# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.171 0.008 0.016 0.036 0.049 0.073 0.009 0.003 0.043 0.408 2 A 0.068 0.100 0.005 0.014 0.032 0.057 0.086 0.004 0.003 0.027 0.604 3 H 0.062 0.075 0.005 0.013 0.024 0.042 0.082 0.006 0.002 0.030 0.658 4 H 0.166 0.083 0.004 0.010 0.021 0.028 0.082 0.013 0.002 0.052 0.539 5 H 0.129 0.029 0.003 0.007 0.013 0.021 0.078 0.004 0.001 0.055 0.658 6 H 0.031 0.027 0.002 0.011 0.014 0.028 0.089 0.004 0.001 0.041 0.753 7 H 0.089 0.016 0.004 0.013 0.020 0.030 0.102 0.002 0.001 0.068 0.656 8 H 0.049 0.013 0.003 0.022 0.048 0.051 0.133 0.005 0.001 0.096 0.578 9 S 0.065 0.016 0.001 0.012 0.026 0.042 0.137 0.005 0.001 0.059 0.637 10 L 0.036 0.003 0.003 0.033 0.039 0.067 0.141 0.002 0.001 0.068 0.607 11 N 0.006 0.004 0.001 0.055 0.129 0.195 0.124 0.002 0.001 0.064 0.419 12 Q 0.004 0.001 0.001 0.056 0.053 0.129 0.107 0.001 0.001 0.055 0.594 13 I 0.001 0.001 0.001 0.157 0.351 0.201 0.044 0.001 0.001 0.043 0.201 14 N 0.001 0.001 0.001 0.282 0.178 0.287 0.035 0.001 0.001 0.070 0.145 15 I 0.001 0.001 0.001 0.336 0.208 0.140 0.021 0.001 0.001 0.041 0.253 16 E 0.001 0.001 0.001 0.562 0.200 0.177 0.006 0.001 0.001 0.038 0.015 17 I 0.001 0.001 0.001 0.354 0.210 0.256 0.015 0.001 0.001 0.038 0.125 18 A 0.001 0.001 0.001 0.512 0.208 0.211 0.008 0.001 0.001 0.022 0.038 19 Y 0.004 0.001 0.001 0.317 0.122 0.268 0.055 0.001 0.001 0.052 0.180 20 A 0.007 0.003 0.003 0.259 0.117 0.139 0.073 0.001 0.004 0.033 0.361 21 F 0.184 0.035 0.005 0.045 0.049 0.059 0.119 0.015 0.009 0.054 0.425 22 P 0.311 0.066 0.005 0.010 0.009 0.010 0.081 0.011 0.005 0.068 0.424 23 E 0.163 0.064 0.005 0.006 0.013 0.025 0.076 0.013 0.002 0.038 0.594 24 R 0.087 0.040 0.004 0.013 0.041 0.074 0.080 0.006 0.001 0.036 0.618 25 Y 0.027 0.012 0.004 0.018 0.139 0.292 0.100 0.003 0.001 0.081 0.324 26 Y 0.025 0.010 0.002 0.049 0.193 0.287 0.070 0.004 0.001 0.081 0.278 27 L 0.014 0.007 0.002 0.053 0.134 0.207 0.096 0.002 0.001 0.030 0.455 28 K 0.003 0.004 0.001 0.060 0.259 0.445 0.036 0.001 0.001 0.025 0.166 29 S 0.003 0.002 0.001 0.060 0.196 0.403 0.039 0.001 0.001 0.049 0.246 30 F 0.001 0.001 0.001 0.061 0.393 0.329 0.029 0.001 0.001 0.025 0.159 31 Q 0.025 0.007 0.005 0.095 0.199 0.263 0.059 0.002 0.003 0.077 0.266 32 V 0.166 0.025 0.003 0.063 0.057 0.071 0.059 0.011 0.002 0.083 0.460 33 D 0.167 0.055 0.002 0.033 0.012 0.019 0.076 0.004 0.002 0.140 0.491 34 E 0.011 0.234 0.002 0.014 0.008 0.017 0.078 0.004 0.001 0.066 0.565 35 G 0.022 0.499 0.001 0.012 0.015 0.025 0.046 0.003 0.001 0.062 0.313 36 I 0.004 0.172 0.001 0.014 0.027 0.018 0.018 0.001 0.001 0.676 0.070 37 T 0.001 0.949 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.017 0.018 38 V 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 39 Q 0.002 0.163 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.817 0.010 40 T 0.007 0.760 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.169 0.044 41 A 0.077 0.381 0.026 0.003 0.001 0.001 0.012 0.044 0.004 0.390 0.062 42 I 0.037 0.241 0.082 0.005 0.001 0.001 0.032 0.011 0.051 0.399 0.141 43 T 0.033 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.001 0.017 0.413 44 Q 0.025 0.782 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.002 0.011 0.127 45 S 0.126 0.338 0.007 0.002 0.001 0.001 0.048 0.019 0.003 0.264 0.191 46 G 0.045 0.415 0.025 0.005 0.001 0.001 0.057 0.008 0.015 0.185 0.243 47 I 0.307 0.320 0.020 0.003 0.001 0.001 0.056 0.044 0.005 0.058 0.186 48 L 0.371 0.071 0.016 0.020 0.002 0.004 0.077 0.016 0.012 0.092 0.319 49 S 0.048 0.041 0.002 0.017 0.004 0.011 0.179 0.002 0.002 0.022 0.672 50 Q 0.033 0.052 0.009 0.023 0.003 0.009 0.123 0.010 0.003 0.030 0.704 51 F 0.350 0.051 0.004 0.012 0.008 0.009 0.148 0.059 0.002 0.090 0.267 52 P 0.105 0.034 0.002 0.039 0.006 0.021 0.130 0.005 0.001 0.062 0.594 53 E 0.041 0.012 0.005 0.039 0.009 0.029 0.104 0.001 0.001 0.061 0.697 54 I 0.013 0.007 0.002 0.075 0.049 0.052 0.120 0.003 0.001 0.063 0.615 55 D 0.185 0.049 0.004 0.057 0.029 0.043 0.110 0.008 0.002 0.121 0.393 56 L 0.128 0.034 0.007 0.056 0.018 0.024 0.104 0.008 0.003 0.093 0.527 57 S 0.078 0.023 0.002 0.037 0.028 0.052 0.133 0.007 0.001 0.039 0.600 58 T 0.073 0.021 0.003 0.065 0.041 0.084 0.152 0.006 0.001 0.047 0.507 59 N 0.040 0.015 0.002 0.077 0.070 0.102 0.126 0.007 0.001 0.057 0.503 60 K 0.030 0.016 0.002 0.108 0.118 0.138 0.102 0.004 0.001 0.048 0.435 61 I 0.008 0.006 0.002 0.167 0.120 0.204 0.106 0.003 0.001 0.037 0.347 62 G 0.011 0.006 0.002 0.280 0.139 0.226 0.056 0.003 0.001 0.073 0.203 63 I 0.058 0.004 0.002 0.218 0.128 0.155 0.072 0.002 0.001 0.087 0.273 64 F 0.013 0.003 0.001 0.172 0.105 0.205 0.089 0.002 0.001 0.040 0.369 65 S 0.027 0.008 0.001 0.069 0.035 0.085 0.103 0.002 0.001 0.033 0.637 66 R 0.035 0.003 0.001 0.059 0.130 0.138 0.140 0.011 0.001 0.087 0.396 67 P 0.046 0.005 0.001 0.038 0.034 0.047 0.132 0.001 0.001 0.044 0.652 68 I 0.010 0.009 0.002 0.043 0.074 0.104 0.143 0.005 0.001 0.032 0.578 69 K 0.350 0.160 0.005 0.012 0.014 0.016 0.065 0.007 0.003 0.026 0.343 70 L 0.154 0.189 0.005 0.011 0.012 0.021 0.079 0.052 0.002 0.047 0.430 71 T 0.126 0.201 0.001 0.005 0.010 0.023 0.056 0.009 0.001 0.044 0.524 72 D 0.111 0.201 0.017 0.027 0.044 0.110 0.079 0.006 0.004 0.081 0.320 73 V 0.090 0.050 0.026 0.013 0.065 0.086 0.106 0.007 0.011 0.056 0.489 74 L 0.223 0.011 0.008 0.016 0.048 0.060 0.060 0.009 0.005 0.045 0.515 75 K 0.288 0.004 0.001 0.007 0.020 0.024 0.073 0.003 0.001 0.042 0.536 76 E 0.012 0.002 0.001 0.010 0.008 0.023 0.133 0.002 0.001 0.011 0.799 77 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.019 0.039 0.109 0.001 0.001 0.019 0.792 78 D 0.003 0.006 0.001 0.132 0.275 0.224 0.063 0.001 0.001 0.053 0.242 79 R 0.003 0.003 0.001 0.144 0.140 0.276 0.058 0.001 0.001 0.061 0.311 80 I 0.002 0.004 0.001 0.303 0.285 0.196 0.022 0.001 0.001 0.027 0.160 81 E 0.006 0.001 0.001 0.258 0.247 0.244 0.030 0.001 0.001 0.040 0.173 82 I 0.001 0.001 0.001 0.225 0.215 0.186 0.033 0.001 0.001 0.013 0.325 83 Y 0.024 0.021 0.002 0.212 0.127 0.169 0.076 0.005 0.002 0.026 0.336 84 R 0.337 0.022 0.005 0.040 0.132 0.073 0.068 0.030 0.004 0.077 0.214 85 P 0.062 0.035 0.001 0.057 0.057 0.122 0.095 0.012 0.001 0.030 0.528 86 L 0.099 0.019 0.001 0.049 0.061 0.171 0.085 0.003 0.001 0.037 0.474 87 L 0.012 0.015 0.003 0.077 0.107 0.117 0.117 0.001 0.001 0.033 0.516 88 A 0.004 0.025 0.003 0.035 0.060 0.070 0.103 0.001 0.002 0.014 0.683 89 D 0.171 0.495 0.003 0.009 0.029 0.018 0.035 0.027 0.002 0.027 0.186 90 P 0.220 0.634 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.001 0.011 0.100 91 K 0.069 0.509 0.006 0.005 0.004 0.011 0.028 0.008 0.002 0.043 0.315 92 E 0.064 0.237 0.018 0.008 0.028 0.063 0.056 0.005 0.006 0.141 0.374 93 I 0.185 0.097 0.047 0.010 0.043 0.049 0.077 0.022 0.022 0.138 0.310 94 R 0.387 0.018 0.011 0.008 0.020 0.021 0.042 0.016 0.008 0.037 0.432 95 R 0.187 0.005 0.001 0.003 0.006 0.009 0.047 0.002 0.001 0.011 0.729 96 E 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.080 0.002 0.001 0.008 0.880 97 G 0.010 0.003 0.001 0.007 0.008 0.014 0.097 0.003 0.001 0.016 0.840