# TARGET T0363 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.2742 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.098 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.011 0.086 0.681 2 A 0.057 0.121 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.010 0.073 0.654 3 H 0.054 0.172 0.008 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.009 0.061 0.584 4 H 0.049 0.144 0.006 0.001 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.065 0.010 0.060 0.641 5 H 0.069 0.152 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.071 0.010 0.070 0.596 6 H 0.084 0.161 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.067 0.013 0.088 0.563 7 H 0.106 0.183 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.004 0.025 0.010 0.003 0.001 0.087 0.013 0.064 0.477 8 H 0.094 0.187 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.069 0.016 0.060 0.541 9 S 0.120 0.147 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.040 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.018 0.068 0.490 10 L 0.161 0.137 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.015 0.067 0.539 11 N 0.090 0.073 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.023 0.120 0.522 12 Q 0.268 0.013 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.024 0.092 0.500 13 I 0.085 0.022 0.010 0.011 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.010 0.026 0.242 14 N 0.005 0.003 0.002 0.001 0.030 0.013 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.002 0.076 0.195 15 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.001 0.017 0.114 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.010 0.017 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.909 0.001 0.011 0.073 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.982 0.001 0.003 0.009 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.105 0.051 0.058 0.015 0.597 0.002 0.021 0.144 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.007 0.022 0.149 21 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.017 0.050 0.005 0.004 0.002 0.003 0.003 0.320 0.009 0.099 0.430 22 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 23 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.003 0.219 0.721 24 R 0.609 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.013 0.041 0.306 25 Y 0.220 0.070 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.106 0.489 26 Y 0.078 0.051 0.013 0.002 0.091 0.014 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.006 0.087 0.483 27 L 0.084 0.056 0.003 0.001 0.003 0.030 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.005 0.038 0.411 28 K 0.040 0.024 0.005 0.001 0.002 0.004 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.007 0.025 0.154 29 S 0.083 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.255 0.018 0.042 0.561 30 F 0.046 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.001 0.770 0.004 0.012 0.117 31 Q 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.481 0.004 0.050 0.413 32 V 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.623 0.004 0.033 0.308 33 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.002 0.303 0.546 34 E 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 0.079 0.831 35 G 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.014 0.164 0.647 36 I 0.882 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.015 0.078 37 T 0.012 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.291 0.645 38 V 0.007 0.024 0.002 0.001 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.007 0.072 0.620 39 Q 0.004 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.285 0.577 40 T 0.018 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.692 0.205 41 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 T 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 44 Q 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 45 S 0.024 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.021 46 G 0.210 0.529 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.010 0.159 47 I 0.019 0.156 0.445 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.122 0.236 48 L 0.121 0.198 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.095 0.483 49 S 0.293 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.063 0.448 50 Q 0.447 0.163 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.016 0.283 51 F 0.521 0.146 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.028 0.015 0.244 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 53 E 0.015 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.077 0.012 0.044 0.004 0.080 0.741 54 I 0.390 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.008 0.057 0.430 55 D 0.130 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.223 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.097 0.007 0.056 0.412 56 L 0.049 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.012 0.168 0.604 57 S 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.721 0.229 58 T 0.352 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.082 0.310 0.225 59 N 0.268 0.235 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.077 0.042 0.276 60 K 0.089 0.034 0.142 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.028 0.166 0.316 61 I 0.040 0.039 0.008 0.004 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.459 0.004 0.061 0.348 62 G 0.008 0.034 0.001 0.001 0.005 0.012 0.255 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.555 0.002 0.026 0.087 63 I 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.763 0.002 0.024 0.151 64 F 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.884 0.002 0.022 0.068 65 S 0.010 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.633 0.007 0.040 0.274 66 R 0.033 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.003 0.029 0.145 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.788 0.002 0.023 0.159 69 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.248 0.712 70 L 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.008 0.060 0.611 71 T 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.006 0.106 0.667 72 D 0.444 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.048 0.009 0.061 0.425 73 V 0.096 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.105 0.699 74 L 0.078 0.093 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.002 0.026 0.002 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.381 0.012 0.117 0.244 75 K 0.014 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.732 0.174 76 E 0.038 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.033 0.166 0.566 77 G 0.052 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.359 0.036 0.085 0.446 78 D 0.857 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.016 0.093 79 R 0.030 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.003 0.094 0.341 80 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.001 0.023 0.095 81 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.027 0.104 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.001 0.014 0.088 83 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.814 0.004 0.028 0.144 84 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.726 0.003 0.041 0.205 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.017 0.004 0.002 0.456 0.006 0.084 0.406 87 L 0.079 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.251 0.008 0.073 0.569 88 A 0.097 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.008 0.078 0.620 89 D 0.080 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.007 0.149 0.659 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.988 91 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.638 0.345 92 E 0.072 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.691 0.211 93 I 0.058 0.817 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.114 94 R 0.022 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.098 95 R 0.062 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.003 0.090 96 E 0.106 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.102 0.011 0.159 97 G 0.107 0.105 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.059 0.042 0.580