# TARGET T0364 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.125 0.097 0.056 0.186 0.029 0.039 0.080 0.076 0.119 0.063 2 P 0.073 0.209 0.153 0.059 0.147 0.034 0.049 0.078 0.079 0.084 0.034 3 A 0.088 0.252 0.176 0.032 0.209 0.014 0.025 0.062 0.059 0.047 0.036 4 L 0.161 0.202 0.053 0.011 0.305 0.014 0.026 0.050 0.070 0.060 0.048 5 I 0.177 0.179 0.028 0.005 0.472 0.005 0.012 0.030 0.023 0.034 0.035 6 T 0.347 0.064 0.009 0.005 0.390 0.010 0.013 0.017 0.014 0.051 0.079 7 Y 0.116 0.285 0.072 0.028 0.430 0.008 0.003 0.009 0.007 0.019 0.023 8 R 0.327 0.075 0.016 0.008 0.340 0.012 0.021 0.038 0.028 0.041 0.093 9 T 0.067 0.370 0.127 0.010 0.373 0.003 0.003 0.006 0.007 0.014 0.018 10 T 0.270 0.153 0.030 0.001 0.498 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.036 11 V 0.086 0.400 0.131 0.006 0.338 0.006 0.007 0.004 0.002 0.006 0.015 12 Q 0.026 0.514 0.299 0.020 0.126 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 13 E 0.022 0.011 0.005 0.007 0.043 0.016 0.041 0.391 0.437 0.019 0.007 14 D 0.006 0.012 0.013 0.011 0.010 0.008 0.036 0.489 0.308 0.098 0.009 15 W 0.033 0.034 0.010 0.003 0.066 0.010 0.088 0.389 0.086 0.253 0.028 16 V 0.047 0.220 0.022 0.012 0.176 0.022 0.036 0.298 0.077 0.066 0.023 17 D 0.184 0.066 0.089 0.025 0.124 0.012 0.023 0.170 0.126 0.066 0.116 18 Y 0.014 0.016 0.024 0.014 0.016 0.026 0.074 0.508 0.248 0.052 0.008 19 N 0.015 0.421 0.158 0.065 0.048 0.011 0.042 0.092 0.043 0.088 0.017 20 G 0.038 0.057 0.050 0.079 0.041 0.042 0.023 0.090 0.051 0.331 0.198 21 H 0.081 0.122 0.046 0.013 0.153 0.023 0.049 0.306 0.113 0.062 0.032 22 L 0.116 0.080 0.033 0.009 0.134 0.011 0.021 0.304 0.122 0.117 0.053 23 R 0.034 0.103 0.044 0.047 0.062 0.037 0.070 0.432 0.105 0.049 0.016 24 D 0.030 0.029 0.021 0.022 0.047 0.013 0.019 0.573 0.166 0.060 0.020 25 A 0.008 0.014 0.009 0.004 0.019 0.005 0.021 0.741 0.151 0.023 0.006 26 F 0.013 0.010 0.003 0.001 0.018 0.001 0.013 0.807 0.112 0.017 0.006 27 Y 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.867 0.105 0.010 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.899 0.085 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.927 0.057 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.903 0.079 0.009 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.089 0.004 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.902 0.072 0.003 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.897 0.060 0.015 0.001 34 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.924 0.058 0.006 0.001 35 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.059 0.004 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.936 0.050 0.006 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.949 0.041 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.052 0.001 0.001 39 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.886 0.096 0.008 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.787 0.157 0.005 0.001 41 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.005 0.183 0.680 0.106 0.013 0.001 42 I 0.003 0.601 0.290 0.007 0.057 0.004 0.008 0.012 0.007 0.010 0.002 43 G 0.113 0.017 0.015 0.023 0.023 0.011 0.009 0.015 0.025 0.459 0.290 44 L 0.043 0.441 0.153 0.014 0.175 0.011 0.010 0.037 0.035 0.051 0.029 45 D 0.045 0.526 0.214 0.011 0.121 0.001 0.001 0.016 0.011 0.022 0.032 46 A 0.008 0.014 0.004 0.001 0.029 0.001 0.004 0.533 0.386 0.016 0.003 47 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.860 0.121 0.005 0.001 48 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.881 0.079 0.025 0.001 49 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.913 0.059 0.011 0.001 50 G 0.005 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.025 0.768 0.172 0.009 0.005 51 Q 0.003 0.007 0.005 0.003 0.005 0.008 0.081 0.755 0.114 0.018 0.002 52 S 0.001 0.643 0.302 0.017 0.018 0.002 0.004 0.005 0.002 0.004 0.001 53 G 0.038 0.014 0.008 0.010 0.012 0.006 0.006 0.015 0.013 0.536 0.340 54 N 0.091 0.254 0.083 0.027 0.201 0.021 0.017 0.046 0.041 0.141 0.077 55 S 0.084 0.262 0.084 0.054 0.319 0.025 0.033 0.054 0.023 0.035 0.027 56 L 0.236 0.177 0.045 0.006 0.448 0.004 0.009 0.024 0.009 0.014 0.028 57 F 0.184 0.146 0.014 0.003 0.581 0.005 0.009 0.027 0.005 0.005 0.020 58 T 0.403 0.043 0.008 0.002 0.458 0.004 0.004 0.013 0.003 0.005 0.058 59 L 0.169 0.157 0.034 0.028 0.430 0.056 0.035 0.055 0.010 0.011 0.015 60 E 0.409 0.038 0.005 0.003 0.375 0.004 0.006 0.032 0.009 0.013 0.107 61 A 0.207 0.146 0.023 0.030 0.373 0.033 0.017 0.093 0.022 0.016 0.040 62 H 0.270 0.084 0.016 0.006 0.374 0.006 0.020 0.094 0.025 0.035 0.069 63 I 0.352 0.055 0.009 0.006 0.295 0.007 0.020 0.106 0.047 0.027 0.075 64 N 0.092 0.109 0.029 0.042 0.146 0.072 0.149 0.236 0.068 0.035 0.020 65 Y 0.201 0.081 0.029 0.012 0.281 0.013 0.038 0.183 0.060 0.054 0.048 66 L 0.194 0.037 0.012 0.033 0.114 0.037 0.039 0.173 0.187 0.092 0.082 67 H 0.024 0.247 0.173 0.058 0.097 0.051 0.074 0.149 0.101 0.019 0.006 68 E 0.183 0.178 0.043 0.005 0.206 0.005 0.020 0.058 0.085 0.147 0.070 69 V 0.102 0.394 0.145 0.022 0.220 0.012 0.020 0.018 0.016 0.025 0.026 70 K 0.011 0.182 0.647 0.111 0.029 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.005 71 L 0.001 0.007 0.004 0.015 0.003 0.130 0.566 0.204 0.069 0.002 0.001 72 G 0.014 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.036 0.808 0.122 73 T 0.017 0.660 0.093 0.006 0.201 0.004 0.004 0.002 0.002 0.008 0.003 74 E 0.453 0.024 0.003 0.001 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 75 V 0.128 0.190 0.012 0.007 0.636 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 76 W 0.356 0.023 0.001 0.001 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 77 V 0.276 0.090 0.005 0.004 0.592 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 78 Q 0.509 0.010 0.001 0.002 0.391 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.078 79 T 0.272 0.091 0.010 0.008 0.587 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 80 Q 0.160 0.149 0.018 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 81 I 0.608 0.018 0.002 0.001 0.266 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.098 82 L 0.079 0.174 0.050 0.109 0.199 0.159 0.131 0.040 0.015 0.024 0.019 83 G 0.277 0.154 0.105 0.057 0.213 0.019 0.009 0.021 0.015 0.039 0.091 84 F 0.071 0.057 0.049 0.126 0.074 0.090 0.043 0.157 0.174 0.109 0.050 85 D 0.017 0.093 0.094 0.178 0.034 0.107 0.151 0.133 0.081 0.093 0.018 86 R 0.120 0.096 0.045 0.032 0.125 0.021 0.030 0.089 0.107 0.238 0.098 87 K 0.164 0.199 0.058 0.019 0.325 0.027 0.030 0.054 0.040 0.043 0.041 88 R 0.290 0.102 0.020 0.005 0.482 0.005 0.009 0.016 0.011 0.022 0.041 89 L 0.387 0.074 0.006 0.002 0.473 0.002 0.003 0.005 0.002 0.008 0.037 90 H 0.284 0.096 0.012 0.005 0.554 0.007 0.005 0.004 0.001 0.004 0.029 91 V 0.325 0.070 0.005 0.004 0.553 0.006 0.003 0.004 0.001 0.003 0.026 92 Y 0.472 0.029 0.003 0.006 0.417 0.007 0.005 0.003 0.001 0.004 0.054 93 H 0.273 0.110 0.014 0.009 0.541 0.020 0.004 0.005 0.001 0.002 0.021 94 S 0.336 0.058 0.005 0.001 0.528 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.062 95 L 0.466 0.042 0.005 0.002 0.357 0.003 0.008 0.016 0.005 0.015 0.082 96 H 0.121 0.226 0.048 0.010 0.447 0.017 0.020 0.026 0.011 0.040 0.034 97 R 0.178 0.181 0.028 0.007 0.550 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.037 98 A 0.053 0.111 0.116 0.036 0.041 0.042 0.077 0.313 0.175 0.024 0.013 99 G 0.002 0.006 0.043 0.046 0.002 0.097 0.210 0.382 0.173 0.036 0.003 100 F 0.003 0.756 0.154 0.023 0.045 0.002 0.003 0.006 0.004 0.002 0.001 101 D 0.010 0.004 0.005 0.006 0.006 0.002 0.001 0.007 0.010 0.526 0.423 102 E 0.012 0.668 0.075 0.002 0.194 0.007 0.015 0.015 0.004 0.006 0.001 103 V 0.589 0.020 0.002 0.001 0.341 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 104 L 0.126 0.178 0.052 0.096 0.267 0.160 0.061 0.025 0.006 0.006 0.022 105 A 0.251 0.141 0.025 0.004 0.522 0.003 0.005 0.010 0.003 0.009 0.028 106 A 0.389 0.063 0.011 0.005 0.398 0.005 0.013 0.012 0.006 0.014 0.086 107 S 0.270 0.145 0.017 0.020 0.479 0.016 0.010 0.005 0.002 0.008 0.029 108 E 0.237 0.126 0.013 0.003 0.568 0.009 0.013 0.007 0.002 0.004 0.019 109 Q 0.565 0.015 0.001 0.001 0.367 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 110 M 0.196 0.097 0.008 0.034 0.561 0.050 0.015 0.005 0.002 0.005 0.026 111 L 0.393 0.028 0.003 0.001 0.529 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 112 L 0.303 0.064 0.005 0.004 0.559 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.050 113 H 0.356 0.058 0.007 0.001 0.499 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.062 114 V 0.121 0.351 0.069 0.011 0.370 0.007 0.005 0.006 0.004 0.022 0.034 115 D 0.161 0.180 0.077 0.011 0.536 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.017 116 L 0.009 0.013 0.014 0.015 0.012 0.021 0.061 0.526 0.303 0.022 0.003 117 A 0.003 0.018 0.022 0.028 0.007 0.058 0.321 0.340 0.097 0.101 0.004 118 G 0.037 0.385 0.100 0.035 0.154 0.020 0.024 0.090 0.046 0.090 0.019 119 P 0.060 0.065 0.071 0.047 0.082 0.017 0.023 0.070 0.066 0.313 0.185 120 Q 0.025 0.533 0.197 0.003 0.181 0.002 0.006 0.024 0.011 0.011 0.005 121 S 0.179 0.319 0.083 0.002 0.330 0.002 0.006 0.018 0.012 0.013 0.035 122 A 0.031 0.388 0.344 0.020 0.126 0.019 0.026 0.021 0.012 0.005 0.008 123 P 0.036 0.503 0.312 0.004 0.102 0.002 0.004 0.007 0.006 0.009 0.015 124 F 0.040 0.446 0.331 0.009 0.110 0.004 0.005 0.011 0.007 0.021 0.017 125 G 0.008 0.674 0.212 0.007 0.072 0.002 0.001 0.015 0.005 0.002 0.002 126 H 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.783 0.194 0.004 0.001 127 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.894 0.090 0.009 0.001 128 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.069 0.019 0.001 129 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.054 0.002 0.001 130 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.939 0.044 0.002 0.001 131 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.897 0.064 0.027 0.001 132 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.869 0.101 0.018 0.002 133 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.908 0.067 0.004 0.001 134 H 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.886 0.064 0.027 0.002 135 L 0.004 0.005 0.004 0.001 0.006 0.002 0.012 0.849 0.085 0.027 0.004 136 V 0.004 0.015 0.002 0.001 0.009 0.002 0.016 0.786 0.137 0.023 0.004 137 E 0.003 0.010 0.004 0.002 0.006 0.005 0.059 0.757 0.119 0.032 0.003 138 Q 0.009 0.061 0.038 0.010 0.027 0.018 0.115 0.515 0.122 0.079 0.007 139 Q 0.047 0.136 0.038 0.011 0.082 0.012 0.037 0.283 0.144 0.161 0.050 140 E 0.028 0.052 0.019 0.012 0.045 0.018 0.053 0.382 0.197 0.157 0.037 141 G 0.027 0.043 0.021 0.013 0.049 0.018 0.046 0.226 0.155 0.367 0.035 142 A 0.057 0.327 0.172 0.021 0.162 0.009 0.023 0.096 0.060 0.053 0.020 143 Q 0.049 0.287 0.235 0.025 0.116 0.013 0.030 0.118 0.059 0.042 0.025 144 A 0.041 0.426 0.244 0.015 0.122 0.006 0.013 0.078 0.022 0.019 0.015 145 P 0.057 0.316 0.117 0.014 0.191 0.007 0.010 0.149 0.081 0.042 0.017 146 Q 0.015 0.036 0.027 0.015 0.036 0.025 0.078 0.542 0.201 0.017 0.006 147 Y 0.033 0.022 0.021 0.014 0.039 0.015 0.058 0.472 0.133 0.168 0.025 148 M 0.024 0.111 0.050 0.029 0.070 0.026 0.060 0.371 0.135 0.108 0.016 149 G 0.050 0.054 0.050 0.052 0.067 0.023 0.025 0.244 0.151 0.218 0.068 150 R 0.046 0.157 0.078 0.014 0.143 0.011 0.039 0.256 0.160 0.069 0.027 151 T 0.194 0.099 0.022 0.007 0.216 0.010 0.061 0.231 0.063 0.056 0.040 152 I 0.040 0.353 0.120 0.036 0.215 0.033 0.052 0.066 0.036 0.036 0.013 153 K 0.177 0.112 0.102 0.048 0.157 0.010 0.008 0.025 0.033 0.203 0.126 154 L 0.069 0.351 0.281 0.027 0.174 0.007 0.009 0.023 0.016 0.020 0.023 155 P 0.030 0.459 0.275 0.016 0.146 0.005 0.008 0.025 0.012 0.012 0.012 156 A 0.087 0.239 0.137 0.021 0.171 0.031 0.059 0.118 0.062 0.036 0.039