# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.346 0.343 0.003 0.067 0.016 0.021 0.001 0.157 0.007 0.001 2 P 0.121 0.007 0.681 0.015 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.137 3 A 0.128 0.186 0.495 0.045 0.042 0.052 0.019 0.008 0.017 0.004 0.003 4 L 0.079 0.459 0.343 0.033 0.030 0.029 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 5 I 0.015 0.590 0.223 0.021 0.087 0.040 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 6 T 0.015 0.812 0.079 0.018 0.047 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 7 Y 0.004 0.734 0.076 0.004 0.144 0.014 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 8 R 0.014 0.421 0.461 0.010 0.011 0.054 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 9 T 0.005 0.766 0.076 0.004 0.102 0.011 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 10 T 0.005 0.457 0.453 0.002 0.008 0.049 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 11 V 0.006 0.627 0.280 0.005 0.031 0.030 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 12 Q 0.004 0.275 0.580 0.001 0.033 0.062 0.002 0.001 0.040 0.003 0.001 13 E 0.877 0.010 0.057 0.033 0.004 0.008 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 14 D 0.829 0.013 0.024 0.100 0.009 0.006 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 15 W 0.487 0.024 0.037 0.407 0.009 0.014 0.004 0.003 0.013 0.001 0.001 16 V 0.243 0.279 0.252 0.115 0.017 0.050 0.011 0.003 0.027 0.002 0.001 17 D 0.114 0.130 0.259 0.048 0.051 0.223 0.046 0.002 0.119 0.005 0.002 18 Y 0.708 0.027 0.034 0.197 0.005 0.014 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 19 N 0.261 0.015 0.053 0.426 0.009 0.011 0.196 0.018 0.008 0.003 0.001 20 G 0.131 0.008 0.020 0.044 0.055 0.004 0.157 0.521 0.002 0.057 0.001 21 H 0.385 0.281 0.143 0.097 0.036 0.028 0.008 0.003 0.014 0.005 0.001 22 L 0.300 0.312 0.174 0.113 0.015 0.045 0.005 0.002 0.032 0.002 0.001 23 R 0.514 0.177 0.134 0.080 0.037 0.022 0.014 0.005 0.010 0.007 0.001 24 D 0.626 0.025 0.042 0.092 0.022 0.036 0.111 0.016 0.026 0.003 0.001 25 A 0.929 0.009 0.029 0.017 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 26 F 0.978 0.008 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.991 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.969 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.965 0.001 0.002 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.200 0.001 0.003 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.009 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.367 0.575 0.002 0.036 0.001 44 L 0.029 0.185 0.675 0.022 0.026 0.050 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 45 D 0.021 0.073 0.633 0.016 0.027 0.195 0.004 0.001 0.026 0.002 0.001 46 A 0.896 0.016 0.018 0.047 0.005 0.008 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 47 D 0.840 0.012 0.028 0.096 0.002 0.011 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 48 S 0.648 0.028 0.033 0.243 0.012 0.012 0.009 0.003 0.011 0.001 0.001 49 R 0.496 0.053 0.135 0.262 0.009 0.012 0.020 0.003 0.008 0.002 0.001 50 G 0.322 0.039 0.136 0.090 0.072 0.014 0.073 0.138 0.009 0.105 0.001 51 Q 0.386 0.173 0.230 0.122 0.029 0.020 0.013 0.004 0.016 0.006 0.001 52 S 0.186 0.083 0.329 0.259 0.019 0.021 0.060 0.008 0.024 0.009 0.001 53 G 0.030 0.005 0.023 0.018 0.043 0.003 0.130 0.511 0.002 0.233 0.001 54 N 0.135 0.207 0.266 0.256 0.054 0.030 0.026 0.005 0.016 0.003 0.002 55 S 0.041 0.441 0.302 0.038 0.111 0.020 0.018 0.004 0.019 0.005 0.001 56 L 0.032 0.567 0.327 0.006 0.030 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 57 F 0.019 0.712 0.181 0.004 0.027 0.031 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 58 T 0.018 0.698 0.184 0.005 0.024 0.041 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 59 L 0.027 0.725 0.103 0.008 0.099 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 60 E 0.025 0.677 0.122 0.010 0.112 0.022 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 61 A 0.023 0.680 0.085 0.016 0.172 0.009 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 62 H 0.019 0.777 0.085 0.006 0.070 0.018 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 63 I 0.022 0.774 0.096 0.007 0.045 0.021 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 64 N 0.046 0.598 0.200 0.016 0.022 0.062 0.007 0.001 0.048 0.001 0.001 65 Y 0.040 0.518 0.222 0.013 0.114 0.060 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 66 L 0.242 0.311 0.206 0.159 0.011 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 67 H 0.012 0.514 0.109 0.006 0.304 0.006 0.018 0.001 0.027 0.003 0.001 68 E 0.039 0.160 0.679 0.010 0.007 0.075 0.007 0.001 0.018 0.001 0.003 69 V 0.029 0.496 0.374 0.012 0.034 0.029 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 70 K 0.045 0.457 0.372 0.013 0.019 0.053 0.004 0.001 0.035 0.002 0.001 71 L 0.067 0.041 0.810 0.033 0.003 0.023 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 72 G 0.011 0.001 0.006 0.018 0.008 0.001 0.041 0.886 0.001 0.029 0.001 73 T 0.006 0.209 0.729 0.004 0.012 0.018 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 74 E 0.006 0.234 0.724 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 75 V 0.005 0.825 0.128 0.003 0.019 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 76 W 0.002 0.636 0.321 0.001 0.012 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 V 0.002 0.893 0.046 0.001 0.040 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 78 Q 0.002 0.868 0.055 0.001 0.049 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 79 T 0.004 0.746 0.052 0.003 0.175 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 80 Q 0.003 0.811 0.088 0.001 0.047 0.020 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 81 I 0.006 0.205 0.666 0.001 0.001 0.110 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 82 L 0.567 0.089 0.027 0.297 0.004 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 G 0.015 0.169 0.043 0.012 0.643 0.003 0.041 0.035 0.006 0.032 0.001 84 F 0.099 0.565 0.128 0.079 0.079 0.013 0.003 0.001 0.031 0.003 0.001 85 D 0.085 0.130 0.138 0.139 0.153 0.083 0.169 0.016 0.057 0.030 0.001 86 R 0.246 0.112 0.144 0.203 0.089 0.041 0.100 0.034 0.016 0.015 0.001 87 K 0.272 0.152 0.078 0.455 0.024 0.006 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 88 R 0.014 0.658 0.074 0.017 0.212 0.004 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 89 L 0.001 0.817 0.125 0.001 0.036 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 90 H 0.001 0.894 0.043 0.001 0.049 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 91 V 0.001 0.891 0.045 0.001 0.048 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 92 Y 0.002 0.832 0.110 0.001 0.024 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 93 H 0.004 0.797 0.051 0.002 0.122 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 94 S 0.004 0.843 0.085 0.001 0.047 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 95 L 0.013 0.826 0.091 0.005 0.030 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 96 H 0.026 0.796 0.077 0.013 0.048 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 97 R 0.044 0.466 0.273 0.018 0.059 0.052 0.011 0.001 0.074 0.001 0.001 98 A 0.270 0.062 0.415 0.131 0.013 0.025 0.049 0.007 0.015 0.011 0.002 99 G 0.133 0.028 0.059 0.050 0.059 0.008 0.145 0.360 0.013 0.146 0.001 100 F 0.285 0.067 0.228 0.305 0.024 0.018 0.044 0.004 0.007 0.017 0.001 101 D 0.045 0.025 0.054 0.194 0.023 0.019 0.466 0.157 0.012 0.005 0.001 102 E 0.018 0.591 0.307 0.004 0.010 0.022 0.008 0.001 0.041 0.001 0.001 103 V 0.006 0.080 0.836 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 L 0.418 0.311 0.035 0.202 0.015 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 105 A 0.007 0.506 0.066 0.003 0.405 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 106 A 0.004 0.825 0.043 0.003 0.096 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 107 S 0.006 0.626 0.051 0.006 0.292 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 108 E 0.010 0.788 0.096 0.007 0.078 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 109 Q 0.004 0.747 0.101 0.002 0.125 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 110 M 0.011 0.878 0.049 0.006 0.031 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 111 L 0.006 0.865 0.086 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 112 L 0.012 0.878 0.035 0.003 0.015 0.015 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 113 H 0.005 0.492 0.376 0.004 0.015 0.063 0.006 0.001 0.038 0.001 0.001 114 V 0.014 0.739 0.120 0.018 0.059 0.029 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 115 D 0.003 0.085 0.593 0.003 0.041 0.226 0.003 0.001 0.042 0.004 0.001 116 L 0.825 0.005 0.016 0.138 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 117 A 0.435 0.010 0.057 0.471 0.003 0.009 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 118 G 0.085 0.050 0.282 0.024 0.194 0.004 0.095 0.069 0.058 0.137 0.001 119 P 0.477 0.004 0.287 0.106 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 120 Q 0.149 0.289 0.354 0.071 0.048 0.029 0.017 0.004 0.036 0.003 0.001 121 S 0.122 0.062 0.670 0.084 0.004 0.038 0.003 0.002 0.008 0.002 0.006 122 A 0.042 0.445 0.325 0.002 0.050 0.017 0.006 0.001 0.110 0.002 0.001 123 P 0.093 0.007 0.771 0.012 0.001 0.077 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 124 F 0.083 0.253 0.449 0.090 0.034 0.052 0.008 0.002 0.028 0.001 0.001 125 G 0.081 0.047 0.561 0.008 0.119 0.014 0.005 0.014 0.006 0.144 0.001 126 H 0.969 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 127 T 0.975 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 T 0.978 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.986 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 C 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 R 0.960 0.003 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.932 0.004 0.006 0.051 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 133 N 0.962 0.003 0.007 0.015 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.952 0.004 0.005 0.031 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.901 0.004 0.007 0.081 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.865 0.027 0.032 0.049 0.004 0.009 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 137 E 0.860 0.019 0.045 0.055 0.004 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 138 Q 0.680 0.029 0.085 0.159 0.013 0.010 0.009 0.004 0.007 0.003 0.001 139 Q 0.541 0.061 0.163 0.136 0.022 0.021 0.025 0.007 0.019 0.005 0.001 140 E 0.536 0.038 0.212 0.152 0.013 0.014 0.017 0.005 0.007 0.004 0.001 141 G 0.300 0.025 0.127 0.123 0.064 0.008 0.043 0.186 0.007 0.117 0.001 142 A 0.353 0.087 0.434 0.060 0.021 0.020 0.007 0.002 0.009 0.003 0.002 143 Q 0.303 0.088 0.428 0.090 0.012 0.047 0.010 0.002 0.015 0.001 0.003 144 A 0.106 0.172 0.581 0.003 0.019 0.020 0.007 0.001 0.085 0.003 0.001 145 P 0.469 0.004 0.466 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 146 Q 0.827 0.028 0.067 0.045 0.008 0.009 0.005 0.005 0.003 0.002 0.001 147 Y 0.726 0.041 0.060 0.119 0.013 0.012 0.011 0.005 0.011 0.003 0.001 148 M 0.484 0.064 0.158 0.238 0.009 0.013 0.017 0.002 0.013 0.002 0.001 149 G 0.272 0.010 0.047 0.046 0.032 0.006 0.153 0.324 0.005 0.106 0.001 150 R 0.351 0.177 0.285 0.090 0.035 0.031 0.015 0.003 0.010 0.002 0.001 151 T 0.259 0.297 0.284 0.080 0.014 0.033 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 152 I 0.225 0.352 0.214 0.128 0.032 0.021 0.005 0.001 0.020 0.002 0.001 153 K 0.094 0.081 0.167 0.136 0.021 0.140 0.277 0.009 0.072 0.003 0.001 154 L 0.024 0.464 0.386 0.003 0.023 0.022 0.003 0.001 0.073 0.001 0.001 155 P 0.022 0.010 0.907 0.003 0.001 0.049 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 156 A 0.475 0.054 0.323 0.041 0.025 0.019 0.016 0.018 0.009 0.017 0.002