# TARGET T0363 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.199 0.027 0.030 0.037 0.084 0.086 0.458 2 A 0.095 0.166 0.020 0.023 0.033 0.088 0.082 0.493 3 H 0.094 0.153 0.018 0.023 0.031 0.084 0.094 0.502 4 H 0.122 0.150 0.013 0.018 0.028 0.087 0.066 0.517 5 H 0.062 0.050 0.023 0.032 0.037 0.097 0.164 0.534 6 H 0.060 0.054 0.023 0.044 0.054 0.107 0.120 0.538 7 H 0.074 0.019 0.028 0.029 0.051 0.107 0.130 0.561 8 H 0.083 0.009 0.028 0.038 0.035 0.100 0.082 0.625 9 S 0.259 0.012 0.012 0.013 0.032 0.062 0.070 0.541 10 L 0.058 0.004 0.016 0.009 0.018 0.100 0.037 0.758 11 N 0.019 0.005 0.064 0.059 0.224 0.109 0.040 0.481 12 Q 0.002 0.002 0.061 0.051 0.158 0.082 0.045 0.599 13 I 0.001 0.001 0.250 0.278 0.292 0.047 0.032 0.100 14 N 0.002 0.004 0.293 0.188 0.278 0.026 0.079 0.129 15 I 0.002 0.005 0.244 0.341 0.208 0.021 0.064 0.116 16 E 0.001 0.002 0.461 0.180 0.280 0.009 0.037 0.029 17 I 0.007 0.002 0.288 0.274 0.320 0.012 0.055 0.043 18 A 0.007 0.003 0.294 0.251 0.273 0.016 0.025 0.132 19 Y 0.004 0.002 0.138 0.312 0.399 0.026 0.019 0.100 20 A 0.008 0.004 0.076 0.101 0.203 0.124 0.036 0.449 21 F 0.130 0.016 0.046 0.130 0.115 0.130 0.054 0.380 22 P 0.240 0.039 0.007 0.015 0.022 0.078 0.041 0.558 23 E 0.121 0.064 0.016 0.015 0.038 0.104 0.051 0.591 24 R 0.078 0.047 0.021 0.068 0.196 0.091 0.073 0.427 25 Y 0.019 0.010 0.022 0.134 0.164 0.066 0.069 0.516 26 Y 0.011 0.005 0.032 0.231 0.365 0.061 0.042 0.252 27 L 0.017 0.002 0.025 0.114 0.317 0.050 0.060 0.416 28 K 0.024 0.002 0.026 0.338 0.323 0.043 0.022 0.221 29 S 0.005 0.001 0.043 0.131 0.318 0.051 0.011 0.442 30 F 0.006 0.002 0.039 0.202 0.336 0.072 0.020 0.324 31 Q 0.006 0.002 0.099 0.248 0.330 0.049 0.050 0.215 32 V 0.080 0.004 0.027 0.064 0.060 0.053 0.025 0.686 33 D 0.487 0.017 0.019 0.057 0.024 0.037 0.168 0.191 34 E 0.020 0.053 0.013 0.009 0.026 0.113 0.013 0.753 35 G 0.010 0.064 0.016 0.005 0.025 0.080 0.019 0.780 36 I 0.015 0.181 0.055 0.179 0.049 0.061 0.273 0.186 37 T 0.012 0.920 0.007 0.006 0.009 0.007 0.021 0.018 38 V 0.080 0.876 0.005 0.003 0.004 0.003 0.011 0.018 39 Q 0.011 0.164 0.047 0.018 0.016 0.012 0.690 0.040 40 T 0.015 0.664 0.009 0.006 0.010 0.015 0.191 0.089 41 A 0.137 0.387 0.073 0.011 0.018 0.046 0.226 0.104 42 I 0.037 0.289 0.088 0.054 0.038 0.071 0.247 0.175 43 T 0.150 0.324 0.011 0.003 0.009 0.045 0.038 0.419 44 Q 0.086 0.348 0.015 0.006 0.007 0.068 0.089 0.382 45 S 0.032 0.181 0.050 0.014 0.015 0.112 0.219 0.378 46 G 0.101 0.134 0.053 0.010 0.012 0.095 0.305 0.289 47 I 0.329 0.189 0.054 0.012 0.013 0.067 0.092 0.244 48 L 0.355 0.059 0.041 0.006 0.009 0.056 0.064 0.411 49 S 0.008 0.016 0.038 0.011 0.016 0.098 0.056 0.757 50 Q 0.032 0.021 0.023 0.005 0.009 0.087 0.025 0.796 51 F 0.465 0.043 0.032 0.019 0.011 0.081 0.067 0.282 52 P 0.075 0.047 0.023 0.007 0.013 0.115 0.019 0.701 53 E 0.023 0.016 0.028 0.006 0.020 0.084 0.052 0.773 54 I 0.017 0.009 0.041 0.027 0.019 0.126 0.207 0.552 55 D 0.107 0.046 0.043 0.024 0.023 0.089 0.374 0.295 56 L 0.150 0.037 0.029 0.013 0.018 0.090 0.057 0.605 57 S 0.115 0.033 0.040 0.023 0.053 0.109 0.055 0.573 58 T 0.021 0.013 0.037 0.015 0.047 0.124 0.050 0.694 59 N 0.031 0.012 0.087 0.077 0.147 0.174 0.049 0.424 60 K 0.020 0.007 0.090 0.102 0.142 0.104 0.084 0.451 61 I 0.005 0.003 0.246 0.113 0.221 0.078 0.065 0.269 62 G 0.009 0.002 0.298 0.141 0.355 0.031 0.063 0.101 63 I 0.014 0.002 0.171 0.294 0.218 0.038 0.045 0.218 64 F 0.010 0.002 0.212 0.147 0.297 0.054 0.035 0.243 65 S 0.015 0.003 0.065 0.081 0.204 0.076 0.040 0.515 66 R 0.044 0.006 0.070 0.136 0.153 0.132 0.043 0.417 67 P 0.017 0.006 0.039 0.033 0.059 0.103 0.060 0.683 68 I 0.027 0.024 0.041 0.075 0.082 0.142 0.065 0.544 69 K 0.076 0.087 0.027 0.034 0.043 0.094 0.059 0.580 70 L 0.110 0.386 0.011 0.021 0.022 0.053 0.043 0.355 71 T 0.078 0.496 0.023 0.030 0.035 0.038 0.032 0.268 72 D 0.088 0.321 0.037 0.090 0.077 0.050 0.082 0.255 73 V 0.049 0.027 0.128 0.105 0.110 0.058 0.256 0.267 74 L 0.515 0.006 0.037 0.025 0.034 0.044 0.141 0.199 75 K 0.698 0.002 0.004 0.004 0.004 0.018 0.025 0.246 76 E 0.010 0.001 0.002 0.001 0.007 0.048 0.002 0.930 77 G 0.002 0.001 0.011 0.006 0.042 0.101 0.006 0.833 78 D 0.003 0.002 0.061 0.277 0.332 0.070 0.026 0.229 79 R 0.003 0.003 0.096 0.313 0.342 0.020 0.039 0.185 80 I 0.004 0.003 0.095 0.414 0.310 0.014 0.022 0.138 81 E 0.002 0.001 0.228 0.429 0.262 0.008 0.021 0.049 82 I 0.002 0.005 0.209 0.276 0.329 0.025 0.034 0.120 83 Y 0.009 0.006 0.277 0.149 0.295 0.032 0.059 0.172 84 R 0.160 0.007 0.039 0.381 0.242 0.035 0.034 0.102 85 P 0.033 0.004 0.045 0.076 0.193 0.058 0.051 0.540 86 L 0.014 0.010 0.059 0.074 0.236 0.118 0.029 0.460 87 L 0.006 0.010 0.041 0.113 0.158 0.115 0.016 0.541 88 A 0.004 0.014 0.025 0.034 0.018 0.072 0.005 0.828 89 D 0.169 0.785 0.003 0.003 0.003 0.005 0.012 0.020 90 P 0.261 0.664 0.006 0.002 0.001 0.010 0.013 0.043 91 K 0.084 0.453 0.037 0.017 0.013 0.028 0.047 0.321 92 E 0.321 0.184 0.030 0.017 0.019 0.042 0.126 0.262 93 I 0.225 0.025 0.024 0.025 0.033 0.116 0.123 0.429 94 R 0.119 0.005 0.007 0.012 0.023 0.058 0.037 0.739 95 R 0.040 0.001 0.001 0.003 0.006 0.039 0.013 0.896 96 E 0.011 0.001 0.003 0.008 0.015 0.120 0.009 0.832 97 G 0.025 0.002 0.006 0.013 0.030 0.099 0.018 0.806