# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.356 0.033 0.022 0.014 0.013 0.019 0.050 0.009 0.001 0.006 0.479 2 P 0.007 0.001 0.008 0.005 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.958 3 A 0.017 0.001 0.003 0.020 0.013 0.023 0.087 0.001 0.001 0.002 0.833 4 L 0.133 0.003 0.003 0.056 0.031 0.045 0.088 0.001 0.001 0.007 0.633 5 I 0.068 0.015 0.002 0.244 0.119 0.185 0.104 0.001 0.001 0.005 0.257 6 T 0.030 0.010 0.001 0.177 0.115 0.226 0.071 0.001 0.001 0.003 0.366 7 Y 0.020 0.009 0.001 0.288 0.202 0.261 0.029 0.001 0.001 0.002 0.186 8 R 0.011 0.005 0.002 0.145 0.136 0.227 0.045 0.001 0.001 0.003 0.426 9 T 0.012 0.004 0.003 0.138 0.222 0.308 0.046 0.001 0.001 0.004 0.263 10 T 0.015 0.004 0.002 0.127 0.194 0.301 0.056 0.001 0.001 0.005 0.295 11 V 0.010 0.003 0.003 0.105 0.155 0.307 0.053 0.001 0.001 0.004 0.358 12 Q 0.011 0.004 0.002 0.089 0.183 0.320 0.082 0.001 0.001 0.004 0.305 13 E 0.005 0.002 0.002 0.025 0.040 0.075 0.023 0.001 0.001 0.002 0.827 14 D 0.012 0.003 0.001 0.044 0.097 0.190 0.150 0.001 0.001 0.006 0.495 15 W 0.184 0.008 0.002 0.019 0.045 0.062 0.115 0.002 0.001 0.022 0.542 16 V 0.145 0.048 0.006 0.067 0.110 0.135 0.140 0.003 0.001 0.013 0.333 17 D 0.043 0.034 0.003 0.035 0.090 0.112 0.308 0.002 0.001 0.009 0.363 18 Y 0.049 0.037 0.005 0.023 0.031 0.043 0.093 0.002 0.001 0.009 0.708 19 N 0.041 0.041 0.002 0.010 0.017 0.034 0.446 0.002 0.001 0.018 0.389 20 G 0.198 0.033 0.008 0.007 0.011 0.013 0.406 0.005 0.001 0.063 0.257 21 H 0.112 0.204 0.038 0.012 0.008 0.014 0.348 0.002 0.001 0.017 0.243 22 L 0.036 0.280 0.012 0.028 0.037 0.055 0.183 0.003 0.001 0.008 0.356 23 R 0.032 0.465 0.002 0.019 0.027 0.056 0.083 0.003 0.001 0.004 0.310 24 D 0.056 0.498 0.002 0.003 0.009 0.010 0.017 0.006 0.001 0.002 0.397 25 A 0.079 0.749 0.009 0.002 0.006 0.011 0.020 0.003 0.001 0.004 0.117 26 F 0.024 0.696 0.006 0.009 0.030 0.051 0.044 0.014 0.001 0.004 0.122 27 Y 0.024 0.815 0.007 0.013 0.017 0.028 0.013 0.010 0.001 0.002 0.071 28 L 0.013 0.920 0.003 0.009 0.009 0.013 0.004 0.005 0.001 0.001 0.024 29 L 0.016 0.881 0.003 0.012 0.008 0.013 0.009 0.010 0.001 0.001 0.047 30 I 0.017 0.892 0.015 0.006 0.005 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.046 31 F 0.010 0.910 0.003 0.015 0.011 0.022 0.004 0.006 0.001 0.001 0.019 32 S 0.013 0.860 0.003 0.007 0.003 0.009 0.009 0.010 0.001 0.001 0.087 33 Y 0.052 0.742 0.008 0.003 0.002 0.003 0.015 0.018 0.001 0.001 0.157 34 A 0.095 0.746 0.023 0.002 0.002 0.002 0.032 0.011 0.001 0.002 0.085 35 T 0.016 0.847 0.011 0.003 0.002 0.005 0.033 0.009 0.001 0.002 0.073 36 D 0.012 0.855 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.112 37 A 0.012 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 38 L 0.013 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.037 39 M 0.011 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 40 D 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 41 R 0.054 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 42 I 0.079 0.770 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 0.018 43 G 0.350 0.206 0.028 0.003 0.001 0.001 0.004 0.336 0.001 0.002 0.070 44 L 0.025 0.019 0.902 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.040 45 D 0.024 0.015 0.012 0.026 0.006 0.006 0.155 0.020 0.001 0.001 0.735 46 A 0.009 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 47 D 0.004 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.476 0.001 0.001 0.004 0.501 48 S 0.179 0.019 0.001 0.007 0.003 0.004 0.568 0.002 0.001 0.045 0.171 49 R 0.265 0.481 0.001 0.014 0.004 0.005 0.075 0.004 0.001 0.006 0.146 50 G 0.097 0.708 0.002 0.007 0.012 0.010 0.035 0.006 0.001 0.006 0.119 51 Q 0.129 0.699 0.004 0.002 0.004 0.006 0.019 0.010 0.001 0.004 0.122 52 S 0.132 0.597 0.005 0.003 0.010 0.010 0.023 0.074 0.001 0.003 0.144 53 G 0.355 0.289 0.020 0.005 0.008 0.007 0.034 0.116 0.001 0.013 0.151 54 N 0.255 0.107 0.178 0.014 0.015 0.016 0.065 0.032 0.001 0.019 0.298 55 S 0.095 0.035 0.118 0.079 0.048 0.043 0.128 0.012 0.001 0.009 0.432 56 L 0.055 0.019 0.045 0.161 0.052 0.089 0.097 0.002 0.001 0.007 0.474 57 F 0.011 0.013 0.004 0.447 0.184 0.218 0.049 0.001 0.001 0.002 0.071 58 T 0.005 0.024 0.002 0.334 0.115 0.231 0.067 0.001 0.001 0.001 0.220 59 L 0.003 0.028 0.001 0.400 0.184 0.286 0.020 0.001 0.001 0.001 0.077 60 E 0.006 0.081 0.001 0.268 0.097 0.327 0.050 0.001 0.001 0.003 0.168 61 A 0.013 0.127 0.001 0.125 0.137 0.238 0.067 0.003 0.001 0.005 0.284 62 H 0.055 0.252 0.004 0.074 0.089 0.145 0.087 0.007 0.001 0.009 0.278 63 I 0.047 0.484 0.010 0.039 0.058 0.097 0.053 0.006 0.001 0.005 0.201 64 N 0.021 0.565 0.005 0.029 0.047 0.075 0.042 0.007 0.001 0.003 0.205 65 Y 0.057 0.647 0.010 0.009 0.025 0.041 0.031 0.007 0.001 0.003 0.170 66 L 0.050 0.722 0.008 0.014 0.025 0.064 0.022 0.008 0.001 0.003 0.084 67 H 0.054 0.578 0.012 0.016 0.041 0.054 0.027 0.016 0.001 0.002 0.199 68 E 0.092 0.445 0.011 0.010 0.028 0.036 0.020 0.015 0.001 0.002 0.339 69 V 0.142 0.426 0.012 0.033 0.069 0.095 0.027 0.039 0.001 0.004 0.152 70 K 0.159 0.287 0.015 0.017 0.043 0.044 0.074 0.026 0.001 0.004 0.330 71 L 0.047 0.074 0.014 0.014 0.019 0.029 0.041 0.012 0.001 0.003 0.748 72 G 0.194 0.024 0.012 0.020 0.025 0.040 0.172 0.017 0.001 0.025 0.471 73 T 0.348 0.009 0.091 0.023 0.021 0.014 0.087 0.002 0.001 0.020 0.386 74 E 0.022 0.006 0.027 0.063 0.028 0.050 0.118 0.001 0.001 0.005 0.678 75 V 0.020 0.003 0.005 0.288 0.264 0.268 0.049 0.001 0.001 0.004 0.098 76 W 0.007 0.007 0.001 0.430 0.158 0.284 0.040 0.001 0.001 0.002 0.071 77 V 0.001 0.005 0.001 0.272 0.297 0.366 0.012 0.001 0.001 0.001 0.047 78 Q 0.001 0.005 0.001 0.420 0.156 0.390 0.010 0.001 0.001 0.001 0.017 79 T 0.002 0.012 0.001 0.231 0.215 0.410 0.022 0.001 0.001 0.002 0.106 80 Q 0.002 0.012 0.001 0.333 0.265 0.342 0.016 0.001 0.001 0.002 0.027 81 I 0.010 0.035 0.003 0.114 0.190 0.411 0.056 0.003 0.001 0.005 0.174 82 L 0.014 0.041 0.003 0.186 0.261 0.379 0.036 0.005 0.001 0.004 0.072 83 G 0.051 0.049 0.008 0.060 0.135 0.169 0.084 0.012 0.001 0.008 0.424 84 F 0.067 0.045 0.052 0.073 0.109 0.161 0.089 0.005 0.001 0.012 0.386 85 D 0.015 0.016 0.004 0.033 0.063 0.082 0.245 0.003 0.001 0.004 0.535 86 R 0.039 0.010 0.007 0.021 0.012 0.021 0.068 0.001 0.001 0.014 0.806 87 K 0.086 0.032 0.009 0.035 0.045 0.060 0.381 0.002 0.001 0.028 0.321 88 R 0.163 0.056 0.010 0.055 0.037 0.058 0.222 0.002 0.001 0.026 0.370 89 L 0.059 0.186 0.010 0.152 0.112 0.145 0.067 0.002 0.001 0.005 0.263 90 H 0.022 0.189 0.004 0.159 0.140 0.219 0.068 0.001 0.001 0.004 0.194 91 V 0.017 0.269 0.004 0.084 0.114 0.230 0.045 0.002 0.001 0.002 0.232 92 Y 0.011 0.328 0.002 0.129 0.119 0.306 0.024 0.002 0.001 0.001 0.078 93 H 0.012 0.390 0.002 0.056 0.104 0.187 0.031 0.004 0.001 0.002 0.212 94 S 0.040 0.460 0.004 0.044 0.084 0.150 0.034 0.009 0.001 0.004 0.172 95 L 0.083 0.434 0.009 0.033 0.082 0.128 0.036 0.027 0.001 0.004 0.163 96 H 0.102 0.432 0.019 0.042 0.085 0.123 0.024 0.030 0.001 0.004 0.138 97 R 0.115 0.217 0.029 0.017 0.043 0.059 0.042 0.031 0.001 0.003 0.445 98 A 0.086 0.103 0.029 0.032 0.031 0.049 0.048 0.022 0.001 0.004 0.597 99 G 0.079 0.023 0.009 0.013 0.014 0.016 0.164 0.011 0.001 0.007 0.663 100 F 0.133 0.014 0.034 0.010 0.004 0.005 0.123 0.002 0.001 0.014 0.660 101 D 0.077 0.024 0.009 0.020 0.006 0.010 0.238 0.002 0.001 0.013 0.602 102 E 0.098 0.034 0.005 0.023 0.011 0.011 0.306 0.001 0.001 0.014 0.497 103 V 0.037 0.158 0.003 0.030 0.021 0.047 0.286 0.001 0.001 0.005 0.412 104 L 0.044 0.446 0.003 0.075 0.064 0.134 0.073 0.002 0.001 0.004 0.156 105 A 0.033 0.631 0.001 0.020 0.035 0.070 0.034 0.002 0.001 0.002 0.171 106 A 0.040 0.672 0.002 0.010 0.031 0.055 0.016 0.007 0.001 0.001 0.166 107 S 0.040 0.715 0.005 0.005 0.015 0.014 0.010 0.006 0.001 0.001 0.190 108 E 0.020 0.729 0.005 0.015 0.033 0.055 0.025 0.015 0.001 0.004 0.098 109 Q 0.057 0.466 0.014 0.020 0.066 0.146 0.060 0.049 0.001 0.011 0.111 110 M 0.056 0.607 0.021 0.059 0.081 0.106 0.011 0.023 0.001 0.002 0.033 111 L 0.037 0.559 0.021 0.078 0.087 0.116 0.007 0.016 0.001 0.002 0.077 112 L 0.012 0.183 0.015 0.200 0.289 0.227 0.009 0.012 0.001 0.001 0.052 113 H 0.016 0.093 0.008 0.207 0.223 0.299 0.021 0.014 0.001 0.002 0.116 114 V 0.010 0.037 0.014 0.364 0.193 0.274 0.028 0.005 0.001 0.002 0.072 115 D 0.008 0.018 0.002 0.226 0.198 0.254 0.131 0.004 0.001 0.003 0.155 116 L 0.017 0.006 0.006 0.101 0.050 0.077 0.064 0.002 0.001 0.007 0.670 117 A 0.025 0.005 0.003 0.041 0.034 0.066 0.467 0.002 0.001 0.020 0.336 118 G 0.330 0.004 0.006 0.029 0.015 0.017 0.160 0.003 0.001 0.039 0.398 119 P 0.053 0.003 0.017 0.024 0.010 0.012 0.062 0.001 0.001 0.005 0.813 120 Q 0.016 0.001 0.002 0.056 0.044 0.066 0.148 0.001 0.001 0.003 0.663 121 S 0.040 0.001 0.002 0.025 0.011 0.024 0.026 0.001 0.001 0.002 0.869 122 A 0.064 0.005 0.001 0.110 0.051 0.112 0.145 0.001 0.001 0.003 0.507 123 P 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.977 124 F 0.046 0.002 0.001 0.095 0.016 0.049 0.181 0.001 0.001 0.003 0.606 125 G 0.046 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.890 126 H 0.010 0.005 0.001 0.013 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.932 127 T 0.020 0.010 0.001 0.003 0.001 0.002 0.226 0.001 0.001 0.002 0.736 128 T 0.143 0.290 0.001 0.010 0.004 0.006 0.152 0.002 0.001 0.003 0.389 129 V 0.037 0.856 0.001 0.002 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.002 0.076 130 C 0.015 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.080 131 R 0.016 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 132 L 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 133 N 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 134 H 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 135 L 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 136 V 0.006 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 137 E 0.011 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.027 138 Q 0.029 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 139 Q 0.032 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.036 140 E 0.037 0.894 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.051 141 G 0.077 0.704 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.059 0.001 0.001 0.136 142 A 0.310 0.503 0.031 0.003 0.001 0.002 0.008 0.024 0.001 0.002 0.116 143 Q 0.142 0.347 0.042 0.007 0.002 0.005 0.019 0.031 0.001 0.001 0.404 144 A 0.204 0.273 0.018 0.013 0.004 0.008 0.021 0.014 0.001 0.001 0.444 145 P 0.004 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 146 Q 0.074 0.122 0.002 0.024 0.017 0.035 0.175 0.005 0.001 0.007 0.538 147 Y 0.312 0.133 0.004 0.008 0.007 0.018 0.138 0.007 0.001 0.007 0.365 148 M 0.192 0.530 0.003 0.030 0.015 0.023 0.024 0.007 0.001 0.001 0.174 149 G 0.199 0.228 0.007 0.030 0.031 0.037 0.045 0.012 0.001 0.008 0.404 150 R 0.176 0.129 0.049 0.063 0.046 0.057 0.051 0.005 0.001 0.005 0.417 151 T 0.049 0.051 0.015 0.107 0.088 0.115 0.067 0.011 0.001 0.002 0.495 152 I 0.068 0.039 0.011 0.178 0.115 0.190 0.055 0.005 0.001 0.005 0.335 153 K 0.043 0.036 0.006 0.154 0.100 0.203 0.067 0.005 0.001 0.005 0.380 154 L 0.054 0.018 0.010 0.105 0.100 0.172 0.084 0.003 0.001 0.004 0.450 155 P 0.002 0.001 0.001 0.015 0.007 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.953 156 A 0.010 0.002 0.001 0.053 0.046 0.130 0.140 0.001 0.001 0.004 0.613