# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.186 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.011 0.072 0.553 2 A 0.063 0.248 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.101 0.010 0.068 0.485 3 H 0.077 0.233 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.015 0.059 0.523 4 H 0.123 0.208 0.013 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.068 0.014 0.053 0.493 5 H 0.061 0.159 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.004 0.048 0.011 0.076 0.612 6 H 0.085 0.129 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.045 0.016 0.095 0.605 7 H 0.136 0.141 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.003 0.016 0.004 0.002 0.001 0.050 0.018 0.077 0.517 8 H 0.148 0.151 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.025 0.065 0.553 9 S 0.131 0.134 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.024 0.083 0.524 10 L 0.198 0.113 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.065 0.549 11 N 0.093 0.074 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.029 0.132 0.528 12 Q 0.244 0.011 0.049 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.022 0.110 0.503 13 I 0.054 0.020 0.006 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.642 0.006 0.026 0.228 14 N 0.006 0.004 0.002 0.001 0.032 0.020 0.039 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.570 0.003 0.088 0.218 15 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.001 0.016 0.106 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.010 0.019 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.895 0.001 0.011 0.082 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.978 0.001 0.003 0.010 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.140 0.059 0.068 0.016 0.522 0.002 0.023 0.162 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.009 0.023 0.170 21 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.020 0.059 0.006 0.004 0.002 0.002 0.003 0.293 0.010 0.092 0.438 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.234 0.705 24 R 0.618 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.042 0.296 25 Y 0.205 0.089 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.006 0.090 0.486 26 Y 0.064 0.053 0.015 0.002 0.108 0.016 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.006 0.082 0.467 27 L 0.077 0.063 0.004 0.001 0.003 0.028 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.005 0.039 0.423 28 K 0.036 0.028 0.004 0.001 0.002 0.004 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.686 0.006 0.027 0.160 29 S 0.084 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.256 0.018 0.042 0.552 30 F 0.054 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.002 0.001 0.732 0.004 0.014 0.131 31 Q 0.008 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.018 0.004 0.003 0.002 0.439 0.005 0.052 0.435 32 V 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.604 0.005 0.032 0.319 33 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.002 0.275 0.559 34 E 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.005 0.085 0.814 35 G 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.016 0.172 0.643 36 I 0.872 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.016 0.083 37 T 0.012 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.271 0.657 38 V 0.008 0.030 0.003 0.001 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.007 0.067 0.630 39 Q 0.004 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.019 0.257 0.578 40 T 0.018 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.655 0.214 41 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 42 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 43 T 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 44 Q 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 45 S 0.023 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.022 46 G 0.195 0.556 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.009 0.150 47 I 0.022 0.187 0.428 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.114 0.227 48 L 0.119 0.233 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.017 0.087 0.457 49 S 0.289 0.168 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.059 0.442 50 Q 0.439 0.162 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.057 0.017 0.287 51 F 0.493 0.152 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.028 0.017 0.260 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 53 E 0.015 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.079 0.014 0.043 0.004 0.081 0.736 54 I 0.393 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.056 0.428 55 D 0.131 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.218 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.095 0.007 0.055 0.416 56 L 0.052 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.012 0.158 0.601 57 S 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.727 0.224 58 T 0.345 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.084 0.318 0.221 59 N 0.265 0.252 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.072 0.042 0.277 60 K 0.082 0.042 0.150 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.027 0.162 0.331 61 I 0.049 0.044 0.009 0.004 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.366 0.005 0.077 0.407 62 G 0.013 0.040 0.001 0.001 0.004 0.012 0.286 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.491 0.002 0.032 0.105 63 I 0.007 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.731 0.003 0.029 0.167 64 F 0.005 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.002 0.022 0.075 65 S 0.012 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.659 0.007 0.038 0.250 66 R 0.031 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.779 0.003 0.028 0.140 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.795 0.002 0.024 0.155 69 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.241 0.725 70 L 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.008 0.060 0.617 71 T 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.006 0.106 0.676 72 D 0.477 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.041 0.009 0.058 0.404 73 V 0.116 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.103 0.669 74 L 0.080 0.108 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.002 0.024 0.002 0.002 0.021 0.004 0.001 0.001 0.358 0.013 0.120 0.246 75 K 0.015 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.730 0.173 76 E 0.041 0.085 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.034 0.165 0.553 77 G 0.053 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.036 0.083 0.447 78 D 0.849 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.017 0.097 79 R 0.033 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.498 0.004 0.097 0.346 80 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.856 0.001 0.023 0.094 81 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.001 0.027 0.104 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.886 0.001 0.015 0.090 83 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.813 0.004 0.028 0.145 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.711 0.003 0.042 0.215 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.021 0.005 0.003 0.430 0.006 0.089 0.419 87 L 0.089 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.235 0.009 0.072 0.574 88 A 0.107 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.008 0.075 0.614 89 D 0.084 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.007 0.144 0.644 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.990 91 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.640 0.340 92 E 0.103 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.628 0.237 93 I 0.064 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.129 94 R 0.029 0.780 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.016 0.141 95 R 0.069 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.007 0.130 96 E 0.084 0.596 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.056 0.015 0.200 97 G 0.091 0.143 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.047 0.045 0.566