# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.030 0.047 0.035 0.073 0.091 0.007 0.658 2 A 0.080 0.057 0.057 0.049 0.093 0.139 0.011 0.514 3 H 0.134 0.068 0.036 0.040 0.071 0.125 0.018 0.509 4 H 0.151 0.078 0.038 0.028 0.044 0.082 0.016 0.562 5 H 0.094 0.069 0.032 0.025 0.043 0.102 0.013 0.622 6 H 0.092 0.052 0.023 0.021 0.036 0.113 0.017 0.645 7 H 0.112 0.065 0.023 0.020 0.037 0.084 0.014 0.647 8 H 0.141 0.070 0.028 0.026 0.046 0.132 0.018 0.538 9 S 0.122 0.067 0.019 0.025 0.038 0.188 0.021 0.520 10 L 0.136 0.061 0.030 0.026 0.050 0.081 0.017 0.599 11 N 0.093 0.064 0.027 0.065 0.056 0.170 0.027 0.499 12 Q 0.175 0.023 0.048 0.038 0.062 0.144 0.029 0.481 13 I 0.119 0.039 0.089 0.225 0.195 0.092 0.010 0.231 14 N 0.021 0.006 0.158 0.259 0.307 0.059 0.007 0.183 15 I 0.011 0.005 0.139 0.254 0.315 0.030 0.003 0.243 16 E 0.003 0.001 0.430 0.266 0.256 0.009 0.001 0.034 17 I 0.003 0.002 0.124 0.205 0.304 0.032 0.001 0.329 18 A 0.002 0.002 0.556 0.142 0.268 0.007 0.001 0.021 19 Y 0.008 0.008 0.230 0.219 0.270 0.048 0.004 0.214 20 A 0.017 0.011 0.242 0.120 0.312 0.030 0.017 0.253 21 F 0.036 0.006 0.084 0.107 0.184 0.138 0.007 0.438 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.007 0.002 0.007 0.029 0.089 0.270 0.005 0.590 24 R 0.550 0.007 0.006 0.009 0.011 0.119 0.016 0.282 25 Y 0.341 0.091 0.025 0.087 0.069 0.099 0.011 0.277 26 Y 0.138 0.066 0.063 0.173 0.239 0.089 0.011 0.222 27 L 0.047 0.056 0.081 0.225 0.352 0.051 0.007 0.181 28 K 0.015 0.039 0.050 0.394 0.434 0.017 0.006 0.045 29 S 0.011 0.022 0.048 0.202 0.309 0.023 0.005 0.379 30 F 0.012 0.009 0.102 0.381 0.409 0.015 0.005 0.068 31 Q 0.018 0.007 0.063 0.259 0.274 0.039 0.005 0.335 32 V 0.012 0.005 0.141 0.176 0.321 0.029 0.005 0.310 33 D 0.006 0.008 0.042 0.059 0.116 0.078 0.002 0.689 34 E 0.011 0.006 0.019 0.016 0.035 0.085 0.005 0.822 35 G 0.148 0.021 0.018 0.013 0.016 0.150 0.022 0.611 36 I 0.547 0.019 0.046 0.019 0.018 0.136 0.014 0.200 37 T 0.021 0.065 0.030 0.036 0.033 0.152 0.003 0.660 38 V 0.019 0.213 0.032 0.033 0.151 0.069 0.004 0.480 39 Q 0.015 0.363 0.018 0.015 0.048 0.183 0.004 0.354 40 T 0.025 0.516 0.003 0.004 0.007 0.200 0.005 0.241 41 A 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 42 I 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 43 T 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 Q 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 45 S 0.025 0.945 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 46 G 0.140 0.679 0.020 0.005 0.004 0.010 0.058 0.084 47 I 0.091 0.706 0.058 0.007 0.009 0.038 0.014 0.076 48 L 0.072 0.633 0.031 0.009 0.020 0.056 0.020 0.160 49 S 0.135 0.572 0.018 0.007 0.008 0.036 0.029 0.195 50 Q 0.183 0.357 0.052 0.007 0.009 0.044 0.106 0.242 51 F 0.275 0.261 0.055 0.029 0.030 0.033 0.027 0.290 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 53 E 0.015 0.014 0.019 0.032 0.073 0.094 0.006 0.747 54 I 0.475 0.036 0.073 0.023 0.034 0.053 0.012 0.294 55 D 0.082 0.095 0.043 0.079 0.076 0.116 0.008 0.502 56 L 0.096 0.054 0.083 0.041 0.080 0.056 0.007 0.583 57 S 0.059 0.036 0.026 0.026 0.048 0.492 0.011 0.302 58 T 0.301 0.041 0.019 0.019 0.029 0.217 0.036 0.338 59 N 0.215 0.171 0.069 0.053 0.040 0.154 0.038 0.260 60 K 0.101 0.045 0.188 0.067 0.088 0.136 0.035 0.341 61 I 0.031 0.032 0.199 0.142 0.163 0.054 0.008 0.372 62 G 0.025 0.013 0.245 0.197 0.307 0.052 0.012 0.150 63 I 0.023 0.008 0.246 0.144 0.177 0.041 0.004 0.357 64 F 0.010 0.005 0.377 0.164 0.295 0.040 0.006 0.104 65 S 0.028 0.007 0.121 0.076 0.170 0.094 0.011 0.495 66 R 0.029 0.002 0.406 0.183 0.149 0.043 0.007 0.180 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.010 0.001 0.218 0.103 0.291 0.077 0.004 0.296 69 K 0.018 0.002 0.029 0.042 0.041 0.093 0.002 0.772 70 L 0.044 0.006 0.051 0.035 0.167 0.082 0.005 0.609 71 T 0.059 0.009 0.039 0.025 0.047 0.290 0.004 0.526 72 D 0.147 0.022 0.033 0.046 0.044 0.209 0.017 0.483 73 V 0.113 0.055 0.037 0.041 0.063 0.102 0.011 0.579 74 L 0.095 0.093 0.101 0.126 0.242 0.087 0.016 0.241 75 K 0.049 0.132 0.045 0.133 0.191 0.158 0.017 0.275 76 E 0.047 0.100 0.036 0.056 0.109 0.057 0.031 0.564 77 G 0.112 0.057 0.033 0.056 0.043 0.059 0.150 0.490 78 D 0.658 0.003 0.021 0.022 0.016 0.076 0.069 0.135 79 R 0.069 0.002 0.139 0.118 0.119 0.162 0.009 0.382 80 I 0.022 0.002 0.038 0.283 0.514 0.058 0.002 0.080 81 E 0.017 0.001 0.110 0.332 0.444 0.024 0.001 0.071 82 I 0.002 0.001 0.051 0.376 0.428 0.015 0.001 0.126 83 Y 0.002 0.002 0.114 0.250 0.569 0.006 0.001 0.055 84 R 0.003 0.002 0.077 0.414 0.404 0.016 0.001 0.083 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.013 0.003 0.085 0.136 0.475 0.148 0.004 0.137 87 L 0.368 0.013 0.040 0.057 0.077 0.092 0.009 0.345 88 A 0.161 0.036 0.097 0.134 0.203 0.050 0.021 0.299 89 D 0.156 0.031 0.034 0.127 0.132 0.119 0.005 0.396 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 K 0.003 0.002 0.002 0.006 0.022 0.877 0.001 0.088 92 E 0.342 0.021 0.002 0.003 0.005 0.534 0.006 0.088 93 I 0.057 0.847 0.003 0.007 0.009 0.010 0.001 0.065 94 R 0.018 0.797 0.016 0.020 0.032 0.025 0.004 0.087 95 R 0.082 0.631 0.016 0.024 0.034 0.030 0.022 0.162 96 E 0.087 0.712 0.012 0.023 0.037 0.012 0.030 0.088 97 G 0.217 0.308 0.021 0.034 0.035 0.018 0.116 0.251