# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.009 0.010 0.030 0.030 0.092 0.055 0.617 2 P 0.076 0.008 0.014 0.018 0.029 0.096 0.080 0.679 3 A 0.035 0.011 0.036 0.039 0.121 0.119 0.098 0.541 4 L 0.014 0.005 0.061 0.058 0.133 0.080 0.053 0.596 5 I 0.014 0.003 0.110 0.168 0.264 0.073 0.056 0.312 6 T 0.006 0.002 0.095 0.099 0.232 0.053 0.108 0.405 7 Y 0.015 0.002 0.089 0.252 0.266 0.058 0.055 0.263 8 R 0.008 0.001 0.091 0.145 0.264 0.054 0.032 0.404 9 T 0.006 0.002 0.082 0.172 0.231 0.065 0.025 0.417 10 T 0.005 0.003 0.110 0.188 0.247 0.078 0.034 0.335 11 V 0.008 0.004 0.066 0.102 0.090 0.083 0.033 0.615 12 Q 0.260 0.039 0.039 0.082 0.063 0.066 0.110 0.339 13 E 0.193 0.059 0.027 0.028 0.032 0.095 0.096 0.471 14 D 0.058 0.071 0.038 0.028 0.050 0.114 0.038 0.604 15 W 0.020 0.027 0.072 0.044 0.093 0.116 0.083 0.545 16 V 0.032 0.028 0.074 0.060 0.074 0.149 0.079 0.503 17 D 0.579 0.036 0.033 0.027 0.030 0.063 0.083 0.150 18 Y 0.093 0.034 0.015 0.018 0.024 0.119 0.046 0.651 19 N 0.011 0.021 0.034 0.010 0.047 0.135 0.024 0.719 20 G 0.026 0.054 0.088 0.064 0.133 0.116 0.122 0.397 21 H 0.051 0.151 0.095 0.149 0.138 0.098 0.076 0.243 22 L 0.063 0.152 0.131 0.058 0.104 0.075 0.089 0.328 23 R 0.051 0.338 0.039 0.078 0.118 0.065 0.089 0.222 24 D 0.024 0.568 0.025 0.021 0.051 0.038 0.069 0.205 25 A 0.007 0.714 0.018 0.040 0.069 0.027 0.035 0.091 26 F 0.006 0.728 0.017 0.064 0.093 0.011 0.046 0.035 27 Y 0.008 0.869 0.007 0.018 0.024 0.007 0.050 0.018 28 L 0.007 0.619 0.018 0.032 0.033 0.007 0.263 0.021 29 L 0.003 0.822 0.010 0.025 0.023 0.005 0.097 0.015 30 I 0.012 0.942 0.004 0.002 0.005 0.003 0.020 0.011 31 F 0.015 0.341 0.007 0.006 0.005 0.005 0.604 0.016 32 S 0.005 0.771 0.003 0.003 0.002 0.006 0.182 0.028 33 Y 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.029 34 A 0.006 0.945 0.004 0.002 0.001 0.005 0.023 0.014 35 T 0.021 0.904 0.003 0.001 0.001 0.005 0.049 0.017 36 D 0.019 0.800 0.006 0.001 0.001 0.007 0.135 0.031 37 A 0.012 0.891 0.021 0.002 0.002 0.008 0.033 0.031 38 L 0.164 0.582 0.046 0.003 0.003 0.025 0.093 0.083 39 M 0.146 0.076 0.202 0.009 0.006 0.049 0.330 0.183 40 D 0.514 0.033 0.020 0.002 0.002 0.031 0.021 0.377 41 R 0.104 0.004 0.009 0.001 0.002 0.057 0.016 0.807 42 I 0.008 0.007 0.018 0.003 0.005 0.194 0.008 0.757 43 G 0.013 0.012 0.012 0.002 0.007 0.106 0.011 0.837 44 L 0.019 0.021 0.024 0.011 0.004 0.114 0.033 0.776 45 D 0.235 0.395 0.025 0.005 0.005 0.044 0.174 0.118 46 A 0.264 0.376 0.018 0.004 0.005 0.050 0.078 0.206 47 D 0.188 0.177 0.032 0.012 0.015 0.062 0.053 0.461 48 S 0.096 0.050 0.028 0.017 0.025 0.081 0.255 0.447 49 R 0.028 0.017 0.027 0.021 0.045 0.166 0.214 0.482 50 G 0.330 0.007 0.017 0.017 0.030 0.074 0.083 0.442 51 Q 0.142 0.003 0.005 0.009 0.012 0.077 0.039 0.714 52 S 0.013 0.002 0.013 0.006 0.029 0.120 0.014 0.803 53 G 0.016 0.003 0.035 0.025 0.128 0.139 0.032 0.623 54 N 0.005 0.003 0.072 0.144 0.153 0.083 0.050 0.491 55 S 0.004 0.007 0.187 0.194 0.303 0.045 0.055 0.205 56 L 0.003 0.009 0.198 0.235 0.272 0.024 0.050 0.210 57 F 0.003 0.008 0.294 0.347 0.251 0.012 0.027 0.059 58 T 0.006 0.022 0.329 0.181 0.263 0.015 0.080 0.104 59 L 0.019 0.046 0.117 0.312 0.329 0.022 0.061 0.094 60 E 0.028 0.035 0.123 0.168 0.259 0.036 0.123 0.227 61 A 0.009 0.049 0.062 0.235 0.290 0.056 0.068 0.231 62 H 0.019 0.064 0.091 0.129 0.287 0.056 0.077 0.278 63 I 0.051 0.051 0.053 0.220 0.213 0.051 0.084 0.277 64 N 0.054 0.040 0.070 0.215 0.219 0.052 0.089 0.261 65 Y 0.050 0.036 0.037 0.106 0.180 0.070 0.069 0.452 66 L 0.043 0.012 0.051 0.123 0.152 0.067 0.048 0.505 67 H 0.077 0.008 0.026 0.169 0.157 0.074 0.052 0.436 68 E 0.015 0.003 0.026 0.049 0.089 0.078 0.040 0.700 69 V 0.046 0.001 0.031 0.061 0.095 0.118 0.035 0.612 70 K 0.211 0.003 0.028 0.045 0.043 0.077 0.076 0.518 71 L 0.035 0.003 0.014 0.019 0.040 0.099 0.017 0.774 72 G 0.018 0.004 0.035 0.018 0.076 0.083 0.025 0.741 73 T 0.016 0.011 0.062 0.239 0.297 0.068 0.036 0.270 74 E 0.003 0.007 0.108 0.122 0.287 0.042 0.028 0.404 75 V 0.001 0.003 0.096 0.367 0.436 0.012 0.032 0.053 76 W 0.001 0.005 0.151 0.279 0.415 0.014 0.086 0.050 77 V 0.004 0.020 0.088 0.466 0.326 0.009 0.039 0.047 78 Q 0.008 0.029 0.087 0.256 0.503 0.015 0.025 0.077 79 T 0.011 0.020 0.078 0.286 0.430 0.021 0.051 0.103 80 Q 0.024 0.014 0.055 0.384 0.373 0.024 0.032 0.094 81 I 0.024 0.008 0.043 0.235 0.328 0.043 0.059 0.260 82 L 0.026 0.006 0.032 0.221 0.241 0.069 0.036 0.368 83 G 0.078 0.005 0.017 0.109 0.193 0.065 0.041 0.493 84 F 0.035 0.003 0.009 0.037 0.050 0.063 0.027 0.778 85 D 0.114 0.010 0.015 0.067 0.149 0.086 0.048 0.510 86 R 0.032 0.007 0.012 0.039 0.090 0.083 0.030 0.706 87 K 0.009 0.009 0.036 0.141 0.338 0.077 0.022 0.368 88 R 0.003 0.013 0.049 0.164 0.459 0.035 0.028 0.250 89 L 0.002 0.012 0.046 0.332 0.487 0.018 0.019 0.084 90 H 0.002 0.010 0.103 0.334 0.448 0.009 0.048 0.046 91 V 0.002 0.022 0.037 0.470 0.398 0.007 0.032 0.032 92 Y 0.006 0.042 0.073 0.245 0.524 0.012 0.038 0.060 93 H 0.005 0.026 0.023 0.418 0.458 0.008 0.023 0.037 94 S 0.010 0.027 0.043 0.337 0.462 0.016 0.030 0.075 95 L 0.009 0.008 0.038 0.369 0.402 0.023 0.047 0.104 96 H 0.060 0.010 0.044 0.257 0.259 0.053 0.073 0.245 97 R 0.250 0.010 0.017 0.060 0.079 0.073 0.056 0.455 98 A 0.041 0.005 0.004 0.008 0.014 0.091 0.009 0.827 99 G 0.043 0.019 0.004 0.008 0.014 0.079 0.017 0.816 100 F 0.045 0.161 0.007 0.017 0.032 0.098 0.036 0.603 101 D 0.027 0.342 0.016 0.058 0.106 0.059 0.063 0.328 102 E 0.021 0.307 0.023 0.168 0.187 0.035 0.059 0.200 103 V 0.010 0.159 0.027 0.257 0.285 0.026 0.119 0.117 104 L 0.007 0.131 0.049 0.175 0.359 0.032 0.154 0.093 105 A 0.015 0.111 0.029 0.275 0.385 0.017 0.113 0.054 106 A 0.034 0.132 0.023 0.166 0.392 0.030 0.115 0.107 107 S 0.018 0.113 0.029 0.157 0.407 0.042 0.089 0.145 108 E 0.014 0.053 0.024 0.187 0.537 0.039 0.040 0.105 109 Q 0.005 0.016 0.037 0.207 0.448 0.033 0.082 0.171 110 M 0.004 0.006 0.045 0.371 0.458 0.025 0.031 0.061 111 L 0.005 0.004 0.064 0.294 0.477 0.019 0.032 0.104 112 L 0.005 0.004 0.071 0.418 0.339 0.029 0.017 0.117 113 H 0.004 0.003 0.141 0.241 0.406 0.031 0.032 0.142 114 V 0.021 0.005 0.060 0.207 0.200 0.065 0.047 0.394 115 D 0.470 0.014 0.039 0.075 0.059 0.050 0.117 0.176 116 L 0.077 0.006 0.013 0.020 0.030 0.116 0.040 0.698 117 A 0.022 0.002 0.012 0.008 0.017 0.081 0.024 0.834 118 G 0.126 0.006 0.012 0.018 0.028 0.101 0.074 0.635 119 P 0.062 0.003 0.013 0.022 0.025 0.119 0.042 0.713 120 Q 0.037 0.003 0.021 0.026 0.052 0.116 0.023 0.723 121 S 0.020 0.002 0.016 0.016 0.033 0.082 0.026 0.805 122 A 0.022 0.007 0.048 0.051 0.059 0.155 0.036 0.623 123 P 0.017 0.007 0.032 0.017 0.026 0.106 0.051 0.744 124 F 0.081 0.060 0.030 0.030 0.021 0.107 0.185 0.486 125 G 0.124 0.461 0.012 0.006 0.008 0.046 0.061 0.283 126 H 0.067 0.648 0.009 0.005 0.008 0.038 0.021 0.204 127 T 0.018 0.724 0.019 0.010 0.014 0.028 0.042 0.145 128 T 0.035 0.884 0.004 0.002 0.004 0.008 0.032 0.030 129 V 0.068 0.512 0.025 0.008 0.007 0.020 0.300 0.060 130 C 0.026 0.654 0.021 0.011 0.009 0.025 0.134 0.120 131 R 0.060 0.716 0.014 0.003 0.006 0.021 0.044 0.137 132 L 0.069 0.696 0.016 0.006 0.006 0.026 0.053 0.128 133 N 0.062 0.667 0.011 0.005 0.007 0.022 0.048 0.178 134 H 0.047 0.537 0.013 0.004 0.005 0.039 0.054 0.302 135 L 0.087 0.445 0.051 0.012 0.011 0.057 0.136 0.201 136 V 0.225 0.299 0.034 0.008 0.007 0.057 0.109 0.262 137 E 0.103 0.163 0.039 0.005 0.005 0.063 0.087 0.536 138 Q 0.116 0.152 0.022 0.004 0.004 0.062 0.051 0.589 139 Q 0.191 0.074 0.025 0.006 0.005 0.076 0.082 0.541 140 E 0.115 0.066 0.012 0.005 0.006 0.092 0.030 0.674 141 G 0.116 0.050 0.013 0.004 0.006 0.088 0.034 0.689 142 A 0.031 0.065 0.010 0.008 0.009 0.125 0.030 0.723 143 Q 0.033 0.126 0.022 0.007 0.008 0.087 0.031 0.685 144 A 0.211 0.438 0.009 0.007 0.005 0.048 0.039 0.243 145 P 0.216 0.261 0.062 0.010 0.010 0.054 0.117 0.272 146 Q 0.251 0.144 0.019 0.008 0.013 0.084 0.053 0.430 147 Y 0.197 0.045 0.032 0.008 0.011 0.073 0.149 0.484 148 M 0.039 0.054 0.014 0.012 0.022 0.135 0.064 0.660 149 G 0.043 0.022 0.028 0.013 0.033 0.067 0.057 0.739 150 R 0.118 0.027 0.021 0.070 0.070 0.099 0.040 0.554 151 T 0.056 0.006 0.040 0.036 0.052 0.082 0.047 0.679 152 I 0.018 0.004 0.032 0.072 0.105 0.146 0.025 0.600 153 K 0.010 0.002 0.025 0.024 0.045 0.081 0.025 0.789 154 L 0.077 0.006 0.019 0.044 0.029 0.108 0.053 0.664 155 P 0.115 0.015 0.022 0.024 0.030 0.092 0.070 0.633 156 A 0.068 0.013 0.016 0.016 0.030 0.098 0.038 0.721