0.001 0.012 0.097 0.109 0.157 0.008 0.001 0.025 0.586 123 P 0.022 0.002 0.001 0.030 0.007 0.015 0.136 0.001 0.001 0.043 0.744 124 F 0.025 0.024 0.002 0.031 0.020 0.024 0.113 0.004 0.001 0.273 0.484 125 G 0.049 0.652 0.001 0.005 0.002 0.003 0.029 0.003 0.001 0.045 0.211 126 H 0.023 0.615 0.003 0.007 0.004 0.005 0.036 0.007 0.001 0.053 0.245 127 T 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.013 0.035 128 T 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.017 129 V 0.010 0.363 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.584 0.025 130 C 0.006 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.069 0.035 131 R 0.008 0.936 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.005 0.028 132 L 0.024 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.008 0.030 133 N 0.030 0.775 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.041 0.129 134 H 0.019 0.682 0.020 0.002 0.001 0.001 0.026 0.008 0.008 0.092 0.140 135 L 0.109 0.617 0.033 0.002 0.001 0.001 0.028 0.036 0.012 0.055 0.105 136 V 0.133 0.474 0.008 0.003 0.001 0.002 0.035 0.007 0.006 0.050 0.281 137 E 0.067 0.219 0.020 0.004 0.002 0.004 0.080 0.004 0.011 0.063 0.525 138 Q 0.116 0.336 0.017 0.005 0.001 0.004 0.061 0.020 0.008 0.060 0.371 139 Q 0.474 0.104 0.010 0.003 0.002 0.004 0.039 0.016 0.006 0.053 0.288 140 E 0.127 0.073 0.002 0.009 0.003 0.009 0.067 0.004 0.001 0.031 0.673 141 G 0.044 0.024 0.001 0.008 0.003 0.009 0.073 0.001 0.001 0.024 0.811 142 A 0.028 0.030 0.002 0.017 0.028 0.025 0.119 0.003 0.001 0.040 0.708 143 Q 0.028 0.066 0.001 0.008 0.014 0.018 0.094 0.003 0.001 0.018 0.749 144 A 0.065 0.246 0.004 0.012 0.025 0.024 0.093 0.028 0.002 0.051 0.449 145 P 0.369 0.137 0.019 0.007 0.006 0.008 0.057 0.012 0.009 0.053 0.324 146 Q 0.242 0.073 0.004 0.014 0.012 0.023 0.060 0.014 0.001 0.063 0.495 147 Y 0.088 0.007 0.003 0.018 0.013 0.033 0.091 0.002 0.002 0.087 0.657 148 M 0.022 0.017 0.004 0.078 0.042 0.082 0.125 0.003 0.001 0.056 0.569 149 G 0.017 0.005 0.002 0.045 0.076 0.130 0.126 0.003 0.001 0.049 0.546 150 R 0.006 0.002 0.001 0.063 0.233 0.295 0.060 0.002 0.001 0.041 0.296 151 T 0.008 0.001 0.001 0.083 0.072 0.226 0.077 0.001 0.001 0.072 0.460 152 I 0.005 0.001 0.001 0.067 0.217 0.203 0.053 0.001 0.001 0.037 0.417 153 K 0.003 0.001 0.001 0.064 0.071 0.103 0.079 0.001 0.001 0.024 0.655 154 L 0.006 0.001 0.001 0.024 0.166 0.125 0.082 0.006 0.001 0.035 0.555 155 P 0.101 0.002 0.001 0.045 0.024 0.024 0.095 0.003 0.001 0.038 0.666 156 A 0.068 0.002 0.001 0.014 0.023 0.028 0.109 0.009 0.001 0.033 0.713