# TARGET T0364 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.710 0.196 0.066 0.024 0.004 0.001 0.001 2 P 0.720 0.187 0.061 0.025 0.006 0.001 0.001 3 A 0.650 0.227 0.075 0.033 0.012 0.002 0.001 4 L 0.504 0.251 0.122 0.076 0.034 0.012 0.001 5 I 0.282 0.199 0.202 0.192 0.096 0.026 0.003 6 T 0.377 0.282 0.159 0.104 0.054 0.020 0.003 7 Y 0.224 0.192 0.196 0.204 0.138 0.043 0.004 8 R 0.294 0.306 0.203 0.136 0.048 0.012 0.001 9 T 0.137 0.174 0.184 0.251 0.186 0.062 0.005 10 T 0.201 0.325 0.255 0.161 0.048 0.009 0.001 11 V 0.087 0.104 0.131 0.252 0.305 0.112 0.008 12 Q 0.188 0.313 0.262 0.174 0.053 0.010 0.001 13 E 0.200 0.253 0.203 0.188 0.113 0.039 0.004 14 D 0.174 0.315 0.233 0.173 0.081 0.022 0.002 15 W 0.063 0.146 0.191 0.237 0.215 0.128 0.020 16 V 0.037 0.042 0.062 0.125 0.234 0.358 0.141 17 D 0.040 0.064 0.088 0.142 0.199 0.292 0.173 18 Y 0.027 0.031 0.051 0.085 0.140 0.322 0.344 19 N 0.015 0.025 0.035 0.075 0.143 0.285 0.421 20 G 0.019 0.032 0.052 0.098 0.161 0.262 0.374 21 H 0.018 0.032 0.047 0.084 0.151 0.269 0.397 22 L 0.014 0.022 0.033 0.068 0.127 0.277 0.460 23 R 0.019 0.028 0.038 0.079 0.141 0.300 0.394 24 D 0.017 0.023 0.039 0.090 0.177 0.328 0.324 25 A 0.029 0.039 0.048 0.083 0.152 0.290 0.359 26 F 0.021 0.033 0.050 0.107 0.160 0.275 0.355 27 Y 0.009 0.013 0.023 0.054 0.120 0.380 0.400 28 L 0.011 0.034 0.062 0.135 0.246 0.319 0.194 29 L 0.016 0.063 0.119 0.228 0.250 0.218 0.105 30 I 0.003 0.010 0.025 0.077 0.243 0.431 0.210 31 F 0.001 0.004 0.008 0.030 0.107 0.428 0.420 32 S 0.005 0.036 0.091 0.227 0.326 0.254 0.060 33 Y 0.008 0.036 0.115 0.251 0.328 0.227 0.035 34 A 0.003 0.007 0.009 0.035 0.150 0.517 0.278 35 T 0.004 0.010 0.022 0.086 0.200 0.452 0.225 36 D 0.014 0.080 0.188 0.317 0.252 0.132 0.017 37 A 0.015 0.054 0.118 0.292 0.339 0.158 0.023 38 L 0.004 0.009 0.020 0.061 0.200 0.516 0.191 39 M 0.013 0.033 0.077 0.192 0.323 0.299 0.064 40 D 0.066 0.261 0.256 0.234 0.120 0.053 0.011 41 R 0.042 0.106 0.169 0.254 0.241 0.148 0.040 42 I 0.023 0.058 0.120 0.212 0.276 0.250 0.060 43 G 0.088 0.170 0.197 0.205 0.173 0.135 0.033 44 L 0.067 0.095 0.112 0.198 0.270 0.199 0.060 45 D 0.107 0.230 0.226 0.207 0.148 0.070 0.012 46 A 0.117 0.167 0.206 0.259 0.168 0.068 0.014 47 D 0.358 0.351 0.153 0.081 0.036 0.016 0.005 48 S 0.130 0.222 0.250 0.230 0.119 0.042 0.007 49 R 0.057 0.080 0.119 0.221 0.296 0.196 0.030 50 G 0.165 0.237 0.217 0.201 0.117 0.052 0.010 51 Q 0.314 0.288 0.178 0.118 0.064 0.031 0.007 52 S 0.130 0.221 0.239 0.213 0.135 0.054 0.009 53 G 0.146 0.224 0.219 0.195 0.131 0.072 0.013 54 N 0.049 0.095 0.139 0.234 0.272 0.181 0.029 55 S 0.024 0.035 0.064 0.160 0.286 0.343 0.089 56 L 0.012 0.012 0.021 0.057 0.147 0.407 0.344 57 F 0.012 0.014 0.023 0.051 0.125 0.329 0.446 58 T 0.013 0.020 0.033 0.071 0.122 0.305 0.436 59 L 0.011 0.025 0.044 0.098 0.176 0.318 0.328 60 E 0.017 0.045 0.088 0.144 0.208 0.292 0.207 61 A 0.017 0.046 0.069 0.137 0.225 0.343 0.163 62 H 0.018 0.048 0.079 0.163 0.269 0.314 0.109 63 I 0.019 0.038 0.069 0.160 0.283 0.346 0.085 64 N 0.042 0.135 0.202 0.284 0.204 0.108 0.024 65 Y 0.022 0.052 0.097 0.174 0.291 0.303 0.060 66 L 0.028 0.071 0.118 0.213 0.290 0.243 0.037 67 H 0.055 0.169 0.218 0.280 0.190 0.079 0.009 68 E 0.144 0.257 0.206 0.191 0.133 0.063 0.007 69 V 0.051 0.121 0.179 0.260 0.241 0.134 0.014 70 K 0.181 0.297 0.236 0.184 0.078 0.022 0.001 71 L 0.261 0.253 0.219 0.177 0.075 0.014 0.001 72 G 0.423 0.326 0.134 0.083 0.028 0.006 0.001 73 T 0.216 0.399 0.240 0.113 0.027 0.004 0.001 74 E 0.124 0.465 0.278 0.104 0.023 0.005 0.001 75 V 0.002 0.013 0.046 0.186 0.487 0.252 0.014 76 W 0.003 0.068 0.281 0.424 0.185 0.038 0.002 77 V 0.001 0.002 0.007 0.039 0.217 0.647 0.089 78 Q 0.001 0.027 0.211 0.493 0.220 0.046 0.002 79 T 0.001 0.006 0.014 0.058 0.290 0.571 0.061 80 Q 0.001 0.039 0.192 0.371 0.294 0.098 0.005 81 I 0.002 0.012 0.037 0.169 0.359 0.398 0.023 82 L 0.029 0.219 0.265 0.260 0.174 0.051 0.001 83 G 0.102 0.320 0.294 0.208 0.064 0.011 0.001 84 F 0.152 0.224 0.247 0.240 0.111 0.025 0.001 85 D 0.421 0.384 0.134 0.048 0.012 0.002 0.001 86 R 0.339 0.356 0.180 0.091 0.028 0.006 0.001 87 K 0.111 0.244 0.251 0.228 0.127 0.036 0.003 88 R 0.034 0.160 0.262 0.282 0.187 0.068 0.007 89 L 0.009 0.026 0.059 0.161 0.329 0.347 0.071 90 H 0.009 0.049 0.119 0.252 0.306 0.219 0.046 91 V 0.004 0.009 0.019 0.057 0.167 0.490 0.253 92 Y 0.005 0.020 0.060 0.172 0.265 0.337 0.140 93 H 0.009 0.034 0.073 0.174 0.288 0.333 0.087 94 S 0.008 0.037 0.104 0.225 0.317 0.250 0.059 95 L 0.004 0.013 0.027 0.081 0.239 0.500 0.136 96 H 0.017 0.081 0.158 0.262 0.286 0.176 0.020 97 R 0.070 0.212 0.272 0.276 0.132 0.035 0.002 98 A 0.201 0.290 0.260 0.172 0.063 0.013 0.001 99 G 0.587 0.247 0.101 0.048 0.014 0.003 0.001 100 F 0.726 0.198 0.053 0.016 0.005 0.001 0.001 101 D 0.452 0.271 0.148 0.086 0.033 0.008 0.001 102 E 0.161 0.274 0.255 0.197 0.086 0.023 0.003 103 V 0.053 0.115 0.177 0.278 0.245 0.117 0.015 104 L 0.026 0.054 0.103 0.194 0.288 0.283 0.053 105 A 0.020 0.034 0.058 0.159 0.295 0.338 0.098 106 A 0.029 0.096 0.165 0.240 0.225 0.179 0.066 107 S 0.022 0.041 0.068 0.147 0.272 0.312 0.137 108 E 0.023 0.091 0.157 0.213 0.199 0.208 0.110 109 Q 0.015 0.040 0.081 0.164 0.267 0.319 0.115 110 M 0.009 0.027 0.056 0.130 0.256 0.384 0.137 111 L 0.010 0.019 0.038 0.097 0.208 0.427 0.201 112 L 0.008 0.011 0.023 0.055 0.135 0.422 0.347 113 H 0.019 0.040 0.075 0.144 0.234 0.350 0.139 114 V 0.020 0.032 0.063 0.159 0.303 0.336 0.087 115 D 0.147 0.288 0.268 0.176 0.087 0.030 0.005 116 L 0.163 0.222 0.252 0.236 0.100 0.023 0.003 117 A 0.576 0.280 0.092 0.037 0.012 0.003 0.001 118 G 0.508 0.259 0.138 0.067 0.022 0.005 0.001 119 P 0.319 0.243 0.197 0.150 0.069 0.020 0.002 120 Q 0.248 0.292 0.212 0.150 0.071 0.023 0.003 121 S 0.162 0.178 0.191 0.206 0.169 0.084 0.011 122 A 0.118 0.166 0.200 0.252 0.171 0.084 0.009 123 P 0.141 0.240 0.225 0.195 0.130 0.059 0.010 124 F 0.068 0.174 0.206 0.283 0.198 0.065 0.005 125 G 0.078 0.222 0.310 0.259 0.106 0.024 0.001 126 H 0.626 0.295 0.064 0.013 0.002 0.001 0.001 127 T 0.236 0.389 0.256 0.096 0.019 0.003 0.001 128 T 0.026 0.039 0.074 0.237 0.417 0.199 0.008 129 V 0.043 0.243 0.401 0.239 0.066 0.008 0.001 130 C 0.265 0.560 0.148 0.024 0.003 0.001 0.001 131 R 0.032 0.111 0.284 0.382 0.167 0.024 0.001 132 L 0.027 0.041 0.085 0.255 0.416 0.171 0.006 133 N 0.190 0.471 0.248 0.076 0.013 0.002 0.001 134 H 0.359 0.412 0.167 0.048 0.011 0.002 0.001 135 L 0.080 0.142 0.206 0.273 0.217 0.078 0.004 136 V 0.170 0.234 0.246 0.231 0.101 0.018 0.001 137 E 0.552 0.311 0.094 0.033 0.008 0.002 0.001 138 Q 0.420 0.267 0.160 0.100 0.041 0.011 0.001 139 Q 0.285 0.198 0.189 0.184 0.105 0.036 0.003 140 E 0.504 0.252 0.124 0.074 0.034 0.011 0.001 141 G 0.460 0.275 0.133 0.084 0.034 0.011 0.002 142 A 0.156 0.161 0.194 0.234 0.173 0.072 0.009 143 Q 0.296 0.267 0.184 0.133 0.080 0.034 0.005 144 A 0.206 0.173 0.186 0.222 0.150 0.057 0.007 145 P 0.438 0.190 0.128 0.129 0.082 0.029 0.003 146 Q 0.515 0.258 0.122 0.065 0.029 0.010 0.001 147 Y 0.492 0.207 0.129 0.099 0.051 0.019 0.003 148 M 0.351 0.153 0.137 0.156 0.122 0.071 0.011 149 G 0.417 0.177 0.146 0.129 0.083 0.041 0.007 150 R 0.312 0.189 0.167 0.154 0.117 0.053 0.009 151 T 0.370 0.213 0.151 0.122 0.091 0.047 0.006 152 I 0.201 0.126 0.168 0.224 0.174 0.095 0.013 153 K 0.432 0.270 0.142 0.089 0.049 0.017 0.001 154 L 0.417 0.212 0.151 0.136 0.069 0.015 0.001 155 P 0.705 0.182 0.072 0.032 0.008 0.002 0.001 156 A 0.789 0.141 0.044 0.019 0.005 0.001 0.001