# TARGET T0363 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 105 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.649 0.228 0.084 0.030 0.008 0.001 0.001 2 A 0.557 0.192 0.125 0.086 0.032 0.007 0.001 3 H 0.508 0.254 0.127 0.068 0.032 0.010 0.002 4 H 0.463 0.293 0.151 0.063 0.023 0.007 0.001 5 H 0.355 0.333 0.188 0.091 0.026 0.006 0.001 6 H 0.440 0.302 0.147 0.076 0.028 0.006 0.001 7 H 0.473 0.317 0.140 0.058 0.011 0.001 0.001 8 H 0.447 0.339 0.143 0.061 0.009 0.001 0.001 9 S 0.682 0.252 0.052 0.013 0.001 0.001 0.001 10 L 0.636 0.271 0.067 0.023 0.003 0.001 0.001 11 N 0.538 0.342 0.089 0.027 0.004 0.001 0.001 12 Q 0.137 0.446 0.276 0.116 0.022 0.002 0.001 13 I 0.006 0.033 0.083 0.254 0.415 0.197 0.011 14 N 0.002 0.041 0.201 0.411 0.252 0.084 0.009 15 I 0.001 0.001 0.005 0.028 0.167 0.575 0.224 16 E 0.002 0.018 0.066 0.174 0.317 0.333 0.091 17 I 0.001 0.002 0.008 0.027 0.098 0.493 0.371 18 A 0.002 0.008 0.019 0.056 0.142 0.458 0.316 19 Y 0.007 0.023 0.049 0.106 0.184 0.397 0.235 20 A 0.016 0.028 0.039 0.121 0.274 0.413 0.109 21 F 0.039 0.141 0.232 0.244 0.222 0.104 0.017 22 P 0.172 0.249 0.219 0.220 0.100 0.035 0.005 23 E 0.309 0.376 0.172 0.092 0.037 0.012 0.002 24 R 0.219 0.274 0.235 0.174 0.077 0.019 0.002 25 Y 0.141 0.272 0.249 0.198 0.104 0.033 0.003 26 Y 0.098 0.235 0.276 0.231 0.121 0.036 0.002 27 L 0.039 0.067 0.135 0.270 0.325 0.153 0.011 28 K 0.128 0.288 0.263 0.204 0.089 0.026 0.002 29 S 0.173 0.378 0.272 0.124 0.041 0.011 0.001 30 F 0.008 0.029 0.098 0.313 0.395 0.147 0.011 31 Q 0.116 0.351 0.281 0.169 0.067 0.014 0.001 32 V 0.030 0.075 0.165 0.351 0.298 0.076 0.005 33 D 0.193 0.406 0.235 0.120 0.035 0.009 0.001 34 E 0.078 0.247 0.262 0.225 0.138 0.045 0.006 35 G 0.045 0.151 0.188 0.219 0.234 0.143 0.020 36 I 0.030 0.090 0.137 0.236 0.284 0.194 0.028 37 T 0.011 0.077 0.194 0.316 0.243 0.118 0.043 38 V 0.005 0.017 0.029 0.077 0.206 0.449 0.218 39 Q 0.009 0.056 0.112 0.252 0.308 0.221 0.043 40 T 0.017 0.121 0.202 0.286 0.235 0.113 0.025 41 A 0.005 0.014 0.028 0.091 0.258 0.442 0.162 42 I 0.005 0.018 0.047 0.128 0.203 0.399 0.200 43 T 0.041 0.231 0.261 0.263 0.111 0.064 0.029 44 Q 0.028 0.086 0.149 0.245 0.286 0.170 0.037 45 S 0.007 0.024 0.051 0.117 0.292 0.406 0.103 46 G 0.018 0.099 0.203 0.261 0.228 0.149 0.043 47 I 0.018 0.033 0.076 0.180 0.289 0.327 0.076 48 L 0.026 0.078 0.142 0.271 0.308 0.153 0.022 49 S 0.090 0.186 0.217 0.203 0.177 0.104 0.022 50 Q 0.072 0.170 0.242 0.257 0.159 0.086 0.015 51 F 0.031 0.070 0.129 0.280 0.315 0.153 0.021 52 P 0.250 0.275 0.182 0.142 0.094 0.044 0.012 53 E 0.268 0.301 0.213 0.125 0.059 0.028 0.005 54 I 0.170 0.159 0.161 0.233 0.181 0.086 0.009 55 D 0.176 0.234 0.215 0.206 0.124 0.042 0.003 56 L 0.277 0.180 0.176 0.199 0.131 0.035 0.002 57 S 0.472 0.318 0.138 0.057 0.013 0.003 0.001 58 T 0.484 0.354 0.118 0.034 0.009 0.002 0.001 59 N 0.034 0.112 0.210 0.350 0.234 0.057 0.003 60 K 0.043 0.171 0.233 0.281 0.190 0.075 0.006 61 I 0.013 0.018 0.041 0.110 0.242 0.433 0.144 62 G 0.015 0.023 0.046 0.115 0.223 0.437 0.140 63 I 0.009 0.013 0.030 0.081 0.191 0.414 0.262 64 F 0.012 0.021 0.041 0.090 0.191 0.394 0.250 65 S 0.026 0.063 0.111 0.198 0.275 0.260 0.067 66 R 0.054 0.158 0.218 0.250 0.192 0.107 0.023 67 P 0.085 0.171 0.230 0.251 0.182 0.076 0.006 68 I 0.130 0.192 0.221 0.253 0.160 0.043 0.002 69 K 0.476 0.347 0.122 0.043 0.010 0.002 0.001 70 L 0.385 0.243 0.176 0.138 0.050 0.008 0.001 71 T 0.599 0.280 0.086 0.028 0.006 0.001 0.001 72 D 0.573 0.275 0.099 0.042 0.010 0.001 0.001 73 V 0.477 0.316 0.133 0.057 0.015 0.002 0.001 74 L 0.090 0.098 0.180 0.330 0.250 0.050 0.002 75 K 0.420 0.374 0.147 0.048 0.009 0.001 0.001 76 E 0.458 0.321 0.138 0.063 0.017 0.003 0.001 77 G 0.208 0.301 0.226 0.166 0.075 0.022 0.002 78 D 0.087 0.153 0.190 0.251 0.224 0.087 0.008 79 R 0.057 0.118 0.168 0.216 0.239 0.172 0.031 80 I 0.078 0.069 0.078 0.144 0.231 0.314 0.087 81 E 0.050 0.080 0.122 0.196 0.247 0.227 0.077 82 I 0.055 0.049 0.058 0.100 0.181 0.367 0.190 83 Y 0.104 0.106 0.121 0.199 0.226 0.168 0.075 84 R 0.158 0.128 0.122 0.154 0.172 0.170 0.096 85 P 0.259 0.158 0.135 0.145 0.124 0.115 0.063 86 L 0.335 0.169 0.111 0.124 0.110 0.104 0.046 87 L 0.395 0.179 0.126 0.115 0.084 0.069 0.031 88 A 0.583 0.181 0.094 0.065 0.047 0.025 0.005 89 D 0.473 0.210 0.134 0.096 0.051 0.028 0.007 90 P 0.374 0.146 0.135 0.149 0.109 0.070 0.016 91 K 0.591 0.210 0.096 0.059 0.032 0.010 0.002 92 E 0.618 0.222 0.101 0.042 0.013 0.003 0.001 93 I 0.557 0.194 0.120 0.085 0.034 0.009 0.001 94 R 0.518 0.230 0.118 0.082 0.042 0.009 0.001 95 R 0.699 0.180 0.080 0.032 0.008 0.001 0.001 96 E 0.826 0.132 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 97 G 0.803 0.130 0.039 0.020 0.007 0.002 0.001