# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.966 2 P 0.019 0.001 0.001 0.003 0.069 0.907 3 A 0.103 0.005 0.006 0.005 0.157 0.724 4 L 0.520 0.010 0.010 0.004 0.122 0.334 5 I 0.805 0.002 0.007 0.003 0.047 0.135 6 T 0.919 0.001 0.003 0.002 0.017 0.058 7 Y 0.934 0.002 0.001 0.002 0.013 0.047 8 R 0.887 0.001 0.001 0.001 0.027 0.082 9 T 0.868 0.002 0.001 0.001 0.023 0.106 10 T 0.835 0.010 0.001 0.001 0.030 0.123 11 V 0.633 0.036 0.002 0.001 0.048 0.280 12 Q 0.334 0.023 0.009 0.002 0.303 0.329 13 E 0.008 0.001 0.791 0.014 0.169 0.017 14 D 0.009 0.001 0.776 0.012 0.187 0.015 15 W 0.017 0.006 0.835 0.014 0.121 0.007 16 V 0.095 0.120 0.098 0.034 0.366 0.288 17 D 0.089 0.058 0.031 0.026 0.631 0.165 18 Y 0.013 0.010 0.085 0.078 0.746 0.068 19 N 0.016 0.003 0.057 0.057 0.789 0.078 20 G 0.036 0.008 0.064 0.025 0.743 0.124 21 H 0.107 0.074 0.051 0.067 0.346 0.355 22 L 0.160 0.195 0.045 0.090 0.320 0.190 23 R 0.136 0.035 0.029 0.088 0.422 0.289 24 D 0.040 0.005 0.019 0.443 0.336 0.156 25 A 0.020 0.004 0.011 0.834 0.096 0.035 26 F 0.011 0.002 0.004 0.963 0.010 0.010 27 Y 0.014 0.001 0.005 0.972 0.004 0.004 28 L 0.008 0.001 0.007 0.976 0.006 0.003 29 L 0.007 0.001 0.011 0.973 0.006 0.003 30 I 0.008 0.001 0.015 0.968 0.007 0.002 31 F 0.006 0.001 0.015 0.970 0.008 0.002 32 S 0.004 0.001 0.016 0.964 0.013 0.002 33 Y 0.003 0.001 0.014 0.961 0.015 0.007 34 A 0.001 0.001 0.008 0.960 0.013 0.017 35 T 0.001 0.001 0.007 0.967 0.009 0.015 36 D 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.004 37 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.002 38 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.004 39 M 0.001 0.001 0.014 0.967 0.015 0.003 40 D 0.001 0.001 0.019 0.956 0.018 0.006 41 R 0.001 0.001 0.015 0.935 0.027 0.021 42 I 0.001 0.002 0.014 0.846 0.035 0.102 43 G 0.001 0.001 0.002 0.015 0.074 0.907 44 L 0.009 0.010 0.004 0.013 0.125 0.839 45 D 0.022 0.025 0.008 0.028 0.246 0.671 46 A 0.005 0.003 0.280 0.467 0.160 0.084 47 D 0.009 0.001 0.357 0.451 0.137 0.045 48 S 0.010 0.003 0.415 0.399 0.148 0.025 49 R 0.022 0.018 0.143 0.534 0.188 0.095 50 G 0.033 0.012 0.145 0.441 0.264 0.105 51 Q 0.033 0.011 0.111 0.362 0.318 0.165 52 S 0.043 0.010 0.062 0.189 0.372 0.325 53 G 0.055 0.004 0.012 0.011 0.382 0.537 54 N 0.160 0.006 0.006 0.005 0.241 0.582 55 S 0.737 0.017 0.002 0.002 0.064 0.178 56 L 0.910 0.007 0.001 0.002 0.015 0.066 57 F 0.935 0.002 0.001 0.002 0.014 0.046 58 T 0.943 0.001 0.001 0.002 0.014 0.039 59 L 0.962 0.001 0.001 0.004 0.010 0.021 60 E 0.954 0.001 0.002 0.006 0.013 0.023 61 A 0.936 0.001 0.002 0.013 0.017 0.031 62 H 0.909 0.001 0.002 0.016 0.022 0.051 63 I 0.911 0.001 0.002 0.016 0.018 0.052 64 N 0.931 0.001 0.001 0.010 0.017 0.040 65 Y 0.924 0.002 0.002 0.009 0.022 0.041 66 L 0.826 0.006 0.003 0.013 0.055 0.098 67 H 0.698 0.005 0.005 0.008 0.089 0.195 68 E 0.675 0.004 0.009 0.004 0.082 0.226 69 V 0.636 0.037 0.011 0.003 0.059 0.254 70 K 0.287 0.019 0.008 0.001 0.656 0.029 71 L 0.122 0.007 0.006 0.003 0.832 0.030 72 G 0.018 0.001 0.005 0.002 0.937 0.037 73 T 0.650 0.031 0.002 0.001 0.300 0.016 74 E 0.909 0.002 0.001 0.001 0.011 0.076 75 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 76 W 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 Q 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 80 Q 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 81 I 0.978 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 82 L 0.924 0.001 0.001 0.005 0.028 0.040 83 G 0.815 0.002 0.005 0.005 0.085 0.088 84 F 0.657 0.014 0.007 0.006 0.190 0.126 85 D 0.419 0.009 0.009 0.005 0.437 0.121 86 R 0.188 0.002 0.030 0.010 0.660 0.110 87 K 0.343 0.006 0.025 0.008 0.495 0.124 88 R 0.817 0.005 0.005 0.002 0.099 0.072 89 L 0.937 0.002 0.001 0.001 0.013 0.046 90 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 91 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 92 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 94 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 95 L 0.984 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 96 H 0.944 0.003 0.001 0.004 0.013 0.037 97 R 0.766 0.006 0.002 0.006 0.167 0.052 98 A 0.147 0.004 0.017 0.008 0.742 0.082 99 G 0.037 0.003 0.019 0.005 0.867 0.070 100 F 0.046 0.004 0.014 0.004 0.865 0.067 101 D 0.191 0.010 0.008 0.007 0.385 0.400 102 E 0.706 0.014 0.003 0.008 0.070 0.199 103 V 0.915 0.004 0.002 0.007 0.023 0.049 104 L 0.971 0.001 0.001 0.004 0.006 0.017 105 A 0.982 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 106 A 0.985 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 107 S 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 108 E 0.964 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 109 Q 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 110 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 111 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 113 H 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 114 V 0.851 0.004 0.001 0.001 0.020 0.123 115 D 0.509 0.015 0.002 0.002 0.256 0.216 116 L 0.063 0.008 0.031 0.009 0.725 0.164 117 A 0.018 0.005 0.042 0.009 0.842 0.084 118 G 0.008 0.002 0.030 0.006 0.890 0.064 119 P 0.013 0.013 0.036 0.015 0.644 0.278 120 Q 0.052 0.141 0.024 0.019 0.313 0.450 121 S 0.052 0.058 0.026 0.021 0.284 0.559 122 A 0.068 0.018 0.019 0.021 0.219 0.655 123 P 0.070 0.030 0.022 0.032 0.209 0.636 124 F 0.036 0.025 0.017 0.071 0.187 0.663 125 G 0.021 0.010 0.009 0.103 0.173 0.685 126 H 0.009 0.003 0.030 0.720 0.099 0.140 127 T 0.015 0.003 0.023 0.848 0.056 0.055 128 T 0.018 0.002 0.021 0.879 0.041 0.038 129 V 0.021 0.002 0.017 0.899 0.026 0.035 130 C 0.013 0.001 0.022 0.902 0.032 0.030 131 R 0.010 0.001 0.021 0.917 0.029 0.021 132 L 0.004 0.001 0.013 0.945 0.019 0.018 133 N 0.004 0.001 0.016 0.954 0.015 0.010 134 H 0.002 0.001 0.012 0.964 0.013 0.010 135 L 0.002 0.001 0.014 0.949 0.015 0.019 136 V 0.002 0.001 0.011 0.960 0.013 0.013 137 E 0.003 0.001 0.014 0.941 0.018 0.022 138 Q 0.004 0.001 0.018 0.877 0.034 0.066 139 Q 0.007 0.003 0.036 0.640 0.106 0.208 140 E 0.006 0.004 0.057 0.446 0.179 0.308 141 G 0.013 0.006 0.092 0.231 0.256 0.402 142 A 0.014 0.008 0.038 0.084 0.271 0.585 143 Q 0.020 0.020 0.034 0.097 0.230 0.598 144 A 0.014 0.009 0.022 0.073 0.232 0.649 145 P 0.015 0.007 0.151 0.204 0.269 0.353 146 Q 0.024 0.006 0.299 0.240 0.241 0.191 147 Y 0.046 0.012 0.313 0.223 0.301 0.105 148 M 0.062 0.010 0.103 0.310 0.358 0.157 149 G 0.066 0.008 0.043 0.224 0.297 0.362 150 R 0.187 0.010 0.013 0.115 0.181 0.495 151 T 0.354 0.026 0.012 0.156 0.087 0.365 152 I 0.311 0.024 0.014 0.157 0.077 0.417 153 K 0.132 0.012 0.010 0.064 0.089 0.693 154 L 0.029 0.004 0.002 0.007 0.047 0.912 155 P 0.010 0.002 0.001 0.002 0.029 0.958 156 A 0.003 0.001 0.001 0.006 0.028 0.961