# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.118 0.197 0.079 0.007 0.060 0.125 0.203 0.006 0.004 0.005 0.011 0.008 0.010 0.003 0.021 0.020 0.012 0.027 0.014 0.024 0.021 2 A 0.022 0.115 0.212 0.113 0.005 0.055 0.108 0.184 0.006 0.003 0.005 0.011 0.009 0.009 0.005 0.019 0.020 0.008 0.025 0.011 0.018 0.035 3 H 0.023 0.142 0.197 0.099 0.006 0.052 0.124 0.149 0.006 0.005 0.007 0.013 0.008 0.010 0.005 0.021 0.021 0.016 0.025 0.016 0.030 0.027 4 H 0.033 0.111 0.200 0.107 0.010 0.064 0.117 0.145 0.008 0.004 0.006 0.015 0.011 0.010 0.006 0.024 0.022 0.009 0.031 0.014 0.023 0.029 5 H 0.028 0.121 0.197 0.093 0.007 0.053 0.115 0.141 0.009 0.005 0.010 0.013 0.010 0.012 0.008 0.022 0.034 0.014 0.028 0.018 0.023 0.037 6 H 0.024 0.129 0.159 0.096 0.008 0.043 0.104 0.150 0.009 0.004 0.007 0.018 0.012 0.012 0.006 0.029 0.039 0.028 0.030 0.022 0.027 0.043 7 H 0.024 0.151 0.164 0.093 0.006 0.061 0.086 0.082 0.010 0.005 0.008 0.015 0.012 0.010 0.009 0.033 0.032 0.043 0.029 0.019 0.030 0.079 8 H 0.014 0.107 0.211 0.096 0.008 0.032 0.066 0.078 0.009 0.005 0.011 0.019 0.009 0.012 0.003 0.027 0.043 0.090 0.029 0.031 0.039 0.061 9 S 0.025 0.136 0.181 0.126 0.011 0.026 0.096 0.063 0.010 0.003 0.005 0.014 0.010 0.006 0.005 0.032 0.044 0.062 0.016 0.019 0.026 0.083 10 L 0.023 0.145 0.229 0.100 0.006 0.041 0.101 0.021 0.011 0.008 0.010 0.013 0.013 0.008 0.007 0.034 0.034 0.046 0.015 0.022 0.046 0.068 11 N 0.040 0.057 0.140 0.107 0.018 0.008 0.121 0.016 0.016 0.008 0.010 0.022 0.012 0.012 0.003 0.053 0.164 0.039 0.030 0.027 0.057 0.041 12 Q 0.062 0.081 0.032 0.031 0.005 0.009 0.101 0.006 0.032 0.008 0.009 0.020 0.041 0.014 0.024 0.134 0.061 0.004 0.045 0.021 0.048 0.211 13 I 0.002 0.135 0.013 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.021 0.083 0.020 0.011 0.022 0.032 0.025 0.116 0.141 0.025 0.055 0.027 0.161 0.064 14 N 0.003 0.009 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.065 0.027 0.021 0.057 0.090 0.035 0.006 0.229 0.107 0.001 0.023 0.095 0.146 0.072 15 I 0.001 0.035 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.240 0.036 0.004 0.026 0.047 0.201 0.122 0.055 0.004 0.009 0.017 0.113 0.047 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.115 0.041 0.093 0.107 0.057 0.003 0.090 0.026 0.001 0.001 0.203 0.180 0.004 17 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.112 0.217 0.012 0.049 0.100 0.105 0.103 0.045 0.002 0.001 0.063 0.072 0.035 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.206 0.071 0.103 0.122 0.072 0.008 0.061 0.019 0.005 0.001 0.091 0.128 0.010 19 Y 0.001 0.034 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.114 0.211 0.019 0.054 0.071 0.055 0.106 0.028 0.042 0.001 0.036 0.076 0.023 20 A 0.004 0.048 0.043 0.044 0.006 0.007 0.005 0.001 0.093 0.151 0.056 0.080 0.091 0.064 0.021 0.092 0.019 0.015 0.001 0.039 0.071 0.051 21 F 0.003 0.326 0.038 0.254 0.023 0.019 0.006 0.005 0.024 0.022 0.045 0.016 0.015 0.016 0.008 0.053 0.021 0.053 0.002 0.009 0.035 0.009 22 P 0.007 0.047 0.337 0.346 0.042 0.094 0.011 0.015 0.009 0.010 0.006 0.006 0.008 0.005 0.003 0.011 0.011 0.006 0.001 0.004 0.008 0.013 23 E 0.018 0.091 0.165 0.064 0.009 0.036 0.412 0.094 0.006 0.005 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 0.017 0.015 0.016 0.001 0.004 0.017 0.011 24 R 0.044 0.139 0.099 0.084 0.010 0.073 0.262 0.086 0.009 0.004 0.004 0.005 0.007 0.006 0.003 0.053 0.027 0.009 0.013 0.008 0.033 0.022 25 Y 0.022 0.134 0.101 0.084 0.005 0.023 0.110 0.078 0.015 0.009 0.013 0.009 0.007 0.011 0.008 0.071 0.076 0.025 0.032 0.020 0.065 0.081 26 Y 0.013 0.088 0.056 0.046 0.002 0.008 0.041 0.038 0.035 0.010 0.009 0.017 0.020 0.015 0.008 0.128 0.212 0.008 0.074 0.018 0.068 0.085 27 L 0.009 0.095 0.041 0.033 0.001 0.005 0.023 0.010 0.033 0.019 0.017 0.008 0.022 0.020 0.034 0.124 0.157 0.011 0.047 0.022 0.078 0.191 28 K 0.004 0.030 0.021 0.016 0.002 0.002 0.007 0.004 0.031 0.031 0.030 0.041 0.028 0.037 0.007 0.133 0.201 0.008 0.044 0.127 0.169 0.028 29 S 0.011 0.038 0.017 0.025 0.004 0.003 0.013 0.004 0.043 0.046 0.054 0.029 0.039 0.055 0.051 0.088 0.084 0.008 0.019 0.105 0.090 0.175 30 F 0.002 0.058 0.008 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.040 0.068 0.029 0.024 0.024 0.035 0.016 0.114 0.068 0.069 0.011 0.187 0.178 0.047 31 Q 0.006 0.069 0.015 0.047 0.006 0.005 0.005 0.003 0.042 0.038 0.044 0.022 0.042 0.040 0.034 0.076 0.036 0.098 0.006 0.111 0.106 0.149 32 V 0.003 0.147 0.030 0.076 0.003 0.009 0.005 0.003 0.038 0.066 0.042 0.039 0.030 0.045 0.035 0.088 0.027 0.035 0.006 0.086 0.124 0.061 33 D 0.011 0.172 0.117 0.230 0.025 0.027 0.015 0.016 0.027 0.026 0.043 0.034 0.033 0.021 0.022 0.033 0.028 0.037 0.003 0.018 0.033 0.029 34 E 0.020 0.100 0.170 0.409 0.011 0.067 0.061 0.018 0.011 0.008 0.017 0.009 0.008 0.011 0.008 0.022 0.005 0.002 0.002 0.012 0.020 0.008 35 G 0.257 0.049 0.026 0.062 0.211 0.052 0.234 0.039 0.002 0.003 0.004 0.005 0.003 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 0.005 36 I 0.006 0.121 0.091 0.128 0.003 0.359 0.023 0.152 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.011 0.003 0.001 0.051 0.010 0.017 0.006 37 T 0.004 0.155 0.034 0.142 0.003 0.082 0.029 0.521 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 38 V 0.002 0.005 0.047 0.008 0.001 0.321 0.010 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.003 0.041 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.003 0.002 0.497 0.001 0.001 0.005 0.158 0.330 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.123 0.011 0.285 0.018 0.001 0.017 0.346 0.186 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.751 0.014 0.021 0.004 0.043 0.017 0.058 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 47 I 0.004 0.049 0.267 0.065 0.001 0.076 0.032 0.237 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.241 0.001 0.002 0.005 48 L 0.003 0.026 0.277 0.013 0.001 0.007 0.198 0.409 0.003 0.001 0.001 0.018 0.008 0.005 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.009 49 S 0.024 0.068 0.168 0.027 0.002 0.023 0.327 0.276 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.005 0.009 0.005 0.004 0.031 0.001 0.004 0.005 50 Q 0.022 0.088 0.393 0.043 0.004 0.028 0.311 0.022 0.003 0.003 0.001 0.008 0.004 0.006 0.002 0.006 0.007 0.002 0.016 0.006 0.009 0.017 51 F 0.007 0.470 0.145 0.198 0.005 0.055 0.009 0.017 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.003 0.003 0.008 0.024 0.003 0.020 0.008 0.005 0.002 52 P 0.008 0.030 0.268 0.523 0.025 0.047 0.022 0.042 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 53 E 0.007 0.064 0.051 0.036 0.005 0.016 0.699 0.076 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 54 I 0.011 0.383 0.099 0.237 0.002 0.031 0.086 0.033 0.006 0.004 0.005 0.010 0.006 0.009 0.004 0.012 0.007 0.010 0.007 0.004 0.012 0.020 55 D 0.011 0.435 0.063 0.206 0.010 0.024 0.016 0.022 0.007 0.006 0.006 0.011 0.006 0.005 0.008 0.016 0.009 0.100 0.004 0.006 0.018 0.012 56 L 0.012 0.043 0.479 0.061 0.012 0.213 0.032 0.041 0.009 0.003 0.005 0.007 0.008 0.007 0.006 0.011 0.007 0.013 0.007 0.002 0.006 0.016 57 S 0.012 0.053 0.191 0.053 0.008 0.017 0.351 0.193 0.008 0.002 0.005 0.018 0.008 0.006 0.002 0.011 0.015 0.024 0.004 0.004 0.006 0.009 58 T 0.046 0.085 0.163 0.104 0.006 0.077 0.277 0.078 0.010 0.003 0.009 0.013 0.013 0.008 0.004 0.020 0.021 0.006 0.009 0.005 0.013 0.029 59 N 0.078 0.123 0.148 0.066 0.011 0.020 0.146 0.046 0.012 0.011 0.012 0.015 0.010 0.025 0.007 0.044 0.056 0.017 0.038 0.015 0.056 0.044 60 K 0.035 0.087 0.071 0.043 0.006 0.015 0.043 0.022 0.027 0.009 0.015 0.022 0.024 0.015 0.012 0.090 0.093 0.005 0.188 0.029 0.067 0.081 61 I 0.007 0.143 0.062 0.077 0.002 0.007 0.019 0.011 0.030 0.027 0.028 0.010 0.019 0.042 0.021 0.091 0.095 0.019 0.070 0.023 0.058 0.138 62 G 0.017 0.040 0.019 0.029 0.014 0.005 0.015 0.007 0.034 0.021 0.026 0.067 0.039 0.041 0.007 0.107 0.105 0.010 0.119 0.096 0.144 0.039 63 I 0.004 0.064 0.026 0.039 0.001 0.006 0.008 0.007 0.033 0.025 0.039 0.012 0.029 0.040 0.062 0.058 0.047 0.027 0.026 0.042 0.060 0.345 64 F 0.003 0.029 0.021 0.014 0.002 0.002 0.005 0.003 0.030 0.034 0.023 0.117 0.041 0.025 0.004 0.087 0.079 0.018 0.005 0.271 0.175 0.013 65 S 0.024 0.095 0.058 0.066 0.006 0.010 0.046 0.003 0.035 0.023 0.032 0.011 0.015 0.022 0.087 0.057 0.044 0.009 0.008 0.051 0.058 0.239 66 R 0.009 0.191 0.048 0.105 0.017 0.015 0.011 0.005 0.041 0.034 0.026 0.032 0.037 0.041 0.006 0.118 0.079 0.014 0.020 0.066 0.077 0.007 67 P 0.006 0.092 0.037 0.609 0.012 0.008 0.013 0.007 0.006 0.008 0.008 0.004 0.011 0.010 0.036 0.010 0.009 0.007 0.005 0.010 0.014 0.077 68 I 0.006 0.243 0.055 0.132 0.005 0.017 0.030 0.012 0.015 0.029 0.021 0.036 0.014 0.023 0.004 0.050 0.044 0.011 0.007 0.093 0.131 0.020 69 K 0.007 0.331 0.046 0.396 0.008 0.015 0.017 0.013 0.007 0.007 0.005 0.004 0.005 0.005 0.015 0.019 0.011 0.012 0.010 0.008 0.023 0.035 70 L 0.012 0.166 0.201 0.197 0.011 0.083 0.028 0.030 0.012 0.010 0.013 0.020 0.012 0.009 0.012 0.036 0.034 0.011 0.007 0.031 0.044 0.020 71 T 0.020 0.095 0.161 0.156 0.027 0.060 0.168 0.146 0.008 0.004 0.013 0.013 0.009 0.009 0.007 0.014 0.036 0.008 0.006 0.010 0.013 0.017 72 D 0.015 0.106 0.104 0.076 0.008 0.051 0.149 0.242 0.009 0.002 0.004 0.010 0.006 0.005 0.005 0.023 0.029 0.066 0.010 0.023 0.016 0.042 73 V 0.007 0.089 0.106 0.051 0.002 0.037 0.092 0.232 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.004 0.011 0.009 0.223 0.006 0.008 0.009 0.097 74 L 0.009 0.131 0.136 0.059 0.003 0.023 0.083 0.169 0.005 0.002 0.004 0.011 0.004 0.007 0.002 0.028 0.029 0.101 0.012 0.037 0.041 0.104 75 K 0.014 0.170 0.208 0.113 0.008 0.010 0.047 0.066 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.008 0.006 0.269 0.010 0.008 0.014 0.032 76 E 0.070 0.044 0.358 0.200 0.009 0.029 0.209 0.010 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.022 0.006 0.005 0.009 0.006 77 G 0.516 0.008 0.008 0.007 0.131 0.006 0.304 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 78 D 0.010 0.102 0.016 0.087 0.004 0.014 0.008 0.003 0.003 0.004 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 0.010 0.017 0.002 0.684 0.005 0.012 0.004 79 R 0.009 0.124 0.080 0.142 0.003 0.013 0.015 0.027 0.028 0.006 0.012 0.022 0.062 0.024 0.012 0.037 0.029 0.001 0.063 0.008 0.012 0.272 80 I 0.002 0.185 0.021 0.047 0.001 0.007 0.009 0.011 0.024 0.018 0.032 0.018 0.028 0.052 0.025 0.062 0.049 0.004 0.255 0.014 0.070 0.065 81 E 0.004 0.033 0.023 0.026 0.003 0.005 0.007 0.019 0.070 0.024 0.035 0.052 0.081 0.068 0.008 0.052 0.045 0.010 0.224 0.039 0.078 0.094 82 I 0.004 0.056 0.020 0.021 0.001 0.004 0.010 0.019 0.064 0.044 0.041 0.047 0.038 0.059 0.029 0.078 0.066 0.019 0.022 0.180 0.120 0.059 83 Y 0.008 0.052 0.114 0.020 0.003 0.018 0.029 0.011 0.080 0.036 0.021 0.044 0.064 0.043 0.031 0.083 0.034 0.006 0.005 0.092 0.088 0.118 84 R 0.005 0.098 0.066 0.059 0.005 0.029 0.006 0.024 0.050 0.019 0.054 0.018 0.024 0.044 0.006 0.139 0.055 0.006 0.011 0.167 0.103 0.012 85 P 0.018 0.031 0.120 0.382 0.026 0.013 0.021 0.085 0.014 0.013 0.019 0.013 0.020 0.017 0.014 0.019 0.071 0.002 0.003 0.022 0.023 0.054 86 L 0.013 0.152 0.124 0.062 0.002 0.023 0.178 0.077 0.020 0.015 0.017 0.018 0.011 0.024 0.008 0.057 0.012 0.003 0.007 0.050 0.100 0.028 87 L 0.028 0.221 0.091 0.110 0.016 0.026 0.127 0.080 0.010 0.009 0.014 0.014 0.012 0.024 0.008 0.062 0.007 0.018 0.013 0.028 0.064 0.017 88 A 0.007 0.128 0.371 0.153 0.005 0.024 0.098 0.026 0.006 0.004 0.004 0.011 0.003 0.009 0.004 0.041 0.004 0.001 0.007 0.025 0.047 0.022 89 D 0.008 0.602 0.024 0.221 0.023 0.020 0.021 0.032 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.007 0.002 0.003 0.010 0.002 90 P 0.003 0.004 0.227 0.017 0.004 0.711 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.006 0.033 0.004 0.001 0.011 0.118 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.002 0.021 0.014 0.015 0.001 0.033 0.076 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 93 I 0.001 0.031 0.046 0.087 0.001 0.018 0.030 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 94 R 0.005 0.129 0.174 0.063 0.002 0.013 0.094 0.387 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.007 0.008 0.048 0.014 0.008 0.017 0.016 95 R 0.011 0.095 0.384 0.078 0.004 0.009 0.153 0.171 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.031 0.004 0.003 0.009 0.026 96 E 0.050 0.080 0.343 0.197 0.005 0.014 0.250 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.006 0.004 97 G 0.564 0.034 0.045 0.040 0.147 0.011 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002