# TARGET T0364 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0364.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1328 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.278 0.400 0.003 0.056 0.020 0.017 0.001 0.194 0.006 0.001 2 P 0.251 0.007 0.563 0.023 0.001 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 0.116 3 A 0.102 0.233 0.449 0.055 0.065 0.041 0.019 0.008 0.022 0.003 0.002 4 L 0.080 0.477 0.341 0.034 0.024 0.025 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 5 I 0.021 0.599 0.210 0.029 0.080 0.037 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 6 T 0.014 0.784 0.112 0.014 0.051 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.006 0.708 0.107 0.007 0.130 0.015 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 8 R 0.021 0.330 0.529 0.014 0.018 0.061 0.004 0.001 0.021 0.001 0.002 9 T 0.005 0.719 0.113 0.007 0.109 0.012 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 10 T 0.006 0.437 0.473 0.003 0.015 0.045 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 11 V 0.005 0.635 0.295 0.004 0.026 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 12 Q 0.004 0.383 0.469 0.001 0.042 0.049 0.002 0.001 0.049 0.002 0.001 13 E 0.713 0.038 0.160 0.035 0.015 0.022 0.005 0.003 0.004 0.003 0.003 14 D 0.770 0.026 0.029 0.128 0.017 0.006 0.009 0.005 0.006 0.003 0.001 15 W 0.421 0.093 0.104 0.281 0.042 0.023 0.007 0.002 0.022 0.001 0.003 16 V 0.202 0.276 0.246 0.131 0.033 0.066 0.010 0.002 0.031 0.002 0.001 17 D 0.108 0.172 0.273 0.062 0.046 0.167 0.029 0.002 0.131 0.007 0.001 18 Y 0.714 0.031 0.037 0.158 0.005 0.026 0.012 0.005 0.008 0.002 0.001 19 N 0.250 0.018 0.054 0.388 0.010 0.010 0.241 0.016 0.009 0.003 0.001 20 G 0.071 0.004 0.018 0.028 0.051 0.002 0.127 0.638 0.001 0.059 0.001 21 H 0.432 0.283 0.136 0.082 0.031 0.020 0.005 0.002 0.007 0.004 0.001 22 L 0.360 0.233 0.201 0.080 0.011 0.064 0.010 0.002 0.036 0.003 0.001 23 R 0.642 0.087 0.086 0.102 0.025 0.024 0.015 0.003 0.011 0.006 0.001 24 D 0.720 0.018 0.021 0.099 0.015 0.019 0.077 0.012 0.016 0.003 0.001 25 A 0.923 0.012 0.026 0.023 0.004 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 26 F 0.966 0.015 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.992 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.976 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.971 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.974 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.975 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.161 0.001 0.003 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.414 0.546 0.001 0.024 0.001 44 L 0.021 0.291 0.580 0.025 0.026 0.044 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 45 D 0.017 0.060 0.704 0.014 0.023 0.155 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 46 A 0.887 0.017 0.023 0.047 0.010 0.007 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 47 D 0.861 0.009 0.021 0.097 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 S 0.671 0.028 0.033 0.232 0.012 0.007 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 49 R 0.542 0.051 0.114 0.244 0.008 0.014 0.015 0.002 0.009 0.001 0.001 50 G 0.405 0.047 0.179 0.082 0.076 0.013 0.035 0.073 0.007 0.080 0.001 51 Q 0.510 0.111 0.129 0.166 0.024 0.020 0.017 0.004 0.013 0.005 0.001 52 S 0.173 0.093 0.227 0.379 0.029 0.011 0.057 0.006 0.017 0.005 0.001 53 G 0.022 0.006 0.025 0.015 0.041 0.002 0.109 0.610 0.001 0.170 0.001 54 N 0.123 0.287 0.259 0.190 0.054 0.039 0.022 0.003 0.017 0.004 0.001 55 S 0.034 0.542 0.208 0.029 0.136 0.017 0.008 0.002 0.018 0.005 0.001 56 L 0.032 0.604 0.270 0.009 0.038 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 57 F 0.025 0.658 0.210 0.007 0.048 0.031 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 58 T 0.024 0.739 0.129 0.006 0.042 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 59 L 0.054 0.665 0.148 0.011 0.073 0.031 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 60 E 0.114 0.503 0.113 0.035 0.168 0.026 0.018 0.003 0.017 0.002 0.001 61 A 0.066 0.559 0.107 0.025 0.219 0.010 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 62 H 0.057 0.753 0.061 0.015 0.076 0.013 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 63 I 0.049 0.731 0.112 0.010 0.041 0.024 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 64 N 0.135 0.457 0.228 0.039 0.026 0.059 0.012 0.001 0.041 0.001 0.001 65 Y 0.117 0.475 0.182 0.036 0.098 0.047 0.017 0.002 0.023 0.002 0.001 66 L 0.167 0.370 0.305 0.077 0.017 0.035 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 67 H 0.026 0.457 0.191 0.012 0.207 0.012 0.026 0.002 0.063 0.004 0.001 68 E 0.056 0.112 0.733 0.013 0.006 0.062 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 69 V 0.048 0.462 0.367 0.027 0.041 0.030 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 70 K 0.039 0.435 0.394 0.012 0.019 0.047 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 71 L 0.071 0.062 0.770 0.044 0.004 0.022 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 72 G 0.010 0.001 0.011 0.010 0.013 0.001 0.055 0.836 0.001 0.063 0.001 73 T 0.018 0.247 0.633 0.017 0.028 0.029 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 74 E 0.009 0.329 0.623 0.003 0.009 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 75 V 0.005 0.818 0.125 0.004 0.021 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 76 W 0.002 0.644 0.318 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 V 0.004 0.892 0.048 0.001 0.038 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 78 Q 0.004 0.855 0.061 0.003 0.050 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 79 T 0.005 0.666 0.089 0.003 0.226 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 80 Q 0.004 0.800 0.097 0.001 0.045 0.021 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 81 I 0.020 0.330 0.533 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 82 L 0.260 0.321 0.094 0.260 0.021 0.019 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 83 G 0.032 0.148 0.108 0.025 0.370 0.010 0.136 0.106 0.008 0.057 0.001 84 F 0.112 0.534 0.138 0.110 0.058 0.014 0.004 0.001 0.025 0.003 0.001 85 D 0.082 0.078 0.123 0.164 0.109 0.084 0.268 0.018 0.044 0.029 0.001 86 R 0.217 0.101 0.132 0.270 0.088 0.033 0.101 0.033 0.013 0.010 0.001 87 K 0.221 0.313 0.153 0.233 0.056 0.007 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 88 R 0.018 0.711 0.085 0.020 0.139 0.008 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 89 L 0.004 0.715 0.207 0.004 0.047 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 90 H 0.002 0.852 0.067 0.001 0.067 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 V 0.002 0.901 0.044 0.001 0.041 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 92 Y 0.004 0.870 0.074 0.001 0.033 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 93 H 0.006 0.807 0.069 0.002 0.096 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 94 S 0.009 0.793 0.108 0.002 0.064 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 95 L 0.028 0.800 0.103 0.007 0.035 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 96 H 0.049 0.749 0.093 0.026 0.044 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 97 R 0.046 0.451 0.312 0.021 0.038 0.059 0.010 0.001 0.061 0.001 0.001 98 A 0.161 0.128 0.430 0.121 0.037 0.022 0.053 0.010 0.018 0.018 0.001 99 G 0.114 0.027 0.045 0.045 0.058 0.006 0.248 0.311 0.008 0.139 0.001 100 F 0.246 0.086 0.290 0.275 0.028 0.014 0.037 0.004 0.005 0.015 0.001 101 D 0.042 0.036 0.078 0.194 0.025 0.023 0.459 0.125 0.011 0.006 0.001 102 E 0.011 0.601 0.331 0.003 0.010 0.021 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 103 V 0.023 0.255 0.663 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 104 L 0.090 0.757 0.068 0.020 0.037 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 105 A 0.025 0.564 0.162 0.007 0.206 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 106 A 0.019 0.752 0.066 0.018 0.111 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 107 S 0.019 0.596 0.070 0.013 0.280 0.008 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 108 E 0.035 0.668 0.111 0.028 0.134 0.015 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 109 Q 0.005 0.738 0.077 0.003 0.166 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 110 M 0.016 0.869 0.050 0.007 0.032 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 111 L 0.008 0.784 0.163 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 112 L 0.019 0.885 0.034 0.006 0.018 0.012 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 113 H 0.010 0.545 0.313 0.005 0.033 0.055 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 114 V 0.027 0.722 0.126 0.027 0.045 0.026 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 115 D 0.007 0.106 0.492 0.006 0.081 0.235 0.005 0.001 0.064 0.004 0.001 116 L 0.800 0.012 0.020 0.150 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 117 A 0.351 0.024 0.080 0.522 0.003 0.009 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 118 G 0.096 0.082 0.329 0.008 0.180 0.002 0.036 0.025 0.075 0.166 0.001 119 P 0.363 0.001 0.182 0.041 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 120 Q 0.121 0.298 0.398 0.062 0.048 0.022 0.011 0.004 0.033 0.002 0.001 121 S 0.124 0.053 0.666 0.085 0.003 0.043 0.005 0.001 0.006 0.001 0.013 122 A 0.050 0.324 0.409 0.002 0.053 0.011 0.007 0.001 0.140 0.003 0.001 123 P 0.139 0.008 0.725 0.009 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 124 F 0.138 0.157 0.483 0.132 0.016 0.045 0.006 0.002 0.020 0.001 0.001 125 G 0.076 0.051 0.567 0.006 0.135 0.011 0.004 0.015 0.005 0.129 0.001 126 H 0.980 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 127 T 0.977 0.002 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 T 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 C 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 R 0.966 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.944 0.003 0.006 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 N 0.963 0.003 0.008 0.016 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.958 0.003 0.007 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 L 0.925 0.004 0.008 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.904 0.016 0.021 0.042 0.002 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 137 E 0.894 0.012 0.037 0.043 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.671 0.020 0.088 0.183 0.006 0.012 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 139 Q 0.524 0.063 0.210 0.117 0.015 0.021 0.021 0.005 0.022 0.002 0.001 140 E 0.569 0.032 0.221 0.133 0.008 0.011 0.014 0.004 0.004 0.003 0.001 141 G 0.338 0.028 0.149 0.121 0.063 0.007 0.043 0.156 0.006 0.088 0.001 142 A 0.378 0.065 0.433 0.061 0.017 0.022 0.007 0.002 0.010 0.003 0.003 143 Q 0.325 0.089 0.449 0.073 0.009 0.033 0.005 0.002 0.010 0.001 0.004 144 A 0.115 0.126 0.628 0.006 0.014 0.017 0.006 0.001 0.081 0.004 0.001 145 P 0.368 0.007 0.568 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 146 Q 0.782 0.032 0.110 0.044 0.010 0.009 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 147 Y 0.658 0.063 0.087 0.132 0.019 0.011 0.010 0.005 0.012 0.004 0.001 148 M 0.489 0.044 0.204 0.214 0.008 0.013 0.018 0.001 0.007 0.002 0.001 149 G 0.152 0.007 0.032 0.052 0.028 0.003 0.115 0.550 0.003 0.058 0.001 150 R 0.196 0.213 0.439 0.063 0.027 0.038 0.007 0.002 0.014 0.001 0.001 151 T 0.172 0.375 0.364 0.025 0.012 0.029 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 152 I 0.223 0.418 0.145 0.143 0.034 0.018 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 153 K 0.101 0.173 0.233 0.125 0.057 0.094 0.122 0.009 0.081 0.005 0.001 154 L 0.014 0.464 0.401 0.002 0.027 0.019 0.003 0.001 0.069 0.001 0.001 155 P 0.032 0.017 0.829 0.006 0.001 0.091 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 156 A 0.157 0.187 0.415 0.044 0.086 0.027 0.023 0.027 0.016 0.017 0.001