# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.003 0.014 0.268 0.108 0.582 2 A 0.052 0.011 0.021 0.267 0.140 0.509 3 H 0.058 0.011 0.030 0.202 0.196 0.502 4 H 0.064 0.012 0.046 0.150 0.266 0.462 5 H 0.100 0.012 0.055 0.112 0.298 0.423 6 H 0.140 0.013 0.057 0.103 0.292 0.396 7 H 0.157 0.018 0.072 0.095 0.301 0.356 8 H 0.165 0.017 0.074 0.071 0.303 0.370 9 S 0.158 0.021 0.098 0.048 0.268 0.407 10 L 0.144 0.007 0.182 0.030 0.348 0.290 11 N 0.258 0.005 0.126 0.017 0.303 0.291 12 Q 0.574 0.006 0.037 0.008 0.146 0.229 13 I 0.872 0.004 0.001 0.002 0.030 0.091 14 N 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 15 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 16 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 17 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 18 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 19 Y 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 20 A 0.747 0.005 0.001 0.002 0.044 0.200 21 F 0.304 0.007 0.005 0.002 0.479 0.204 22 P 0.041 0.002 0.080 0.009 0.785 0.082 23 E 0.026 0.001 0.113 0.014 0.788 0.057 24 R 0.229 0.017 0.109 0.015 0.591 0.040 25 Y 0.591 0.012 0.016 0.013 0.166 0.202 26 Y 0.853 0.007 0.005 0.008 0.049 0.078 27 L 0.938 0.001 0.002 0.005 0.020 0.035 28 K 0.965 0.001 0.001 0.005 0.010 0.020 29 S 0.974 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 30 F 0.938 0.002 0.001 0.004 0.011 0.045 31 Q 0.906 0.004 0.001 0.002 0.020 0.067 32 V 0.552 0.018 0.003 0.003 0.086 0.338 33 D 0.138 0.012 0.007 0.003 0.761 0.079 34 E 0.019 0.002 0.013 0.007 0.905 0.055 35 G 0.009 0.001 0.010 0.010 0.879 0.091 36 I 0.223 0.092 0.004 0.030 0.542 0.109 37 T 0.123 0.117 0.001 0.074 0.032 0.653 38 V 0.006 0.001 0.005 0.980 0.003 0.004 39 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 40 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.001 42 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 43 T 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 44 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 45 S 0.001 0.001 0.003 0.966 0.011 0.019 46 G 0.002 0.001 0.009 0.106 0.107 0.775 47 I 0.018 0.030 0.127 0.142 0.205 0.477 48 L 0.031 0.006 0.463 0.157 0.250 0.093 49 S 0.045 0.009 0.337 0.244 0.250 0.115 50 Q 0.083 0.025 0.201 0.328 0.179 0.184 51 F 0.072 0.017 0.050 0.060 0.597 0.203 52 P 0.063 0.005 0.124 0.048 0.557 0.203 53 E 0.084 0.015 0.238 0.054 0.480 0.130 54 I 0.214 0.078 0.129 0.054 0.358 0.168 55 D 0.176 0.038 0.035 0.030 0.366 0.354 56 L 0.049 0.007 0.280 0.075 0.507 0.082 57 S 0.054 0.002 0.215 0.042 0.614 0.073 58 T 0.061 0.003 0.175 0.023 0.663 0.076 59 N 0.176 0.015 0.026 0.010 0.457 0.317 60 K 0.562 0.025 0.006 0.005 0.112 0.290 61 I 0.846 0.013 0.004 0.005 0.040 0.093 62 G 0.913 0.007 0.003 0.003 0.023 0.051 63 I 0.885 0.008 0.005 0.003 0.044 0.056 64 F 0.674 0.010 0.008 0.005 0.138 0.165 65 S 0.315 0.009 0.014 0.006 0.340 0.316 66 R 0.390 0.012 0.010 0.004 0.268 0.316 67 P 0.391 0.026 0.011 0.007 0.150 0.415 68 I 0.366 0.054 0.014 0.011 0.117 0.438 69 K 0.317 0.036 0.014 0.014 0.244 0.374 70 L 0.069 0.009 0.209 0.266 0.280 0.167 71 T 0.045 0.003 0.230 0.319 0.310 0.093 72 D 0.085 0.008 0.251 0.227 0.367 0.062 73 V 0.134 0.039 0.153 0.254 0.214 0.206 74 L 0.135 0.090 0.075 0.244 0.203 0.252 75 K 0.054 0.011 0.058 0.133 0.655 0.089 76 E 0.029 0.011 0.036 0.072 0.746 0.107 77 G 0.009 0.001 0.017 0.019 0.858 0.096 78 D 0.068 0.005 0.011 0.004 0.771 0.140 79 R 0.691 0.017 0.002 0.005 0.061 0.224 80 I 0.958 0.006 0.002 0.003 0.008 0.024 81 E 0.979 0.002 0.002 0.004 0.004 0.009 82 I 0.947 0.003 0.003 0.009 0.012 0.025 83 Y 0.806 0.004 0.005 0.013 0.060 0.112 84 R 0.487 0.007 0.017 0.031 0.195 0.263 85 P 0.232 0.012 0.077 0.042 0.347 0.289 86 L 0.193 0.022 0.163 0.105 0.354 0.163 87 L 0.228 0.045 0.066 0.074 0.305 0.280 88 A 0.193 0.047 0.033 0.135 0.217 0.375 89 D 0.058 0.024 0.006 0.100 0.205 0.606 90 P 0.006 0.002 0.021 0.800 0.096 0.075 91 K 0.003 0.001 0.049 0.879 0.050 0.017 92 E 0.002 0.001 0.048 0.914 0.029 0.007 93 I 0.002 0.001 0.043 0.917 0.026 0.011 94 R 0.002 0.003 0.020 0.920 0.024 0.032 95 R 0.003 0.003 0.010 0.817 0.046 0.121 96 E 0.001 0.002 0.004 0.279 0.060 0.654 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.987