# TARGET T0364 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.008 0.001 0.011 0.045 0.037 0.147 0.019 0.001 0.060 0.576 2 P 0.023 0.003 0.001 0.020 0.020 0.043 0.142 0.002 0.001 0.043 0.703 3 A 0.007 0.002 0.002 0.077 0.104 0.305 0.078 0.002 0.001 0.077 0.346 4 L 0.007 0.002 0.001 0.071 0.124 0.214 0.075 0.001 0.001 0.047 0.459 5 I 0.002 0.001 0.001 0.093 0.279 0.339 0.041 0.001 0.001 0.039 0.206 6 T 0.001 0.001 0.001 0.113 0.214 0.366 0.033 0.001 0.001 0.071 0.200 7 Y 0.003 0.001 0.001 0.079 0.301 0.362 0.033 0.001 0.001 0.049 0.172 8 R 0.003 0.002 0.001 0.110 0.250 0.376 0.034 0.001 0.001 0.020 0.203 9 T 0.004 0.001 0.001 0.047 0.342 0.378 0.022 0.001 0.001 0.025 0.180 10 T 0.002 0.001 0.001 0.047 0.415 0.279 0.036 0.001 0.001 0.023 0.197 11 V 0.002 0.002 0.001 0.106 0.145 0.202 0.096 0.003 0.001 0.017 0.424 12 Q 0.570 0.031 0.003 0.041 0.064 0.047 0.038 0.014 0.004 0.056 0.133 13 E 0.225 0.022 0.003 0.040 0.014 0.021 0.081 0.006 0.001 0.062 0.527 14 D 0.011 0.009 0.001 0.027 0.012 0.041 0.100 0.002 0.001 0.023 0.773 15 W 0.072 0.031 0.006 0.071 0.040 0.066 0.137 0.002 0.002 0.088 0.484 16 V 0.053 0.023 0.006 0.055 0.049 0.046 0.156 0.005 0.003 0.097 0.507 17 D 0.265 0.049 0.002 0.019 0.024 0.032 0.101 0.011 0.002 0.073 0.422 18 Y 0.188 0.062 0.002 0.023 0.010 0.016 0.128 0.008 0.001 0.066 0.496 19 N 0.039 0.028 0.001 0.027 0.019 0.049 0.189 0.008 0.001 0.050 0.588 20 G 0.037 0.023 0.002 0.061 0.043 0.091 0.152 0.004 0.001 0.077 0.509 21 H 0.064 0.033 0.003 0.073 0.097 0.105 0.136 0.004 0.001 0.105 0.378 22 L 0.050 0.113 0.003 0.063 0.045 0.077 0.134 0.005 0.001 0.062 0.447 23 R 0.058 0.436 0.003 0.029 0.020 0.038 0.080 0.005 0.001 0.058 0.272 24 D 0.023 0.640 0.003 0.025 0.019 0.039 0.043 0.004 0.001 0.053 0.151 25 A 0.009 0.770 0.002 0.015 0.023 0.039 0.022 0.002 0.001 0.023 0.095 26 F 0.007 0.853 0.001 0.008 0.030 0.032 0.010 0.002 0.001 0.021 0.036 27 Y 0.008 0.890 0.001 0.007 0.012 0.013 0.006 0.001 0.001 0.031 0.030 28 L 0.010 0.606 0.003 0.017 0.022 0.022 0.012 0.001 0.001 0.267 0.039 29 L 0.005 0.822 0.003 0.010 0.012 0.013 0.010 0.002 0.001 0.092 0.031 30 I 0.018 0.921 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.014 0.024 31 F 0.013 0.106 0.002 0.003 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 0.825 0.035 32 S 0.005 0.417 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.472 0.083 33 Y 0.019 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.034 0.048 34 A 0.005 0.917 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.016 0.039 35 T 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 36 D 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.019 37 A 0.013 0.902 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.002 0.044 0.017 38 L 0.037 0.746 0.014 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.009 0.119 0.053 39 M 0.052 0.049 0.385 0.002 0.001 0.001 0.026 0.012 0.180 0.198 0.095 40 D 0.646 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.048 0.015 0.002 0.083 0.172 41 R 0.045 0.010 0.001 0.008 0.001 0.002 0.068 0.002 0.001 0.036 0.827 42 I 0.012 0.005 0.001 0.010 0.001 0.003 0.126 0.001 0.001 0.013 0.829 43 G 0.016 0.011 0.001 0.021 0.007 0.019 0.139 0.003 0.001 0.037 0.745 44 L 0.023 0.010 0.001 0.016 0.007 0.010 0.118 0.003 0.001 0.043 0.768 45 D 0.177 0.234 0.004 0.059 0.007 0.017 0.098 0.009 0.002 0.087 0.306 46 A 0.253 0.177 0.006 0.029 0.004 0.008 0.068 0.008 0.002 0.086 0.359 47 D 0.073 0.154 0.005 0.043 0.015 0.035 0.109 0.011 0.002 0.093 0.460 48 S 0.132 0.053 0.009 0.031 0.021 0.047 0.105 0.006 0.004 0.118 0.474 49 R 0.113 0.013 0.020 0.037 0.020 0.036 0.104 0.006 0.010 0.115 0.526 50 G 0.260 0.007 0.002 0.010 0.015 0.025 0.097 0.006 0.002 0.056 0.520 51 Q 0.096 0.002 0.002 0.011 0.006 0.016 0.103 0.002 0.001 0.040 0.721 52 S 0.009 0.001 0.001 0.012 0.012 0.022 0.149 0.002 0.001 0.023 0.769 53 G 0.005 0.001 0.001 0.031 0.043 0.068 0.158 0.002 0.001 0.040 0.650 54 N 0.002 0.006 0.001 0.144 0.103 0.123 0.097 0.001 0.001 0.084 0.440 55 S 0.001 0.007 0.001 0.252 0.188 0.279 0.029 0.001 0.001 0.091 0.152 56 L 0.002 0.017 0.001 0.258 0.195 0.197 0.024 0.001 0.001 0.040 0.266 57 F 0.002 0.015 0.001 0.352 0.284 0.215 0.012 0.001 0.001 0.044 0.075 58 T 0.018 0.030 0.003 0.190 0.177 0.240 0.030 0.002 0.002 0.165 0.143 59 L 0.056 0.049 0.003 0.170 0.204 0.217 0.042 0.006 0.002 0.088 0.163 60 E 0.058 0.057 0.003 0.076 0.139 0.266 0.067 0.003 0.002 0.094 0.233 61 A 0.021 0.096 0.004 0.076 0.230 0.260 0.055 0.004 0.002 0.036 0.218 62 H 0.046 0.082 0.008 0.061 0.219 0.262 0.065 0.010 0.003 0.038 0.205 63 I 0.044 0.097 0.007 0.052 0.231 0.213 0.051 0.008 0.002 0.028 0.266 64 N 0.085 0.056 0.007 0.039 0.148 0.273 0.066 0.005 0.004 0.036 0.282 65 Y 0.047 0.020 0.005 0.050 0.111 0.192 0.077 0.007 0.002 0.032 0.457 66 L 0.066 0.047 0.004 0.042 0.067 0.134 0.097 0.008 0.002 0.044 0.490 67 H 0.084 0.023 0.003 0.050 0.162 0.226 0.067 0.007 0.001 0.057 0.320 68 E 0.014 0.006 0.007 0.042 0.077 0.165 0.101 0.001 0.003 0.041 0.542 69 V 0.021 0.001 0.006 0.036 0.164 0.210 0.065 0.003 0.002 0.043 0.449 70 K 0.344 0.002 0.002 0.028 0.049 0.065 0.067 0.004 0.002 0.103 0.333 71 L 0.060 0.001 0.001 0.013 0.012 0.030 0.128 0.003 0.001 0.032 0.720 72 G 0.003 0.001 0.001 0.010 0.009 0.028 0.106 0.001 0.001 0.015 0.828 73 T 0.001 0.001 0.001 0.037 0.177 0.310 0.103 0.001 0.001 0.038 0.333 74 E 0.001 0.001 0.001 0.082 0.169 0.453 0.037 0.001 0.001 0.059 0.199 75 V 0.001 0.001 0.001 0.061 0.419 0.408 0.006 0.001 0.001 0.055 0.049 76 W 0.001 0.001 0.001 0.053 0.421 0.432 0.006 0.001 0.001 0.035 0.052 77 V 0.001 0.003 0.001 0.044 0.498 0.382 0.005 0.001 0.001 0.021 0.047 78 Q 0.002 0.005 0.001 0.072 0.451 0.384 0.007 0.001 0.001 0.027 0.051 79 T 0.014 0.005 0.002 0.027 0.378 0.389 0.018 0.002 0.001 0.068 0.095 80 Q 0.045 0.007 0.002 0.042 0.378 0.328 0.026 0.004 0.001 0.045 0.122 81 I 0.046 0.010 0.008 0.053 0.155 0.254 0.078 0.003 0.008 0.036 0.351 82 L 0.045 0.009 0.006 0.042 0.167 0.199 0.078 0.005 0.004 0.030 0.415 83 G 0.114 0.008 0.003 0.021 0.080 0.104 0.083 0.005 0.003 0.038 0.543 84 F 0.029 0.002 0.002 0.020 0.065 0.097 0.122 0.004 0.001 0.029 0.626 85 D 0.031 0.006 0.002 0.032 0.038 0.095 0.103 0.003 0.001 0.035 0.654 86 R 0.016 0.004 0.002 0.040 0.093 0.125 0.118 0.002 0.001 0.048 0.551 87 K 0.002 0.003 0.001 0.061 0.190 0.344 0.068 0.001 0.001 0.035 0.295 88 R 0.002 0.002 0.001 0.082 0.205 0.366 0.044 0.001 0.001 0.054 0.243 89 L 0.001 0.002 0.001 0.101 0.334 0.407 0.021 0.001 0.001 0.026 0.108 90 H 0.002 0.001 0.001 0.074 0.284 0.485 0.019 0.001 0.001 0.041 0.093 91 V 0.001 0.002 0.001 0.067 0.388 0.430 0.013 0.001 0.001 0.024 0.074 92 Y 0.005 0.005 0.001 0.051 0.334 0.454 0.020 0.001 0.001 0.028 0.100 93 H 0.004 0.004 0.001 0.026 0.419 0.426 0.016 0.001 0.001 0.015 0.089 94 S 0.004 0.004 0.001 0.043 0.286 0.515 0.020 0.001 0.001 0.029 0.095 95 L 0.014 0.008 0.004 0.050 0.292 0.401 0.037 0.002 0.002 0.048 0.142 96 H 0.043 0.007 0.004 0.046 0.247 0.323 0.048 0.003 0.003 0.050 0.228 97 R 0.121 0.007 0.006 0.018 0.091 0.150 0.071 0.003 0.007 0.055 0.472 98 A 0.032 0.001 0.003 0.007 0.011 0.029 0.056 0.002 0.002 0.019 0.839 99 G 0.145 0.003 0.001 0.004 0.013 0.021 0.072 0.005 0.001 0.056 0.679 100 F 0.014 0.004 0.001 0.006 0.014 0.023 0.106 0.001 0.001 0.038 0.795 101 D 0.004 0.003 0.001 0.013 0.055 0.106 0.116 0.002 0.001 0.044 0.656 102 E 0.002 0.013 0.001 0.035 0.287 0.313 0.049 0.001 0.001 0.055 0.246 103 V 0.002 0.007 0.001 0.040 0.204 0.347 0.033 0.001 0.001 0.157 0.209 104 L 0.001 0.015 0.001 0.046 0.370 0.352 0.018 0.001 0.001 0.078 0.119 105 A 0.005 0.017 0.001 0.045 0.322 0.395 0.019 0.001 0.001 0.085 0.110 106 A 0.008 0.007 0.002 0.052 0.333 0.400 0.018 0.001 0.001 0.092 0.087 107 S 0.008 0.003 0.001 0.040 0.301 0.454 0.030 0.001 0.001 0.049 0.113 108 E 0.008 0.003 0.001 0.059 0.345 0.397 0.036 0.001 0.001 0.053 0.099 109 Q 0.002 0.002 0.001 0.103 0.253 0.416 0.045 0.001 0.001 0.049 0.129 110 M 0.001 0.001 0.001 0.097 0.260 0.490 0.019 0.001 0.001 0.077 0.056 111 L 0.001 0.001 0.001 0.127 0.275 0.397 0.021 0.001 0.001 0.055 0.122 112 L 0.001 0.001 0.001 0.151 0.324 0.396 0.013 0.001 0.001 0.035 0.078 113 H 0.002 0.001 0.001 0.079 0.274 0.465 0.020 0.001 0.001 0.077 0.080 114 V 0.006 0.001 0.002 0.091 0.222 0.374 0.037 0.001 0.002 0.065 0.198 115 D 0.404 0.002 0.004 0.033 0.066 0.138 0.051 0.006 0.006 0.103 0.188 116 L 0.140 0.001 0.003 0.018 0.011 0.028 0.062 0.002 0.002 0.064 0.669 117 A 0.012 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.052 0.001 0.001 0.011 0.897 118 G 0.007 0.001 0.001 0.007 0.050 0.064 0.084 0.003 0.001 0.024 0.760 119 P 0.008 0.001 0.001 0.007 0.018 0.019 0.086 0.001 0.001 0.020 0.841 120 Q 0.006 0.001 0.001 0.012 0.119 0.097 0.080 0.006 0.001 0.027 0.654 121 S 0.006 0.001 0.001 0.008 0.014 0.014 0.076 0.001 0.001 0.006 0.875 122 A 0.003 0.001 0.001 0.014 0.114 0.117 0.123 0.005 0.001 0.018 0.606 123 P 0.015 0.001 0.001 0.036 0.009 0.015 0.118 0.001 0.001 0.032 0.774 124 F 0.027 0.010 0.001 0.042 0.029 0.030 0.114 0.006 0.001 0.180 0.561 125 G 0.101 0.397 0.002 0.011 0.004 0.005 0.046 0.004 0.001 0.046 0.382 126 H 0.030 0.351 0.003 0.014 0.011 0.013 0.063 0.013 0.001 0.040 0.461 127 T 0.013 0.882 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.003 0.001 0.010 0.069 128 T 0.038 0.900 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.007 0.037 129 V 0.027 0.326 0.005 0.005 0.005 0.005 0.014 0.005 0.001 0.540 0.067 130 C 0.013 0.771 0.011 0.003 0.002 0.003 0.024 0.004 0.004 0.079 0.085 131 R 0.054 0.741 0.028 0.003 0.002 0.003 0.019 0.021 0.006 0.021 0.102 132 L 0.095 0.670 0.012 0.004 0.002 0.003 0.023 0.026 0.005 0.027 0.132 133 N 0.110 0.390 0.002 0.004 0.002 0.006 0.052 0.007 0.002 0.040 0.385 134 H 0.038 0.381 0.019 0.008 0.002 0.007 0.063 0.011 0.007 0.065 0.398 135 L 0.134 0.359 0.022 0.006 0.005 0.009 0.073 0.018 0.009 0.055 0.309 136 V 0.180 0.217 0.007 0.006 0.005 0.009 0.059 0.005 0.004 0.043 0.464 137 E 0.060 0.153 0.007 0.007 0.006 0.013 0.087 0.004 0.003 0.035 0.625 138 Q 0.108 0.255 0.012 0.007 0.005 0.011 0.065 0.013 0.006 0.044 0.474 139 Q 0.433 0.134 0.008 0.004 0.004 0.007 0.042 0.014 0.003 0.048 0.303 140 E 0.108 0.084 0.002 0.007 0.005 0.014 0.067 0.009 0.001 0.035 0.668 141 G 0.074 0.029 0.001 0.009 0.006 0.013 0.071 0.001 0.001 0.026 0.769 142 A 0.018 0.031 0.001 0.019 0.041 0.033 0.111 0.002 0.001 0.032 0.713 143 Q 0.014 0.075 0.001 0.005 0.020 0.023 0.084 0.003 0.001 0.011 0.765 144 A 0.046 0.556 0.003 0.005 0.018 0.012 0.057 0.022 0.002 0.026 0.253 145 P 0.402 0.276 0.027 0.002 0.003 0.004 0.033 0.015 0.011 0.030 0.199 146 Q 0.333 0.184 0.003 0.004 0.005 0.010 0.034 0.018 0.001 0.048 0.360 147 Y 0.142 0.011 0.005 0.008 0.008 0.022 0.074 0.003 0.002 0.102 0.622 148 M 0.048 0.039 0.009 0.061 0.021 0.045 0.102 0.003 0.001 0.064 0.605 149 G 0.026 0.009 0.002 0.022 0.047 0.068 0.110 0.002 0.001 0.037 0.677 150 R 0.011 0.002 0.001 0.030 0.204 0.190 0.077 0.004 0.001 0.036 0.446 151 T 0.012 0.001 0.001 0.044 0.039 0.100 0.102 0.001 0.001 0.051 0.649 152 I 0.006 0.001 0.001 0.042 0.171 0.153 0.086 0.002 0.001 0.036 0.503 153 K 0.017 0.002 0.001 0.051 0.025 0.041 0.099 0.001 0.001 0.022 0.740 154 L 0.041 0.001 0.001 0.020 0.101 0.081 0.093 0.023 0.001 0.051 0.590 155 P 0.069 0.005 0.001 0.040 0.013 0.019 0.098 0.002 0.001 0.029 0.723 156 A 0.032 0.004 0.002 0.029 0.032 0.060 0.114 0.006 0.001 0.027 0.694