# TARGET T0363 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 105 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.296 0.068 0.034 0.020 0.109 0.057 0.416 2 A 0.351 0.046 0.027 0.017 0.092 0.052 0.413 3 H 0.324 0.076 0.036 0.018 0.104 0.098 0.343 4 H 0.207 0.041 0.073 0.029 0.147 0.117 0.385 5 H 0.125 0.028 0.168 0.036 0.153 0.255 0.235 6 H 0.106 0.020 0.125 0.028 0.190 0.195 0.336 7 H 0.078 0.032 0.091 0.026 0.173 0.150 0.450 8 H 0.045 0.022 0.049 0.033 0.299 0.186 0.367 9 S 0.043 0.034 0.070 0.031 0.237 0.234 0.351 10 L 0.022 0.010 0.176 0.024 0.189 0.407 0.172 11 N 0.019 0.012 0.123 0.009 0.186 0.564 0.088 12 Q 0.213 0.015 0.031 0.003 0.138 0.141 0.460 13 I 0.569 0.006 0.001 0.001 0.021 0.002 0.401 14 N 0.939 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.041 15 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 18 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 19 Y 0.959 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.030 20 A 0.769 0.003 0.001 0.001 0.034 0.003 0.189 21 F 0.231 0.011 0.002 0.001 0.060 0.006 0.690 22 P 0.032 0.001 0.190 0.010 0.133 0.575 0.058 23 E 0.023 0.004 0.238 0.005 0.161 0.538 0.031 24 R 0.195 0.014 0.223 0.009 0.145 0.137 0.276 25 Y 0.583 0.003 0.004 0.002 0.039 0.017 0.351 26 Y 0.887 0.002 0.002 0.001 0.066 0.004 0.039 27 L 0.985 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 28 K 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 29 S 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 F 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 31 Q 0.907 0.003 0.001 0.001 0.018 0.002 0.070 32 V 0.622 0.035 0.001 0.002 0.033 0.002 0.305 33 D 0.088 0.009 0.008 0.001 0.064 0.017 0.813 34 E 0.004 0.001 0.010 0.003 0.059 0.913 0.011 35 G 0.005 0.001 0.007 0.002 0.048 0.920 0.019 36 I 0.137 0.037 0.003 0.009 0.141 0.013 0.660 37 T 0.231 0.286 0.001 0.017 0.026 0.002 0.438 38 V 0.005 0.001 0.007 0.958 0.009 0.007 0.014 39 Q 0.002 0.001 0.003 0.982 0.003 0.005 0.005 40 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 0.002 41 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 0.002 42 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 43 T 0.001 0.001 0.004 0.947 0.002 0.044 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.008 0.787 0.009 0.187 0.008 45 S 0.001 0.003 0.022 0.383 0.031 0.519 0.042 46 G 0.001 0.008 0.043 0.091 0.065 0.611 0.181 47 I 0.004 0.014 0.147 0.122 0.116 0.073 0.525 48 L 0.008 0.011 0.429 0.147 0.082 0.047 0.276 49 S 0.013 0.003 0.282 0.258 0.066 0.234 0.145 50 Q 0.008 0.008 0.156 0.414 0.067 0.221 0.126 51 F 0.010 0.011 0.047 0.079 0.350 0.044 0.459 52 P 0.003 0.001 0.108 0.043 0.053 0.726 0.065 53 E 0.009 0.003 0.159 0.032 0.045 0.655 0.096 54 I 0.051 0.039 0.061 0.028 0.169 0.056 0.597 55 D 0.084 0.052 0.010 0.012 0.057 0.020 0.764 56 L 0.008 0.002 0.605 0.190 0.022 0.143 0.030 57 S 0.004 0.001 0.594 0.069 0.042 0.272 0.018 58 T 0.006 0.002 0.428 0.060 0.047 0.433 0.023 59 N 0.045 0.006 0.026 0.027 0.355 0.115 0.426 60 K 0.159 0.013 0.012 0.012 0.408 0.114 0.283 61 I 0.717 0.099 0.008 0.009 0.018 0.028 0.121 62 G 0.821 0.006 0.010 0.010 0.015 0.037 0.100 63 I 0.841 0.006 0.012 0.008 0.028 0.065 0.041 64 F 0.680 0.010 0.019 0.011 0.046 0.114 0.120 65 S 0.356 0.008 0.035 0.019 0.127 0.117 0.338 66 R 0.396 0.019 0.035 0.028 0.158 0.067 0.297 67 P 0.522 0.049 0.027 0.015 0.084 0.051 0.253 68 I 0.367 0.052 0.016 0.013 0.116 0.014 0.421 69 K 0.256 0.048 0.010 0.012 0.043 0.021 0.609 70 L 0.052 0.007 0.184 0.069 0.074 0.329 0.285 71 T 0.053 0.008 0.260 0.039 0.142 0.252 0.246 72 D 0.085 0.006 0.175 0.031 0.255 0.077 0.372 73 V 0.204 0.031 0.080 0.054 0.062 0.083 0.486 74 L 0.031 0.010 0.012 0.012 0.028 0.014 0.893 75 K 0.043 0.008 0.035 0.011 0.029 0.060 0.814 76 E 0.005 0.002 0.052 0.007 0.101 0.808 0.024 77 G 0.004 0.001 0.034 0.001 0.045 0.900 0.015 78 D 0.091 0.011 0.015 0.002 0.115 0.046 0.720 79 R 0.693 0.026 0.001 0.001 0.024 0.003 0.253 80 I 0.887 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.099 81 E 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 82 I 0.947 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 83 Y 0.875 0.004 0.002 0.001 0.016 0.004 0.099 84 R 0.473 0.010 0.034 0.010 0.097 0.020 0.357 85 P 0.247 0.010 0.108 0.015 0.180 0.054 0.386 86 L 0.277 0.008 0.174 0.022 0.122 0.106 0.292 87 L 0.218 0.059 0.112 0.023 0.214 0.130 0.244 88 A 0.159 0.107 0.011 0.023 0.237 0.028 0.435 89 D 0.030 0.006 0.003 0.011 0.079 0.013 0.859 90 P 0.010 0.004 0.076 0.490 0.070 0.177 0.173 91 K 0.007 0.004 0.114 0.619 0.057 0.142 0.058 92 E 0.007 0.002 0.130 0.730 0.038 0.050 0.042 93 I 0.014 0.005 0.098 0.720 0.032 0.043 0.088 94 R 0.021 0.012 0.080 0.706 0.032 0.094 0.056 95 R 0.020 0.004 0.040 0.661 0.055 0.152 0.067 96 E 0.022 0.011 0.018 0.420 0.069 0.266 0.194 97 G 0.003 0.002 0.002 0.022 0.013 0.022 0.936