# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.008 0.042 0.043 0.056 0.011 0.095 0.242 0.010 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.045 0.022 0.193 0.061 0.072 0.073 0.001 2 A 0.006 0.007 0.035 0.040 0.049 0.020 0.141 0.225 0.011 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.035 0.018 0.218 0.042 0.057 0.083 0.001 3 H 0.004 0.005 0.022 0.031 0.055 0.017 0.240 0.156 0.010 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.026 0.024 0.154 0.078 0.073 0.091 0.001 4 H 0.003 0.003 0.037 0.036 0.050 0.008 0.122 0.115 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.021 0.175 0.090 0.128 0.157 0.001 5 H 0.002 0.003 0.034 0.025 0.060 0.010 0.117 0.102 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.024 0.233 0.088 0.109 0.146 0.001 6 H 0.002 0.003 0.039 0.038 0.080 0.019 0.150 0.101 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.022 0.173 0.080 0.113 0.139 0.001 7 H 0.003 0.004 0.034 0.040 0.096 0.010 0.138 0.075 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 0.022 0.167 0.094 0.152 0.118 0.001 8 H 0.003 0.004 0.057 0.051 0.077 0.013 0.115 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.043 0.020 0.190 0.059 0.109 0.169 0.001 9 S 0.004 0.004 0.041 0.045 0.120 0.008 0.112 0.047 0.009 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.033 0.096 0.100 0.159 0.183 0.002 10 L 0.005 0.004 0.056 0.035 0.129 0.003 0.082 0.018 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.038 0.041 0.226 0.047 0.137 0.162 0.002 11 N 0.012 0.014 0.132 0.086 0.094 0.015 0.229 0.023 0.003 0.002 0.002 0.003 0.007 0.005 0.045 0.020 0.080 0.066 0.066 0.091 0.004 12 Q 0.037 0.039 0.079 0.095 0.305 0.004 0.066 0.007 0.003 0.002 0.006 0.007 0.014 0.009 0.027 0.077 0.044 0.051 0.077 0.044 0.008 13 I 0.065 0.085 0.172 0.129 0.138 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.014 0.014 0.049 0.032 0.136 0.030 0.014 0.011 0.034 0.040 0.016 14 N 0.104 0.169 0.063 0.127 0.143 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 0.031 0.062 0.071 0.083 0.033 0.007 0.006 0.014 0.013 0.040 15 I 0.177 0.215 0.029 0.032 0.162 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.031 0.097 0.095 0.050 0.042 0.002 0.002 0.005 0.003 0.021 16 E 0.201 0.191 0.082 0.075 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.033 0.098 0.126 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 17 I 0.199 0.243 0.008 0.022 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.062 0.097 0.104 0.019 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.073 18 A 0.224 0.235 0.058 0.049 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.034 0.125 0.114 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 19 Y 0.202 0.247 0.034 0.120 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.057 0.066 0.023 0.033 0.003 0.004 0.006 0.006 0.036 20 A 0.163 0.192 0.044 0.056 0.206 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.054 0.035 0.114 0.043 0.012 0.009 0.014 0.013 0.011 21 F 0.067 0.058 0.146 0.230 0.049 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 0.017 0.022 0.107 0.022 0.016 0.015 0.078 0.134 0.006 22 P 0.011 0.009 0.027 0.026 0.343 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.044 0.276 0.033 0.036 0.147 0.001 23 E 0.008 0.016 0.043 0.039 0.070 0.016 0.400 0.024 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.041 0.014 0.170 0.052 0.030 0.063 0.001 24 R 0.039 0.052 0.107 0.118 0.116 0.009 0.199 0.034 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.023 0.011 0.099 0.078 0.041 0.058 0.002 25 Y 0.090 0.118 0.070 0.065 0.365 0.003 0.044 0.022 0.002 0.001 0.008 0.007 0.017 0.004 0.020 0.024 0.035 0.026 0.040 0.036 0.006 26 Y 0.180 0.253 0.119 0.193 0.099 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.005 0.009 0.025 0.005 0.037 0.005 0.015 0.006 0.013 0.013 0.005 27 L 0.194 0.197 0.022 0.040 0.408 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.016 0.011 0.023 0.007 0.013 0.014 0.009 0.004 0.008 0.005 0.011 28 K 0.199 0.233 0.144 0.222 0.030 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.011 0.036 0.008 0.069 0.002 0.005 0.002 0.005 0.007 0.011 29 S 0.161 0.174 0.009 0.026 0.494 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.014 0.010 0.030 0.007 0.010 0.018 0.006 0.004 0.007 0.004 0.015 30 F 0.204 0.180 0.218 0.206 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.025 0.006 0.062 0.002 0.003 0.003 0.008 0.010 0.013 31 Q 0.107 0.102 0.027 0.050 0.471 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 0.022 0.008 0.014 0.054 0.015 0.017 0.045 0.016 0.021 32 V 0.072 0.071 0.157 0.173 0.093 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.006 0.007 0.020 0.010 0.200 0.014 0.031 0.015 0.051 0.059 0.004 33 D 0.011 0.011 0.034 0.057 0.130 0.002 0.026 0.008 0.010 0.007 0.003 0.003 0.003 0.004 0.042 0.066 0.078 0.043 0.136 0.323 0.002 34 E 0.002 0.001 0.015 0.013 0.045 0.003 0.080 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.017 0.559 0.020 0.034 0.163 0.001 35 G 0.001 0.002 0.007 0.004 0.018 0.009 0.583 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.037 0.250 0.023 0.015 0.001 36 I 0.008 0.007 0.115 0.050 0.015 0.003 0.030 0.094 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.030 0.036 0.109 0.046 0.191 0.249 0.002 37 T 0.005 0.006 0.010 0.012 0.097 0.003 0.014 0.348 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.015 0.038 0.124 0.035 0.128 0.149 0.002 38 V 0.001 0.001 0.013 0.005 0.004 0.001 0.011 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.007 0.355 0.007 0.010 0.005 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.113 0.315 0.337 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.170 0.008 0.003 0.002 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.652 0.135 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.099 0.014 0.023 0.052 0.001 46 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.075 0.105 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.117 0.584 0.058 0.030 0.001 47 I 0.001 0.001 0.012 0.002 0.014 0.005 0.028 0.256 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.044 0.274 0.170 0.084 0.072 0.001 48 L 0.001 0.001 0.016 0.008 0.007 0.022 0.073 0.408 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.003 0.362 0.008 0.016 0.018 0.001 49 S 0.001 0.003 0.006 0.015 0.016 0.110 0.262 0.291 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.026 0.106 0.031 0.024 0.045 0.001 50 Q 0.002 0.002 0.008 0.010 0.029 0.003 0.283 0.060 0.008 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.030 0.019 0.323 0.093 0.044 0.070 0.001 51 F 0.002 0.001 0.021 0.011 0.017 0.001 0.025 0.030 0.014 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.019 0.028 0.068 0.060 0.416 0.270 0.001 52 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.006 0.021 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.834 0.019 0.007 0.042 0.001 53 E 0.001 0.001 0.006 0.008 0.010 0.067 0.630 0.068 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.009 0.060 0.060 0.031 0.023 0.001 54 I 0.002 0.003 0.025 0.033 0.036 0.003 0.095 0.023 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.029 0.022 0.062 0.054 0.277 0.323 0.002 55 D 0.004 0.004 0.042 0.025 0.111 0.002 0.024 0.032 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.022 0.030 0.084 0.088 0.193 0.323 0.003 56 L 0.004 0.002 0.062 0.014 0.066 0.002 0.021 0.029 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.044 0.032 0.591 0.038 0.033 0.047 0.001 57 S 0.005 0.008 0.064 0.053 0.033 0.040 0.343 0.101 0.009 0.007 0.001 0.002 0.006 0.017 0.066 0.014 0.094 0.024 0.050 0.062 0.001 58 T 0.009 0.015 0.020 0.048 0.120 0.009 0.279 0.028 0.006 0.006 0.004 0.005 0.009 0.020 0.035 0.072 0.122 0.053 0.076 0.059 0.004 59 N 0.021 0.023 0.118 0.062 0.100 0.005 0.114 0.022 0.004 0.002 0.013 0.011 0.026 0.049 0.119 0.052 0.060 0.063 0.062 0.065 0.010 60 K 0.042 0.051 0.087 0.082 0.163 0.003 0.037 0.009 0.003 0.001 0.011 0.017 0.026 0.060 0.106 0.097 0.060 0.037 0.035 0.058 0.013 61 I 0.049 0.079 0.050 0.045 0.203 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.021 0.018 0.061 0.119 0.147 0.079 0.014 0.012 0.028 0.027 0.022 62 G 0.104 0.129 0.098 0.101 0.073 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.041 0.037 0.079 0.112 0.106 0.034 0.007 0.009 0.018 0.013 0.030 63 I 0.117 0.098 0.052 0.042 0.120 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.054 0.041 0.102 0.151 0.071 0.066 0.010 0.005 0.014 0.007 0.042 64 F 0.078 0.100 0.052 0.125 0.045 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.030 0.047 0.099 0.149 0.181 0.029 0.008 0.004 0.013 0.011 0.020 65 S 0.056 0.090 0.030 0.047 0.263 0.001 0.017 0.002 0.002 0.001 0.023 0.021 0.051 0.063 0.086 0.128 0.016 0.020 0.035 0.037 0.013 66 R 0.032 0.030 0.227 0.172 0.041 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.014 0.010 0.015 0.019 0.176 0.023 0.038 0.019 0.039 0.126 0.007 67 P 0.011 0.016 0.009 0.013 0.434 0.003 0.048 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.032 0.171 0.060 0.061 0.062 0.055 0.002 68 I 0.008 0.007 0.166 0.141 0.009 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.267 0.008 0.025 0.026 0.074 0.229 0.001 69 K 0.002 0.002 0.008 0.010 0.108 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.041 0.016 0.027 0.248 0.513 0.001 70 L 0.001 0.001 0.044 0.025 0.020 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.013 0.579 0.060 0.085 0.085 0.001 71 T 0.003 0.004 0.021 0.010 0.057 0.021 0.514 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.014 0.111 0.038 0.045 0.041 0.001 72 D 0.011 0.014 0.108 0.145 0.068 0.022 0.130 0.084 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.028 0.018 0.069 0.048 0.146 0.097 0.002 73 V 0.012 0.018 0.016 0.042 0.367 0.007 0.081 0.060 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.016 0.042 0.116 0.102 0.075 0.031 0.002 74 L 0.016 0.016 0.142 0.164 0.053 0.007 0.073 0.092 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.099 0.011 0.084 0.032 0.099 0.097 0.002 75 K 0.005 0.004 0.033 0.041 0.179 0.006 0.032 0.041 0.034 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.041 0.106 0.054 0.107 0.274 0.001 76 E 0.001 0.001 0.014 0.006 0.024 0.001 0.076 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.700 0.011 0.025 0.090 0.001 77 G 0.001 0.001 0.006 0.003 0.027 0.001 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.009 0.052 0.022 0.023 0.001 78 D 0.016 0.018 0.306 0.050 0.076 0.003 0.046 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.009 0.040 0.093 0.030 0.169 0.061 0.053 0.008 79 R 0.041 0.054 0.185 0.069 0.215 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.009 0.039 0.035 0.169 0.051 0.044 0.006 0.024 0.020 0.022 80 I 0.056 0.117 0.016 0.032 0.302 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.049 0.086 0.126 0.087 0.065 0.004 0.003 0.006 0.004 0.014 81 E 0.066 0.077 0.149 0.180 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.049 0.024 0.085 0.110 0.213 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.015 82 I 0.069 0.044 0.010 0.023 0.405 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.036 0.052 0.078 0.035 0.134 0.008 0.003 0.011 0.004 0.023 83 Y 0.062 0.093 0.079 0.073 0.040 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.051 0.050 0.458 0.019 0.008 0.003 0.009 0.010 0.004 84 R 0.048 0.084 0.090 0.276 0.128 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.022 0.012 0.014 0.016 0.056 0.037 0.030 0.014 0.044 0.105 0.010 85 P 0.013 0.056 0.019 0.031 0.365 0.005 0.031 0.013 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.006 0.075 0.120 0.090 0.061 0.031 0.069 0.003 86 L 0.061 0.080 0.155 0.136 0.053 0.014 0.120 0.032 0.002 0.001 0.007 0.005 0.016 0.009 0.104 0.020 0.101 0.020 0.021 0.041 0.002 87 L 0.107 0.049 0.074 0.082 0.203 0.006 0.061 0.030 0.002 0.001 0.009 0.009 0.009 0.008 0.029 0.041 0.059 0.044 0.099 0.074 0.007 88 A 0.039 0.030 0.061 0.068 0.089 0.003 0.089 0.020 0.002 0.001 0.004 0.006 0.021 0.008 0.098 0.029 0.180 0.068 0.059 0.124 0.003 89 D 0.008 0.008 0.025 0.067 0.040 0.001 0.010 0.010 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.010 0.013 0.016 0.016 0.326 0.433 0.002 90 P 0.001 0.001 0.006 0.002 0.033 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.889 0.024 0.008 0.013 0.001 91 K 0.001 0.003 0.009 0.006 0.006 0.018 0.277 0.589 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.068 0.006 0.004 0.005 0.001 92 E 0.001 0.005 0.006 0.010 0.027 0.007 0.109 0.725 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.041 0.025 0.006 0.021 0.001 93 I 0.004 0.008 0.010 0.016 0.067 0.003 0.052 0.663 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.091 0.027 0.011 0.017 0.001 94 R 0.023 0.020 0.066 0.089 0.048 0.007 0.088 0.468 0.008 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.020 0.005 0.086 0.014 0.026 0.020 0.001 95 R 0.018 0.009 0.022 0.042 0.163 0.007 0.140 0.168 0.068 0.007 0.001 0.002 0.003 0.003 0.022 0.010 0.220 0.029 0.036 0.029 0.001 96 E 0.008 0.004 0.020 0.023 0.122 0.003 0.181 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.008 0.403 0.016 0.037 0.072 0.001 97 G 0.003 0.004 0.020 0.023 0.075 0.003 0.225 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.008 0.034 0.373 0.079 0.096 0.001