# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.005 0.024 0.030 0.046 0.059 0.005 0.792 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 3 A 0.008 0.001 0.011 0.024 0.043 0.056 0.003 0.854 4 L 0.115 0.002 0.021 0.023 0.026 0.046 0.007 0.760 5 I 0.177 0.005 0.108 0.168 0.180 0.072 0.006 0.284 6 T 0.047 0.005 0.124 0.193 0.233 0.055 0.003 0.340 7 Y 0.015 0.004 0.176 0.232 0.318 0.035 0.003 0.217 8 R 0.009 0.003 0.105 0.203 0.292 0.044 0.002 0.342 9 T 0.012 0.004 0.109 0.249 0.327 0.041 0.004 0.254 10 T 0.024 0.003 0.129 0.172 0.289 0.055 0.004 0.324 11 V 0.012 0.003 0.086 0.153 0.198 0.050 0.003 0.495 12 Q 0.012 0.007 0.074 0.150 0.350 0.120 0.003 0.284 13 E 0.008 0.005 0.019 0.025 0.078 0.040 0.002 0.823 14 D 0.022 0.018 0.023 0.026 0.049 0.224 0.008 0.631 15 W 0.334 0.022 0.016 0.019 0.031 0.196 0.018 0.364 16 V 0.277 0.133 0.068 0.063 0.066 0.093 0.020 0.281 17 D 0.042 0.165 0.092 0.106 0.155 0.092 0.018 0.331 18 Y 0.057 0.152 0.102 0.055 0.099 0.061 0.016 0.458 19 N 0.049 0.077 0.041 0.027 0.054 0.482 0.027 0.244 20 G 0.500 0.048 0.032 0.022 0.019 0.096 0.057 0.227 21 H 0.135 0.109 0.167 0.023 0.028 0.202 0.015 0.321 22 L 0.034 0.110 0.163 0.077 0.107 0.156 0.015 0.338 23 R 0.055 0.133 0.076 0.068 0.123 0.161 0.010 0.374 24 D 0.048 0.115 0.048 0.048 0.092 0.139 0.014 0.497 25 A 0.070 0.210 0.067 0.033 0.054 0.122 0.010 0.434 26 F 0.037 0.272 0.030 0.042 0.050 0.216 0.012 0.341 27 Y 0.045 0.491 0.024 0.036 0.058 0.113 0.008 0.225 28 L 0.016 0.834 0.014 0.021 0.036 0.016 0.002 0.061 29 L 0.012 0.844 0.008 0.017 0.022 0.022 0.004 0.070 30 I 0.012 0.930 0.004 0.006 0.008 0.006 0.003 0.031 31 F 0.021 0.911 0.004 0.004 0.012 0.005 0.005 0.036 32 S 0.022 0.892 0.003 0.002 0.004 0.010 0.007 0.061 33 Y 0.018 0.932 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.038 34 A 0.030 0.895 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.057 35 T 0.023 0.875 0.006 0.002 0.004 0.006 0.008 0.077 36 D 0.013 0.868 0.006 0.002 0.003 0.004 0.005 0.099 37 A 0.012 0.881 0.008 0.001 0.002 0.012 0.006 0.079 38 L 0.016 0.926 0.002 0.001 0.002 0.010 0.004 0.039 39 M 0.014 0.942 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.029 40 D 0.018 0.935 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.031 41 R 0.088 0.842 0.011 0.002 0.001 0.003 0.024 0.030 42 I 0.134 0.761 0.018 0.005 0.002 0.003 0.052 0.026 43 G 0.488 0.100 0.073 0.010 0.006 0.011 0.157 0.156 44 L 0.060 0.032 0.790 0.013 0.011 0.022 0.008 0.064 45 D 0.013 0.034 0.077 0.018 0.030 0.132 0.005 0.691 46 A 0.013 0.018 0.045 0.005 0.022 0.034 0.002 0.862 47 D 0.015 0.040 0.030 0.006 0.014 0.475 0.004 0.416 48 S 0.123 0.047 0.010 0.004 0.008 0.609 0.012 0.189 49 R 0.239 0.496 0.007 0.009 0.013 0.041 0.008 0.187 50 G 0.203 0.356 0.012 0.017 0.030 0.067 0.034 0.281 51 Q 0.238 0.300 0.046 0.025 0.030 0.065 0.037 0.259 52 S 0.108 0.170 0.017 0.027 0.043 0.047 0.046 0.543 53 G 0.303 0.040 0.035 0.040 0.047 0.039 0.109 0.385 54 N 0.234 0.011 0.124 0.035 0.034 0.137 0.038 0.385 55 S 0.048 0.005 0.208 0.106 0.101 0.128 0.014 0.391 56 L 0.026 0.003 0.135 0.130 0.213 0.074 0.003 0.416 57 F 0.007 0.001 0.345 0.275 0.262 0.030 0.002 0.078 58 T 0.004 0.001 0.160 0.196 0.228 0.040 0.001 0.371 59 L 0.002 0.001 0.217 0.295 0.437 0.014 0.001 0.034 60 E 0.005 0.002 0.089 0.236 0.483 0.063 0.001 0.120 61 A 0.012 0.003 0.108 0.267 0.483 0.043 0.004 0.080 62 H 0.032 0.005 0.066 0.269 0.414 0.072 0.004 0.138 63 I 0.024 0.007 0.057 0.227 0.420 0.044 0.004 0.217 64 N 0.012 0.011 0.038 0.336 0.394 0.040 0.004 0.164 65 Y 0.032 0.014 0.030 0.173 0.344 0.049 0.011 0.347 66 L 0.063 0.026 0.053 0.153 0.382 0.076 0.008 0.241 67 H 0.043 0.029 0.043 0.282 0.305 0.070 0.012 0.216 68 E 0.008 0.008 0.006 0.020 0.031 0.016 0.003 0.908 69 V 0.085 0.027 0.074 0.138 0.232 0.071 0.019 0.354 70 K 0.078 0.017 0.024 0.099 0.093 0.161 0.017 0.511 71 L 0.032 0.014 0.041 0.085 0.130 0.048 0.013 0.637 72 G 0.055 0.015 0.061 0.120 0.150 0.109 0.036 0.454 73 T 0.233 0.003 0.046 0.082 0.075 0.156 0.028 0.377 74 E 0.017 0.001 0.036 0.067 0.065 0.067 0.004 0.744 75 V 0.030 0.001 0.050 0.295 0.541 0.047 0.002 0.035 76 W 0.006 0.001 0.080 0.381 0.363 0.021 0.001 0.146 77 V 0.001 0.001 0.062 0.451 0.441 0.006 0.001 0.039 78 Q 0.001 0.001 0.098 0.283 0.581 0.008 0.001 0.027 79 T 0.001 0.001 0.053 0.383 0.514 0.009 0.001 0.038 80 Q 0.003 0.001 0.089 0.243 0.601 0.018 0.001 0.043 81 I 0.009 0.002 0.060 0.234 0.539 0.043 0.001 0.112 82 L 0.008 0.004 0.057 0.334 0.486 0.028 0.002 0.080 83 G 0.025 0.006 0.023 0.183 0.321 0.061 0.009 0.373 84 F 0.069 0.008 0.065 0.143 0.281 0.076 0.014 0.343 85 D 0.026 0.010 0.014 0.095 0.124 0.127 0.011 0.594 86 R 0.055 0.009 0.016 0.046 0.095 0.111 0.019 0.648 87 K 0.112 0.021 0.026 0.085 0.094 0.269 0.024 0.369 88 R 0.233 0.011 0.023 0.074 0.110 0.214 0.024 0.312 89 L 0.075 0.021 0.061 0.307 0.237 0.067 0.010 0.222 90 H 0.018 0.005 0.043 0.312 0.372 0.059 0.004 0.188 91 V 0.007 0.003 0.028 0.321 0.449 0.032 0.001 0.158 92 Y 0.004 0.003 0.026 0.279 0.636 0.017 0.001 0.034 93 H 0.004 0.004 0.023 0.451 0.476 0.013 0.001 0.029 94 S 0.006 0.005 0.028 0.347 0.567 0.013 0.001 0.033 95 L 0.008 0.005 0.025 0.321 0.584 0.015 0.001 0.041 96 H 0.008 0.010 0.025 0.385 0.497 0.016 0.002 0.056 97 R 0.011 0.019 0.017 0.278 0.479 0.027 0.006 0.163 98 A 0.037 0.020 0.024 0.119 0.321 0.063 0.017 0.400 99 G 0.058 0.012 0.007 0.039 0.061 0.181 0.038 0.605 100 F 0.156 0.009 0.011 0.029 0.025 0.139 0.063 0.568 101 D 0.105 0.015 0.030 0.050 0.031 0.133 0.047 0.587 102 E 0.170 0.004 0.042 0.057 0.113 0.272 0.010 0.331 103 V 0.034 0.005 0.037 0.204 0.266 0.115 0.003 0.336 104 L 0.014 0.004 0.032 0.282 0.552 0.047 0.001 0.070 105 A 0.006 0.006 0.027 0.447 0.464 0.017 0.001 0.033 106 A 0.005 0.007 0.017 0.350 0.562 0.017 0.001 0.042 107 S 0.005 0.007 0.015 0.394 0.532 0.015 0.002 0.030 108 E 0.010 0.007 0.022 0.331 0.538 0.033 0.004 0.055 109 Q 0.015 0.008 0.022 0.374 0.509 0.030 0.005 0.037 110 M 0.026 0.007 0.044 0.300 0.548 0.028 0.005 0.042 111 L 0.007 0.006 0.040 0.440 0.438 0.014 0.003 0.053 112 L 0.004 0.004 0.069 0.410 0.445 0.012 0.002 0.054 113 H 0.005 0.003 0.073 0.346 0.495 0.013 0.001 0.064 114 V 0.004 0.003 0.072 0.320 0.461 0.023 0.001 0.116 115 D 0.004 0.006 0.040 0.329 0.419 0.026 0.002 0.174 116 L 0.019 0.005 0.051 0.101 0.301 0.060 0.007 0.457 117 A 0.029 0.003 0.011 0.026 0.060 0.574 0.011 0.285 118 G 0.250 0.007 0.011 0.025 0.030 0.219 0.029 0.429 119 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.980 120 Q 0.035 0.007 0.065 0.061 0.110 0.190 0.011 0.521 121 S 0.012 0.002 0.006 0.005 0.011 0.018 0.003 0.943 122 A 0.111 0.009 0.126 0.107 0.174 0.061 0.008 0.402 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 124 F 0.027 0.004 0.052 0.029 0.098 0.132 0.003 0.655 125 G 0.024 0.004 0.012 0.005 0.012 0.077 0.002 0.865 126 H 0.027 0.011 0.007 0.004 0.012 0.078 0.002 0.859 127 T 0.040 0.032 0.005 0.003 0.004 0.178 0.002 0.735 128 T 0.082 0.268 0.009 0.005 0.010 0.148 0.006 0.472 129 V 0.020 0.741 0.008 0.005 0.012 0.024 0.002 0.188 130 C 0.006 0.889 0.003 0.002 0.005 0.016 0.002 0.077 131 R 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 132 L 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 133 N 0.025 0.928 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.028 134 H 0.047 0.882 0.004 0.002 0.001 0.005 0.011 0.047 135 L 0.060 0.870 0.007 0.002 0.002 0.006 0.011 0.042 136 V 0.035 0.856 0.010 0.004 0.005 0.009 0.010 0.072 137 E 0.039 0.720 0.021 0.006 0.008 0.024 0.014 0.168 138 Q 0.089 0.605 0.021 0.006 0.009 0.038 0.025 0.207 139 Q 0.112 0.556 0.019 0.005 0.007 0.028 0.025 0.248 140 E 0.077 0.396 0.025 0.007 0.008 0.053 0.022 0.412 141 G 0.114 0.171 0.015 0.005 0.007 0.058 0.028 0.601 142 A 0.254 0.157 0.031 0.008 0.012 0.059 0.027 0.452 143 Q 0.113 0.139 0.024 0.008 0.011 0.079 0.033 0.593 144 A 0.167 0.114 0.041 0.023 0.032 0.076 0.009 0.539 145 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 146 Q 0.013 0.032 0.010 0.021 0.060 0.183 0.005 0.675 147 Y 0.405 0.146 0.016 0.011 0.012 0.089 0.018 0.303 148 M 0.312 0.406 0.020 0.020 0.028 0.036 0.016 0.162 149 G 0.439 0.183 0.045 0.031 0.025 0.028 0.033 0.217 150 R 0.326 0.107 0.209 0.045 0.042 0.065 0.028 0.177 151 T 0.075 0.075 0.042 0.033 0.062 0.058 0.014 0.641 152 I 0.085 0.073 0.190 0.137 0.203 0.040 0.018 0.254 153 K 0.042 0.033 0.056 0.050 0.069 0.122 0.029 0.599 154 L 0.161 0.026 0.164 0.076 0.123 0.063 0.014 0.373 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 156 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.027 0.001 0.947