# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.014 0.015 0.042 0.045 0.105 0.059 0.630 2 P 0.195 0.025 0.017 0.026 0.029 0.083 0.156 0.469 3 A 0.060 0.032 0.032 0.037 0.096 0.130 0.094 0.518 4 L 0.021 0.010 0.049 0.033 0.111 0.089 0.053 0.633 5 I 0.021 0.006 0.084 0.167 0.241 0.085 0.082 0.313 6 T 0.009 0.003 0.076 0.090 0.223 0.065 0.140 0.395 7 Y 0.021 0.004 0.068 0.228 0.259 0.062 0.072 0.286 8 R 0.010 0.002 0.076 0.166 0.278 0.056 0.032 0.381 9 T 0.007 0.002 0.067 0.151 0.208 0.067 0.025 0.472 10 T 0.006 0.004 0.085 0.182 0.222 0.089 0.034 0.378 11 V 0.012 0.005 0.048 0.076 0.067 0.087 0.032 0.673 12 Q 0.304 0.063 0.023 0.059 0.046 0.064 0.114 0.326 13 E 0.150 0.086 0.022 0.022 0.028 0.094 0.091 0.506 14 D 0.051 0.129 0.047 0.037 0.067 0.104 0.049 0.516 15 W 0.020 0.044 0.094 0.058 0.120 0.101 0.101 0.462 16 V 0.036 0.039 0.108 0.092 0.099 0.132 0.074 0.420 17 D 0.513 0.046 0.046 0.036 0.038 0.069 0.087 0.167 18 Y 0.071 0.047 0.018 0.017 0.024 0.119 0.046 0.658 19 N 0.013 0.043 0.043 0.010 0.043 0.131 0.034 0.683 20 G 0.035 0.144 0.085 0.050 0.086 0.107 0.136 0.357 21 H 0.048 0.396 0.070 0.090 0.078 0.078 0.075 0.165 22 L 0.050 0.446 0.072 0.028 0.057 0.049 0.103 0.195 23 R 0.034 0.699 0.013 0.029 0.045 0.030 0.073 0.078 24 D 0.015 0.789 0.010 0.009 0.023 0.019 0.053 0.083 25 A 0.004 0.852 0.007 0.017 0.039 0.013 0.031 0.036 26 F 0.007 0.787 0.008 0.042 0.072 0.008 0.052 0.024 27 Y 0.009 0.807 0.006 0.030 0.039 0.009 0.077 0.023 28 L 0.006 0.645 0.014 0.048 0.063 0.011 0.183 0.030 29 L 0.005 0.698 0.018 0.057 0.067 0.011 0.120 0.024 30 I 0.017 0.865 0.009 0.014 0.027 0.008 0.037 0.023 31 F 0.022 0.378 0.012 0.016 0.017 0.009 0.517 0.030 32 S 0.006 0.787 0.005 0.007 0.007 0.010 0.136 0.042 33 Y 0.009 0.915 0.003 0.002 0.002 0.009 0.020 0.041 34 A 0.005 0.944 0.003 0.002 0.002 0.005 0.022 0.016 35 T 0.018 0.882 0.004 0.001 0.001 0.006 0.073 0.016 36 D 0.016 0.783 0.005 0.002 0.001 0.007 0.160 0.026 37 A 0.014 0.862 0.022 0.003 0.003 0.010 0.050 0.035 38 L 0.148 0.620 0.038 0.003 0.005 0.023 0.092 0.072 39 M 0.156 0.088 0.170 0.013 0.010 0.055 0.292 0.217 40 D 0.445 0.029 0.013 0.003 0.003 0.035 0.017 0.454 41 R 0.098 0.004 0.010 0.002 0.003 0.065 0.018 0.799 42 I 0.011 0.008 0.021 0.004 0.009 0.233 0.010 0.705 43 G 0.010 0.008 0.015 0.004 0.012 0.118 0.011 0.821 44 L 0.009 0.012 0.021 0.011 0.004 0.102 0.023 0.817 45 D 0.267 0.463 0.015 0.004 0.004 0.030 0.148 0.069 46 A 0.222 0.541 0.009 0.002 0.003 0.035 0.044 0.145 47 D 0.117 0.354 0.022 0.007 0.009 0.046 0.049 0.395 48 S 0.086 0.123 0.028 0.013 0.018 0.065 0.380 0.287 49 R 0.049 0.063 0.027 0.024 0.041 0.141 0.313 0.341 50 G 0.425 0.020 0.018 0.012 0.023 0.066 0.081 0.353 51 Q 0.142 0.007 0.006 0.009 0.012 0.084 0.046 0.694 52 S 0.011 0.006 0.009 0.005 0.020 0.100 0.015 0.834 53 G 0.024 0.012 0.021 0.018 0.077 0.149 0.031 0.668 54 N 0.015 0.015 0.045 0.091 0.085 0.103 0.104 0.543 55 S 0.015 0.104 0.091 0.121 0.173 0.066 0.112 0.318 56 L 0.007 0.150 0.131 0.107 0.161 0.048 0.072 0.324 57 F 0.006 0.128 0.194 0.276 0.200 0.026 0.064 0.107 58 T 0.015 0.362 0.142 0.083 0.120 0.017 0.188 0.074 59 L 0.022 0.632 0.031 0.068 0.078 0.013 0.104 0.051 60 E 0.020 0.372 0.056 0.065 0.100 0.023 0.257 0.106 61 A 0.007 0.516 0.030 0.089 0.099 0.028 0.127 0.104 62 H 0.014 0.656 0.037 0.035 0.076 0.021 0.089 0.073 63 I 0.041 0.493 0.036 0.104 0.090 0.022 0.113 0.100 64 N 0.045 0.325 0.055 0.113 0.127 0.044 0.126 0.166 65 Y 0.059 0.374 0.031 0.058 0.079 0.046 0.105 0.250 66 L 0.097 0.156 0.063 0.097 0.100 0.061 0.079 0.347 67 H 0.108 0.053 0.027 0.129 0.107 0.069 0.071 0.437 68 E 0.026 0.011 0.039 0.044 0.077 0.081 0.083 0.640 69 V 0.150 0.004 0.027 0.054 0.071 0.106 0.057 0.532 70 K 0.280 0.003 0.014 0.038 0.031 0.065 0.061 0.510 71 L 0.011 0.001 0.006 0.006 0.023 0.078 0.007 0.868 72 G 0.023 0.003 0.025 0.019 0.084 0.086 0.025 0.734 73 T 0.023 0.006 0.033 0.275 0.233 0.071 0.033 0.325 74 E 0.003 0.003 0.086 0.111 0.269 0.051 0.020 0.457 75 V 0.001 0.002 0.081 0.324 0.494 0.013 0.026 0.060 76 W 0.001 0.003 0.150 0.328 0.382 0.013 0.065 0.057 77 V 0.004 0.013 0.132 0.457 0.289 0.009 0.041 0.055 78 Q 0.011 0.027 0.109 0.288 0.436 0.016 0.033 0.082 79 T 0.014 0.020 0.132 0.258 0.362 0.024 0.062 0.128 80 Q 0.024 0.018 0.109 0.312 0.353 0.030 0.038 0.117 81 I 0.028 0.011 0.067 0.204 0.288 0.049 0.064 0.288 82 L 0.026 0.011 0.058 0.195 0.203 0.078 0.050 0.379 83 G 0.082 0.018 0.025 0.083 0.155 0.083 0.054 0.500 84 F 0.046 0.015 0.013 0.027 0.036 0.076 0.038 0.749 85 D 0.119 0.097 0.017 0.059 0.105 0.086 0.056 0.462 86 R 0.037 0.101 0.017 0.029 0.072 0.090 0.047 0.606 87 K 0.011 0.169 0.032 0.131 0.221 0.072 0.051 0.312 88 R 0.007 0.315 0.044 0.114 0.237 0.035 0.082 0.167 89 L 0.005 0.302 0.040 0.183 0.253 0.027 0.092 0.098 90 H 0.005 0.154 0.104 0.180 0.245 0.014 0.265 0.033 91 V 0.007 0.404 0.032 0.163 0.183 0.012 0.166 0.034 92 Y 0.018 0.460 0.049 0.089 0.227 0.016 0.081 0.060 93 H 0.020 0.274 0.027 0.231 0.282 0.020 0.079 0.068 94 S 0.044 0.253 0.045 0.146 0.203 0.046 0.086 0.177 95 L 0.039 0.060 0.062 0.211 0.213 0.057 0.134 0.224 96 H 0.080 0.039 0.049 0.109 0.113 0.101 0.123 0.385 97 R 0.256 0.025 0.020 0.026 0.037 0.091 0.065 0.480 98 A 0.091 0.016 0.006 0.007 0.009 0.102 0.014 0.755 99 G 0.061 0.055 0.004 0.005 0.008 0.072 0.020 0.776 100 F 0.031 0.274 0.005 0.006 0.014 0.080 0.028 0.562 101 D 0.022 0.618 0.011 0.025 0.040 0.037 0.053 0.194 102 E 0.026 0.670 0.012 0.057 0.048 0.024 0.048 0.114 103 V 0.015 0.370 0.025 0.091 0.102 0.026 0.265 0.106 104 L 0.010 0.401 0.032 0.068 0.124 0.030 0.263 0.071 105 A 0.022 0.411 0.030 0.127 0.152 0.021 0.170 0.069 106 A 0.040 0.460 0.018 0.070 0.151 0.028 0.138 0.096 107 S 0.050 0.341 0.030 0.068 0.141 0.043 0.167 0.160 108 E 0.063 0.222 0.025 0.104 0.202 0.074 0.095 0.215 109 Q 0.023 0.048 0.042 0.070 0.174 0.077 0.163 0.404 110 M 0.015 0.026 0.067 0.205 0.305 0.099 0.085 0.198 111 L 0.011 0.011 0.099 0.163 0.347 0.050 0.069 0.250 112 L 0.009 0.008 0.118 0.300 0.268 0.057 0.037 0.203 113 H 0.006 0.005 0.205 0.204 0.331 0.044 0.048 0.156 114 V 0.034 0.006 0.083 0.163 0.174 0.074 0.050 0.417 115 D 0.325 0.015 0.065 0.076 0.068 0.073 0.114 0.264 116 L 0.043 0.006 0.017 0.020 0.032 0.122 0.038 0.722 117 A 0.023 0.003 0.019 0.011 0.021 0.092 0.031 0.799 118 G 0.161 0.010 0.016 0.024 0.031 0.102 0.094 0.562 119 P 0.087 0.005 0.017 0.022 0.025 0.114 0.049 0.681 120 Q 0.038 0.004 0.021 0.025 0.052 0.113 0.024 0.723 121 S 0.021 0.003 0.015 0.013 0.028 0.080 0.027 0.813 122 A 0.029 0.012 0.037 0.044 0.047 0.168 0.039 0.625 123 P 0.018 0.011 0.023 0.013 0.018 0.114 0.055 0.750 124 F 0.072 0.117 0.020 0.018 0.014 0.099 0.223 0.437 125 G 0.077 0.713 0.005 0.002 0.003 0.024 0.044 0.132 126 H 0.037 0.838 0.004 0.002 0.003 0.017 0.021 0.078 127 T 0.009 0.891 0.008 0.004 0.005 0.010 0.031 0.042 128 T 0.027 0.918 0.003 0.001 0.002 0.005 0.030 0.014 129 V 0.045 0.437 0.019 0.004 0.003 0.012 0.448 0.033 130 C 0.017 0.623 0.017 0.006 0.005 0.020 0.218 0.094 131 R 0.026 0.859 0.006 0.001 0.002 0.011 0.025 0.070 132 L 0.025 0.897 0.005 0.001 0.001 0.008 0.022 0.041 133 N 0.018 0.893 0.006 0.001 0.002 0.007 0.021 0.052 134 H 0.019 0.890 0.004 0.001 0.001 0.008 0.019 0.059 135 L 0.071 0.711 0.050 0.002 0.002 0.012 0.118 0.034 136 V 0.183 0.621 0.022 0.001 0.001 0.018 0.072 0.082 137 E 0.107 0.241 0.086 0.002 0.002 0.034 0.135 0.394 138 Q 0.110 0.228 0.032 0.002 0.002 0.048 0.061 0.516 139 Q 0.336 0.054 0.037 0.002 0.002 0.053 0.100 0.416 140 E 0.098 0.036 0.008 0.002 0.002 0.082 0.020 0.752 141 G 0.064 0.019 0.010 0.001 0.003 0.069 0.022 0.811 142 A 0.032 0.042 0.008 0.005 0.005 0.140 0.028 0.741 143 Q 0.037 0.063 0.040 0.006 0.007 0.100 0.041 0.705 144 A 0.277 0.225 0.017 0.008 0.007 0.073 0.048 0.346 145 P 0.203 0.138 0.086 0.009 0.012 0.069 0.103 0.380 146 Q 0.158 0.072 0.044 0.013 0.024 0.137 0.048 0.504 147 Y 0.084 0.026 0.059 0.015 0.022 0.085 0.097 0.611 148 M 0.035 0.040 0.045 0.028 0.053 0.155 0.070 0.572 149 G 0.026 0.015 0.097 0.028 0.086 0.084 0.085 0.579 150 R 0.102 0.016 0.056 0.160 0.168 0.095 0.055 0.349 151 T 0.037 0.003 0.064 0.064 0.092 0.062 0.052 0.625 152 I 0.012 0.002 0.064 0.129 0.213 0.130 0.027 0.423 153 K 0.006 0.001 0.048 0.045 0.111 0.086 0.030 0.674 154 L 0.038 0.002 0.029 0.089 0.060 0.118 0.040 0.625 155 P 0.094 0.007 0.022 0.028 0.038 0.091 0.068 0.653 156 A 0.089 0.009 0.014 0.016 0.029 0.121 0.043 0.679