# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.200 0.035 0.030 0.037 0.084 0.095 0.390 2 A 0.089 0.136 0.023 0.027 0.036 0.094 0.069 0.525 3 H 0.075 0.096 0.019 0.020 0.030 0.084 0.081 0.597 4 H 0.154 0.113 0.013 0.019 0.024 0.095 0.064 0.517 5 H 0.095 0.036 0.018 0.026 0.027 0.096 0.132 0.570 6 H 0.070 0.032 0.013 0.022 0.028 0.098 0.086 0.653 7 H 0.068 0.014 0.019 0.016 0.030 0.110 0.106 0.637 8 H 0.082 0.007 0.020 0.025 0.025 0.110 0.059 0.672 9 S 0.225 0.011 0.012 0.011 0.027 0.066 0.065 0.583 10 L 0.041 0.004 0.017 0.010 0.020 0.112 0.036 0.760 11 N 0.016 0.005 0.084 0.065 0.260 0.101 0.044 0.424 12 Q 0.002 0.002 0.074 0.067 0.178 0.078 0.049 0.550 13 I 0.001 0.001 0.275 0.283 0.282 0.040 0.030 0.086 14 N 0.002 0.005 0.298 0.180 0.295 0.025 0.085 0.110 15 I 0.002 0.005 0.255 0.335 0.220 0.019 0.066 0.098 16 E 0.002 0.002 0.443 0.188 0.288 0.009 0.038 0.030 17 I 0.008 0.003 0.264 0.278 0.329 0.013 0.056 0.048 18 A 0.008 0.003 0.283 0.244 0.277 0.019 0.027 0.139 19 Y 0.005 0.003 0.125 0.301 0.404 0.030 0.021 0.112 20 A 0.008 0.004 0.068 0.086 0.175 0.133 0.036 0.490 21 F 0.153 0.019 0.042 0.126 0.110 0.128 0.057 0.364 22 P 0.236 0.043 0.007 0.015 0.022 0.077 0.042 0.559 23 E 0.112 0.070 0.017 0.017 0.044 0.105 0.053 0.583 24 R 0.073 0.048 0.022 0.074 0.215 0.088 0.072 0.407 25 Y 0.018 0.010 0.023 0.145 0.173 0.065 0.068 0.499 26 Y 0.010 0.006 0.032 0.241 0.381 0.057 0.041 0.233 27 L 0.016 0.003 0.025 0.116 0.324 0.047 0.059 0.409 28 K 0.025 0.002 0.025 0.353 0.323 0.041 0.022 0.208 29 S 0.005 0.001 0.041 0.133 0.323 0.049 0.011 0.436 30 F 0.006 0.002 0.037 0.208 0.345 0.069 0.021 0.311 31 Q 0.006 0.002 0.096 0.251 0.334 0.047 0.051 0.212 32 V 0.083 0.004 0.027 0.065 0.061 0.053 0.026 0.680 33 D 0.494 0.016 0.018 0.055 0.023 0.035 0.168 0.190 34 E 0.020 0.051 0.013 0.009 0.027 0.111 0.013 0.757 35 G 0.010 0.062 0.017 0.006 0.027 0.080 0.018 0.780 36 I 0.014 0.167 0.057 0.190 0.053 0.062 0.262 0.194 37 T 0.013 0.904 0.009 0.008 0.012 0.008 0.026 0.021 38 V 0.079 0.869 0.006 0.003 0.005 0.004 0.014 0.020 39 Q 0.011 0.167 0.048 0.020 0.018 0.013 0.681 0.042 40 T 0.015 0.658 0.010 0.007 0.011 0.016 0.193 0.090 41 A 0.115 0.405 0.072 0.012 0.019 0.046 0.226 0.105 42 I 0.033 0.309 0.088 0.056 0.040 0.068 0.241 0.165 43 T 0.146 0.366 0.012 0.003 0.010 0.046 0.042 0.376 44 Q 0.083 0.382 0.016 0.006 0.008 0.065 0.090 0.349 45 S 0.031 0.187 0.052 0.014 0.016 0.107 0.237 0.356 46 G 0.094 0.143 0.053 0.011 0.013 0.093 0.328 0.267 47 I 0.308 0.202 0.054 0.013 0.015 0.068 0.097 0.243 48 L 0.328 0.065 0.042 0.006 0.010 0.058 0.068 0.422 49 S 0.008 0.018 0.038 0.012 0.017 0.100 0.060 0.747 50 Q 0.034 0.027 0.024 0.006 0.010 0.092 0.027 0.781 51 F 0.434 0.057 0.032 0.019 0.012 0.085 0.066 0.294 52 P 0.079 0.063 0.023 0.007 0.013 0.116 0.020 0.679 53 E 0.028 0.023 0.028 0.006 0.019 0.087 0.063 0.746 54 I 0.020 0.012 0.037 0.023 0.017 0.124 0.258 0.508 55 D 0.099 0.058 0.036 0.020 0.019 0.083 0.416 0.269 56 L 0.133 0.051 0.026 0.012 0.017 0.094 0.058 0.610 57 S 0.127 0.042 0.036 0.021 0.047 0.110 0.059 0.558 58 T 0.031 0.020 0.033 0.015 0.043 0.126 0.058 0.675 59 N 0.042 0.017 0.068 0.058 0.118 0.184 0.050 0.463 60 K 0.022 0.009 0.074 0.086 0.129 0.119 0.083 0.478 61 I 0.005 0.004 0.220 0.104 0.223 0.086 0.073 0.286 62 G 0.010 0.003 0.275 0.140 0.362 0.035 0.069 0.108 63 I 0.015 0.002 0.170 0.298 0.223 0.038 0.045 0.210 64 F 0.009 0.002 0.201 0.151 0.305 0.053 0.035 0.244 65 S 0.015 0.003 0.066 0.083 0.208 0.076 0.039 0.510 66 R 0.042 0.007 0.066 0.136 0.152 0.134 0.042 0.421 67 P 0.019 0.007 0.036 0.030 0.053 0.104 0.061 0.690 68 I 0.032 0.030 0.038 0.072 0.074 0.144 0.072 0.539 69 K 0.077 0.111 0.024 0.029 0.037 0.091 0.058 0.573 70 L 0.107 0.451 0.009 0.018 0.019 0.047 0.042 0.308 71 T 0.073 0.555 0.021 0.026 0.031 0.034 0.031 0.228 72 D 0.083 0.358 0.035 0.084 0.073 0.047 0.081 0.240 73 V 0.049 0.029 0.127 0.101 0.108 0.057 0.274 0.255 74 L 0.499 0.006 0.039 0.026 0.035 0.044 0.157 0.193 75 K 0.676 0.002 0.004 0.004 0.004 0.018 0.027 0.264 76 E 0.010 0.001 0.002 0.001 0.007 0.048 0.002 0.929 77 G 0.002 0.001 0.011 0.006 0.041 0.104 0.006 0.830 78 D 0.003 0.002 0.062 0.265 0.325 0.073 0.027 0.242 79 R 0.003 0.003 0.098 0.306 0.338 0.021 0.040 0.191 80 I 0.004 0.004 0.097 0.410 0.305 0.015 0.023 0.142 81 E 0.002 0.001 0.230 0.426 0.259 0.008 0.022 0.050 82 I 0.002 0.005 0.210 0.275 0.327 0.025 0.035 0.121 83 Y 0.010 0.006 0.285 0.146 0.290 0.032 0.060 0.172 84 R 0.178 0.008 0.039 0.369 0.234 0.035 0.034 0.103 85 P 0.036 0.004 0.041 0.069 0.172 0.058 0.054 0.565 86 L 0.015 0.012 0.055 0.070 0.215 0.125 0.031 0.477 87 L 0.007 0.012 0.036 0.096 0.133 0.120 0.018 0.578 88 A 0.004 0.018 0.020 0.030 0.014 0.069 0.006 0.840 89 D 0.122 0.842 0.002 0.002 0.002 0.004 0.011 0.015 90 P 0.125 0.831 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.025 91 K 0.041 0.684 0.022 0.011 0.009 0.018 0.042 0.173 92 E 0.175 0.467 0.022 0.012 0.013 0.028 0.142 0.142 93 I 0.170 0.085 0.037 0.031 0.045 0.091 0.259 0.282 94 R 0.231 0.016 0.015 0.015 0.028 0.066 0.093 0.537 95 R 0.098 0.006 0.002 0.006 0.008 0.042 0.031 0.808 96 E 0.007 0.002 0.003 0.005 0.012 0.098 0.006 0.866 97 G 0.025 0.004 0.008 0.017 0.039 0.106 0.028 0.773