# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.002 0.001 0.072 0.908 2 P 0.071 0.005 0.007 0.003 0.157 0.758 3 A 0.167 0.011 0.008 0.002 0.182 0.630 4 L 0.548 0.014 0.009 0.001 0.118 0.309 5 I 0.822 0.004 0.003 0.001 0.041 0.129 6 T 0.911 0.002 0.002 0.001 0.016 0.069 7 Y 0.900 0.003 0.001 0.001 0.018 0.077 8 R 0.836 0.002 0.001 0.001 0.039 0.121 9 T 0.855 0.003 0.001 0.001 0.027 0.113 10 T 0.865 0.006 0.001 0.001 0.028 0.100 11 V 0.731 0.025 0.001 0.001 0.038 0.204 12 Q 0.454 0.017 0.007 0.002 0.235 0.285 13 E 0.027 0.002 0.641 0.022 0.266 0.042 14 D 0.021 0.001 0.702 0.023 0.228 0.025 15 W 0.018 0.007 0.765 0.034 0.164 0.011 16 V 0.083 0.070 0.126 0.085 0.391 0.246 17 D 0.067 0.046 0.071 0.078 0.606 0.133 18 Y 0.025 0.016 0.091 0.175 0.602 0.092 19 N 0.026 0.009 0.065 0.128 0.631 0.139 20 G 0.073 0.020 0.042 0.028 0.523 0.313 21 H 0.137 0.074 0.028 0.048 0.234 0.479 22 L 0.148 0.164 0.029 0.063 0.389 0.207 23 R 0.121 0.036 0.024 0.070 0.454 0.294 24 D 0.023 0.003 0.029 0.611 0.229 0.105 25 A 0.005 0.001 0.011 0.945 0.030 0.008 26 F 0.004 0.001 0.006 0.979 0.005 0.005 27 Y 0.003 0.001 0.004 0.989 0.002 0.002 28 L 0.004 0.001 0.005 0.986 0.003 0.002 29 L 0.003 0.001 0.007 0.986 0.003 0.001 30 I 0.003 0.001 0.011 0.979 0.005 0.002 31 F 0.001 0.001 0.011 0.982 0.004 0.002 32 S 0.001 0.001 0.015 0.976 0.006 0.002 33 Y 0.001 0.001 0.014 0.972 0.007 0.005 34 A 0.001 0.001 0.006 0.971 0.006 0.016 35 T 0.001 0.001 0.005 0.978 0.003 0.012 36 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 37 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 38 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 39 M 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 40 D 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 41 R 0.001 0.001 0.006 0.968 0.009 0.016 42 I 0.001 0.002 0.008 0.869 0.025 0.095 43 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.053 0.931 44 L 0.004 0.004 0.002 0.002 0.077 0.910 45 D 0.022 0.012 0.008 0.006 0.186 0.766 46 A 0.006 0.002 0.531 0.203 0.164 0.094 47 D 0.012 0.002 0.525 0.275 0.140 0.045 48 S 0.022 0.004 0.549 0.287 0.117 0.021 49 R 0.067 0.030 0.156 0.484 0.162 0.101 50 G 0.059 0.019 0.161 0.432 0.272 0.057 51 Q 0.063 0.013 0.196 0.255 0.374 0.099 52 S 0.048 0.005 0.096 0.107 0.560 0.184 53 G 0.087 0.004 0.012 0.004 0.433 0.459 54 N 0.506 0.008 0.002 0.001 0.087 0.395 55 S 0.950 0.004 0.001 0.001 0.010 0.035 56 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 57 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 58 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 59 L 0.971 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 60 E 0.959 0.001 0.002 0.004 0.015 0.021 61 A 0.945 0.001 0.002 0.007 0.018 0.026 62 H 0.923 0.001 0.003 0.007 0.025 0.040 63 I 0.934 0.002 0.002 0.009 0.019 0.034 64 N 0.920 0.002 0.002 0.009 0.025 0.043 65 Y 0.889 0.003 0.003 0.014 0.036 0.054 66 L 0.717 0.007 0.005 0.023 0.106 0.141 67 H 0.524 0.009 0.007 0.011 0.149 0.301 68 E 0.534 0.009 0.008 0.007 0.115 0.327 69 V 0.485 0.055 0.008 0.004 0.065 0.383 70 K 0.287 0.031 0.012 0.003 0.593 0.074 71 L 0.149 0.014 0.010 0.003 0.762 0.062 72 G 0.023 0.001 0.006 0.001 0.935 0.035 73 T 0.320 0.009 0.002 0.001 0.626 0.043 74 E 0.861 0.005 0.001 0.001 0.028 0.105 75 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 76 W 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 79 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 80 Q 0.966 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 81 I 0.954 0.001 0.001 0.005 0.019 0.021 82 L 0.889 0.002 0.002 0.008 0.052 0.047 83 G 0.732 0.004 0.007 0.009 0.156 0.092 84 F 0.519 0.014 0.013 0.008 0.316 0.130 85 D 0.334 0.010 0.023 0.007 0.460 0.166 86 R 0.277 0.007 0.048 0.010 0.515 0.145 87 K 0.458 0.006 0.026 0.005 0.319 0.186 88 R 0.844 0.004 0.007 0.002 0.068 0.076 89 L 0.953 0.003 0.001 0.001 0.011 0.031 90 H 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 91 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 92 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 93 H 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 94 S 0.980 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 95 L 0.977 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 96 H 0.957 0.003 0.001 0.003 0.010 0.026 97 R 0.836 0.008 0.001 0.004 0.121 0.031 98 A 0.219 0.005 0.007 0.006 0.706 0.056 99 G 0.046 0.002 0.015 0.004 0.879 0.055 100 F 0.051 0.008 0.010 0.003 0.859 0.069 101 D 0.170 0.011 0.003 0.004 0.333 0.479 102 E 0.714 0.013 0.003 0.005 0.064 0.200 103 V 0.927 0.003 0.002 0.005 0.020 0.043 104 L 0.975 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 105 A 0.982 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 106 A 0.962 0.001 0.002 0.003 0.008 0.025 107 S 0.932 0.001 0.002 0.001 0.020 0.045 108 E 0.899 0.001 0.001 0.001 0.032 0.066 109 Q 0.967 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 110 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 111 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 112 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 113 H 0.960 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 114 V 0.878 0.004 0.001 0.001 0.015 0.102 115 D 0.578 0.014 0.001 0.001 0.219 0.186 116 L 0.061 0.010 0.010 0.003 0.877 0.039 117 A 0.014 0.003 0.008 0.002 0.948 0.025 118 G 0.008 0.003 0.009 0.003 0.949 0.028 119 P 0.040 0.028 0.007 0.003 0.709 0.212 120 Q 0.099 0.102 0.006 0.008 0.223 0.561 121 S 0.125 0.058 0.012 0.013 0.292 0.500 122 A 0.111 0.023 0.011 0.009 0.237 0.609 123 P 0.100 0.029 0.016 0.018 0.178 0.659 124 F 0.034 0.023 0.009 0.027 0.165 0.743 125 G 0.014 0.007 0.005 0.074 0.143 0.756 126 H 0.003 0.001 0.037 0.860 0.048 0.052 127 T 0.004 0.001 0.030 0.903 0.039 0.022 128 T 0.005 0.002 0.031 0.923 0.025 0.013 129 V 0.010 0.002 0.021 0.928 0.021 0.017 130 C 0.011 0.001 0.035 0.896 0.036 0.021 131 R 0.012 0.002 0.035 0.896 0.032 0.024 132 L 0.010 0.002 0.017 0.919 0.022 0.030 133 N 0.005 0.001 0.016 0.934 0.018 0.025 134 H 0.003 0.001 0.016 0.947 0.015 0.018 135 L 0.005 0.001 0.018 0.918 0.025 0.033 136 V 0.003 0.001 0.020 0.925 0.025 0.025 137 E 0.003 0.001 0.025 0.898 0.035 0.037 138 Q 0.004 0.002 0.028 0.824 0.058 0.085 139 Q 0.007 0.004 0.061 0.528 0.164 0.236 140 E 0.005 0.004 0.104 0.385 0.245 0.258 141 G 0.010 0.005 0.144 0.211 0.308 0.322 142 A 0.020 0.010 0.067 0.097 0.311 0.494 143 Q 0.026 0.022 0.031 0.056 0.223 0.643 144 A 0.027 0.024 0.024 0.037 0.234 0.653 145 P 0.020 0.015 0.182 0.118 0.298 0.366 146 Q 0.023 0.008 0.374 0.188 0.252 0.153 147 Y 0.030 0.012 0.401 0.181 0.281 0.095 148 M 0.058 0.023 0.132 0.246 0.349 0.192 149 G 0.083 0.011 0.066 0.135 0.374 0.331 150 R 0.179 0.008 0.050 0.080 0.276 0.406 151 T 0.468 0.032 0.040 0.103 0.114 0.243 152 I 0.530 0.027 0.035 0.074 0.098 0.236 153 K 0.397 0.031 0.014 0.042 0.104 0.412 154 L 0.163 0.023 0.006 0.019 0.089 0.701 155 P 0.069 0.011 0.003 0.008 0.101 0.809 156 A 0.024 0.004 0.011 0.014 0.129 0.818