# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.042 0.008 0.023 0.025 0.032 0.053 0.003 0.001 0.004 0.730 2 A 0.055 0.037 0.005 0.030 0.034 0.057 0.125 0.003 0.001 0.006 0.648 3 H 0.158 0.037 0.006 0.029 0.033 0.058 0.182 0.005 0.001 0.013 0.479 4 H 0.190 0.050 0.007 0.022 0.021 0.032 0.110 0.004 0.001 0.006 0.557 5 H 0.073 0.027 0.007 0.020 0.021 0.030 0.087 0.002 0.001 0.005 0.728 6 H 0.068 0.020 0.003 0.014 0.021 0.034 0.159 0.002 0.001 0.007 0.672 7 H 0.178 0.027 0.004 0.017 0.030 0.042 0.105 0.004 0.001 0.010 0.583 8 H 0.114 0.044 0.005 0.018 0.034 0.043 0.141 0.003 0.001 0.009 0.589 9 S 0.109 0.027 0.002 0.018 0.047 0.052 0.163 0.004 0.001 0.010 0.568 10 L 0.128 0.025 0.008 0.029 0.037 0.055 0.086 0.003 0.001 0.015 0.615 11 N 0.073 0.019 0.003 0.054 0.132 0.100 0.282 0.004 0.001 0.012 0.322 12 Q 0.156 0.013 0.011 0.054 0.044 0.075 0.109 0.003 0.001 0.020 0.514 13 I 0.034 0.007 0.007 0.267 0.301 0.244 0.067 0.001 0.001 0.005 0.066 14 N 0.011 0.001 0.006 0.276 0.151 0.178 0.095 0.001 0.001 0.004 0.279 15 I 0.001 0.001 0.003 0.415 0.230 0.272 0.011 0.001 0.001 0.001 0.066 16 E 0.001 0.001 0.001 0.577 0.168 0.227 0.015 0.001 0.001 0.001 0.013 17 I 0.001 0.001 0.001 0.560 0.166 0.191 0.013 0.001 0.001 0.001 0.069 18 A 0.001 0.001 0.001 0.738 0.091 0.156 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.501 0.123 0.225 0.030 0.001 0.001 0.001 0.118 20 A 0.004 0.001 0.001 0.548 0.114 0.190 0.030 0.001 0.001 0.003 0.108 21 F 0.004 0.002 0.001 0.135 0.160 0.283 0.127 0.001 0.001 0.003 0.285 22 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.949 23 E 0.009 0.002 0.001 0.023 0.049 0.124 0.239 0.001 0.001 0.008 0.546 24 R 0.448 0.010 0.001 0.010 0.015 0.029 0.057 0.002 0.001 0.020 0.409 25 Y 0.318 0.082 0.003 0.029 0.068 0.047 0.049 0.004 0.001 0.005 0.396 26 Y 0.121 0.048 0.007 0.076 0.133 0.182 0.081 0.002 0.001 0.007 0.342 27 L 0.032 0.026 0.010 0.073 0.129 0.293 0.047 0.002 0.001 0.003 0.386 28 K 0.012 0.011 0.002 0.149 0.307 0.362 0.034 0.001 0.001 0.001 0.122 29 S 0.020 0.006 0.004 0.065 0.118 0.221 0.047 0.001 0.001 0.004 0.515 30 F 0.013 0.003 0.004 0.183 0.316 0.311 0.033 0.001 0.001 0.003 0.134 31 Q 0.006 0.002 0.003 0.144 0.156 0.281 0.071 0.001 0.001 0.003 0.334 32 V 0.005 0.002 0.001 0.182 0.193 0.268 0.068 0.001 0.001 0.003 0.276 33 D 0.006 0.003 0.001 0.110 0.095 0.173 0.100 0.001 0.001 0.003 0.509 34 E 0.011 0.004 0.001 0.031 0.019 0.057 0.125 0.001 0.001 0.005 0.748 35 G 0.125 0.006 0.002 0.027 0.011 0.022 0.192 0.002 0.001 0.027 0.587 36 I 0.359 0.025 0.012 0.023 0.009 0.013 0.210 0.001 0.001 0.018 0.330 37 T 0.011 0.038 0.001 0.012 0.007 0.007 0.207 0.001 0.001 0.001 0.715 38 V 0.006 0.104 0.001 0.007 0.004 0.009 0.035 0.001 0.001 0.001 0.834 39 Q 0.014 0.521 0.001 0.004 0.008 0.037 0.154 0.001 0.001 0.007 0.255 40 T 0.014 0.686 0.001 0.001 0.003 0.015 0.149 0.002 0.001 0.002 0.129 41 A 0.015 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 42 I 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 T 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 44 Q 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 45 S 0.030 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.014 46 G 0.088 0.735 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.104 47 I 0.056 0.637 0.242 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.047 48 L 0.015 0.720 0.008 0.017 0.012 0.017 0.021 0.015 0.001 0.001 0.174 49 S 0.099 0.544 0.004 0.023 0.008 0.015 0.024 0.020 0.001 0.002 0.261 50 Q 0.263 0.371 0.020 0.007 0.004 0.005 0.013 0.023 0.001 0.002 0.291 51 F 0.277 0.257 0.086 0.036 0.021 0.037 0.038 0.019 0.001 0.005 0.225 52 P 0.003 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 53 E 0.040 0.012 0.002 0.049 0.033 0.057 0.062 0.007 0.001 0.003 0.734 54 I 0.562 0.029 0.010 0.026 0.012 0.024 0.043 0.005 0.001 0.009 0.278 55 D 0.158 0.055 0.004 0.051 0.042 0.035 0.140 0.010 0.001 0.003 0.503 56 L 0.032 0.007 0.007 0.046 0.018 0.022 0.035 0.001 0.001 0.003 0.830 57 S 0.024 0.007 0.001 0.035 0.032 0.039 0.531 0.001 0.001 0.007 0.323 58 T 0.171 0.010 0.003 0.020 0.013 0.020 0.218 0.003 0.001 0.043 0.498 59 N 0.209 0.042 0.008 0.077 0.044 0.059 0.286 0.005 0.001 0.036 0.233 60 K 0.160 0.011 0.010 0.066 0.062 0.063 0.283 0.003 0.001 0.042 0.300 61 I 0.042 0.009 0.021 0.191 0.128 0.162 0.075 0.001 0.001 0.007 0.363 62 G 0.010 0.003 0.002 0.257 0.250 0.269 0.059 0.001 0.001 0.002 0.147 63 I 0.011 0.003 0.003 0.207 0.171 0.246 0.039 0.001 0.001 0.002 0.317 64 F 0.002 0.001 0.001 0.257 0.187 0.404 0.030 0.001 0.001 0.001 0.118 65 S 0.009 0.002 0.001 0.244 0.129 0.287 0.059 0.001 0.001 0.004 0.264 66 R 0.015 0.002 0.001 0.189 0.115 0.175 0.055 0.001 0.001 0.004 0.443 67 P 0.004 0.001 0.001 0.034 0.020 0.040 0.031 0.001 0.001 0.002 0.869 68 I 0.028 0.002 0.001 0.103 0.080 0.194 0.111 0.001 0.001 0.010 0.470 69 K 0.055 0.007 0.002 0.042 0.045 0.086 0.099 0.001 0.001 0.006 0.657 70 L 0.027 0.012 0.002 0.027 0.032 0.061 0.047 0.001 0.001 0.003 0.789 71 T 0.038 0.020 0.001 0.027 0.033 0.082 0.161 0.001 0.001 0.007 0.629 72 D 0.122 0.033 0.002 0.009 0.033 0.030 0.141 0.002 0.001 0.008 0.620 73 V 0.138 0.147 0.005 0.011 0.034 0.050 0.151 0.002 0.001 0.009 0.453 74 L 0.083 0.221 0.003 0.027 0.132 0.191 0.136 0.004 0.001 0.010 0.193 75 K 0.084 0.418 0.004 0.015 0.051 0.088 0.081 0.005 0.001 0.006 0.247 76 E 0.106 0.375 0.002 0.004 0.028 0.033 0.044 0.015 0.001 0.003 0.389 77 G 0.465 0.187 0.009 0.007 0.015 0.023 0.051 0.041 0.001 0.022 0.180 78 D 0.372 0.054 0.118 0.009 0.029 0.019 0.122 0.013 0.001 0.022 0.242 79 R 0.032 0.024 0.138 0.044 0.046 0.058 0.162 0.002 0.001 0.006 0.487 80 I 0.025 0.016 0.010 0.127 0.147 0.196 0.093 0.001 0.001 0.003 0.382 81 E 0.017 0.018 0.001 0.266 0.195 0.286 0.090 0.001 0.001 0.003 0.123 82 I 0.010 0.029 0.002 0.117 0.132 0.288 0.048 0.001 0.001 0.002 0.372 83 Y 0.014 0.019 0.002 0.267 0.171 0.418 0.021 0.001 0.001 0.003 0.084 84 R 0.008 0.012 0.001 0.122 0.133 0.351 0.039 0.001 0.001 0.002 0.330 85 P 0.002 0.003 0.001 0.063 0.042 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 0.832 86 L 0.036 0.011 0.002 0.114 0.097 0.219 0.116 0.003 0.001 0.006 0.396 87 L 0.272 0.053 0.003 0.093 0.038 0.096 0.075 0.015 0.001 0.012 0.342 88 A 0.223 0.097 0.016 0.157 0.063 0.096 0.092 0.016 0.001 0.009 0.232 89 D 0.114 0.018 0.008 0.025 0.030 0.036 0.396 0.004 0.001 0.004 0.365 90 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 91 K 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.623 0.001 0.001 0.003 0.360 92 E 0.286 0.009 0.001 0.004 0.004 0.007 0.457 0.001 0.001 0.052 0.181 93 I 0.247 0.535 0.001 0.017 0.005 0.007 0.023 0.002 0.001 0.002 0.162 94 R 0.147 0.633 0.003 0.013 0.007 0.019 0.022 0.002 0.001 0.005 0.150 95 R 0.115 0.547 0.003 0.005 0.006 0.015 0.012 0.007 0.001 0.001 0.290 96 E 0.169 0.502 0.003 0.006 0.010 0.014 0.006 0.041 0.001 0.001 0.249 97 G 0.269 0.314 0.012 0.007 0.015 0.010 0.021 0.058 0.001 0.003 0.290