# TARGET T0364 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1402 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.849 0.111 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 2 P 0.824 0.129 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 3 A 0.642 0.231 0.090 0.031 0.006 0.001 0.001 4 L 0.363 0.308 0.192 0.095 0.034 0.007 0.001 5 I 0.147 0.149 0.200 0.249 0.181 0.069 0.005 6 T 0.231 0.297 0.236 0.144 0.064 0.024 0.003 7 Y 0.068 0.094 0.142 0.246 0.264 0.167 0.019 8 R 0.113 0.227 0.239 0.226 0.128 0.057 0.009 9 T 0.053 0.110 0.166 0.261 0.250 0.138 0.022 10 T 0.059 0.166 0.251 0.261 0.162 0.085 0.016 11 V 0.019 0.023 0.045 0.137 0.308 0.365 0.104 12 Q 0.083 0.199 0.210 0.195 0.155 0.126 0.032 13 E 0.149 0.207 0.205 0.202 0.142 0.074 0.022 14 D 0.137 0.205 0.189 0.191 0.144 0.100 0.034 15 W 0.062 0.069 0.101 0.168 0.225 0.263 0.111 16 V 0.108 0.080 0.088 0.126 0.175 0.268 0.155 17 D 0.138 0.142 0.149 0.166 0.161 0.157 0.087 18 Y 0.158 0.112 0.106 0.136 0.152 0.190 0.146 19 N 0.110 0.103 0.093 0.121 0.162 0.236 0.175 20 G 0.094 0.108 0.130 0.170 0.166 0.189 0.145 21 H 0.090 0.108 0.120 0.159 0.182 0.207 0.134 22 L 0.048 0.044 0.053 0.101 0.187 0.331 0.237 23 R 0.040 0.079 0.118 0.169 0.192 0.252 0.150 24 D 0.031 0.063 0.079 0.117 0.176 0.285 0.248 25 A 0.010 0.027 0.050 0.130 0.279 0.332 0.173 26 F 0.006 0.024 0.069 0.175 0.267 0.311 0.148 27 Y 0.002 0.005 0.011 0.030 0.085 0.354 0.514 28 L 0.002 0.005 0.010 0.027 0.099 0.404 0.454 29 L 0.001 0.011 0.052 0.177 0.299 0.298 0.163 30 I 0.001 0.001 0.006 0.031 0.131 0.448 0.382 31 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.295 0.674 32 S 0.002 0.011 0.041 0.140 0.283 0.378 0.146 33 Y 0.002 0.026 0.135 0.316 0.325 0.159 0.036 34 A 0.001 0.003 0.006 0.034 0.161 0.500 0.295 35 T 0.002 0.011 0.025 0.078 0.211 0.476 0.197 36 D 0.017 0.087 0.195 0.296 0.250 0.132 0.024 37 A 0.021 0.107 0.232 0.307 0.213 0.095 0.024 38 L 0.018 0.039 0.067 0.149 0.256 0.333 0.139 39 M 0.036 0.061 0.088 0.168 0.275 0.296 0.076 40 D 0.120 0.237 0.252 0.212 0.116 0.047 0.014 41 R 0.114 0.198 0.211 0.198 0.144 0.101 0.034 42 I 0.040 0.075 0.122 0.202 0.244 0.235 0.081 43 G 0.117 0.176 0.192 0.179 0.143 0.128 0.066 44 L 0.066 0.071 0.090 0.153 0.232 0.272 0.115 45 D 0.136 0.187 0.198 0.181 0.138 0.110 0.050 46 A 0.182 0.169 0.169 0.181 0.151 0.111 0.037 47 D 0.231 0.213 0.174 0.155 0.117 0.082 0.029 48 S 0.255 0.223 0.167 0.155 0.111 0.067 0.023 49 R 0.234 0.210 0.168 0.166 0.124 0.079 0.020 50 G 0.253 0.246 0.192 0.163 0.096 0.041 0.009 51 Q 0.288 0.224 0.165 0.148 0.103 0.058 0.014 52 S 0.252 0.246 0.184 0.153 0.097 0.054 0.015 53 G 0.153 0.251 0.224 0.181 0.111 0.063 0.017 54 N 0.026 0.066 0.117 0.218 0.273 0.238 0.061 55 S 0.008 0.021 0.055 0.146 0.264 0.361 0.145 56 L 0.004 0.006 0.014 0.036 0.108 0.408 0.424 57 F 0.007 0.012 0.020 0.040 0.097 0.345 0.478 58 T 0.006 0.011 0.017 0.035 0.089 0.299 0.544 59 L 0.007 0.017 0.032 0.088 0.200 0.365 0.291 60 E 0.012 0.065 0.127 0.206 0.230 0.231 0.128 61 A 0.006 0.022 0.052 0.135 0.265 0.392 0.127 62 H 0.020 0.098 0.195 0.271 0.221 0.157 0.038 63 I 0.012 0.029 0.055 0.127 0.270 0.389 0.119 64 N 0.063 0.225 0.282 0.249 0.119 0.051 0.010 65 Y 0.013 0.034 0.073 0.199 0.338 0.304 0.039 66 L 0.061 0.175 0.242 0.280 0.167 0.069 0.007 67 H 0.126 0.263 0.244 0.206 0.110 0.044 0.006 68 E 0.181 0.318 0.271 0.153 0.056 0.018 0.002 69 V 0.062 0.080 0.139 0.283 0.289 0.137 0.009 70 K 0.200 0.353 0.257 0.127 0.046 0.016 0.002 71 L 0.174 0.196 0.191 0.230 0.156 0.051 0.003 72 G 0.334 0.380 0.178 0.079 0.024 0.005 0.001 73 T 0.169 0.320 0.257 0.168 0.067 0.017 0.001 74 E 0.069 0.281 0.357 0.210 0.068 0.014 0.001 75 V 0.012 0.047 0.085 0.195 0.361 0.283 0.017 76 W 0.004 0.061 0.287 0.402 0.192 0.049 0.005 77 V 0.001 0.010 0.019 0.059 0.234 0.559 0.118 78 Q 0.002 0.038 0.210 0.426 0.240 0.074 0.009 79 T 0.006 0.038 0.063 0.151 0.310 0.381 0.051 80 Q 0.005 0.063 0.271 0.413 0.194 0.051 0.003 81 I 0.009 0.028 0.053 0.165 0.340 0.369 0.036 82 L 0.057 0.237 0.343 0.245 0.092 0.024 0.002 83 G 0.129 0.326 0.292 0.189 0.055 0.009 0.001 84 F 0.212 0.252 0.229 0.184 0.093 0.026 0.002 85 D 0.593 0.273 0.090 0.035 0.008 0.001 0.001 86 R 0.442 0.334 0.152 0.055 0.014 0.003 0.001 87 K 0.249 0.321 0.211 0.138 0.062 0.018 0.001 88 R 0.064 0.217 0.305 0.246 0.124 0.040 0.004 89 L 0.010 0.033 0.069 0.167 0.336 0.335 0.050 90 H 0.008 0.077 0.226 0.311 0.227 0.123 0.028 91 V 0.003 0.012 0.027 0.082 0.252 0.476 0.147 92 Y 0.004 0.052 0.186 0.333 0.267 0.135 0.023 93 H 0.002 0.011 0.024 0.088 0.267 0.482 0.125 94 S 0.005 0.051 0.186 0.321 0.271 0.152 0.015 95 L 0.004 0.013 0.037 0.143 0.352 0.404 0.047 96 H 0.029 0.132 0.279 0.320 0.184 0.054 0.003 97 R 0.078 0.301 0.336 0.218 0.059 0.008 0.001 98 A 0.441 0.359 0.140 0.047 0.011 0.002 0.001 99 G 0.730 0.190 0.051 0.022 0.006 0.001 0.001 100 F 0.521 0.261 0.137 0.062 0.016 0.002 0.001 101 D 0.547 0.317 0.102 0.028 0.005 0.001 0.001 102 E 0.170 0.356 0.272 0.146 0.047 0.007 0.001 103 V 0.013 0.050 0.136 0.285 0.341 0.165 0.009 104 L 0.008 0.042 0.111 0.197 0.300 0.301 0.040 105 A 0.005 0.019 0.038 0.091 0.242 0.438 0.167 106 A 0.004 0.039 0.139 0.277 0.302 0.188 0.050 107 S 0.001 0.007 0.019 0.074 0.253 0.433 0.212 108 E 0.007 0.061 0.174 0.281 0.241 0.170 0.065 109 Q 0.001 0.006 0.019 0.071 0.203 0.498 0.202 110 M 0.002 0.010 0.061 0.204 0.309 0.312 0.102 111 L 0.002 0.007 0.015 0.035 0.115 0.497 0.330 112 L 0.003 0.006 0.013 0.041 0.138 0.449 0.349 113 H 0.002 0.008 0.022 0.066 0.196 0.484 0.222 114 V 0.006 0.016 0.045 0.146 0.334 0.363 0.091 115 D 0.029 0.143 0.243 0.323 0.199 0.059 0.004 116 L 0.087 0.274 0.334 0.217 0.073 0.014 0.001 117 A 0.666 0.225 0.063 0.030 0.012 0.004 0.001 118 G 0.586 0.237 0.102 0.053 0.018 0.004 0.001 119 P 0.491 0.262 0.147 0.073 0.022 0.005 0.001 120 Q 0.379 0.332 0.175 0.082 0.026 0.005 0.001 121 S 0.211 0.243 0.236 0.187 0.093 0.028 0.002 122 A 0.170 0.222 0.229 0.214 0.123 0.039 0.003 123 P 0.243 0.283 0.239 0.146 0.064 0.022 0.004 124 F 0.116 0.132 0.183 0.265 0.206 0.088 0.010 125 G 0.275 0.317 0.215 0.119 0.049 0.021 0.003 126 H 0.585 0.238 0.096 0.050 0.021 0.008 0.001 127 T 0.356 0.355 0.174 0.082 0.026 0.006 0.001 128 T 0.067 0.106 0.170 0.280 0.246 0.120 0.010 129 V 0.079 0.181 0.277 0.273 0.146 0.041 0.003 130 C 0.216 0.449 0.225 0.080 0.023 0.006 0.001 131 R 0.043 0.130 0.261 0.333 0.182 0.048 0.003 132 L 0.011 0.020 0.045 0.168 0.421 0.316 0.019 133 N 0.098 0.310 0.326 0.195 0.059 0.011 0.001 134 H 0.240 0.393 0.230 0.103 0.027 0.007 0.001 135 L 0.031 0.096 0.200 0.317 0.252 0.099 0.005 136 V 0.079 0.163 0.271 0.296 0.151 0.038 0.002 137 E 0.615 0.267 0.081 0.028 0.007 0.001 0.001 138 Q 0.550 0.294 0.107 0.039 0.008 0.001 0.001 139 Q 0.522 0.271 0.133 0.057 0.015 0.002 0.001 140 E 0.695 0.213 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 141 G 0.465 0.275 0.154 0.080 0.023 0.004 0.001 142 A 0.332 0.256 0.211 0.139 0.051 0.011 0.001 143 Q 0.521 0.294 0.123 0.048 0.013 0.002 0.001 144 A 0.146 0.194 0.251 0.253 0.124 0.031 0.001 145 P 0.272 0.262 0.215 0.156 0.074 0.020 0.001 146 Q 0.536 0.315 0.104 0.036 0.008 0.001 0.001 147 Y 0.221 0.236 0.242 0.205 0.079 0.016 0.001 148 M 0.196 0.204 0.218 0.233 0.121 0.027 0.001 149 G 0.530 0.298 0.113 0.044 0.012 0.002 0.001 150 R 0.458 0.268 0.158 0.088 0.024 0.004 0.001 151 T 0.218 0.289 0.238 0.164 0.071 0.019 0.001 152 I 0.089 0.089 0.171 0.303 0.254 0.090 0.004 153 K 0.387 0.355 0.173 0.067 0.015 0.003 0.001 154 L 0.224 0.227 0.238 0.210 0.084 0.017 0.001 155 P 0.688 0.203 0.068 0.030 0.009 0.002 0.001 156 A 0.754 0.167 0.052 0.020 0.005 0.001 0.001