# TARGET T0363 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 105 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.045 0.551 0.007 0.025 0.050 0.003 0.004 0.038 0.113 0.068 0.023 0.069 2 A 0.008 0.067 0.582 0.004 0.016 0.035 0.004 0.004 0.037 0.091 0.064 0.040 0.049 3 H 0.013 0.049 0.437 0.010 0.023 0.030 0.003 0.002 0.019 0.223 0.099 0.031 0.062 4 H 0.005 0.024 0.531 0.005 0.035 0.031 0.001 0.001 0.013 0.248 0.049 0.022 0.036 5 H 0.004 0.019 0.235 0.007 0.153 0.078 0.001 0.001 0.004 0.166 0.285 0.016 0.032 6 H 0.005 0.022 0.222 0.009 0.193 0.064 0.001 0.001 0.003 0.159 0.270 0.013 0.039 7 H 0.005 0.036 0.310 0.002 0.135 0.053 0.001 0.001 0.002 0.206 0.181 0.028 0.040 8 H 0.003 0.024 0.249 0.004 0.062 0.098 0.001 0.001 0.001 0.202 0.315 0.012 0.031 9 S 0.001 0.022 0.343 0.002 0.042 0.066 0.001 0.001 0.001 0.228 0.262 0.008 0.024 10 L 0.001 0.005 0.112 0.002 0.029 0.027 0.001 0.001 0.001 0.233 0.584 0.002 0.006 11 N 0.001 0.003 0.108 0.008 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.306 0.525 0.007 0.005 12 Q 0.015 0.025 0.407 0.005 0.020 0.005 0.004 0.001 0.011 0.146 0.061 0.029 0.269 13 I 0.220 0.015 0.284 0.021 0.003 0.002 0.026 0.003 0.027 0.043 0.008 0.223 0.126 14 N 0.571 0.004 0.037 0.005 0.001 0.001 0.036 0.001 0.031 0.008 0.001 0.116 0.189 15 I 0.711 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.030 0.002 0.010 0.001 0.001 0.040 0.183 16 E 0.705 0.001 0.010 0.047 0.001 0.001 0.056 0.005 0.008 0.001 0.001 0.122 0.045 17 I 0.757 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.072 0.005 0.011 0.001 0.001 0.044 0.106 18 A 0.783 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.077 0.003 0.007 0.001 0.001 0.044 0.077 19 Y 0.576 0.002 0.026 0.009 0.001 0.001 0.094 0.003 0.025 0.002 0.001 0.130 0.131 20 A 0.193 0.005 0.152 0.006 0.001 0.001 0.024 0.001 0.018 0.056 0.017 0.103 0.423 21 F 0.013 0.008 0.484 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.205 0.032 0.152 0.092 22 P 0.003 0.003 0.193 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.359 0.337 0.015 0.073 23 E 0.008 0.009 0.222 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.437 0.230 0.026 0.032 24 R 0.065 0.010 0.208 0.010 0.009 0.003 0.005 0.001 0.003 0.154 0.039 0.232 0.263 25 Y 0.104 0.003 0.121 0.013 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.027 0.003 0.047 0.668 26 Y 0.131 0.004 0.030 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.006 0.001 0.743 0.070 27 L 0.147 0.002 0.021 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.004 0.001 0.025 0.774 28 K 0.195 0.001 0.024 0.082 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.008 0.001 0.609 0.054 29 S 0.250 0.002 0.020 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.006 0.002 0.001 0.029 0.659 30 F 0.285 0.002 0.044 0.012 0.002 0.001 0.037 0.001 0.018 0.004 0.001 0.456 0.140 31 Q 0.194 0.005 0.090 0.008 0.001 0.001 0.033 0.001 0.042 0.011 0.001 0.092 0.520 32 V 0.028 0.029 0.394 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.085 0.026 0.004 0.209 0.210 33 D 0.001 0.005 0.675 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 0.151 0.040 0.008 0.089 34 E 0.001 0.001 0.024 0.011 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.167 0.765 0.002 0.003 35 G 0.001 0.003 0.077 0.001 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.156 0.708 0.006 0.007 36 I 0.001 0.031 0.568 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.311 0.009 0.008 0.052 37 T 0.001 0.101 0.601 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.002 0.084 0.004 0.002 0.099 38 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.831 0.001 0.001 0.001 0.007 0.143 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.039 0.001 0.017 0.377 0.001 0.001 0.001 0.069 0.497 0.001 0.001 46 G 0.001 0.004 0.079 0.001 0.028 0.238 0.001 0.001 0.001 0.054 0.596 0.001 0.001 47 I 0.001 0.005 0.140 0.001 0.134 0.435 0.001 0.001 0.001 0.103 0.181 0.001 0.002 48 L 0.001 0.002 0.064 0.001 0.432 0.278 0.001 0.001 0.001 0.049 0.168 0.001 0.003 49 S 0.001 0.001 0.056 0.001 0.447 0.301 0.001 0.001 0.001 0.037 0.149 0.002 0.004 50 Q 0.001 0.020 0.080 0.001 0.286 0.428 0.001 0.001 0.002 0.071 0.085 0.003 0.022 51 F 0.001 0.068 0.241 0.002 0.149 0.130 0.001 0.001 0.007 0.241 0.123 0.019 0.018 52 P 0.001 0.004 0.228 0.027 0.068 0.014 0.001 0.001 0.004 0.187 0.445 0.004 0.019 53 E 0.004 0.008 0.123 0.007 0.067 0.005 0.003 0.001 0.019 0.186 0.509 0.051 0.018 54 I 0.023 0.087 0.259 0.001 0.058 0.003 0.019 0.013 0.060 0.195 0.073 0.070 0.139 55 D 0.002 0.059 0.710 0.003 0.039 0.003 0.001 0.002 0.043 0.064 0.025 0.008 0.041 56 L 0.001 0.001 0.085 0.010 0.404 0.025 0.001 0.001 0.004 0.102 0.360 0.003 0.005 57 S 0.001 0.002 0.043 0.006 0.286 0.041 0.001 0.001 0.002 0.079 0.537 0.001 0.003 58 T 0.001 0.014 0.228 0.009 0.188 0.073 0.001 0.001 0.005 0.198 0.271 0.004 0.008 59 N 0.003 0.034 0.649 0.006 0.010 0.039 0.001 0.001 0.022 0.114 0.068 0.014 0.039 60 K 0.029 0.029 0.432 0.040 0.005 0.030 0.018 0.014 0.062 0.109 0.081 0.042 0.110 61 I 0.071 0.031 0.068 0.003 0.005 0.018 0.158 0.282 0.187 0.018 0.012 0.065 0.081 62 G 0.139 0.007 0.076 0.009 0.016 0.018 0.290 0.129 0.172 0.013 0.014 0.041 0.076 63 I 0.171 0.011 0.044 0.005 0.018 0.011 0.270 0.052 0.187 0.009 0.042 0.109 0.072 64 F 0.114 0.015 0.098 0.032 0.025 0.011 0.084 0.020 0.085 0.027 0.316 0.034 0.139 65 S 0.096 0.012 0.222 0.067 0.014 0.007 0.014 0.001 0.016 0.181 0.214 0.068 0.087 66 R 0.038 0.008 0.307 0.007 0.004 0.007 0.006 0.001 0.012 0.186 0.010 0.318 0.098 67 P 0.004 0.034 0.135 0.007 0.004 0.006 0.005 0.001 0.024 0.035 0.006 0.006 0.735 68 I 0.003 0.039 0.305 0.180 0.002 0.008 0.007 0.001 0.011 0.091 0.005 0.323 0.027 69 K 0.001 0.050 0.736 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.024 0.004 0.014 0.155 70 L 0.001 0.010 0.419 0.013 0.161 0.043 0.001 0.001 0.002 0.073 0.246 0.006 0.025 71 T 0.001 0.008 0.167 0.003 0.285 0.044 0.001 0.001 0.002 0.182 0.297 0.004 0.006 72 D 0.002 0.017 0.334 0.001 0.190 0.056 0.001 0.001 0.027 0.271 0.058 0.012 0.030 73 V 0.005 0.059 0.495 0.004 0.059 0.038 0.002 0.001 0.076 0.061 0.071 0.014 0.115 74 L 0.010 0.242 0.386 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 0.024 0.087 0.035 0.112 0.053 75 K 0.001 0.049 0.636 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.006 0.142 0.059 0.015 0.071 76 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.076 0.873 0.001 0.001 77 G 0.001 0.001 0.064 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.087 0.828 0.001 0.002 78 D 0.002 0.019 0.580 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.256 0.077 0.006 0.034 79 R 0.048 0.053 0.416 0.003 0.013 0.021 0.007 0.001 0.012 0.105 0.035 0.087 0.198 80 I 0.184 0.033 0.128 0.040 0.012 0.019 0.016 0.001 0.007 0.068 0.026 0.119 0.346 81 E 0.418 0.008 0.060 0.009 0.005 0.005 0.017 0.001 0.004 0.015 0.005 0.256 0.198 82 I 0.315 0.005 0.050 0.008 0.006 0.005 0.017 0.001 0.003 0.022 0.007 0.195 0.367 83 Y 0.217 0.007 0.132 0.050 0.003 0.004 0.010 0.001 0.005 0.044 0.013 0.125 0.389 84 R 0.062 0.005 0.229 0.029 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.049 0.008 0.473 0.135 85 P 0.053 0.004 0.379 0.030 0.002 0.002 0.004 0.001 0.006 0.043 0.015 0.036 0.427 86 L 0.196 0.014 0.231 0.018 0.007 0.004 0.012 0.001 0.018 0.052 0.025 0.278 0.144 87 L 0.241 0.020 0.180 0.003 0.007 0.006 0.015 0.001 0.016 0.053 0.015 0.096 0.347 88 A 0.109 0.030 0.293 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.018 0.066 0.005 0.215 0.238 89 D 0.003 0.011 0.585 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.007 0.064 0.004 0.006 0.301 90 P 0.001 0.001 0.012 0.001 0.023 0.870 0.001 0.001 0.001 0.023 0.067 0.002 0.002 91 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.917 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.055 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.006 93 I 0.001 0.002 0.022 0.001 0.025 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.012 94 R 0.004 0.005 0.019 0.003 0.034 0.863 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.011 0.012 95 R 0.006 0.004 0.024 0.001 0.019 0.790 0.001 0.001 0.001 0.021 0.121 0.003 0.011 96 E 0.004 0.005 0.207 0.001 0.009 0.501 0.001 0.001 0.001 0.041 0.205 0.009 0.018 97 G 0.001 0.002 0.833 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.070 0.038 0.002 0.006