# TARGET T0363 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 105 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.134 0.060 0.058 0.225 0.040 0.039 0.143 0.085 0.063 0.045 2 A 0.174 0.118 0.042 0.015 0.301 0.011 0.024 0.124 0.062 0.069 0.061 3 H 0.092 0.184 0.087 0.039 0.225 0.046 0.051 0.111 0.056 0.066 0.043 4 H 0.168 0.153 0.095 0.046 0.227 0.014 0.014 0.088 0.052 0.060 0.083 5 H 0.043 0.077 0.040 0.019 0.088 0.016 0.040 0.323 0.226 0.104 0.023 6 H 0.052 0.070 0.029 0.016 0.084 0.024 0.045 0.202 0.173 0.255 0.051 7 H 0.151 0.133 0.021 0.007 0.307 0.009 0.020 0.131 0.076 0.095 0.049 8 H 0.042 0.042 0.014 0.010 0.041 0.018 0.067 0.318 0.257 0.143 0.050 9 S 0.089 0.067 0.029 0.020 0.095 0.023 0.058 0.227 0.164 0.178 0.050 10 L 0.044 0.099 0.027 0.037 0.094 0.054 0.082 0.246 0.219 0.080 0.018 11 N 0.034 0.055 0.063 0.061 0.054 0.034 0.083 0.175 0.187 0.213 0.040 12 Q 0.233 0.123 0.023 0.005 0.277 0.006 0.011 0.037 0.063 0.130 0.092 13 I 0.177 0.133 0.008 0.001 0.655 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.016 14 N 0.413 0.025 0.003 0.003 0.486 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.045 15 I 0.247 0.090 0.004 0.002 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 16 E 0.106 0.113 0.006 0.001 0.766 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 I 0.544 0.008 0.001 0.001 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 18 A 0.168 0.060 0.009 0.069 0.305 0.236 0.073 0.008 0.002 0.011 0.060 19 Y 0.197 0.163 0.049 0.003 0.507 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.069 20 A 0.240 0.174 0.061 0.011 0.324 0.008 0.006 0.013 0.011 0.062 0.091 21 F 0.032 0.387 0.358 0.046 0.150 0.006 0.005 0.005 0.002 0.004 0.006 22 P 0.029 0.128 0.077 0.060 0.063 0.078 0.103 0.282 0.148 0.023 0.009 23 E 0.030 0.052 0.053 0.029 0.052 0.039 0.184 0.218 0.157 0.161 0.025 24 R 0.135 0.169 0.037 0.009 0.246 0.015 0.033 0.066 0.066 0.144 0.080 25 Y 0.245 0.160 0.026 0.007 0.413 0.007 0.015 0.021 0.013 0.038 0.056 26 Y 0.103 0.265 0.052 0.010 0.497 0.011 0.025 0.012 0.004 0.012 0.010 27 L 0.602 0.013 0.001 0.001 0.345 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 28 K 0.061 0.234 0.016 0.033 0.534 0.093 0.016 0.005 0.001 0.002 0.006 29 S 0.579 0.012 0.001 0.001 0.349 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 30 F 0.190 0.152 0.007 0.002 0.624 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 31 Q 0.397 0.053 0.008 0.001 0.324 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.190 32 V 0.012 0.369 0.505 0.023 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 33 D 0.016 0.380 0.346 0.163 0.043 0.020 0.005 0.008 0.007 0.006 0.005 34 E 0.002 0.006 0.004 0.009 0.007 0.154 0.553 0.157 0.102 0.006 0.001 35 G 0.017 0.006 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.021 0.790 0.151 36 I 0.026 0.589 0.108 0.003 0.251 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.005 37 T 0.017 0.606 0.287 0.003 0.035 0.001 0.001 0.028 0.008 0.006 0.008 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.235 0.014 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.075 0.001 0.001 40 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.926 0.059 0.005 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.063 0.004 0.001 42 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.913 0.074 0.005 0.001 43 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.913 0.055 0.002 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.723 0.161 0.082 0.001 45 S 0.002 0.815 0.118 0.002 0.043 0.001 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 46 G 0.101 0.032 0.020 0.014 0.037 0.002 0.006 0.114 0.062 0.305 0.306 47 I 0.023 0.039 0.019 0.004 0.038 0.009 0.030 0.490 0.238 0.088 0.022 48 L 0.016 0.013 0.002 0.005 0.026 0.006 0.018 0.452 0.412 0.036 0.016 49 S 0.007 0.030 0.010 0.009 0.019 0.012 0.116 0.479 0.280 0.035 0.003 50 Q 0.014 0.016 0.008 0.005 0.026 0.021 0.219 0.298 0.166 0.213 0.014 51 F 0.193 0.082 0.027 0.006 0.271 0.004 0.015 0.110 0.089 0.094 0.108 52 P 0.017 0.080 0.036 0.025 0.065 0.062 0.138 0.252 0.242 0.069 0.013 53 E 0.120 0.069 0.029 0.003 0.171 0.002 0.021 0.095 0.099 0.329 0.061 54 I 0.107 0.375 0.079 0.004 0.285 0.005 0.009 0.020 0.019 0.056 0.042 55 D 0.165 0.114 0.024 0.005 0.578 0.002 0.006 0.036 0.023 0.013 0.036 56 L 0.013 0.015 0.008 0.005 0.021 0.004 0.009 0.287 0.579 0.051 0.008 57 S 0.003 0.010 0.005 0.004 0.009 0.021 0.222 0.492 0.195 0.038 0.002 58 T 0.109 0.064 0.007 0.005 0.095 0.020 0.095 0.166 0.167 0.221 0.050 59 N 0.131 0.144 0.066 0.052 0.195 0.011 0.014 0.041 0.042 0.143 0.161 60 K 0.121 0.053 0.027 0.040 0.152 0.065 0.115 0.163 0.085 0.105 0.074 61 I 0.125 0.269 0.067 0.033 0.303 0.010 0.021 0.031 0.023 0.076 0.043 62 G 0.113 0.194 0.129 0.113 0.274 0.026 0.025 0.035 0.016 0.034 0.040 63 I 0.279 0.077 0.038 0.023 0.234 0.026 0.027 0.095 0.051 0.071 0.079 64 F 0.085 0.112 0.071 0.099 0.139 0.051 0.079 0.100 0.062 0.125 0.077 65 S 0.067 0.167 0.145 0.098 0.134 0.032 0.021 0.044 0.046 0.173 0.074 66 R 0.045 0.382 0.238 0.013 0.206 0.004 0.009 0.037 0.031 0.024 0.013 67 P 0.254 0.197 0.076 0.005 0.285 0.005 0.018 0.033 0.025 0.046 0.056 68 I 0.033 0.488 0.224 0.022 0.177 0.007 0.013 0.016 0.006 0.008 0.007 69 K 0.032 0.470 0.296 0.027 0.115 0.009 0.006 0.018 0.008 0.011 0.008 70 L 0.088 0.074 0.035 0.024 0.157 0.037 0.065 0.293 0.139 0.055 0.033 71 T 0.029 0.017 0.012 0.026 0.026 0.033 0.083 0.214 0.148 0.354 0.059 72 D 0.028 0.387 0.308 0.017 0.122 0.004 0.010 0.042 0.026 0.048 0.010 73 V 0.121 0.385 0.089 0.001 0.333 0.001 0.004 0.035 0.008 0.006 0.015 74 L 0.134 0.273 0.068 0.014 0.254 0.032 0.043 0.058 0.023 0.036 0.063 75 K 0.007 0.149 0.657 0.140 0.017 0.012 0.003 0.007 0.003 0.002 0.002 76 E 0.003 0.015 0.015 0.053 0.005 0.109 0.317 0.326 0.144 0.010 0.003 77 G 0.018 0.035 0.017 0.027 0.018 0.007 0.008 0.030 0.071 0.647 0.121 78 D 0.039 0.173 0.054 0.044 0.151 0.027 0.046 0.034 0.031 0.360 0.042 79 R 0.226 0.154 0.038 0.006 0.505 0.002 0.005 0.010 0.006 0.015 0.032 80 I 0.220 0.190 0.026 0.004 0.517 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.035 81 E 0.157 0.170 0.013 0.001 0.618 0.002 0.002 0.004 0.002 0.005 0.026 82 I 0.408 0.062 0.009 0.003 0.396 0.006 0.014 0.012 0.007 0.012 0.072 83 Y 0.261 0.121 0.026 0.034 0.395 0.022 0.014 0.010 0.010 0.027 0.080 84 R 0.065 0.357 0.143 0.010 0.367 0.006 0.010 0.010 0.009 0.007 0.015 85 P 0.305 0.115 0.032 0.003 0.380 0.004 0.010 0.040 0.039 0.014 0.058 86 L 0.072 0.054 0.015 0.037 0.129 0.088 0.173 0.094 0.119 0.167 0.052 87 L 0.209 0.155 0.063 0.007 0.378 0.004 0.021 0.034 0.028 0.053 0.046 88 A 0.034 0.462 0.148 0.022 0.210 0.019 0.014 0.016 0.010 0.043 0.022 89 D 0.219 0.073 0.010 0.001 0.667 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.017 90 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.404 0.556 0.026 0.001 91 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.064 0.722 0.165 0.036 0.001 92 E 0.006 0.017 0.003 0.001 0.012 0.003 0.019 0.695 0.174 0.063 0.005 93 I 0.012 0.022 0.009 0.004 0.027 0.007 0.042 0.649 0.158 0.057 0.014 94 R 0.041 0.059 0.043 0.012 0.071 0.011 0.046 0.413 0.182 0.097 0.027 95 R 0.031 0.063 0.034 0.014 0.049 0.025 0.198 0.411 0.098 0.065 0.012 96 E 0.032 0.330 0.122 0.039 0.110 0.028 0.089 0.130 0.047 0.055 0.017 97 G 0.058 0.074 0.127 0.138 0.063 0.054 0.037 0.089 0.048 0.201 0.110